MmuINT0045056 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028571 | Cyp2j13
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily j, polypeptide 13 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2385197]
Coordinates
chr4:96058984-96068347:-
Coord C1 exon
chr4:96068184-96068347
Coord A exon
chr4:96059126-96068183
Coord C2 exon
chr4:96058984-96059125
Length
9058 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTAAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
ACATACACTATCTTTTCCAGTAC
3' ss Score
6.24
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGCCTTTTGATCCTCACTTCAAGATCTACAGTGCAGTTTCCAATATCATTTGCTCCATCACCTTTGGGGAACGGTTTGAGTACCATGACAGTCAGTTTCAGGAGCTGCTGCAGTTACTGGATAAAGCCATGTACTTGGGTACCACCTCCCTAATGGTCCAT
Seq A exon
GTAAGCATTCTGGCTTCTTTTACAGAGAAAATTGTTCCTGGGCTTATTCAAGTACAGATAGGTTCTTTCTTTTTATTTCCAGGACCTTTTGAAACTAGTATATAATGTCTTCAAGTTGAGTTTGATATAAATTTGTCTCATCACAAATTTATCTGTTGATTTGGAAGTTTTACATAAGAAAACTTACTGTACAAAATGTTTCTAATATTTTAATGAAGTACCAAAATTAATGTGCTATCCATTAATGTCCAAATTCCACTTTTTCACTCATGCATACTCCAAGTAGTCTTCCTGGCTGCTCTTCTCTTTATATGCTCCTCCTTTTAGCCTTTTGTCATTGTTCATTAATTTTTCCTCAATGATTAGACATTTGGTTGTTTCTCAGTTAAGGTTGTTATTAATAGCACTGCTGTGAGCACTTTAAATGTTCTTGTGACCAAACTCACTCTTTTACTTGTATTTTTATTTAGAGTTAAAACATGTTAACATAAAAAAACTTGTTCCATCTTTTGATACATTTGCAGCTAGAGACAAGAGCTCTGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCTTTAGTTCCTTGGGTAATTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCGTGTGACCCATCCAATAGCTGACTGTGATCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGATATATCTGCTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGGATGGATCCCTGCATATGGCAATCACTGGATGGTCCATCCTTTCGTCACAGCTCCAAATTTTTTCTGTAACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTCCCATTTCTAAGAAGGGGCAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAATTTCATGTGTTTAGCAAATTGTATCTTATATCTTGGGTATCCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTACATATTGTGTGAGTTCCTTTGTGAATGTGTTACCTCACTCAGGATGATGCCCTTAAGGTCCATCCATTTGCCTAGGAATTTCATAAATTCATTCTTTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAAATGTACAACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAGGAGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTATTATAAATAAGGCTCCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTGGGACATCTTCTGGATATATGCCCAGGAGAGCTATTGTGGGATCCTCCAGTAGTACTATGTCCAATTTTCTGAGGAACCACCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAATGTTCCTCGTTCTCCACATCCTTGCCAACATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGATGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCCATTTGGTATTCCTCAGGTGAGAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATTTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCCCTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTTATTGATGGTGTCTTTTGCTTTGCAGAAGCTTTGCAATTTTATGAGGTCTCATTTATCAATTCTCTATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGCTTTTCCCTATCACTGCAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACTCCAGGGCCTAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGATTGGGGAGGGGTGTGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGAAAATATAAACGAGGAAAATACCTAATTAAAAAAAAGGAGGGGGGAACTTGTTCCACTATTTATATGCCCATTCCTTAAAACTATCAAAATGGTAATACCATAATGTAACCCTTTGGGGTTCAATCTTTGCTCCTATACTGGTACACTATATGTTCCTGTGTTTATCCATATATAAATGTTCCTCTTAGAATTGCCTTAGCTGTCTCTCAAATGGTTTGGTAGACTGAGCTTTCATCATTATTTCATTCTAGAAGCTTGGCATCTTCTCCCCGCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCAAATTTATTTATTAATTTTATTTATATGAGTACACCACCATTGCTTTCTTCAGACATACCAGAAGAGGGCATCAGACCCCATTACAGATGGTTGTTAGCCATTATGTGGTTGCTGGGGGTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCCGTGCTTTTAACTGCTGAGCCATCTCTTCAGCCCCCTCTCTCTTTTTTAATGTCCCATTTCTATTCAAGATTCTATTTGTCACTCTCTGTGTATTTGTTTAGCTTCTGTAGTATTTCTTGAGATTGGATTTCAGTTTTATTACACTATGGTCTATTTGGATATAATAGACTATTTTATTCTTTTGGATTTGGTAAGACATGGGTCTTTTTATTTTACAGAAAGTCCCATGTGCTACTAAGAACAAAGAATTTGCTGTTTCATTTGGATGGAAAACTTTCCAGACATCGATTAAGTTCATTTGATCTATGGTGCAGTTTAGCTCTGAGTTTCTTCTCAGTTAGTACACTTCCTCTGCTTGGTTTATACAGGATAACCTATGCAGGCTTGGGGATGTAGTGCTAACATCACTCATAGTTATTATATGAGGATCTGTCTGAACTTCATGTTCATTCTTGTTTCTTTTATAAAACCCACAGCCTCAAATTTTGTTGCATACATATTTACAATTTTTCTAATTGAAAAGATGTTTCTTTTCTGAATATGTAGTGGCCTTCTTTAAAGAATATATAACACTCTTGTATCTTCTTCAGTGCTCTCTTGGTGGTCATCACTTGACTTAGTATGTATTTTTTTTTTTGGTGTGTCCATTATTCCTCATGAGTTTTAAAACAAACCTTTGTGGAATGTGCAACACGTGATCGGTAGTTACTTACTTTCTCACACTGAAATATACCATCCCCAGCTTTCCAGGCTCTGAAGGCTGCTAATTTGGAACCTGATGTTAGTCTCCTATTTCAGTCTTTGTATGTCCATCAGAATATTTCTACTAGAACATAAATTTTAAATTTTCACTATGTGTCTGTGGGTTTCAGCACATGTATGTACATGATAGTAAGTGTGAAGTCAAAAGACACCTTTGAGAATCAATACTATTCTTTTGTTGTGGGATCCAGTGCTTAAACTTGGGTTCTCAGACTTGTGGTAGCAAACACCTTTATCTGAAGAGCTATCTCCTGAGATGGACCCTTTAAATCCTTAAATATTGCTGTTTTCCTTCACAATTTTTGTTGACCATGGAGATCTTCTTATCTGGTCATGTTTATTTGGGGATCTAAATGCCCCTTATACTTGAGTGTCCTTTTGTTTCTTTGACTTGAGGAAACTTTTTGCTATAATTTCACTGAATTTTCCATCCATCCCTTTCCCTTTCAGCTCAGCTTGTGAAATAAAATCATGAATATTTCTGGGCATAGTCTCTTGATCATATCACAGTTCTTACCTTAGTCACTATTCACATTTTTCATTACACTGTTGGAATGTAGGGTTGCCACAGCAGTGATCTCCCTTCTCGATCTTCTCTTGGGTGGAGACTGTTCCGGGGTTTTCTATTGTGGCTTTGGGGATTTGTTTGTTTGTTCATTTATTTATTTATTTTGTATCATTTTCTTTATTTTAGATTCAAGTTCTTTTTCAGATCTTTTTGTTGGGTATTTTATTTATTTACATTTCGAATGTTATCCCCTTTCCAGTTTTCCCTACACAAACATCCTATCCTTTCTCCCCTACCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCCCCCACACCCACCCACCCACTCCCACCTCACTGCCCTAGCACTCCCCTATGCTGGGGCATGGAGCCGCCACAGAACCAAAGGCCTCCCCTGCCATTGATGCCAGATAAGGCAATCCTCTGCTACATATGTAGCTGGGGCCATGGGTCCCTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCTCTGGGAGCTTGGGGAGGGGGGGTGTCTAGTTGGTCTTTATTGTTGTTCGTCCTATGGGGTTGCAAACCCCTTCAGATCCTTCAGTCCTTCCCCTAGCTCTTCCATTGGGGACCAGTGCTCAGTCTGATTGTTGGCTGTGAGCATCCGCATCTATATTGGTAAGACTCTGGCAGAGCCTCTCAAGAGACAGCTATATCAGGCTCCTGTGAGCAAGTGCTTCTTGGCATCAGCAATAGTGTCTGGGTTTGGTATCTGCAGATGGGATGGATCCCTAAGTGAGGCAGTCTCTAGATGGCCTTTCCTCGAGTTTCTGCTTCACTCTGTCCCTGCATTTCTGTTAGACAGGAGCAATTCTGGGTTAATATTTTTGAGATGGGTGTGTAGCCCTATCCCTCAACCAGGGGTCAGACCTAACCAATTGATATGGTCGCTACAGGTTCTCTCTCTCCTTTGGGGGGTATTTCACCTAATGTCATCCCTGTTGGATCCTAGGAACCTCTTGGATCCCTGGCATCTGGTACTTTCTTGTGGCTACCCCTGGTTCCCTTCTCCTGTCTCCTTCCACAGCTGATCCCGCTCCTCTTTTTCCCTCCCACTCCTCTCCCCCTCCCATGTCCCTCCCTCTACCTCCCATGATTATTTCGTTCCCCTTCAAATTTTAAATTCACAACATCTCTGTTTGTGGTTTTTTTTTTTTTTAATAAATAAAATCTCAATTTCCTTGCTGTATTTTCACCCATTCTGTACATTTTTCATTCTGATTGCTACATCTCTCTTCCTTTTGCTTGTTGCTTCCATGCTGCTGACTTTCACCTCTGGAGCCTATACTGGACTCCACTGCCTGTTTCTGCCCCCTTCCTGCCTCTGATCATTTTGATCAGAAAACGCATGGACACTTCACCCAACAGTTAAAGTGTTTCCGGGTGTTTGAATTGACTGATGATTTCAGAGGTGCTGTGTCCTGATGTTTTCCCTTTTCTTTCTTTCTTATTATTTATTTATTTTTCATTTGTACATCTGATGGTTGGGGTATGTCTTCTGAATTCTTTGAAATGATCATTTTTTTATTGAGAAGCCTGCTCATGAAGGCTAGTGTCACTTTGTGAGTGGAAACAAACTGCTCTAGCAGTCATATTAAACTCTACAGATATAAAAATACACATACAAATCAATGATATTTCACTAACATGTAACTGTTGAACTGATAATCTGCTTTACAATTCTCTGCTGGCCAAACTGAGCTTTGGATGTGATTAGGGCAAGACTTCCTAGATCATGTCACCTGGCGCCACTCTCAAGTGGGGGTGTATCCCAAGTGTGTTGAGAGTGAGGGAGGCAATCTGCCTTCACACATTCAAGACCCTCTGAGTACTGAACACTACTCTGTTGGAATGGCCCTCTAGGTCATGTACATCTCAGGCATGCCAGAGTTTCTGAGTTTTATAGTAACAAACAACATAAAGCTAGTACCATGATTTCACCCAGCCCATGGCCTCAGACTCAGAGCTATCAAACTCCATGGTAAGTTTACGTTGATCAGGTCAAGTTGTAGCCACTGCATGTGGAGCTATCCCAGCCTCATCCCACTTTCTGCCACCATCAGCCTTTGGCCCTTCAGTGGCTTTGATGACACTTAGGGTCAAAATTGGTACAATTACTGAATGCTGAACTGAACTGACAAAGATATAGTGTGTTTCCTAAGTGGGAAGCCGTTGTACCAGTGAGAAGTGGTCAGAGGTCAGTATGTTCTGCATGGGAGGGTTGAAATGCCTGACAGTGGGCATTTCAGCAGGCTAGGTGTTCCCACAGTTCCACTGTAGAAGATGCAGAGGCAAAGTCAAGACTGTCTTGAAACATAGAAAGTGAGTTTATGATTGCCTTCTTCTCCCTAATTAGCTCTACAACATCTTCCCATGGATAACAAAACATCTCCCAGGACAACACCAAACATTGTTGGCTACCTGGAGAAAACTGAAATCATATATTGCTGATATAATTGACAATCACCGCAAAGACTGGAACCCTGATGAGCCAAGAGACTTCATTGATGCTTTTCTCAATGAAATGGCAAAGGTGGGAAGATGTAACCTGTGTCTTTTTACAGAAAGGGTGATGTAAAGTAGCTACCTATTGATCCAGGAGCAGGCAAGCATAATGGCTGGATTTTACCATACCACACATTTATTCATTCTCTCATATTTCTATACAGTCCCTATCATCCTGTCTGCCAGGCAAGCTACTTCGAAAGACAATAGAAACTTCGTTGCCTTGTGTCTCTCATCTCCTAAGGGACATTGGTGTTTGTTCCTGAAGCTCATTTGTTCTAAATTCAATGCCAAGATTGCAACATCTCTTTGCTTTCTGATCCCTTTACATCTTATTTCTCTGGTACTATCCCTATTATAAGGATAACCTTTCCCCCTGAAATTAATCATATCTATAGGTAAACAGGCAACCTGCAAATTCCCTCTTTTTTCTTTTTCCCATATCTGAAGTAGACGCACACAAAATAAAAGCAGCAGTTAAATTTCAGGACTTTATTCTGTTATGGGTTGATCTAACTACCTTCCCCAATCTGAACCTCCAGACAAACTTCAGCTAAGTAAGTGGTAGAGTTTGACTTTTATATCTAGGTGAGCAACCTACCAATCTGTGGTCTCCATATCATCACTAGTCAATAACAGACAAAGCCAAGAAGACACTGAATGGAGATATTAGTTAAGTTTATATCCCTGTGACAACAACACATGGTAGCAAAATAAATAAATCAGAATGTACTCTGGCTGGGTTTCAGAAGATTTTCATCTTACGTGGCAAATGGCAAAGGAGCTAAGCTCCTGGGCAGAAGGGTGTGGGGCAGGCTTTCACGGCACAGTTGATCAGGAAGCAGAAACAAGAAGGCACCATGGGTTTGGTATAACTGTCAGTTACCCTCCTTCCTCATGGGCACCTTCATGCTGGTTCCTTCAGCAAGACATTATATTCCTATTCCCAAGAACTTTCCCAAAACTATCAGTGCAAGGAACCAAATATTTAACACGTGAGCCTGTGAAGGAACATCTTGAATTGTAGACATACTATAAAATGTAAACCCTAGACCCCAGTAGGATCCTGATGATATCACTGAATCTGTCATAGGAGTTACAACTCACTGGATAATGGGCAAAGTGGTAAACATTTATTTATTTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTATACCTTCTTTGATATTTTATCTTCCTGGCATATCAGTAGAAGCCGTATTTTTTATTCTTTTTTATTAGATATTTTCTTTATATACATTTCAAACTTCAAATGCTATCCCTATACCCTCCCTCAGCCCTGCTCCCCTACCCACTCACTCCCGCTTCTTGGCGCTGGCAGTACCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAATACCAAGGGACCACCTCTTCCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGTTAGAGACATGAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCTTCAACTCCTTGGGTGTAGAAGCCATAGTTTATGCCAAGGGGAGAAGGCAAATCATTTACCACGTGAAGTGCGTGTATGAGACCATTAACATTGAGAGCACATTAATAAATGATGTTTCCAGAGGAAGTGATTAAAAGTAGGGACATTTTGTAAAGAACAATTGATGGAATCAGTAATGTTTTAACTTGGCAAGATGATGCAGATTGGAGAATAATTGAACAGAGAAATTTTATTTTAATCTTTCTCTTATAAAACCTGTTAAACATTGACTTTGAGCCTGTTGTATTCCCCAGAGATGATAATGGTGTGTTAAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATTCTTATCATATAAACTGACATATAGACATAGGCAAGGATACAAAGTGAGTGCCCTAGACCATACAGATACTTAGTGATATGACAGACACCGGAAGGCAAATAAGCTTTTTTATTACATTCTCTTCCCACTGTACAAAAACTTTTCCAAAAGTTCAGTAATAAGAATGGTTGCTTTGATTTTCATCTAGCCAACTGCCTCCAGGACCTCAGGATCAAAGGAGTCATCATTCTGAATGACTTAATCCAGCTCATTCCTCGGGGTGAGGACCAGTGTTCTGCGATGATCACCAACTCTCTAAATAAACAAACATACAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAGCCTTTTGTAGAAGGATTTGATGGTGTTTTGGATTTCTTCAGGATTTGTTGCCATATCCAGGAATCCATCCCATAATTAGCCTCCAAACGATGACACCATTGCATACACTAGCAAGCGTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCTGTGTCTTGTGAGACTAGGCCGGGGCCTAGCCAACACACAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGGAGCTAAAGAGATCTGCAACCCTATAGGTGCAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGCGCTCTTGACTCTAACTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACACACAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGTGGGAATGGGTGGGTAGGGAAGTGGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAATTGAGAAAAATACATAATAAAAAAAAGATTAAAAAAAAGCCAGTGTGTGGAAAAAAAATAAATAAAAATAAACAAACATACACTATCTTTTCCAG
Seq C2 exon
TACCCAGGCAAGACTACTACAAGTTTCAATGAAGAAAACCTTATCTGCAGCACTCTGGACCTCTTCCTTGCTGGAACAGAGACAACATCCTCAACACTACGATGGGCTCTGCTCTACATGGCCCTATACCCAGAAGTCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028571:ENSMUST00000107078:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(28.7=100),PF0006717=p450=PU(8.6=20.0)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=PD(0.5=2.1),PF0006717=p450=FE(36.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types