RnoINT0047802 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000015288 | Dip2c
Description
disco-interacting protein 2 homolog C [Source:RGD Symbol;Acc:1560155]
Coordinates
chr17:63694406-63701003:+
Coord C1 exon
chr17:63694406-63694603
Coord A exon
chr17:63694604-63700911
Coord C2 exon
chr17:63700912-63701003
Length
6308 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAATC
5' ss Score
4.8
3' ss Seq
TTTATGCTTTATATCAACAGGCA
3' ss Score
8.29
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCAACAACCAGATCCAAACCAACCAAAGCCAGAGGGCGCCCAGATGCTGGCCACAAGAGGGGAGCAGTTGGGAGTCGTCACAAACTGGCCACCCTCTTTAGAAGCTGCACTACAACGATGGGGGACCATCTCTCCGAAGGCTCCCTGCCTGACTACCATGGACACAAATGGCAAACCCCTGTACATCCTCACTTACG
Seq A exon
GTAATCCCATAATGCCACTTGGTTCACTCTTGGACCTCGGCCTTCCCTGCACAGACCCCTGTTGAAGGGGCCATACATCTTCTGTGGCTAATTATGTCTGTGTTGCCTTGCTTGTTTCTGGCTTAAAAGTAGATGAAAATTTAAAGAAATTTTTCATAAAAAATTGTATTGATAGAGGAGTTCTTACTTTATTTTTTAACTTAAAACCAGAAATGGATATATAAAGCTATGATTGTAACTCTGACACTTGATCTTGGTTTTCTCAAATGAATGCTTTCATTGGTAATCAGTACAAAGTATCTATCAAGCCTTTGGGCCTAGATTTGAGTCATAATTCCTCAGAATACCATTATGCTGTATTCCCAGATGCTAACTCAAAAGATGATGGAAACTCCTGAAGTCTAACATCCCAGAAGTTTTAAATTTCAAAAAATAGTTATGGAAAAACATTTAAAATTCTATAGATGACATTTTATGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTTTGAGACAGTCTCTCTATGCAGCCCTGGCTTCCTTATAACTTGCTATGTAGACCAGGATGGCCTGAACCTGTCAGAGATCCACTCACCTTCTGCTTCCCTGATGCCAGGATTAAAGGCATGCACCACACCTGGCTTTGCTTACATTTTTAAATAGAGATTTATAGTAGAAAGATAGGAAAATGTTGGCATTATAGTTCATGGGCCACTTTCTACAGTAAATATATATAAGAACAGAAACATTTTTTGCCAAGCTAAACACTCAGGTTTATTCATACAAGTCACGTAAACTTACAAGCAGATGGCTGCATTCATAAAGAGCTACGTCAGAAAGCAAAGGTCTGCATGTGTATCTCTAGCATTGGCAATTACACACATCCGGCTCTATGACCCGGTCCTCGGTACTGCCATGGTGGATAGCCCCAGCCTTCTGACAAGGTTGATCAAAGCCATTTGGGTCAGTGTTATGTTTATAGTCAGCAGAAAGCTAAGGTCTGGGGAATTTTTATCATAGAGGAGTACAAGTTTATAATGAGGACAATTACTGATTCCAGGAAATTTAATCACATTTACATATGCAAACAATAGGTACCTTTGCAGAGGCAAAAATGCATAAAATGAGTTAGAGCTGTCTGCACGGTGTGTCATTTGTATCCCATTACTGGAATAAGAGCAGCACAACAGTAAGAGATACAGCACACCAAATTATACAAAGTAATGCTGACGCTTCTAAACAGTAGGAAGCTAAAGTCTGCTGACTCTTGGGAGTCCAGAGGCTACCGATTCTGGACTTGTGTTTACTTTATGCCATTGTTTTGCTCTGGTAGGGGTTGAATTAGGATTGTGTGCATGTCAGGCTCACATACTTCCAGTGAGCTAATTCCTCCTCCCACACCTGGGATTCTAATCTCTGCTGTAGCAAAGAAAGACTTCTTTCTAGTTCCCGGAGAAAGAGCAGTTCACTTTCTGCCAAGTTCTTTCTGGTCTCCTAGCTGGGTAGTTGGTATCAGTTAGTATCAAGGGTTACCATCCCTAGTTGGTATCAGTTAGTATCAAGGGTTACCATCCCTAGTTGGTCTGTTCAGACCCACACTGATCTCTGGGCAACTTCACAGACATATCCAAGAAGATGTTTGACCAGATTTCTAGGTATTTCTTCTGCGTCATGTGCTGCTATCCTGCATCTAAGTGGACTAACCCATCCCAGACCTTGATCCTCAATCCGTCCCTCTGACAAAGTCTACCTCTACTCTCTCAGAGAGATCAGAATTTTGCCCTTTGGGATTTCAACATTGGAAATTTACTTTTAGAATTGTGACTTTTTAAACTCGAGAGATTTTAATCTTTTATTCAGATTCATGGCATTTATGATTGTGTTTGATTGGCTCCACTTGGACCTCTATCACTCAGAAACAATAAAATTTGGATATACAGTACAGAAAGCCAAACAAACAGATTTCCCTTAGCTCTTCTCACAGTCTCCTTAACCCAGACTAAACTTTTGCGCATACTGGCTGTACTCCAGGGAGGCCTTGCTTTTAGTTGTGTAACCATGGAGAAAACAGATTACAGCTATTTTCATAATACCGGCTTCAGCTTTACAAGGATTTAAGCTTCATAGCCACAAGAACAAATGGCTCGCTTTACTTCTGCGTCTACGACATTAGAAAGTGCTTTTCTCTTTTTTTTAAACTTTGGCTTAAACATGTTGGATAATTATGAGGAAAGAGCTTGAGTTTTAAATCAGTCATCAAGGTTAGGAGCCAGATACTCCGTAATAGAACCAGGGAGAGCCAAACACTTGGAGAGTTGGGCCCCGGGGCACTTGTGCATTTCAGGTACCAAAATGGGATTTGGGCTTGAGTATGTAGGTTTTGCAGTATATTTTTTACAATTTCTTTATATTTGTGGCTACATTGAGTGCTTTAAAATAGATAAAGAATATTATCTGTGATTTAGCATAAGGTTCGCTGGTTTTTTTTTTTTAAAGTATGCTCTTAGAAAAAGGTTTTATTCAGTTAAAAAGAGGAGACATTTCTGTGTGATCCTTATGCCTGTCCACATTAATCCCGAGTGCTGATTATGTTTGGGATTGCTGCAGCATTACAGCGATGGCTCCAACAGTTACCGGACTGGGAGGTAGGGACCCTAGCACCAGGCTTTGTGTTTGTCCCAGAAGTTGTGTGCATTCTGGTGGCCTGCATTCATTGACGAAGGTGTCTTAAGTTTGTGTTGTACAATGGTACAGTACTCTGGCTTGGGAAGTCAGAATTGAATAAAAATGACTTCTGAAGAAGCTTACCAATGGATTAAAACTGCCGCCCTTGTTTGTTGGTGACCAGTTGTCGAGGAAACCAGTGCTTGCCTCTTTGCCCTTTGGGTAAGGCTATGATAAGTTTGAGGTACAAGAAACAGAATTGCTTTGAGGGGTACATAGTTTTATGTATGCATCATACCTGTACCCAAAATGTTGTAACTTCTGCTGGTAAGTCACGTACATTTTACTGTATTTCTATTTGCTGTATTTAATATTATTTGTCAGTCATATGCTATGGGTCAATCTTCATTTTTGCTTGTTAAAAAATTTTAGAAAGTAAGATCTTTTAAATATAAGATATTTTAAATCTAAGCTCATACCTTATCAGTACATAATATAAAATTGTTAGCTGACACAATGAATACTATAGATGAATATTATCTCTGTGGGAACCAAAAACATGAACCACAAATTGCCTGGTTATTTCTTAGAAAATACAGGGAGAACAAGGCTCATTGAATTTAAGTTGTTCTAATGCCCGAAAAAAATGGTATAATTGAAGGACTCTAGTATTTAAAGTCTTCAAGCTTCCCTTCAGCCCCCAAATTTAATTTTCTATTAAGTCCTGAGGCAGCAGAATTCTCAGCTGAGAAACTTAGAATATGTAGTAGAAAATGCAGATAAAGTGCCATAATCCTAATTGTGGAGAGTAAGCAGGCTACACACTGTCCCTTCCTCCTCTCACCTGGTGATCCCTCCATCTTCACCTGTCTTTCCTTCTCCTGTTAGGATGCCATAAGCACACTTTTTTTCTACTATATAAATGTTTCTATTTTTCCTTTTATTTTAAAATATTTAATATCCATACATGCATGTAATGTATTTTTCAAATCTATTTTCCAGTCTTTGCCTTTCAATTCTTTCTCTATCTCCACCACCCCTTCTTACTCAGAACTTTTAATGTGCTCGTTTCTTCCTCCCAGCACCCACTGAGTCAGTTTACTTAGTGCTATGTGTATATGCATGGCTGTAGGACCATCTACTGGAGCATGGGTAGCGTCTGAATCCTTGAAGGAAATGGACTCTTCTGTTCCAGTTAGTTGCCAGTAGCTCCTCAGAAAAGGGTGAGCTCCTGATCCATTCTGAGTTACTTCAAGTGTGTCAGAGTTAGCTGCCGGAGTGAGGAATGTACCAGATAGCCTTTCCACTTACCCCTTCCATATTCATTCGTGCCCTTTCTCTGCAGTTACCATCTCAGTAAGTAGCTTAGACGTCATTCAAATCCAAGTGAAGCTGAAGAAACCAGTCTTTGTCAGCCACTCTAAGAAGTGCTTATTCCCCTTTGATTTATACTGGCACTTGACTTACTCCTTTTCTCTGAAAACTACAAGATGTAAAAATTCTAAGTATATTTCAAGAATTTTTGCTCAAAGTGTGATTCTGTAGTTTTGCGAGACTCTATGTAAAACTAGATAGTGTGGGAGTATATAATGACATCAACCCCCCACTGTCCTAGCCGAAAATGAAGTTAAAGCATTAGCAAACTGTAATAGTTTTAATTGATTGGTTTGTTTATAACACATTGCTTTTCATTTTATTCAGTGACAACAAAATGTAATTATTCAGCTAGAATAGTTTCCCAGTTTTGTTCACAGTAAGAAAGGTTTAAAGGCTTAAATTATTTATGGTGGAAAAACATTGCTCCTGTATTGTTTCTCACAAACTGATGACCACTGATAGAGAAGTGAACTCCCCAAGTGAGATATCAAATGACTTTAAGGATCTGTGGGGTTGAGATGAGGAAGAGAGCACGAATGAAATCTTAATATCGAGTAATGAAATACTGACGAGTTACATTAAGCTGCATACCATGACTGTGGACTTAATTGGTTCTTGCCTGTGACATTAGTGAACTCTCCCAAAAGTGTTTAGCATATACTGAGAATCAAGAATTGTCCTGAGATTAGAGCAGTGAAAGATAAAACACTCTCCTAGCTTGCTATCCACAAAGGGGGCAGACAAGTAGATGGATGGAGAATAGCAACAATATTAATTCAGGTAGCTCCAGTTCTGACAGGAAATAAAACAAATTCAGGTTTTTTGTTTTGTTTTCAAATTCAGTTAATTTTTTTAAGTAAAAACTGTGTTATAAACCAAGGGAATTTCTGTTCACCTGAAGAAAATTAGACATGGACTATATTGAGACACAGTTA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Seq C2 exon
GCAAACTATGGACAAGAAGTATGAAGGTTGCTTACAACATTCTACATAAATTAGGTACAAAGCAAGAACCTATGGTACGGCCTGGAGACAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000015288:ENSRNOT00000020634:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.343 A=NA C2=0.097
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(6.1=43.3)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(6.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]