MmuINT0049642 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000048264 | Dip2c
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog C (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1920179]
Coordinates
chr13:9552520-9560008:+
Coord C1 exon
chr13:9552520-9552717
Coord A exon
chr13:9552718-9559916
Coord C2 exon
chr13:9559917-9560008
Length
7199 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAATC
5' ss Score
4.14
3' ss Seq
TTTATGCTTTATATCAACAGGCA
3' ss Score
8.29
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCAACAACCAGATCCAAACCAACCAAAGCCAGAGGGCGCCCAGATGCTGGCCACAAGAGGGGAGCAGTTGGGAGTCGTCACAAACTGGCCACCCTCTTTAGAAGCTGCACTACAACGATGGGGGACCATCTCCCCGAAGGCCCCCTGCCTGACCACCATGGACACAAATGGAAAGCCCCTGTACATCCTCACTTATG
Seq A exon
GTAATCTTATAATGCCACTCGTTCACTCTCCGACCTTTGCCTTCCCTGCACATACCGCTACTGAATGAGAGAAAACAATACACATCTTCTGGGTGGCTCATTTATATCTGTGTTGCCTTGTTTGTTTCTGGTTTAAAAGCAGATGGAAATTTAAAGACACTTTCCATTAAAAAATTGTGTTGATAGAGGAATTACTAATTTTCTATTTTTAAACTTAAAACCAAACTTAAAACCAGAAATGGTTTTAAGTTTAAAATATATAAAGCTGTGATTGTAACTCTATGTCACTTGATCTTGTTTTTTTAAATGAATACTTTTTTAACGATATTTTATTTAATTAGATTTTTTCTTCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCCCCCCACTCCCCTACCCACCCACTTCCACTTCTTGGCCCTGGTGTGCCCCAGTACTGGGACATATAAAGTTTGCAAGACCAATGGGCCTCTCTTCCCAATGATGGCCAACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACACGAGCTCTTGGAGTACTGGGTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCGTTGGGGGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCAGCATAGCCTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTGGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAGTTGATTATCGGATGGATCCCCGGGTGTGGCAGCCTCTAGATGGACCATCCTTTTGTCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTCCCAATTCTAAGAAGGGGCAAAGTGACCACACTTTGGTCTTTCTTCTTGAGTTTCATGTGTGTTGCAAATTGTATTTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTACATATCATGTGAGTTCTTTTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGAACACACCCTCCAGGTCCATCCATTTGCCTAGGAATTTTATAAATTCATTGTTTTTAATAGCTGAGTATTACTCCATTGTGTAAATGTACCATATTTTCTGTCATTTTATGCATTTTTGTTTCTATAAAAGTACCTATGGTATTGACTTGGGGGACGCCAGGGCCAAGACGTGGGAGTGAGTGGGTAGGGGAGCAGGGCAGGGGTGGGGGCGGCGCGTGGTGTATAGGGGACTTTCGGGATAGCATTTGAAATGTAAATGAAGTAAATACCTAATAAAAAATTGGAAAAAATGCATAAAATTAGTTAGAGCTGTGTGAACATCTATATCATTTGTATCTCTAGTATTGGAATAGGAAGAGTACAACAATAAAAGATACAGCATAACAGATTGTACAAAAGTAATGCTGACACTTTACATAGTAGGAAGCTAAAAGTCTGCTGAGTCTTGGGAGTCCAGAGGCTGCTGATTCTGGACCTGTGTTATTTTATGCCATTGTTTTTGCTCTGGTAGGGATTGAACTCAGGACTTTGTGCATGTCAGGCACACATGCTGCCAGTGAGCTAATTCCTCCTCCTAAACTTTGCATTCTAATCTCTAGTGCAGCAAAGAAAAACTCCTTTCTAGTTCTCAGAGAAAGAGCATTTCACTTTCTGCTTATGTTCTTTTTATTCTCTTGGCTTGTTATCAGTATCAAGGGTGACCATTCCTAATTGGTTCTATTCAGACCCACAGCGGTCTCTGAACAACCTTACAAACATATCCAAGATAATAGCTGACCAGATTGCTTGGTATTTCTTCTGCATTATGTGCTACCATCCTGCATCTAAGTGGACTAACCCCATCCCCAGACCTTGATCCTCATTCTGTCCCTCTGACAAAATCTACCTCTCCTCTCTCAGTGAGATCAGGGTTTGGCCCTTTGGGATTTCAGCATCTGAAATTTACTTTTAGAATTGTGACTTTTCAAGCTTGAGAGATTTTAATCTTTTATTGAGATTCATGGCATTTGTGATTGTGTCTGATTGGCATCTATCACTCAGAAACAATTGACATCTATCACTCAGAAACAATAAAATTTGGGTTCACAGGACAGAAAGCCAGATAAACAGGTTTCCCTTAGTTCTTCTCCCAGTATCCTTAACATAGACTAAACTCTTGCACATAGCCTGCTGTGTTAGAGGGGCCTTTCTATTAGATGCATCACCATGGAGAAAACAGATTACAGCTATTTTCATACTACTGGCTTCAGCTTCACAAAAATATTAAGCTTCATAGCTACAAGAACAAATGGCTCACTTCTGCATGGATGACATTAGAACGTGGTTTTTTTGTTTTTTTTAAACTTTGACTTTGTTTTTATATTACAAACACGTTGGATAATTTTGAGGAAAGAGCTTGAGTTTTAAATCAGTCATCAAGTTTAAAAGCCAGACGCTATGATAAGTAGGATTAGGCAGAGCCCAGCATTTGAAGAGTGGGGCCCCAGGGGCACCTGTGCATTTCAGGTACCAACATGGGGTTTGAGTTTAAGAGTATGTTAGGTTTGGAAGTATATATTTTACAGTCTCTATATTTGTGGCTACAATGAACACTTTAAAATAGAGAATATTATCTGTGATTTAGCATAAGCTTTGTTGTTGTTGTTTTAAAGTATGCTCTTAGAAAAAGGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTTTTGGGTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGATTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCTAGTGCTGGGACTAAAGGCGTGCACCACCATGCCCGGCTAGAAAAAGGTTTTATTCAATCAAAATGAGAAGACTTTTTCTGGGTGAACCTCATGCCTGTCCAAATTAATCGTGAAAACTAATTATGTGCTTCGAATTGCTGCTGCTCTACACCTAATGACCCCCACACTTACCTGTCTGGGAACACAGACTGGCTTTGTGTTTGTCCCAGAAGCTGTGTGCATGCTGGTGACCTGCAGTCTTTGACTAAGATATGTTAGGTTTGTGTTGTAAAATGCTGCCGTACTCTTGCTTGGAAAATAGAGTTGAGTAAAAATGAGGCCTATCATGTAGATAAAACTGGAGCCGCTCAGTGTGTTGACGATTTGTTGAGGAAAAGAGTGCTTGCTTCTTTGACCTTTTGCTAAGGTGATGATAAGCATCTGAATCATACCTGTACCCAAAATGTAACTTCTGCTTACAAGTCACCTACATTTTGCTGTATTGCTTTTTGCTGTATTTAATATTATTTGTTAGTCATATGCTATGGGCCAATCTTCATCTTTGCTTTTTAAGAAAATATTAGAAAGTAAGGTATTTTAAATGTAAGATATTTTAAAATCTAAGCTTGTTAGCTTATCAGTACATAATATAAAAGTGTTGGCTAACACAGTGAATACTATACATGAATATTATCTCTGTGGGAAACAAAAATAAATGAACCACAAATTGGTTGGTTATTTCTGAGAAAATACAGGGAGAACAAGGCTCATTGAATTTAAGTTCTAATGCCTGAGAAAACTGGTATAATTGACGGACTATAATATTTAAAGTCTTTAAGTTTTCCTTCAGCCCCCAAATTTAATTTTCTATTAAGTCCTGAGATAGCAGAATTCTCAGCTGAGAAATTTAGAACATCTACTAAGAAAAGTTATAAAGGATTTGATACTTCAAGTTGCAGTAGAAATTGGAAATATATGAAATAGGAATGCCATGATCTTAATTCTTGAAAATGTTCAATGCTACACAGTGATTCCGTTTTCACATCTCCATCTTCATCCACTTTCTCTTCTTTTGTTAGGATACCCAAAGCACATTTTTTTTTTAACCATATAAATGTTTCTGGTTTTCCTTTTATTTTAAAACATTTAATATCTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCTTGCACAAACACCATGACCAAGAAGCAAGTAGGGGAGGAAAGGGTTTATTTGGCTTACACTTCCATACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGCCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCTCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGCACCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGTTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCGGTACAATATCCATACATGCATGTGACTTATTTTGATCAAATCTATTTTCCATTCTTTACCTTTCAATTCTTACCCTATTTCTACCACCTCTTTCTACTCACAACTTAATGTGCTCATTTTTTCTCCCAGCACCCACTGAGTCCATTTAGTGCTGTCTGTATACACATGGCTGTAGGGCAATCTCCTGGATCATGGGTAGCCTTTCTGAATCCCTGAAGAAAACTGACTCTTCTGCCCCCAGCAACCATTAGTTGCCAATACCTCTTCAGGTAGGGGGTGAAAATTCGTGAGCTCCTCCCCATCCATTCTGAGTTACTTCAAGTTTGTCAGGGATTTAGCTGCCTGAGTTAGGAATGTATCAGACAACATTTCCATTCCAAGGAGAGAAAGTTGTTACTGGTAAGTCTCTCCAATCCTTGCTCCAGTTTTATGGGTGATGTGCTCTAATAAGACTGTATTACCCCTTCCATATCCATTTATGCCCTTTCTCTGCAGTTACACTGTCTGTACAGCAGCCTAGATGTCATTCAAATCCAAGAAAAGCTGAAGGAAGCAGTCTTTTCAGCCATTCTGGAAGTGCTTATTCTC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Seq C2 exon
GCAAACTATGGACACGAAGTATGAAGGTTGCTTACAACATTCTACATAAACTAGGTACAAAGCAAGAACCTATGGTACGGCCTGGAGACAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000048264-Dip2c:NM_001081426:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.343 A=NA C2=0.092
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(11.2=43.3)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=PU(1.4=85.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: