MmuINT0050932 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022262 | Dnahc5
Description
dynein, axonemal, heavy chain 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107718]
Coordinates
chr15:28280332-28295415:+
Coord C1 exon
chr15:28280332-28280466
Coord A exon
chr15:28280467-28295292
Coord C2 exon
chr15:28295293-28295415
Length
14826 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
TTGGTGTTCTTGCTTAACAGAGG
3' ss Score
7.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTGCTGTTAATTGGTGAGCAAGGGACAGCCAAAACAGTCATCATCAAAGGATTTATGTCAAAATTTGACCCTGAAAGTCACATGGTGAAGAATCTGAACTTTTCTTCGGCGACCACCCCAGTGATGTTTCAG
Seq A exon
GTACTGCCTCTGATGTCACTCCTGGGAACAGGCCTGTGCCAGTTTCTGAGGCTCAAAGTGTTTCATGTGGACGGGCCGTGCAACCTTGTCAGGTTTTCATAATCATGACATCACATCAACAATGTCTTCTCTTGACTCTATCATTCAAATGTAATTAAGTCTCTTTTTCCTTAGGTCATACTAAATAGTCTTAAATGATGAAGAAATAAGAAAAATTCAGAGACTGGATAAGGAGTGTATGTAAGGTGCCTCAGGTCTCAGTGGTGTTTAAGATACTTGTGTGGAAATGTAGGACAGCATAGAAAAGCATTCCAACCTGAGGTGTAGACAGCCAGGTTCTGAGTTGGACACCGAAAACTCAGAATTGGCATGTAGGATTTTATGAAATTAAATATTTGTCTAGGAAAATAAGTTATAAGGTAGAGAGACAGCCTACAGAATGCAAGAAAGCGTCTGGCACCTACTCATCTGATGTAGAAACAACAGCTAGAATACTTAACTAAAAAAAAAAAAAAACAAACAAAAAACAGCCAACTAACAAACAAAAACACAGATAATCCAATGTTCTGGGAAAATATCCTGTTCAGATATTTGTCAAATAAAGAAATGCAAACATGAAGGAAACATGAAGGAGAAATGTTCAACGAATTTAGGAATTAACAAACTGCAAATCAAAACTAGACTGAGCTTCTATCTCACCTGCATAAAAATGGCTGTTATTAAGAAAACAAATGAAGACAAGTATTTGGGAGGATACGGGATCGTGAGGAACATTTATATACAGTTTGATGAGAATGTAGATTAGTGCTGCGACTACACAAGTCAGCAGGAAGGCCCCTCAAAGCATTGAAAGTGGAATTGTCATCTTATCCAGCTATGCCGGTTCTCGGAACACAGTGTGGGAGTCAGAGTGACTGGGTTATGCACACGTGCACACACACACACACACACACACACGCACACGCACACGCACACGCACACGCACACACTTGCTACATTTAGTGATGCACAACTTCTACCAGCCAAGTTACAGAATCAGCTGAGGTAGCTGTTAGCAGATAAAGCCTGGTATACATATGCAGTGGAGTTTTATTTAACCATAAAGGAAAACAAAAAAGATGGAGTTTATATCATTATGTTAAGTGGAGTAAGCCAGACTCAGAAGGATACACTCAGAAGCGACGTTGATCTTTTCTGTGGGTAGGGGAGACACTTAACTGCTGGTTATATCTGGACCATATGGAAGTTTTGCTTTAAATAGTTTGAGGAGCCACCTTGCTGATTCCCATAATGACTGAACCAATGTACATGCCCACGAGCAGCGGGAACCCCCGCCTCCTCGTTTAGGTGTAGTCTAGTGAGGGAACATTTGTGAGAATAACATGCTGACTCTTAGAGATGTGGAAGAAGAAAGGAGGTCAAGCAAAGGCAACAGACAGCATGACTACAGTAAAAAAAATGTACATACAGAAATGCCGTGGTAAAGTTACTTTCTTTGTATAATTAATTTAAAAAAAATCCTGAATTAGAAATAAAAGCATTTGAATATGCAGAAACATAGACTGAACTATCAGCATTCAGTTTACTGTACCAACTTTCACCTGCTCCGTAATATTTGCTTTTTCTGTGTCTATTATTTCTCATTCTTCGGTGATTTTAGAGTCATCTGTGATGAAGACTTTTTGAGTTCCCTTTTTGTTCCCTGTTTCCCTGTGTAAGCCACATCTCCCGGCTTCACTCCATAACATCAGCATGGAAGAGCCATGGCCTGTTCTTGATTCAAGTCTAATCTTCTTCTAGAAGAGGTTTTATCCCTTTCCCAAACTACTTCCTAAATTGCCACTTTGTCTTGTCTTTCACAGGTGGGGCATTCTCACATGACTTTCATGATACAGTGTAACAGGGTATAAAATCTTAGATTCTTACCAGATGAGACATAATGTGTTATATATTCTTGTACCACACCATGACAAAAAAAACACCTTCCATGTGGACTGCTTTAGTGGGTGAAACTTAAAGGACTGACCTGAGTCTGCAATGACAGATTCAGTTTCCTGTTAATGACGGTACAAAATTGTATCAAAATATTAAACTAGTGAGAAAAGTTTCCCTCAGTGTCCTCTATGCACAATTGTCAATTATTACTCTTATTGTTTACATTATGCATGTATACCTGTGCACATGTGTGGTGTGGTGTGGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAATGTGCACATGGTGATGGTGACTCAGGAGGTCAAGCATCAGACACCTTTGGAACTGGAGCTATAAGCACTTGTGAAACACTTGACACTCAGACTCGGGCCTTTGGAAAAGGCAGTATACAGTCAACCCTTGAGCCACATCTCTCCAGCCCCCTTATTTTTTGTGTGTGTGTTTTTTATTAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGTTCCCTGTACCCTCCCCGCACCCTGCTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGGTCCTGGCATTCCCCTGTACTAGGGCATATTAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCCCAATGATGGCTGACTTGGTCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACACGAGTTCTGGGGGTACCGGTTAGTTCAGGTTTCTCTGTAGAGCCCTGGCTGTCCTGAAACTCATTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACGACCATGCCCGGCTCAGCCCCCTTATTTTTTTAAAGAAAATATTTTAAAATTAAAATATTGCTACTTCTTTTCTTTCATAACATCCAAGTCCAACTCCTTTCAGGTTCCCTCCTTCCAAGTCCTCCCAAGAGACCCCTTCTCAGGCTGACAGTCTCTTTCTTTGCTTATTATGGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGCAGATCTACATAGTGTGGCTTGTGCCTGTATGGTTTCAGAGCTGACCACTTTGTATTAGAATAACAGTTAAGGGGCTCATCTGGGAAAGCATTAATCCTCCCTCTCTCCCCAGTCACTCATTGCCTAAGTTCTGGGTCTAGGGATCCTGTGAGATTTCCCACTTCCACATTAGCATATCTGTTGGTGTTCTCATTGTTCAGGTCTTGGTTAGGCAGCCATAGTGTTAAGTGTCATGGTGTAGCTTCCTTGTTACAGAGGACTTTCCAGTCCTTTGGATCTTGTACTCTTTCTGCTCCTCTTGCTCAGTGCTCCCCAAGCCTTAGCTGGAGGACTTGTGTTGTAGATGTGTCAGCTGGGGACAGCCACTCACTGATCCCTTTTTGTGCATTTTGATAATTTTCCTTGTACTGCAAAGACAAGCTTCTTTGACGATGGATGAGGTCTATCTGTGGATTTGATGATATGTTTAGAGTTAGGAATTATGTCAGTCCACTAAAGTGACTGTAGCAGGCTATTCTCTGAGGCTCACTGCAGTACCAGCCTTGGGTAGATGATGGCTAGGTTTCTAGCACCAGACACGACTTCTCTCTTCTGAGCGCGGTTTAATTCTATGTGATGGCTGTTAATTATCGCCATGCTCATTGTATATATTCATTGTAAATTGCATTATGTCATACAGTTTCATATGAATATATGTTGCAAATTGAGCACAGTCTACTTTTCTTTTTGTTTACATCTGTATGTCTATTTTTTAGAAAAGATGTGTAGATATGTGGAAGAGGTTTTACATGTCACAGGTATGTGGCCTAGACCTTTGTTAGTAAGGATTCTAGGTGAGTCTTAAACTCCAGACACTTTTGTTTCTCACTCCCAAATCCAAGCACTAAAGGTCTCTATCATGATACTGAGAAGTGAAAGGAGACATTCTTTTTAAAAATTTTCACCCCAACATATTGTTTGAGAGACTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTACCAATAGTTTTTGGTCTTACAGCGAACCTGAGTTTGATTTCCAACAACCGCATGGTAGCTCATAATGTTTCCAGTTCCAAGGAACCTGACACCATTCTGATTTTCATGGGCACCATGCATGCATAAAGTGTACATACATTATGAATACAGGCAAAACCACATAAAATAAAAATAAATATATATTTAGTTTTGGTTTGAGAATGTCATATATATCTATCACATGCCTTGATCAAATTACCCTCCAACCCTTCTTCCCCATGTGGTGGTGTTAAGCCCACTGAGCCTCATGTGCAGGACTACCCACTGAAGCATGGGCAGCCTACCAGGGGGTCACACCCTCCCTCAGCAGCCATCTTCTGCCAATAGCTTTTCAGCTAGAGGTGGTTTTCTGTGAGTGCCCCTCCCATTCATGCTGGGATTTTTTTTTTTGGCTGCCAAGATTTTGTGTAGGCCTTGTACATACAGTTATGGTGCTGAGAGCTCATGTGTGTAACTGCTCTGTCTTATCTGAAAGTACTGGAAATACAGTGTTGTTTTATAGCAGTTCTCTAGTGTCTCTCCCTCCTCTTTCAATATAATTTCTGCTTGCTCAGAACCCTCCTCTGTGTGTGTGTATGTGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGCAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGGCAGACAGAGAGAGACAGAGAGGCAGAAAGTTAGAGACAGAGACAAGAAATTGAGAGACAGAGAGATAGAGAGAGACAGAGGCAAAGAGATAGAGACAGAGACAAGAGAGAGAGACAGAGAGGCAGGCAGAGAGAAACAGACAGAGAGAGATAGAGACATAGAGAGACAGATACAGAGAGAGAGGAGATAGGCAGAGATAGAAACAGAGAAGCAGAGGAAGAGAGAGAGATCCCTTTTAGAGCTGAGTACTCTCTTTTTATCTGTTCACTGACCAGTTATAAGTCTGAGTATTAATTA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Seq C2 exon
AGGACAATAGAGAGCTACGTGGATAAACGCATGGGCACGACATATGGTCCTCCTGCGGGGAAGAAAATGGCTGTCTTTATTGATGATTTAAATATGCCTGTAATCAACGAATGGGGTGATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022262-Dnahc5:NM_133365:47
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127752=AAA_7=FE(16.1=100)
A:
NA
C2:
PF127752=AAA_7=FE(14.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: