DreINT0059472 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063032 | dok6
Description
docking protein 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-50]
Coordinates
chr24:14917327-14925312:+
Coord C1 exon
chr24:14917327-14917465
Coord A exon
chr24:14917466-14925203
Coord C2 exon
chr24:14925204-14925312
Length
7738 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAG
5' ss Score
7.1
3' ss Seq
TTTTCTGCTCTGCCTCACAGACT
3' ss Score
10.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTGTGATACCGGGGAGGGTTTGTTCACGTTTCAGACCAGAGAAGGTGAGATGATCTATCAGAGAGTTCACTCTGCTACGCTGTCGATCGCAGAGCAACATGAACGCATGATGATGGAGATGGAGAAAAGCTCACAG
Seq A exon
GTAGAGTCAAAATACACAGAACATAAATCTCTAGATCAATCTCATGGGTTATAGAGTATAAGGTTAAATTTACACTAGTGCATTTTCTTTTAACATGGCAAAAAGTATATGCATAACCTAATAATGCAAAACTGTATATGATTAAAATTATAATGGTGCTCATTATAAACAACTAGTATTAAATGGCATTGAGGAAAGAAATGTTTTTTTCCCCTATTATTCGTATGAGAACAAGATAAAACCTATGAAAATGTGTACACTCATCGGTCACTTTATTAGGTACACCTTACTATTGTAGTACCGAGTTGCGCCCTCAGAACTGCCTTAATTCTTTGTGGCATAGATTCAACAAGGTACTGGAAATATTCCTCAGAGAATTTGGTTCATATTGACATGATAGCATCATGCAGTTGCTGCAGATTTGTCGGCTGCACATCCATGATGCAAATCTCCCGTTCCTCCTCATCCCAAAGGAGCTCTATTGTATTGAGATCTGGTGATTGTGGAGGCCATTTGAGTTCAGTGAACTCACTGTAATGTTCAAGAAACCAGTCTCAGATGATTTGCACGTTATCCTGCTGGATATAGCCATCAGAAGATGGGTAAATTGTGGTCAGAAAGGGATGGACATGGTCAGCAACAATAGTCAGGTAGGCTCTGGCGTTGACATGATGCTCAGTTGTTACTAAAACTATTAAAACCACCTGAACCATTGATACAAGGCAGGATGAATCCATGCTCTATGTTGTTGATACCATATTCTGACTGTACCATCTGAATGTTGCAGTAGAAATCGAGACTCATCAGACCAGGCAACGTTTTACCAATCCTCTATTGTCCAATTTTGGTGAACCTGTGGGAATTGTAGCCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGTCAGGAGTGGCACCCAGTGCGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATCCGCCTCAAGGCTGGACATGTTGTGCGTTCAGAGATGCTCTTCTGCATACCTTGGTTGTAACTAGTGGTTATTTGAGTTACTGTTGCCTTTCTTTCAGATCGAACCAGTCTGGCCATTCTCCTCTTACCTCTGGCATCAACAAGGCAGTTGTACCCACAGAACTGCCTCTTACAGGATATTTTTTTCTTTTTCAAACCATTCTCTGTAAACCCTGAAATTGCTTGTGCATGAAAATCCCAGTAGATCAGCAGTTTCTGAAATGCTCAGACCAACCCGTCTGGCACCAAAAACCATGCCTCATGTGAAGTCACTTAAATCCTCTTTCTTCACCATTTTGATGCTCAGTTTGAACTGCAGCAGGATGTCTTGACCATGTTTACATGCCTAAATGCATGGAGTTGCTACGTAATTGGCTGATCAGAAATTTGCGTTAAAGCAGTTGGACAGGTATAGCTAATAAAGTGGCCGGTGAGTGTATGTCTATTATTTACACGTTTAATATAAAATACCAAAGATTTAGTATATATAGCCTACTACTAATAATAGGTAACCAAACTGAATTAAATTGAGTTCTTTTAGGCTTTTGATCTGGTGTTTTTTTAAAGTTTATAATGTGCAATTTTTTATAATAAAGTGCTTGAAATTGTTAGGGTTAGGTTAGGTTAGGTTAGGTTAGGTTCTGAAGTCTGAAGCATAATCTGGCTGTCTCTTTTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTCAACTTTATTGTCATTACACATGTAAAAGTATAATGCAACGAAATGCAGTACATTTAAGATGTGATTAAATTACATTAAAGAGAGTGATGTTGAGCTTCGGGCAAACATGCTAAATCTAAATTGTTCCTTAGAATACTTTACTATACTGAATGCTATATAAGAAATAGCTACTCATATAATGTAGCATGAAATACTCTGTGTATATAAACTGTATAATATACGTATATATGAAAATATGTAATTTGCCAAACCTGTAAATTTCTTAAAAATTTTTAAAACACATCTGGAATATTCTTGAAAAGTGCTTAAATTTGACTTAAAGAAATGGGTAAGAATTCTGTTTAAAGCTAACAAACGCTTGCTAGTTTAGCAAGCAATACATTAGCAACCAGATGTTTTGTCCGGTACATATTTAAGTGTAACTTTTTCTGTGTATGTATAGCTGTTTGATTTATTTATTTATGTCAGGATAGCAGTGCTGTAATACATTGTGTGCTTTTGTAAGGCACAGGTTCATTTAAAGATATTGTTATTATAATGCAGAAAAAATGGGCAATACTCAAGACATTCAATTAAACTGTATATTCAAACTAAAATGTAACTTATACTAAGCTAAACGCTAAACCTTGAGCCACTTAAAAACAAAGAAAACGTCAGGATGACCTTTTTGCCTTCTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTTGTGGTGATATCAGAAAAATTAAACGAAAGTCAACATAATCAGAAAAAAAAAGCAATGTTCCCAAAACTATGGCTGGGCGATTAGGCACAATCTCAATTAACTGAACATTTTTACTCTATTATGGTTAATGAATGAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTCTCATAGTTCACTGACAAGTTTTGTTCAGTAAATGTGCTCACATATTACATGTGAGAGATTTTTGAATGAAGGCAGGATTACTTGAGTTTAAAATAATTGAAGGAAACACTACTATCTATGATTATTTATTTAACACCAATGCTAAACAGCTGAAATTAAAACACACATTGCCTGAAACCAAGTTACGTTTTTTCTTATAAAACTTATAAAATTATCTTTTGGAAATGATTGTTTAAAATGTTTTTCATACTGAAAATAGAAAATAAGTAGTATCTTTTCTAAATAATAATAAAACAAAACTATTGCATATCCTCTAAATAATATTTTAAACAGCGCATTTCTTGCACCTTCTGTAAACAAATATTTTATTGTAAATAATAATTTGAATGTAATGAAAAATATGCTGTCTCAAGGTATCTCTGACACAGCTTTCAATCCTCGTCAATGTAGTGCAACGTAAAACTCAAGAATAGGTCCATCGTACTTGAACAGAGATCAGATGTGGCTGTAAGGTGGCAACAGAAGTGTAAATCAGCCTTCTGGAAAAAAGGTATTAAACTGTAAAAATTAGATCAATTATAGTTTCTGAATGTCGAATTGATTACTTTTAGATTAATCGCCAAGCCCTACAAGAAACCCTTAACAGCGAGGAAATGTGAGCACCCACTTTTAAAAGTTTGTTATGGTTATTCTACAGTAAAAAGAAAATCAAAACCCGAGCTGTCAAACTAAAAGGAACTATGCAGCGTTTCAGATGTCTCCGTTTTCAAGTATAGATGTGTTGAGGTTTTAAAACAAAAGAGCACTAATGTAAATGTAGCTTATATCCACAACATTGCACCTTAAAAGGACTGAAAAAGATGAAAAAGATTGCCTGAAGAAAATGTTGAAATTGTAGATCAGGATTGCAGCTTGCCTTTTACCTATTAGGATTCAACTTTTTTTAGTTACATAAATCCAGGTCACGGAATCTTTGAAAATGCAGCTGCAGTCAACTAATTCTGGACTGCGTTTCACTACTGGTCGAGTAGCTTCAAAAATGATGCACTTAGTGTATGTGATCCTATAGCTCAGCCAATAGAGCGTGACGTTAGCAGCAGCAAGGTCAAGAGTTTGATTCTCAAGAACACACATACTGACAAGAAAATGCCTTCAATGCATTTGATGAAGGTATAGTGCATTTGTGTAATTAAAAATTAAAATTAAAATTACATGGATGTTCAGTATCTCCAACTCATCGGCTCTCAGTACATCTGAATGAAAGTTTTTGTTCAATGTACTGGTGATTTAAAAACTGGTCTAAATCAGTACTTGACTCAAGAATTGTTTTTGTTTTAGGCATGTTCAGCTGCAGACATAGATCGGTGTATGACATTAAAGTACTACAGGAGTGATTTATAGAGCATTTTGAGCTATATTCTCTCTAATCACATTGCTTTGATATTGTACACTGATCAATCTGGGGTTGCTGAAATGTGAATGTTTTGAATGATATTGTGAACTGGCTTGAATAGTGGTTGATTCGTTCAAGAACCAAACATCAAAACATCAAGTACTTCCTTGTAAAATCAGATACATCCGTTCGAACTGTGTGATCTAATAAGGGAGGTCAAAACAACACAGACAAAGCCTATTACATCAAAATGATAATGTTTTCAATGTATAAATATTGATAACATTATAGTAAAAGTGAAAAACATTATAGTCTTTGAGATCTTTACTAAATATAAAGTAAAATAAAGCTGTTTATGACCTCCTTAATAATAGAACTACTAGAATAGCCACAGCGCTCATGTTTACATTGACTTAATACAATCTTAAACATAAAATATAGCATGAGAAAAAATTATAAATACCATAAAAATAACATGGTTTGGTATAGTCTTAAGGTTTTTCAGAATTAATGAATGAATTGTCATATTTTATGAAGTCATTATCCTAAAAAAAAATCTTTTTGTAATGTAGCCTATAATTGTGTACCTCATTTAGTTTGGCTATCTGGAGAGCAAAGTTTGTTTCTACACAGTGAAAATATTTAGCAGAAAGTAATGCCTGAAGTAAAGTCATATTTTCGCCATCAGGATATTATATTTTTTTGTATCAGAGGCACACATGCATAAAAAAACATATCAGACATTGAAATACATGTGGTCCAATTAAATGTTATATGGCCATAGAAGGTAGAAATAACAAGAACTATTATTTTTGCAATAACAACAGTAATAACAATGGTAATACAAACGATAACAATGATTACGTTTACATGGACATCAATAATGGAATTATATGCCTTAATCTAATTAAGACAATAATATGATTAAGTTGTTTACATGAGTTGCTTTTTGACGGTTCCTTTCATGATCCCGTTTTAGATGTTAAAGCATAATTCTATTATTCAATTCAGTTCAATTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTTACAGTGTATATTGTGACAAAG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Seq C2 exon
ACTCTTTCAAACGAGAGCACATTAACAAAGTCGATATCTCTGCCGCGAAGCGCTTACTGGCACCACATCACGCGTCAGAACAGCGTGGGAGACATCTGCAATTACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063032:ENSDART00000148102:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.255 A=NA C2=0.230
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0217412=IRS=PD(32.7=68.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]