MmuINT0027942 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000017412 | Cacnb4
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 4 subunit [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103301]
Coordinates
chr2:52333212-52414087:-
Coord C1 exon
chr2:52413789-52414087
Coord A exon
chr2:52333332-52413788
Coord C2 exon
chr2:52333212-52333331
Length
80457 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
CTTCTGCCTTCTCTCCCCAGGGG
3' ss Score
13.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGTCAGCAGATTCCTATACAAGCAGGCCATCGGACTCCGATGTCTCCTTGGAAGAGGACCGGGAAGCGATCCGGCAAGAGCGAGAACAGCAAGCAGCTATCCAGCTTGAGAGAGCGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000017412-Cacnb4:NM_146123:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.867
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PU(92.9=97.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: