Special

MmuINT0052606 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
docking protein 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1924079]
Coordinates
chr2:170841420-170870931:+
Coord C1 exon
chr2:170841420-170841555
Coord A exon
chr2:170841556-170870810
Coord C2 exon
chr2:170870811-170870931
Length
29255 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGT
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
CTCTCTTCTCTTTGATCCAGCTC
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTGTGAGACTGGCGAAGGGTTATTTATTTTTCAAACACGAGACGGAGAGGCCATCTACCAGAAGGTCCACTCTGCTGCCTTGGCCATAGCTGAGCAGCATGAACGGCTGCTGCAGAGCGTGAAAAATTCCATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCCAGATGAAGAAGAGCGAGCGGGCAGCGTCGCTGAGCACCGTGGTGCCCCTGCCCCGCAGCGCCTACTGGCAGCATATCACGAGGCAGCACAGCACAGGACAGCTGTACCACCTTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027560:ENSMUST00000029075:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0217412=IRS=PD(32.7=69.6)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types