MmuINT0024119 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000040054 | Baz2a
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2151152]
Coordinates
chr10:128096439-128109031:+
Coord C1 exon
chr10:128096439-128096523
Coord A exon
chr10:128096524-128108893
Coord C2 exon
chr10:128108894-128109031
Length
12370 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CCCCTTTCTCCGTCCTACAGAAA
3' ss Score
10.96
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATGGAGGCAAACGACCATTTTAACTTTACTGGCCTTCCTCCTGCACCAGCTGCCTCAGGACTGAAACCCTCTCCTTCCTCGGGGGAGGGCCTCTACACTAACGGGTCTCCCATGAACTTCCCCCAGCAAGGGAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000040054:ENSMUST00000218772:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.978
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types