MmuINT0051210 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000056752 | Dnahc9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1289279]
Coordinates
chr11:65908739-65921800:-
Coord C1 exon
chr11:65921376-65921800
Coord A exon
chr11:65908962-65921375
Coord C2 exon
chr11:65908739-65908961
Length
12414 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TGTACTCTGTGTTCTTCCAGCCT
3' ss Score
8.96
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGACCTAGAGGACATGGCCGACTTAGCTGGTCTTCGGAGTGTGCTCATGGAGAGGGTACAGAATATGATGACCCTCTGCTGTGGCTATAGAAATACCCTCAGCCAGTATTCTTACCTGTATGTGGAGGATAGGAAGGAGATTCTTGGTCAGTTTCTGCTCTATGGGCATGTCCTCACACCTGAAGAGATAGAAGCCCATGCCGAAGACGGCATTCCAGAAAATCCACCCCTCCTCCATCACTTCAAAGACCAGATAGACTCCTATGAAAAGCTCTATGAGGAGGTGGTCAGCCTGGAACCCACCAAGGTGTTTGATGGCTGGATGCGAGTGGATGTGAGACCCTTCAAAGCATCTCTGCTGAACACAATAAAGAAGTGGAGCCTCATGTTCAAGCAACATCTTGTTGACTTTGTCACAAACAG
Seq A exon
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TGTCCAAGGACTCAACAAGAAGCTACCTAAGGTGGTGGTTCTCAACCTTCCTAAGGCTGCGACCCTCTGATATAGATCCTCATTTTGTGATGACCCCCTAACCATAAAATTATTTTTGTTGCTACTTCATAACTTTTAATTTTGCTACTGTTATGAATTGTAATATAAATATCTGATATTTCCAATGGTCTCATGTGACCCCTCTGTGAGAATGGTTCTACTCCCCAAGAGGTCATGGCCCACAATTTGAGAAATGCTGACTGAAGGGTTTTCTTTTGGTTTCCATTTTGAGAAAGGGTCCAGAGTATCATTGTGGAGAAGCTGTGGTGGCTGTGAGGCAGCCAGGAAGTAGATCAGGTCAGGTGAATGCTGGTGTTCAGCTAGCCCTCACCTTTATATTCAGTCCAGGATCCCAGTGTGTGCAATGGTGCTGCCTACTTTTAAGGTGGGCCTTCATACTTCAGTAATGAAATCTAGAGGCTTCCTCATGGACATGCCCAGAGGCTTGTCTCTCTAGTGACACTAGATCATACTGAAGTGGCAGTTGATACTATCACAATCTGGCTGATACCTACTTTAGGTGTCTGTGGTTGGCTAAACATCCAAGACATTTTCCTTTCTTGTTTCCTATAATATAACTCGGCCTTACCTAGTTTCCCCTCCCATCTGTAAATGGTGTTATTATTTTAGTCACTGCTAGAAGCTCCTTGGAATTTTTCTCATTCCCATATATGTCTCATCCAACCCACTGACTGGTCTTGGACTCCATGTGAAGAATTATCCCAAATCTGATCACTTCTTTTATGTACCACCCAAGTCAAGAGCAGTACTGTCTTTCAGATGGACAAACTTCCCTGAATACTCCCCTTTGCTTCCATTCCTGTCTCTCTACCACCAAGGCCATCATCCCCAGCAGTAGACCTCCAGCCAAAGTCTATTGTCTATCTGCAGAGCTGTCTATAGGCATGAATGAAACCATGTATTGTCTTTCATTTAGAATAGGATCTGAGCTCACTAAGGTCTGCAAGGGCCCTTTCACTCTTCCATGGTTCTTTTCCTTCTTATGTCTCTGCCACCTTGACTTTGCCTTCCTCAATCACACAGAATTTAACCAACCTCCACAGCCACTGGGGTTTCTACCTCCCTGCCTTTCTCTGGCTCACTCCATTACTCGTTCATTTCTCTGCTCAATATGCCCCTCATAGAAAGACCTTTGGTGACTCCCTCCTCCTATCACATCAGGTCTTGGCTTGAGTCTTCATCCCTTCATCCTGATTTTCTTCAATTCCATTCATCTCTGTGTGAAGCTGTACAGTGCGTGTTATTCGTTTGCTTCCTACTTCCTTGACTTGCTTTTATGCAAGCTTCAGAAGTGCAGGGACTTTGCTCATCTTCTCTGTCATTCTACGCTCAACCCCTGGGAACTTGGTAGGGCTCCTAATGGTTCAAGGACTGAACACTTGATTAATTACACAATGTGCCTCACTTAACTCTCATAACAGCTAGTGAGACAGGATGAGTCTTCTAATGTTCTAGGTAAGGAAACTAAGGACCTGAGAGATTAAATGTCTTGGCCATAGTGACATGTCTAATAATTCTCTAATAATTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATGTATGTATGTATGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTGCTTGTTTGTTAGAGAGACAGAGAAGAAACACTTTGGAGGCAAGAATTTATTTTTTGTATTTGTTTGTGCTTTGTTTTCTTTTGAGACATGTTCTCTCTGTGTAGACCTGCCTGTCCTGAATCTCCCTATATAGACCACTCTAGCCTTAAACTCACAGAGACTATTTGCCTCAGACTCTCAACTGCTAGTATTAAAGGTGTGCACGACTATGCCCAGCCCTCATATTTACCTTTTTTAAAGGATTTAAAATTATTTCAGACTTAACAAAAATTACAGAAAAAGCATGAAGAGTTTCTGTTTGTGCTTACTTTCCCAAATACAACCATCTTGTCTACCCACAGTACATGACCAAACACCATGAGTTATCATTGATGAAGAAGTAGTAACTAATCCATAGAGTTATCATGACAACACAAGTTGCCCCACTCACATACATTTTTCTGGCCCAAGATCATACTGAGGAGCATTTATGTGACTCACACCCTGAAGAGCTGGGGCTAACCTCGTCATTCACAAGCTACACACTGGTGAAGAGAGCCACATTAATCACAGGGCTAGACTCTCCAAGTGCCAGGCCCATGGTGGGCTTTCTGTGACAACAGCTCCTGTAAGAGATGTCAGTAGCCTTCCTCCAGAGGAGCACAAGGAGATCAGCCCTGTACTCTGTGTTCTTCCAG
Seq C2 exon
CCTGTCTGACCTTGACTCATTCATAAGGAGCACCGAGAGTGGTTTGCTCAAGAGGGTGGAGAAAGGAGATTTCCAAGGATTGGTTGAGATCATGGGACATCTTGTCACCCTTAAAGAACGGCAGAGCAGCACCGATGACATGTTTGAGCCCCTGAAGCAAACGATTGAACTGCTGAAGTCCTACGAACAAGAGCTGCCAGAAACCGTGTTTAAGCAACTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000056752-Dnahc9:NM_001099633:17
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.035 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: