MmuINT0020238 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027104 | Atf2
Description
activating transcription factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:109349]
Coordinates
chr2:73701226-73708742:-
Coord C1 exon
chr2:73708680-73708742
Coord A exon
chr2:73701296-73708679
Coord C2 exon
chr2:73701226-73701295
Length
7384 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TGATTTGTGCTTTGTTACAGATA
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACTGGATTTATGACTTAAAACCTTCCCACAGAGAAAATCCCAGGCTCATATAGCTTCACTG
Seq A exon
GTGAGTTCTTTCGAATATTTAAGGAAGAATTAATACATTTCTTTTCACATAAAGATTTATTTATTTATGTATTGCCTGTATAATTGTGTCTGTGTGTGTGTGGCTAATGTGTCTGCAGAAGCCAGAAGAGGGCACCAGACTCGCTTGGACTGGAATTATAGATGTGAGTTTGTGGGTGCTAGGAATTGAACTTGGGTCCTCTGAGAGAACATCAAATACTCTTAACCACTGAGCCAACTCTCTAGCCCTAATACCAGCCTCTATACAGATTCTTTTAGAAAATAAAAAAGAATTAACATGTCCCAACTTTAATTATAAAACTGCCACAAAATAACACATAGTATTTCTGATGAACATGAATGTAAAACAAATTCCAAACAAAATATTAGCAAGTAAAATCAGGCTATTTATATTTCCAAGATGAGATTGTTCCAAACATTCTACTTTGTTTATCAGTGAGAATAATTCAGTGTGATTGACCACATTAAAAAAATAACTTTGGCCGGGCATGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTTAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGCAAAAGCAAAAACAAAAAAACAAAAAAATAAATTTGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCGAAGGTCCGGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACAAGATCTGACGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATCTTTAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATTTGAAGTGGGGGTGAAAACAGAAAGAGTTAGAGGAGAGTTAGGGGAAGGGTGAAATACAGTATTTGTGTTCCAGTTCTCAAAAGAATCAAATTAAAAATAAGCATAAGGACCAGACGTGGTGGCAGGCAGTTTACATGAGTTCCAGACCAGCATGGTCTACATTGGTTTCAAAAAAGAAAGAAAAAAATATATACACTTAAAAAAATAAGTAAATGGCCGGACGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAAAGGCAGGTAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTAAGTTCCAGGACAGCCAGGGATATACACAGAAACCCTGTCTAGAAAAACAAAAAAAAAGAAAAGAAAGAAGATAAGTAAATAAAAGAAGCTGTCAGCATCAGGCACTCAAAGCTGGCTGGCCTGGTCTACATGAGACCTTGATTCAAAAAAAATACAACAGAACGATACTTATAACAGTAGATTTTGAGGTACAGACATTATTTTTCTTTCCATAATATTTTTATTAATTATTTAAGTCTTATATACATTAGGAACCCAGATCACACTTAATTCCTAGTCCTCCAAGGTCCACTCCCCATCTTTCTGGACCCCTTCCCCCCAAAAAAAAGGAAAAGAGAGAAAACCCCCCCCCCAATTTGTGTTACGCTTATACTCATGGGAGCGTGATCAGACTCCTGATAATCAGCTCCTTAAAACTGAGTCCTTCCTCAGCTGTGGAGAGCTACTCTTCAGCATCCTTACCACATTTGTTAAGAATTCTCTCCCTTGGTTTTCTGTGTAGGCTGTTACTTTGGGGGGCAGAGTAATAGTGTAAGGTATAGATCTTCTATGTCTTTCTCAACTATGAGTCTACAGTCATCAGTACCACAGCAAAATTAGCTTCCTTGCCCTTTACAGTCAGCAGGAACATGGATCATGGACTTTTTATTGATTCTTTGTGAGTTTCACATCATGTACCCTAATCCCACTCATTTCTGTCCTTTCATATCTGTCCTCTGCCCTTACAACATCCCCCAAAAGAAAAACAAACAAAACGTAAAAAAAAAAAATTTTGTTCTAGAACCTACAGTGTGTCACAGTGTGTCATACACTATACCTGTTTATCCACAATGAGTCATTGATCTGATTCGAGGCCTCTGGCTTCTGCTATACTGTCAATACTGGATCTTCACAGGAACTCCTCTCAGATATTCTGTTGTTGCCCTCTGTTGTGGAGATCCTCTAGGTTTGGATCTGCAGCTCTGGCCCTTTCACATTCTCTAGCAGCTCATAAATGGGGTAGATGCCTGGAGTAAGCTAACCCTGAATCTGGGCCTGAGTGGTAGCTGAGTTGGTCAGTCCACCACCTCTCCTGCTACCCCACCCCCAACCAATGCACGCATAACACCAGGGGGAGCTCTTCAGCACTGTCCCAGCTAGCTCATTTAGTGCAACCAGCCAAGTGGCAAGACTAGCTCTTATACCCTCCTGGCCAGCTTACTCACCCCACAAACATTGACATAGACCCCTGATGCTGCCTGGCCACAGACCCAAATATGGCCCTCAGCAGCAGCATGGGCTGGGACTTCACCATGGCCTCAGGTGGTAGGACAGGCTACTCACATCAGACTGTTCCTCTCCACCCTCTAGTTCTACCTCTCTCATAATTCTTTTTTTTTTAACAAACCCTTGTGTCGAGGGCTGACTTTCAGTAGATCGCAGCGAGGGAGCTGCTCTGCTACGTACGAAACCCCGACCCAGAAGCAGGTCGTCTACGAATGGGTTAGCGCCAGGTTCCACACGAACGTGCGTTCAACGTGACAGGCGAGAGGGCGGCCTCTTCATAATTTTCAATCTGTTCCACTTGTCTTTCCCATCTGTCTACCATGTACTTGTACATGTAGTCATGGCTTAGGTGTGGCTTGTGACAGGTGGGCCTCTGGGTTTCCCATGCTCAAGGCAAGGGAAACTGTCTTACTTAACAGTGTGTGTCTAAAAAAATCTGGCTTTTTTGAGAGTGCAGTATTTAAAAAACAAAACTGTACTATCAATTTCTATAAAGTTGTTCGAGAATTTATATGGGTCCCAAATGTCCTTTCTGACTGAAGTCTGCAGTAAAAGCCACTGTCATAATAAGTACTAATTTGTTATTTGCCCTATTTTGCTTTCATTCTTTAAGAACATACAAGTGGGTGCTGAAGAAATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCGGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGATGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGCACTTACATATAATAAATAACTCTTAAAAAAAAAGAACAAGTAAGAGTTTCTCCATAAGCTGTCTGAATATGTCACAGCAGGTTGAGTATCAGAAGCAAATATGAAAATTCAACCATCTTATTCTGTTGAGCCAGATATTAGGTTTGCAAACAAATCACTTTTTTCACCTCACTGTATCTCTATCCCTGGTTTGTAAAAATTTTAAGCTTGAAAGGATATATTATTACTAAGATAAGTCATACCTATACAGAGATGTTCCAAACCTAGTTGTGACAAAACAATACAGATTATATAGATCAAGAAGTTGACATAGTATAGCAAGGCAATTTGTCTGTTTCTTGGTGAATCAACCTTCATGTGGGAGGTTTGAATGCCCTATTTCATCATGATGATAAGACTCTAACCTAGAATGAATGACCTGAGTAGTAGTGTTTGAAGACCAAGCAAGTTCTGCATGACCAAGCAGAGGGTATAAGACTTGGGACCTAACCTTGTGCCATTTCCACAGCACTGTTAATTGAAATAATTATGAACCCACCTCGAGTCAAGGGAAGGAACATAAACTCATTGTGAAAAGCACTGCAAAGAATTTGCAGCTGTATTTTAACAACTTTCAAAAGAAGTTTGATGAACTAAAATATTGTTTACATTGAGTTATTTACTATGTAAAGCAATAATTATTAAAACAATACTTGTTCATTCTGTCAACATTTTGTGCCATAACCTTGTTGTTACTAAAGTGAGTCTTTTCAGTCCATGGCCATTGCTTTATGACCCTCATTTCATGCTCCCTGCCTGGCTAAGAAATAATTCTTAGATCATCAATATTTACCTCTTTTTTTTTCAGTTCTTGATCTTCCTTCAAGATACTTTTCTTTTTCTTTCTCCATCTCCCCCCACCCCCAAACAGAGTTTCTCTGTATAGCCTTGGCTGTCCTTTAACTTGCTTAGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGAATAAACGTGTACACTGACATACCTGACAAGATACAGTTTCTTAATTTTCTTATAGTTTAAATATGGTATGCCGAGGTCTTAATTTTTGTCACTCATTTTGCTGCTACTGCTGCTTTGAGCTCCCAGACTCTCTGGTGTTGTATCTTGCTAATTTAAAAAATAAAATAAAATTCAGCTTTTATTAAATAAGACATTCTTCTGTTATTTTCTTATTTTTTCATTTGTTTAATGAAAGCAGGTTTTCACTCATAGTGTTCGCTATCTGGGATCTTTTGTGTTCCCATATAATTGAACATATCTTTTGTTCAGTTATTTTGAAGAATTATGTTGACATTTCTATAGTGATTGCATTGAAATTATAGATTGCCTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTTCAAGATAGGATTTCTCTGTATAGCCTTGGCTGTCCTGGAACTCATTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCTGAAACCCGCCTGCCTCTGTCTCCCAAGTACTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACTGCCCGGCTTTATAGGTTGCTTTTGATAGGATAGCCATTACCACAGTTATTACAATATTCTACCAATCCATGCATGACATGGGAGATCTTTCCATTATCTAATATCTTCAGTTTCTTTTAAGTTTTTATTATATAGGTCTTTGGCTTGCTTGGTTAGAGTTATCCCAAGATATTTTATTTTAGTTTTTGAGGCTGTTTTTCAAGGTACTGTTTCCCTGATTTTTTTTCTCAGTCTGTCATTTGTATATA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Seq C2 exon
ATAAAACACGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCCTTTCTATGCACTGCCCCTGGGTGTGGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027104-Atf2:NM_009715:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.130
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF138941=zf-C2H2_4=PU(34.6=56.2)
Main Skipping Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
ENSMUSP00000058521, ENSMUSP00000058521f2052A, ENSMUSP00000088311, ENSMUSP00000097586, ENSMUSP00000097586f2051A, ENSMUSP00000107636, ENSMUSP00000107638, ENSMUSP00000107641, ENSMUSP00000107647, ENSMUSP00000107648, ENSMUSP00000118357, ENSMUSP00000118560, ENSMUSP00000118719, ENSMUSP00000130822, ENSMUSP00000133632
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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No suggested primer sequences
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