MmuINT0044844 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000042248 | Cyp2c37
Description
cytochrome P450, family 2. subfamily c, polypeptide 37 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1306806]
Coordinates
chr19:40076311-40084446:+
Coord C1 exon
chr19:40076311-40076498
Coord A exon
chr19:40076499-40084304
Coord C2 exon
chr19:40084305-40084446
Length
7806 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TCTGTTGTGTGTTGTTCCAGGGA
3' ss Score
9.98
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAAGTCCAGGAAGAAATTGAGCATGTGATCGGCAAGCACCGAAGCCCATGCATGCAGGACAGGAGCCGCATGCCCTATACTGATGCCATGATTCATGAGGTCCAGAGATTCATTGACCTCATCCCCAACAGCCTTCCCCATGAAGTGACCAGTGACATTAAATTCAGGAACTACTTCATCCCCAAG
Seq A exon
GTAAGCTTATGTTTTTGCATCTCTATGCTTTTGATGCTCCTAGGTTCACAATGTGACTCCAATCCACAGAGTCATATAGTGCTATGAGTGCCTTATGCTGATTCATGGATGGGATAGCAGCTCTACAGGAAGCAGGGTCATAGCAGTGTTGCTTCCACATTTGCTCTTCTTTCCAAATATTTTAGTAAACCTTGGGTGCTTACATTTCCATGTTTATGTCCCAACTTTTTCTCGATTTTTCCAAAAACTCCTCTGGACATTGTTAGAATTATTAAAATATTAACAATTAATTACAAAGAGTTTATATCCTGAATTCTTCAATTCATCCCTACGTTTTTGTCATTCCTTTATTTGGACTGTTTATTTTTTGGTGTAATACTTTCTTTTCAGTGATGTAGCTTATTTTCTTACACTTTTATTGAAATATCTTCTCGGACTTTTACTGAATAGTTAATGCTCTCTTACTATAATTTTTCTAATGTCTTTGAATTTTTAAATGGTTTGTAGAAACAATTTATTTCATTATTTTATTTTTTCTTTCTTTAACTACCATTACAATATTAACTAATTCTTCTATTCATTTATCTGTAAGAGTATGTGAAATTTCAAAGTGTTTTCTGAGTTAATATTTCTATGTATTTTTCATATTCTTCTTAATTTCTGCTTATGTTACTATTGCAGCAGTCAATAAATTACAGATAATACTTAACAGAGCTGCTTTTTAATTTCTACACTCATTGAAATCCAATGATGATGATAAATAATTGAATAGAAAGATGTAAAATAACTCAAATTAATAACTCAAGCTATTGATTCATTTAACCCTCCCAGAAAACAGCTGATGTAGATATAAATGCTATAAGATAGAAATGATTGAATGAAGAGGTTCAACTAATCTAACGGCAAACCAGTTTTATTTCTGATCAACAAGCAGTATAACTTGAAGGTTCAAGACTATAGTCACGATTGATGTCTTAAGATTTTTAGTTGTTATCAGAATAAGACTATAATCTCTTCCTTTGACATGAATTTTAGTTATACAAGTGTGGACATTCTTTCCAAGTTTACTTTCTGCACCCATAGTTACAATCAATGTATTGACTAATGTTTTATCTCTAAGTATAACTACTGTAAGCAAATGAATTCATTTGAATTTGATCTAACATCTTCTTCCTTGCGATGTCATTAATGTAGAACTCTGCCCCTGATCTAGAATTGGATATGACTGAAAAATATTATATATATACTTCATAAAATAAAATGTATATATGTCAGATTAATTATGAGAGAGTCTACTAAGTTTAGAATAATAACCTTTTGACTAGCATCTTCAGGTACTCTCAAATTCATACCTACATAGACAGATATTTTAGTTAACAATATAAAGGCTTTCTATTTTATTATTTTAAAATAATATATGTAAAGATTCTATTTTGTGGGGAACATTAATACGAATAATTACAAATTTCATTCTATGGCAAAAGTTGAATTGACTTTACAAAGTGGTAATGGGTCATACCCTATGATCAGACTTGGTGGAATGTTCGTTCTTTTGTTTTGGACAAAGCACATACCTGGGATAATATTTTGCTTTTCAGTAGTGAAGTTTATGCTATTATAATGTTTATGCCTTTACACCTAACTAAATGCTAAATAGGCTAAAGATTATGACAGGAGTGACCTATCTCCCTGATCCCCTCCTTGGGTTTACTGTCATATTTAGAGTGTTGCATCTGCTGAACTCAAACTCCTTCATGGCTTTGCTAGCTGTTCCTGATGTGACTGTTCTCTGTTGGGTGTGGTGAGCTAGAGCAATGCACTCTTTCCTATATAAAAATCCTGGTACAGAAATAAACATCCAGATGTAGCTGTGAACACAGGATTTTACAATAACAATGCTGTCACAAACATGTGACTCTCTTTGTGCACCTGGAGCCAAAGATCTCAGTAGAGATAGCAGGCTAAGATAAGAAACAATCAACTTTGCCTGCAGCATTCCCAATGCAATAAGGCATGAAAATGCTGCTAGTTCTTTGAGTTCTGTCATTGTAGGAGAGAGCAGTCATTGATGCTCTGCAAACAAATGAGGGGGGCTGTAGACCATAGTTATGGAGTCTGAAATGTAATTTTCACAGGCTTTCCACACACCAAAAATAGTCTTTCATTTTTTTTTATTTAAAACACATTTAGTTAAGTTTTCATGCTCAGAGTCAGATGGAGAGAGACACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGCAGAGAGACAGAATGGAGAGAGAGCATTACAGCCTGTGAAAGCTTAATACAGAACATTCCCAACTGTGAGAAGTTTGAGGATTATGTGATATCAGTTTTATTATGTGAAGAGAATCTGCCAGCACCAGCTCAAACCATCTACATGCATCTTCAGAAGCTGTTTCTTTTTTAGCTGTAATTGCACTGAAAACATGACCATCACTACTTAATTTTATTTTATTTTCATTTTATTTTTACCTATTCACTTTATATCCACTGCTCACTGACTCCACTCTGGATCACTGCCTCCCACAATCCTTCCCCCATAACCCCTTCCCTTCTCCTCTGATCAGGTGCTGCTCCCCTACACACACAGCTGCCTGCCTAACTCCACCTTGGCACTTCTAAGAGATTAGGTACTTCCTCCCCAACTGAGGCCTGACAACACTGCCTACCTAGAACACCTCCCACATATGGAATCAGTGTTTTGTGATTACCCGTGCTGCAGTTGCTTGGTACCCACATGAAGACCAGGCTGCACATTTGCTAAATATGTGCACGGAGGTCTAGGTCAGCTTGGAGTATATTGTTTGGTTGGTGGTTTAGATTCTGAGAGCCCTGCAGGTCCAGGTTAGTTGACACTGTTGGTCTTCCTGTGGAGTTTCTGCCCTCTCGGATTCCTGCAATCCTTCCTCCTATTCTTCCATAAGAGTCCCTAAGATCCATCCACCATTTGGCTGTGGGCGTCTGTATCTGTCTGAGTCCACTGCTAGGTATAGCCTATCAGAGGACAACATGCTCCTCTCTGGAAGCATAAGAGATTATTATTAATAATGTTAGGGATTGGTCCTTGCTTGTGGCATTGGTCTCTAGTTGGGCTGCTTATTGGATGGCCATTCCTTCATTCTCTGTTCTACCCCAAGTGCCTGCATTTCTTGTAGACAAGACAGATTTTGGGTTGAACATTTTGAGGGCAGGTTGGTGTCTCTATTGCTCCACTCGGGTTCCTGACTGACTATAGGACATGGCCCCTTCAGGTTCCATATCCCAAGTATAGTGAGTCACAGCTAAGGTCACCTCCGTTGTTTCTTGGACTTCTTCTGTATCTTTGTTCTCTATATCATCCTGGAGATTCCCCTCACCTCCTTACCCCATCAATTGCAGATTTCCATTCATTTTCATGGCCATTTAGCCATCACTCCTGTCATTCCCCACACCTAATCCTGAAACCCTCATTCTCCTCCCAGTACCCTCTTCCTAACAATTCCCTCCCTCCATCTGTTTCCTATGACTATTTTATTCCCCCTTCTAAGTGAGATTCAAACTTCCTTGCTTAGGCCTCAATTCTTGTTTAGCTTCTTTGGCTCTGTGGAGTGTAGCATGGTACCTGTACTTTATGGCTGATTTATAAGTGAATACATGCCATGCATGTCCTTTTGGGACTGAGTTACAGATTAGTGCTTGCCCACGGGATGGATCCCCAGTTGGACTGGTCACTGGATGGACTTTTCTTCAGTCTCTGCTCCATTTTTTGTCCCTACATTTCGATTAGAAAGGAACAATTCTGAGTCAAAATTTTTTCCAATGTGAAATGAGAAAATTTATTGACAATTTTTTAAACTTTTTTATAGATTTTATAGATTTAAACATTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGCCCTCTATAGCCTCCCCCACTCTGCTCCCCAACACACCCACTCCCACTTCCTGGCCCTGGCATTTCCCCTGTACTGGGGCATATGATCTTCGCAATACCAAGGGCCTCATTCCCATTGATGGCTTAATAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAACTAGAGACACAGCTCTGGGGGATACTGGTTAGTTCATATCGTTGTTCCTCCTATAGGGATACAGACCCCTTTAGATCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTTCATTAGGGACCCTGTGTTTAAATATGCATTGGTGAGCCAGTCCCTTCACTGGTTGTCTTGTCTATCTACTGAAGGTGGTCTCTCTAAGTTCTATCTCCTCACACTTGGACATATCATCTATGGACATCCCTGGAACTGAATCCAGGAGGCCTCTCACATCCCATGTCTCTGGGACTTTCTAGAGGACCCCATCCTCCATGCCCAATCCCACTCTGCTGCATATTTCTACTCATTCTCCTGGCCCTTGAGGCCTCTATCCTCTCTCCCCATACCTGATCATGCACTCCTTCCCCATCTTCTTCACCGCTCACAGCCACATCCTTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTACCTTCCATGATTATTCTGTTTCCCCTTCTAAGTGGAATTGTTCACACTTGAGCCTTCCTTCCTGTTAAAACTTCATATGGTCTATGAGTTATATCATGGATATTCTGAAATGTTTGGCTTATATCCACTTATCAATGATTATATACCGTACATGTCCTTTTGGGTCTGGGAAACCTCACTCAGGATCATACTTTTTAATTCCATCCATCTGCCCACAAAATTCATGATGACCTTGTTTTTAATAGCAGATCAGTATTCTATTGTGTAAATGTACCACATTTCCTGTATCCATTCTTAAGTTGAGGGATATCTAGGTTGTTTCCAGTTTCTTAATCACTCTTAATTTATTTTGTTTTATTTTATTTAACTTATCCTTATTTTCTGTCTTTCCTCCTTCCTATCCTCTTCCATCCTACAAATAGTCCCACGTATTTGTATTTATTCAAATATATAGATTCCATAAAAGGTAGACTCTTCTCTTTATCACATGATTATCTTTGTATATATGAATTTCCTAAAGGAACAAGAACAAGTGATATTTGTCCTTCTAAATGTTGTATACTTTGCTTAAGTAATCTTTTTTTTTTAATAACCACACAAAACATGGTATTCCATTTGAAACCATTATCTATGTGACTTGTGAAGACCACATAATGTACTCGAGATGCAGGTAGTGAGAATTTCATGCCCAAACCTGAGGCTAAGTGGAACAGAATCAGCAGTATTGGTCCCAAAATCCAAAGTTGTGACTTTAAATGTCACTGATGGCATGTTAGCCACATCGCTGGGACTGATCTCAGATTCCACCTTGCTTCTAACCTGCTCTGTGTTTTGAAATACCACTGGTCTCATTTATATTAACCCCTTCTTTTTATGCATCTTTAAGTCTACTCCACTTATCAACCTGCTTATTTCTGTACCAATACCATGCCGTTTTTATCACTATTGCTCTGTACTACATATTGAGGTCAGGAATGATGATTCCTACAGAGGTTCTTTTATTGTTCAGAATTGTTTTGGCTACCCTGGATTTTGTTTCCATATAAAGTTGAGAATTGCTCTTTAAATTTTTCAACACAAAATTGTATTGGAATTTTGATGGGAATTGCAATAAATCTGTAGACTGCTTTTGGTAAGATGTCTATTTTCACTATGTTAATCCTACAGATTTATAAGCATGGGAAATGTTTACACCTTCTGAGGTGCTCTTTGATTTCTTTCGTCAGTGACTTGAAGTTCTTGTCTTAGAGGTCTATCACTAGCTTGGTTAGAGTTACACCAAGATATTTTATATTATTTGTGGCTATTGTGAAGTGTGTTGTTTCACTAATTTATTTCTCAACCCAATTATCATTTGTATAAAGAAGGTTCACTGAATCCTTTGAGTTAATTTTATATACAGACACGTTGCTGAAGTTGTTCAACACCTATAGGAGTTCTCTGGTAGAATTTACATATACCATCATATCATCTGCAAATAGTGATGCCATGAGTTCTTCTTTTCTAATTTGTATCCCTTTGATTTCCTTTTGTTGTTTATTGCTCTAGCTAAAAATTTCAAGCACTATATTGAATAGACAGGGAGAGAGCAGGCAGCCTTGTCTTGATCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTGACTATTGGCTTGCTGTATATTGCTTTCAACAGTTAACATAATAAACATAATTTAGGTATATACACTGAATTCCTGATCTTCCCAAGACATCTAGCATAAATGGTCAGTGGATTCTGTCGAAAGCTTTCTTTTTCAGCATCTAATGTGATGATCATGTTTTTTTTTTCTTCAAGTTTGTTTATATAATGGATTGTGTAAAATAAAATCATGCCAGGAAGCTTGGAAGGTAGAACAGGTTGAGACCTGGAAGACTCGGTGGGCACAAACCTGAGACAGGGAACTCCTCATTCACTGACAGACTCCTAGCCTAGAACAGGTGCCATGTTACTCAATTAAAGAAACTTTCCTGTGGTCACATAGGCCCAAAAGAGAGTTCTCCTTGCTAATGAAGTACCTATAGGCCCTGAGGGCTTAGCCAATAAGCTTTCTTTCCCAGACATTCCTCCCTGCAAAAGGTATTTGATCTCAAATTAGACCCTGAGAAAGGGTTTATGCATCCAATTTATACCATGAACATCTAATATACTATATGGTTAAACATGGACTGTTGCTTAAATCAAGACCAATCATGAGGAACCAGAAGAAGGCCTTTCTCTACAGACCCGCAGTACATTCTCCTATATAGGATCCCTCTGCTCTTCCAGCATGCCTCCAATAAGCTAAGGACAATCACCCACCTCTGTGACAAATTGGAGCTCCCTTTCCCTCAGCCCCATGCTAGAGACTGTCCCCAGTCTAAGTCCCCAATCTCCATTATCAGCTCTTCTGTGACTCCCAAAAGGGTCTGGATATCCAAGAGTCTGAGAACCCAAAGTTCCACTCTCTTTGCAGGCCCAGGGACACCCAAACCATTTCTGGCTTTCCCACATCTCAAACTATGCTTTCCCAGCGTGCTTGTTTGGTGTCTTGGTGCTTCCCAGAAGTGGCATGGGATAAGCTCAGTCAAACTCACTGAATTCAGCCTCCCCAAGAAGCCAATCCCAGTGGCAGGGCAGATAAGGCCTACAACAGAATATATTGGTAGATTTCCATGTATTGAGCCATCCTTGAATTCATTGGATGAAGCCTACTTTATCATAGTGAATGATGGTTTTGATATGTTAATGGATTCCTTTTGCTAGTATTTAATTGAGTATTTTTACATCAATGTTCAGAAGAGAAATTGGTATGAAGTTCCCTTTCTTTGTTGAGCTTTTGTGTGGTTTAGGTATCAGGGTGATTGTGGTTTCATAAAATGAGTTTGGAAGCGTTCCTTCTGTTAATATTTTGAGGTGTAATTTGAGGAATACTCGTATACGCTCTTCTTTGAAAGTCTCCTAGAATTCTGAACTGAAACCATCTGGCCCTGGGCTATTTTGGGTTGGAGGTTTTAATGACTGCTACTCTTTCCTTAGGGGATATGAAATTGTTATGATAATTTACCTGATCTTGATTTGAATTTGGTACATGGTATCAATCTAGAAAATAATTCATTTCATTGAGATTTTTCAGTTTTTCTAAGTATAGGTATTTAAAGCAAGACCTGGCAATTTAAAAAAAATTAACTCCTTTTATGGAAGAGACAGCAAATTATTTTCCTAATATGTTTTAGCTCCATAATTTCTTTGTAATTGGTGTCTCTGTTGTGTGTTGTTCCAG
Seq C2 exon
GGAACAACTGTAATAACATCACTGTCATCAGTGCTGCATGACAGCACGGAGTTCCCCAACCCAGAGAAATTTGACCCTGGCCACTTTCTAGATGAGAATGGAAAGTTTAAGAAAAGTGACTACTTCATTCCCTTCTCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000042248-Cyp2c37:NM_010001:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(13.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: