HsaINT1047789 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000235109 | ZSCAN31
Description
zinc finger and SCAN domain containing 31 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14097]
Coordinates
chr6:28329303-28336134:-
Coord C1 exon
chr6:28335830-28336134
Coord A exon
chr6:28329779-28335829
Coord C2 exon
chr6:28329303-28329778
Length
6051 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
ATATAATGCTCTATCATCAGGTG
3' ss Score
7.05
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGGGGTGCTGCAGCCCCGCCACCTGTTCCGTAGCTTGCCGGTGCCCCGAAGGTGAGTCTTGGCCCCTTGTCGCGACCCGCCAGGTTCCCAGAAGATTTCAGGTCTGTGCCTTGGAGTAGGCGGGGAGGGAACGTCTGCGCAGGCGTGACCCCCGCCCCTACACATTCACTGGCCTGAAGCCCCCGTGGAGTAGGTGGAGGTCCCGCCCCTTATCCTGAAGATTAAACAGCCTTTCTTTGTCTGAGATAACGCCCGGAGTTCTTTGTCCTGCCTCCAAGACGATAAAGGAGCGCAGACACAAAG
Seq A exon
GTGAGGTTAGAGCGAAAGTTTAATAAGCGAAAGGAAAAAGCTCTCTGCCAGCAGAGAAGGGGTCCCGACCGGGAGTACCCATTATGGGGCCCGTTCTGGGGTTTTTATGGACTGGAAAGGAGAGGGAATGCGCTTAGTCTGCGGGCTGTCCTGGCGAACGCTTGACTCAGCTTGGTCCGGGACCAATCAGGAGCTGAAATGATGATTCATAGCTGCTGCTTAGCTTGGCCCAGGACCTATCAGAAGCCGAAGTGAAAGTTTGGCCCCGGACCAATCAGGGGCTGAGGTGATGATTCACAGAAGCTGGGCTTATAGTCCTAATAAAGGAAAGTAGAGCGCCTGCCGGAACCTACCAGAACCCACCGTGTCCATACCCACAAAAGGAGAAGAAACTTTTCCTGGGAACCTGCTGACTATACAAAGGACAAAGGCATTATGTGTCAGGCCTTGTTCCCTTATCTGAGTGAGCTGGAGGTTCTGTGCAAGTTTTTATCCAAATGGGCCCGAGGTTTTTCTATCTATGCAGCCGTGGGCATATCTCTAGGCACAACACCCTGTGCTAGTTCCCTTATCGGTGCCTGCAACCTGATTTTTTCCCCAGGCTTAGTTTTATGTTATGTGGGGATAAGACACTAAATCATGGGCGGGGGCAGGCTCTCCAGGGACCCTTCCCTTGCTATCCACCTAAGGCAAGCTAGGTAGCCCTTTCACAGGGTGGTGGGAGAGACCCCTAGAGAGGTCGGAGCTTTGCGGCGAAACCGAGGTCCAGAGGTAGAGAAGGGTCTCTCCCTGTCAAAAGCCTTATTTCCTATATACACGTAATTTTTATTTAATAAGTCAACATTATGCAATGTTTGTCGCATATGTTTTCTTTAAATATTGTAAAAACCACCAACCTCATAACTTGTCACCTCTAGTTTCTAATGCATCTCTAAAAATTGGGGACATTTCCCTACATAACCACAAGATTATTAGCACACCCAACTAAGTGTAGGCGCTTCACCTAACACCTAGTTCATGTTTAAATCCTTCCACCCCCTGTTGTCCCACAGATGTCTTTTATACCTGTTTGTACCAACTAGGATCCAATCATAGACCACTCACTGCATGTAGTTGAGTCTTAACCTAGGGCAATTTTACTCTTTGCCTCCCTTCCTCCCATCCCATTGCCTTGTTTAAAAGGAGGCTCTTCCAGTCTTCCTGTAGTGCATCCCCATTTCTGGATTTGACTGTTTCCTCATGGTATTTAAGGTCTTCTTCTGTTTTCTTGTCATCGTAATTGGTATCCTTTGGGATTTATTTTACAACACACATGATTTGTGATTTACATGATCTCTTTGTTGCTGTTGTTAATTATGCTGACGTGAATGAAAACATTCTCATGAATGAAAACATTCTCTTTTATGCTCTTTCTGCCATGTTTTTATTTCGGTGAAGGACAGTGGGGACACATCAAATTCTGCATTGTTTCACTCTTTGCTGTCTGACACCTCGTAAACACTTAGTAAATATATGTGAAATGAATTCCTTTGTGGATTACAGGCAATGCATAAAAACTTAATCTTGTATTTAGGATGAGCTCTTCCACTTCCTCCAGGGGTATACCTTGTATACATTTTTTAAATTATGGCTTTTATTTTATTGTATTGTAACTATATCCTCATGAGCTATAAACACCTCTATATTCCAAGCTCTTAGCTCAGCTCCATAAATTGATTGTCCAGTGACTGAACTGCTTTTACAAAGGTTAAGCTCTTTCTCCTTTCACTTGTACAGTAACATCTAAACTAAGTGGAAGTCTTTCTAGATTCAGTGCAATAGTCTTCACCCCCTCCACTTTACCCTTTTTTTTAACTCTTGCCTCTTCTGCTTCTACTCTTGCTTTCTGCTTCCACTTTTGCCTCTACCCTCATTCCCTCAGCTCATTCTCCATCCAGTAGCAGAGCTTCTCGGTACAGAATTCAGCCTTGTCACTCCCTTTCTTAAAGCCTTCAGTGGTTTCTCATTGCATTTATAAAATCCTAACTCCTATGCCCTACATGATCTGACTCCTGCTTGGCTTGCCAGCCTAATATTTTGCCACTCTTCTCCCACATGACTGTAGACACTCCAGCCTCCTTTCCTGTCTTTGATGGCAGCATGCACTTCCTCAGGGCCTTTGGATAGTCCAGAGTGCTCTTCCCCTCCCTCATCCCTATTCTGTATGGCTCACTTCTTTTGCACTTAAGGGCTTGGCTTAAATGTTACCTCACTTCCCACTACCCCATCTAAATAGGCTGTCCATTTATTTGGTAACTCAGTGCCTAGTTTATTATCCTCAGTAATCATCACAACTCATAATTATTTTATTTGCCTCCTTACTTATTTTTGTTGTTGCTTTTATTTTTGGTTTGTCTTCCCCGTTAAAATGTTTGCTCCAGCAAAACAGGGCCTGGTCCCGTCTTTTTCACCATTGTAGCCCTAATGCCCAGCCAAGTACCTGGTATGTTATGAGTGCTCAATGAACATTTATTGACTAAATGAGCAAATAAATAGGTTAGTTACTAGTAATGAGTCTCTCCTTGTCCCTTGCCTCCTGGGCCTTAGTTGCTGATAAAGTCATAAGCTGAGTCAGCAGTCAACTACCTTTTATTTTTCTGTCTCCCTTTCATGAGTGTGGAAGTCCACTGCAGGTCCTGGAATGAAACAGTGAGCCTGGTTCCCTACAACCTGAGACACACCACATTTAATCCCCCAGGAGTTGAATTCTAGGATGTCTTTGACTGTTTCTGCAGTCAAGTCATCAACTCCACTAACTACTCTGTGTTTGTGTTTCTGGTCCACTGAGATTTTTGTCTTGTATTTGTAGCTGGCCATGTCTTTCTCTTTATCCCCTTTTATATATCATCTCCCAATGCCAAATGTTTGGAGTCAATTTGGTAATTAATCATAAATTGGCCTGTTTCATATCACCCTGGAAATCTAAATCCAATCTTTAATGTTGCTTTTGAGCTGTTGTTGGGATGTTCAGGGGGACACCCCTGGTGGTATCTAGAGATGGGCTTCAGTACACAAATGGGAGGTCACCACTGGTCACAGTCTGTCCTGGATTTTCTTGAATATTTCTTCTAGTATTTTCAACTGTCTACTGACTATTAACATATGAAGTCAATATTTTATTTTGTTGGGTCTATTTCCTCTATGAAATGAAGATATTCAATTTACTAATACTACTTTACTAATAATACCTGCTCATTGATATTTATGTAATGATTGCTATGGGCCAGGTACTGCGCTAAGCTTTTTATATGCGTTACCTTGTATAATCATAACACCTATAAGAGGAGTACTATGGTCATTAACACTTAGAGAGGCCACAGGATTTGAACGTTATTCACTGTACTGCAGTGCTTCAGTAAAGATCATTTTAAATAGTTTATTCCATTTAATTTGTCAGATGTCTATCAAGTATTTGTTCCCTGCTAGGATATCAGATGACACCAAATTTGCATTTAATCGAATAAATCAGGTAAACAAAACATTGAAGATGCGTTCATAATTTTGTGGTAAGTCCAGACTTCTAAGTCTTCTAGGCATTTTAAAAATAAGAAGTGTCTGTAATCTGTAGCAGTTTGGGAGAGGAGATAGGAAGAGATGGGAGGACTGGCTGGGAACACAGGGTAATGCATATACATCCTGGGAACAGGGGTGGTTTGGGGGACAAGAAGAAAGAGTGTATTTTCCCTTCTGTGTTCCTTTCCCTGTCCTTACCATGGCTTGATGAAGTGAAAGGGGATATAGGAGGGGAGAATATATTTATTTGCCCAGAAAACATTTATGGAGCACTGACAGTGGGCCAGGCACTGTGCTATGCATTAAGGATAAAGACAGTTCATGGTGGCATAAGACCAGGAGGTAAATCCTAAGCACCAATTATGGGGAGAAGAATACAATTGATGGAGAAATACTCCACCTGTGGCTTTGGGTATGTGAGAGATTGCCTGTAGTGATCAAGAAAACAAAAAACAAAAAAAGCCAACTGTATCTCCATGGTTTCTCAATAGCATTAAAGTGCAGAACGCATATTTGCAGAACAATTTTTGCCTATAAACCTAAGGCCATGAGAAGCTACATGTTTAATAATAATGGAATCCAATACAAATTCATAATTAGAAATTTTCAGACTTTCAGTCTTCTGCACTGAAGACTCAACAAACCAAATTACCAGATGCTACAGTAAGGAGTAAAAAGATATACATTTGGCATTAGACATTGACAAAGAATAAATGCCATGATCTTTGTAACTCTTCAAATTCTCAATTCTGTAACATCATTTTATGTGAATATTTTATTAAGGTCTGTCTTTCCCATGGTAAATACCATAAAGTTAGGGACCGTTCCTTTATTCCAGACACCTAGTAGACACATAATATTGGAATGAATTGAATAAATGCATTTTCACCCAATAAAGTGTAACTGAAAAACTTCCAAGTGATCTCAGACCTTAATAATTCAATTAGCATTGGGCAAAAATCATATAAAACTTAAATTACACCACTAAAGTCAACATTGTATCAGTTTAACTACCATTAAACTTCCCAACTTAAATGGCCACAACCTTGCAACATATTCTTACCATTTCCATCCTGAATCTTAATATTTTCTATAAATACAGATCTAACACCATAACAATGAAATAAAAGCCTTGATGCCTCTCAGTTTTCCATAAAGTCAAGTCTAACGTCTAAGCCTAGAGTTGAAGGCCATTTTCTATCCCATATAATGCATCTTTCTAACCTCATCTCCTCTCACAATTTTACCCACAACCCATATTCTATAGTTCAGCTTTGCCTGTCTTTATCGCCATTGTGTGTGCTCTTAAATACCTTTCCTCATGTTGTTTGCTTGATTTATGATGCCGGATACCTTCCTTTCTCTGCCTGATAAATTCCTTTTCATGATTTTAGTCTAATTCAAGTGTACTTTCCCCTAAGTCACATTCTTTCAATATTCCATACCCTGTCAGAAATTCTTTTTTCTATTCTTTACTCCCTGAATATTCTGGTGAGGCCTCTATTATAGCATTCATCATCTGATATTATAGCTGGTTTTATATATCCTGTTCTCCTCCTAGAGCTACCATATACACATATTGCCCAGGCTTTTAAATCACTTCTACAGACTGAATATCCCTTATCCAAAATGCTTGGGACCAGAGTGTTTTGGATTTCAGATTTTTCTGGATTTTGGAATATTTGCATTATACTTAACAGTTGAACATCCCTAATCTGAAAATCTGAAATATGAAATGCTCCAATGAGCATTTCCTTTTAGCATCATGTCTGTGCTCAAAAAGTAAATATCTCTTGCTTTTGTAATTCCACAGTTACCTAATTCTGCTTCCCAGAGGTTCACCCTTCTATATCAGTTATCTATTGCCATAATAATGTGGTATAATAAATAGCCACAAAACGTTGGTGGCATATAGTGATAAACTTATGTTTAGCACATAAGTATATGGGGCACAGCTTACTTGGGGTGGGCAGGCCCTATTTATACATCTGCATTCAACAGCTCTGCAGACCTCAGGCTAGGCCTGCTCACATGTCTGGCAGTTAGCTGGCTGTCAGCTAATCTAGGATGGTCTCATCTGCTCCACTGGGGTGATCTGGCTCTGTCCTGCATGTCTCTTATCATCTGAAAGATATCCTTCTTCTGGCAGTTTCAGAGGGCAAAAGTAAGCAAACCCAGTCACATAAGTACTGTTCAAACCTCTCCATGCATCACATTTGCTAATATCATTGGCAAAATCAAGTCATATTGTTGAATCCAGTGTCACAATGGAAGGGCACTGCAAAATATTAATACATGGCTATAGGGAAGGGGGAAGAATTGAGGCCATTAACATACTCTGCCATAGCCTTTTCCCAGTTGCTAAACATATGTAAGTCAGTAACTATATATACATTTTATTAACATAAATGATAGAATACCATTCATGTTTCCATACTTTGCTTTTTTCCCCACTACTTTATGATTTATTTCCATTAATATATAATGCTCTATCATCAG
Seq C2 exon
GTGTCTTCTCCTAAGGAAGATTAAATCAGAAAATTTTAAATCACAGTTATCCCTTTACTTAAAGCCAGAGTAAGCCTTCCAAATTAACCCCAGGAATGGCTTCAACAGAGGAACAGTACGATCTTAAGATTGTGAAAGTGGAGGAAGACCCTATCTGGGACCAAGAAACCCACCTTCGAGGGAACAACTTTTCTGGCCAAGAAGCCTCCCGACAACTTTTTAGGCAGTTTTGTTACCAAGAGACTCCTGGTCCCCGAGAAGCTCTGAGCCGGCTCCGAGAACTCTGTCATCAGTGGCTAAGGCCAGAAATCCACACCAAAGAGCAAATCTTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAATTCCTGACTATCCTGCCTGAGGAGCTCCAGGCCTGGGTGCGGGAGCACCATCCGGAGAGTGGGGAGGAGGCTGTGGCTGTAGTTGAAGATCTGGAACAAGAGCTTAGTGAGCCAGGGAACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000235109:ENST00000439158:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.260
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0202312=SCAN=PU(97.9=74.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains