Special

MmuINT0051245 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1289279]
Coordinates
chr11:65741086-65761231:-
Coord C1 exon
chr11:65760971-65761231
Coord A exon
chr11:65741512-65760970
Coord C2 exon
chr11:65741086-65741511
Length
19459 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
ACCTCTTCCTCTTTTCTCAGACC
3' ss Score
11.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGATGATCTGAAAGCGAAGCTTGCCACCCAGGAAGTGGAGCTGAGGCACAAGAATGAAGATACAGACAAGCTGATTCAGGTGGTGGGTGTGGAGACCAGCAAAGTGAGCAGAGAGAAAGCCATTGCTGACGAGGAGGAGCAGAAGGTGGCCCTGATCATGCTGGAGGTGCAGCAGAAACAGAAAGACTGTGAAGAGGACCTGGCTAAGGCCGAGCCAGCCCTGACCGCAGCGCAGGCGGCCCTCAACACTCTCAACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACCAACCTGACAGAGCTGAAGTCATTTGGTTCCCCACCTCTGGCTGTCAGCAATGTCAGCGCCGCGGTGATGGTTCTCATGGCCCCAGGGGGCAAGGTGCCCAAGGACCGCAGCTGGAAGGCTGCCAAAATCACCATGGCCAAGGTGGACAGCTTCCTGGATTCCCTAATCCACTTCGACAAGGAGAACATTCATGAGAATTGCCTCAAAGCCATCAGGCCATACCTGCAAGATCCTGCATTCAACCCAGAGTTTGTGGCCACCAAGTCCTATGCAGCTGCAGGCCTCTGCTCTTGGGTAATCAATATTGTGAGGTTCTATGAGGTCTTCTGTGATGTGGAACCAAAGCGCCAGGCTTTGAACAAAGCCACCTCAGACCTCACAACTGCCCAAGAGAAGCTGGCAGCCATCAAAGCCAAGATCACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000056752-Dnahc9:NM_001099633:49
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.149 A=NA C2=0.009
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF127772=MT=FE(25.0=100)
A:
NA
C2:
PF127772=MT=PU(72.1=99.2),PF151201=DUF4561=PU(40.0=33.6),PF093255=Vps5=PU(57.6=30.4),PF104734=CENP-F_leu_zip=PU(43.1=24.8),PF083176=Spc7=PU(48.6=27.2),PF097314=Mitofilin=PU(48.1=31.2),PF141821=YgaB=PU(50.0=24.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types