DreINT0040181 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009738 | cacnb4a
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 4a subunit [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080320-2]
Coordinates
chr9:38278536-38301690:+
Coord C1 exon
chr9:38278536-38278676
Coord A exon
chr9:38278677-38301573
Coord C2 exon
chr9:38301574-38301690
Length
22897 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGT
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10.49
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6.02
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.744
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PU(92.7=97.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]