Special

MmuINT0027934 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 4 subunit [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103301]
Coordinates
chr2:52477692-52558560:-
Coord C1 exon
chr2:52558269-52558560
Coord A exon
chr2:52477812-52558268
Coord C2 exon
chr2:52477692-52477811
Length
80457 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
CTTCTGCCTTCTCTCCCCAGGGG
3' ss Score
13.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTTTATGCTCTGTATTGGAGAGGCAGATAAAATGCCAGGTCTGCATGTCTCTGGGGATAACCTCGCCCTGTATGATGTGAACGAATAACATCTTGCCTGGTAAATCCACAGGAATTGATAAGGCAGCGCAGCTCTTCCAAAGAGGCCTTTTATTATTATTATTTTTTCTTTTAAGCTCTAGCTGTGGTTTCTGCAGCAATTTTGTTTTTGCCTTAAAAGAGGTGCTGTGGATTATTACACCTCCATGTATGACAATTTGTACCTGCATGGAGTTGAAGACTCGGAGGCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGTCAGCAGATTCCTATACAAGCAGGCCATCGGACTCCGATGTCTCCTTGGAAGAGGACCGGGAAGCGATCCGGCAAGAGCGAGAACAGCAAGCAGCTATCCAGCTTGAGAGAGCGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000017412:ENSMUST00000102760:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.870
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PU(92.9=97.5)


Main Inclusion Isoform:
ENSMUST00000102761fB6910


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types