MmuINT0045082 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000081362 | Cyp2j7
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily j, polypeptide 7 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2449816]
Coordinates
chr4:96201989-96215429:-
Coord C1 exon
chr4:96215288-96215429
Coord A exon
chr4:96202177-96215287
Coord C2 exon
chr4:96201989-96202176
Length
13111 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
GGTCCCCTGTTTTCTTGCAGAAA
3' ss Score
10.33
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCCAGACAAAACTACTACAAGTTTCAATGAAGAAAACCTCATCTGCAGCTGTCTAGATCTCTTCATTGCTGGAACTGAGACATCATCCACAGCACTGCGCTGGGCACTGCTCTATATGACACTCAACCCGGAAGTGCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000081362:ENSMUST00000162514:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.127
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(13.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types