MmuINT0055972 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036893 | Ehmt1
Description
euchromatic histone methyltransferase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1924933]
Coordinates
chr2:24680465-24692022:-
Coord C1 exon
chr2:24691916-24692022
Coord A exon
chr2:24680588-24691915
Coord C2 exon
chr2:24680465-24680587
Length
11328 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGG
5' ss Score
5.63
3' ss Seq
AGTCATCTCTGTTTTGCTAGGCG
3' ss Score
5.43
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGATGGAATTGATCCCAACTTCAAAATGGAGCACCAAAGTAAGCGTTCCCCATTACATGCTGCTGCGGAGGCTGGCCACGTGGACATCTGCCACATGCTGGTTCAG
Seq A exon
GTTTGGAAGGATAGCTTTGAATAGATCTTAATTGCAGTGGTACCTCAAGGCCGTCATAAGAAGATGCCTCCCTGCCCTGTGGTTGTTGAGTGCTTCTACTGTTTATCCTGACACTTGCCTCTGTTAGACTAGCTGTGTCTGGACTTACTTCTTAGTTTTAGTTTAGTCTTGGCTTTAATATTTAAAGTCTGCTGTAGAAAATGGAGGTTTAATGGGGTCCAGATCCTTCCCTCTTCTACTCCTAGTGACTAATTCTCTAGCCTTCATTGTTTAAGCTACAACTATAATTTGCTCTAACTTTATGAGATGACTGAGTCCGTTCCACATTGTGGAAGAAGAGAACACAAATTGTTCTGATATTCGCATGTCTTGTGTTGTATGCATACATATCCCCTAATTAAAAAAATGTAAAATATTTAAAAAAACCTATGATCATGCAAATACTTTATATTTTAAACTTTTGGACTCACTGTAATTGTATATATTGATGTGATACAGAGTATTTATCATTAGTTATTTTGAAATATTCAATTGATTGTGTCAACCCAGTTACCATGCATTTAGAATGTAGAAAGTTATTTTTCCCATCCAGTCACACTCCGGTAACCATGAGCCACCTTCTCTAATCCTCCCCACACCTTTTCTAGTGGTTGGTACATACAAGTGAGAATGTGCAGTGTTTTAGTATGTTGCTGTAAATGCAGGACCACAGACTTGTTCATGGCAACTGTTATGTGTGTCTGTCTACCACTTTGTTTTTTGCTCATTTGTCAGTAGACACCAGGTTTGGTTCAGTGTCATAGCTTCTGTGATTAGGACTGTGATAGACTTATCTGTGCAGAGATCTCTCAGATACACATTTCCTTTCTTTTCGATATACACACACTCAGAAGTACACTTTCTGTACTTCAGGATCACTTGGTTGCTCAGTTCCATGTCTTCCATGGTGCCAGTCTCCAGGTTGTAAGTGGTCTCCTTTCTCCACATCTGTGTAGCATCTGTTACATATTTATCTTTTGAGCTTGTGTTTCCGTGACAATTAGAGGTGTTGAGGAGTTTTCACATTCTTGTGGTTCTGGTTATATATATTTTTTTGAGAAATGTCAAATCATTAGTCTATTTTAAAACTTGGGTTATTTGTTATTGAGGTGTATGAGTCCTAGAAATCAATTCCTTATTGATTGAATATTTTTCATATGCTTCCTTCTGTTCTGTAGGCCACCTATTAACTCTGCCCTTTGTTTCCTATACTGTGCAGAAGTTGATGGAGGTTGCCGTATGGAATCAATCTTGCATCCCTGGATAAAAAACTCTTGATCCTGGAGATATATTTCAACTTCTATTTAATAAACTTTCTGGTGTTTTGTATAGATTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTCCTTCCTTCCAAAATCTCTGCACTAGGGATAGTTGTTTCTGTGGGGTTTGATGCTGTGGCTGTTGGTGGTGTCAGTGCTGATATTATAGACCTGGCTTAGGAGAGTGTTCTCCGCCCCCTTTAAATAGTTTTAGAAGTACTGGCATTAATCTTTGAAGTTTTGGAGAAATTCAGCCATGAAACTGCTGGGTCTTGTTTGTCAGAAGACATTTTCTTTTTCCTTCACTGCAAGTTCATTGTTATTTCGTGGACTCCGAGCATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCATTCAACTCTTGTGGATTTTAACTGTCCAGAAAGTCTCCCATGTCTCTCTATCATGTGATTCCCCCCCCCCCCCCCCCTCTGGTCTCTATTGATGTGAGTTTCTGTGATGTCAGTCCATGTGTATCTACTCTGTGCCTTTGTTTGGCTTGTGTGTTTTTCCATCTTTTTTAGATTAATTAAAGTGTTGTTCATCTTTTCTAAAAATTAGCGTGGTCTTGTTCTTTTTCATTCTTACCCATTTCATTTCTTTCTGTTTTGATCTTTATTAATTTTGGGTTTTGCCCTTCTATTTCCTTAGTGGTATATTGTTAGTTTACTTGAGACTTCTAATTTTCGAGGTGGTTTGTTGCCATAAATATATTTTTTAGCTCTTGATATGTTGTATTTTTATTTGTTCTAGAAAATGTGCATGTACTGCAGGGGTTGACATCAGATGTCTTCCTTAATTCAACTCCACTTTATATAGGGTCTCTTATTAAATACTAGAGCCTGAAGATTAACCTAGCCTAGCTAGCTAACTTGTAGTTAGGATCCCTTAGTTCTGTCTCCTAGGTGCCAGTATAATAGCCAGGTTGCCCTGCCAACTCTACATTTACATGGTATACAAACTCTCGTTGTCATGTTTGTCCTGTAAGAAGTTTGCCTCCCAAGCCATCTCCTCAGTTCCTATTTCTAGGAAATAGTTTACTTTTCTCTTTTTTGTTTCTTCATTGGCCTATTGGTTGTTTAAGAGAATCCTGTTGAATTTCTTTGTACCTAATGCCATTTCTAAAGTTCTTTCTTGTTGATTTCTAGTTTTATTTCATTGTTGCCCTTGGAGATACATGCTGTGGTTTCAGGATTGTTTTTGGGAGTGCTTCAGGGGAGATAAAATTATTTTGGGGCTAGAGGGATAGTACAGCAATTAAGAGCATATGCGACTCTTTCAGAAGAACCAAGTTCGAGTCTCAGAAACCATGTTGCATGAGGGGAAGGAGGTGTCACAGCCTCCTGTAACTCCAGCTCTTTGTACATACACATAATGCACATAATTAAAAACAAAATAAGTCTTAAAAATGTATTCAGACTTACTTATGATCTGGTCTACAGGTTGTTTTTCATATGTGGTTGGGCAGAGTTTACATTCTGCAGCTCTAACGTGAAGTGTTTTGTAAATGTATGGCTTGTTCATTTGATCCATAGTTCAGTTAAACTCCACTGTTTCTGTGTTGATTTTGGTCTGACTGAGATCATCAAATGAATGCTGTGAAGCCCCCAACTACACTGTGTTGAGAGTGTTTTTTGTTCCTTAAAATGTGATATTCATATTATATAATCTGTTCTATGGTATTGGGTACATATATATTTATAATTGTTATTTTCTCTTGTTGAAATGACTACTATATCATATAACGACCTTTAAATTTTTCTTTTTAGTTTTATTTCATGTGTATGAGTATTTTGTTTACGTGTATGTCTGTGTACCACCTGCATGCCTGCCTGGTGACTGAATGCCAGAAGAGAAGCACTTCTATCCCTGTAACTGGAGTTAGAAATAGTTGTGGGCCACTTGTAGGTTCTGGGGATCAAACCTAGGTCCTCTAGAAGAGCAGCAAGTGCTTGTAACCACTGAACCATCTTTCCAGCCTGGTTGGTTTTTATTTGTTTTACTTAAAATCTATTTTATGTAAGTATAACAACTTTCCTGTCTGCTTATTTGAACTATGTGTGTTACTGAAATACATTTCTTAATTGGCAGCCTATCATCAGATCTTTTTTTAAAATCTAGTTAGTGTTATTTTTTTATTTTGTGAATTTATTCTCTGTTTAAGGCTGTTATTATTGAGGACATAATCCTGTCAGCTTGCTCCTCATTTGTCCCATTATTATAGATCGCCTTTTCATTTCTGTCTGTGAGGTTTTTCTGGATCTCTGAATGGACAGACTTTGTTCCCCTTTCATCTTGGACAGTCCTTTTGAATGCTTTCAGGATAATTATCTTGTTTGCTTGTTTGTTTCATTTCTAATACTTGTTCTCTATGGCTAGGCTGTGGCCAAGGTCTCAGTGTTGGTTATCTTGAAAGTCTATGCTCCAGCTTCCTTTCTTGATGGTAGTGCACATCTATTGGGGTGCACATTCTCACCCGGCAGAAGGCTTGCAAGGCGCTGGCTTTCTTCCAGCCCTCTGTAGAGACCATCTTACTCTCACCTGGATTCTTAGGTCAGAATCTGCTGTGGTGTGATTGGGATTCCTCTGTGTGGGACTTAATGATTTTCTTTGGCTGTGTTTTGAGATTCTTGCTTTGTGTTGAATGTTTGATAATATAAGCCTTAAAGACTATCTGTTTTCGTTGGTTCTTTTTTGGGGTCCTTTGTGGCTTCCTGATTCTAGTTCCGAATTTGTAAGCTTTTCAGTACTTATTTCTTTGAACAAGTTTTGTGTATTTTTTTCCTTATCCTTCTAAAATAACTGTACATGTAGTTGTTGTTTCTCTTCACGATACCAAGTTTCACAGAAAGTTTTGTTGCTGTTTTTTTTATAAATATACATGCATGTTTATGCACACTTTGTTGTTCTGTCAAGCTTAGAAATTCTTTTTATGCTTAGTTAAGTTCACAATGGTATTTTAAAAATCTATCTGTAGCCATTTATTGTCTTGTTTTGGCTATGGTTGAGCTGCTCCCTATGCACAGAGCGCAGATCTTTTCTCACTAATACTAGGTGCTGCCCTGACATCCGTCTTCCAATTACTCATTGGGATGTCTCCTGCAGTAACAAAACTCTGGTTTCTAGATACCATGCTGAGCTTGATGCATTGACTTCTGAGACTTCATATGTGATGTTTTGCTTAGTCTTGGTTGCATCAAAAACTGTTCTTTTGCCTCAGTGATCTGAATTTGAATTCTCTTACCATTATATCTAGGGTCATTTTCAATCTTTCAGGTCCATGACCTTTGACCCTTCCCCATATGATCTCCAGAAGCATCCCCCATCTGTCTTAACTCTCTCCTGCTAGGATTTTTCTACGTCGGGGTAGGGTCTTAGGGATTGATTCCTGGCCATGGTCCCTCTGGGAATATGGCTTGGTACTATAGTATGTTCATTGCTATTGTTGGTTGCCAACTTGAGAAAATTTGGGATCACTTAGGAGACGAGCCTATGAGGGGTTATTTAGATTAGATTAGCCTCTGGGTATACCTGTGATTACCTTGATTAGGTTAATTGACATGGAAAAGATCATCCCTAGGAGGACCACATCATTCTCTGGGCATGGGATGGAAACTTTATGTGAAAGAGAAGCAGCTTCCGGAGCACAGTTGTCCTTCACTGTCTCCTGCTGCCACCACCCTGCAGTGGGCTCTGGAAGGAACATAAACCCTTCCCTCCTTAAACTGCTTTTCTCAGTGGAAAAATACTTTTTATATTTTATACAAGATACTTTGTCCGTTTCTGGCCCTACCACCACCCTGAGGCACTCAACAGGCAGTATGGTTCACTTTCATCCAATTTTTGCCTCTACAGTAGTACATATTCTTTGGTATTTATTGCAAAACAACAACAAAAAACAAACAACAAAATAACAACAGAAAAGCATAAAATAAGAATCAAATGGGTATATGCAAAAAAGGAGGAAATTCAAGTGAGTTCTGACTGAAGCTCAGTATCAAGACTAGGTTTGTTTATTTTATGTTCCAGGCTCCCCACGCATCACCTTTTGTTTTTGTTGCTTGAGGCCAAGTGGTGCTTCCTGTCTCTGTATGGTTAGCTTGTATATGGGTGAGTCCTCCTTTGAACCCTCTGTTAAGTTTTCACCACCCACCACGCCTTGTTTGCCTGAACATATTACAAAATGAACTGTGTGTCCCGGTAACCTTTTATATATAGGAGCTCTAACAGAGTATGTCAGTCTGGTTTAGCCTGGCACAGCTTGCTCACTTCTCATAGGTACTTGGGCTACATCCTGAAGAGTTTATAGTACCATTCTTTTTATTATCATTATTATTGTTGTTATTTTATTTTTTGTTTTTTTCTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTATAGTGCCATTCTTAGATGCTATTTTTGTGTATGTTTCACCCCCCAACCTAATCAGTATCACCAACATTTTCTAGGAAGAACAATAGAATATATTTGTTTTTAGTTTTTCCTGCGTGCAGGGGTATTGTTCCTCCAGATCACAGCATTTGTGCAGTGCCTTTGTATTTGTGATCACCCACAGGCTTTGGTTAGAGTCCCCAACTGTGATGGCTCTCCAGATTCTTTCTCTGGGGTGCTCTCAGGTGAGCCAGACTGACTCCAGGATTCTTTTCTTCCGTAAAATATATTTTAATTTATTTTTTAAATAAATGGTTAGATCTAGAAGTATTTTGCCTGTATGTATGTCTGTGCGTCACATGCACGCCTAGTACCTGGAGGCCAGAAGAGGTGTCCTTGGAGCTAGAGTTACAGTTTTGATAAACTGCCATGTGAGTGTTGGGAGTTGAACCCAGGTCCTCTGGAAGACTAGCCAGTTCTCTTAACTACTGGGCCTTCTCTCCAGCTGCTAGGACTCTTCTTATTTGTTGTGTTAATTACTGTTATTATGATGAAACATATTTACAAAAGCAACTTAAGGTAAGATTAAGTCTCCTAGAAATGACAGAGAAGCTATACTCATAATACTTCCACAATTTATGACCTGAACAATGACCGTATTAATAGACATGCTAACACAGAACCAGGGAATCCCATAGTGTCCTGCTTCTAGCAAAGAACTAGACAGAGCAGCTAATGAGTGCTGGGAAAGGGAGATTTAATCTCTCGGGGGGTGGGGGGGTAGGGGGTGGGGGTGGGGACAGACTCTCTAATGGCTTATCTAACAAAGTGAGCGGTCATCAAACACACAAACAACACCAAGAGGACTCAGCAGGCTTAGTTGGTTGGTTTGTTTATGTTTTTGGAGCCAGAGAGTTTTTCTGTGTGGCCCTGGCTGTCCTAGAACTCTCTGTAGACCAGGCTGGCTTGGTACTCAGATATCCACCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTAGGGTTAAAGGCGTGCGCCACCACTGCCTGGCATGAGCAAGTTGCATTCATATATTTATGCACATAGCCAGGAGAAGGGGGAGGAGGAGAAAAGAGATCATAAGTTTGAGATTGAATGAGGCAGAGGTGTAGGAAAGGTTAGAGGGAGGGGCAGTGGGCAGGACTGGGGCAAGGAAATGGAGGAGTGCTATAATTAGATTTTTTATTTTTTAGATAATTTTATTTTTTTATACTAATTCACTTTACATCCCCTTCATTGCCCTCTTCCTGGCACCCCCACCCACAGCCCTTCCCCCATCCAACCCTCCTCTTCTGAGCGGGTGGAGGCTCCTTGGATATCCCCACCCACCCCCCTTGGCATTTCAAGTCTCTTTGATGCTAGGAGCTTCTTCTCCCACTGAGGCCAGTCAAGGCAGCCCATCTAGAAAAAACATATTCCACAAACAGGCAACAGCTTTTGGGATAGCCCCGTTCCAGTTGTTTAGGATCCACATGAAGGCTGAGCTGCACATCTGCTACATATGAATGAGGAGGCCTAGGTCCAGCCTGTGTATGTCCTTGTGTTGGTGGTTCAGACTCTGAGAGCCCCAAGGGTCCAGGTCAGTTGACTCTGTTGGTCTTCCTGTGGACACCCTGTCCCCTTCAGGGCCTGCAATCCTTCCTCATATTCTTCCATGAGTCCACAAGCTTAATCCACTGTTTGGCTGTGGGTATCTATATCTGAGTCTGCTCTGGGTGTGCCATATGCTGGGTGGACAATATGCTCGTGACTACAAGCATAAGAGTATGCTTTGCATAGTGTTAGGGGTTGGTGCTTGCCCATGGACTGTATCTCAACTTGGGCCAGCTATTCGTTGGCTGTTCCCTCATTTTCTGCTCCATCCCAAGTGCCTGCATTTCTTGTACACAGGATAAATTTGGGGTTGAAAGTTTTGTGAGTGGGCTTTGTCTCCATCTGTCCACTGGGGTTCCTGTCTGGCTATAGGAGGTGGCCTCTTCAGGTTCCATATCCCCTATGTAGGAAGTCACAGCTAAGGTCACCCCCATTGATTCTTAGGAGCCTCCCTTACCCCAGGGCTCTGTCTTGTCCTGGAGATGCCCCCACCTCCTCACCCCCATCAGGTGCAGATTCATTTTTGTAACAGTCTAGCCATCTCTACTGTCCTTCCCCACACCTGATCCTGAACCCCCTATTCCCCTCCCTAACATCCCTCCCTTTTAAGTGAGATTCAAGCTTCCTTGCTTGGGCCTTCCTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTATAGCCCTGGCTGTCCTGGGACTCACTCTGAAGACCAGGCTGGCCTCGAACTTGGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACCGCCCAGCAGGCCTTCCTTCTTGTTTAGCTTCTTTGGGTCTGTGTAGTGTAACATAGTACATAGTACCTGTATTTATGGCTAATAGCCACTTTAAGTGAGTACATACCATGCATGTCCTTTTGGAACTAGGTGACCTCACTCGGATGATATTCTCAAGTCCCATCTGTTTGCCTGCAAGATTCATGACGTCTTTGTTTTTAATAGCTGAGCAGTATTCCATTGTGTAGATGTACCACGTTTTCTTTATCCATTCTTCACTTGAGAGACATTTAGGTTGTTTCTAGTTTCTGGCTATTATGAATAAAGCTGCTGTGAACACAGTTGAGCGAGTGTCTTTGTGGGGTGTTGGAGCATCTTCTGGGTGATATACCCAGGAGTGGTATGGCTGTATCTTGAGGTAGAACTGTTCCCAGTTTTTCTGAGAAAATTCCAAATTGATTTCCAAAGTAGTTGTGCAAGTTTGCACTCCCACCAGCAATGGAGAAGTGTTTCTCTTGCTCCACATCCTCAACAGCAAGTGCTATCTTGAATTTTTTTATCTTATTAGTCAATCTGACAGGTTTGAGATGGATTCTTAGACTTTTTTTTGATATTCATTTCCCTGGTGACTAAGGGTTTTGAACATTTCTTTAAGTGCTTCTCTGCCATTTGGATTCCTCTGTTGAGAATTCTGTCTAGTTCTGTACCCCATTTTAAAATTGGGTGTTTGGGCTGCTGATTTGTCCTATTGACGGTGTCCTTTACCTTACAGAAACTTGGCAGTCTCATGAGGTTCCATTTACCAATTGTTGGTCTTAGAGCCTGAAGCACTGGTGTTCAGTTGAGGACCCATACTCACCACCCTGCACAAAGCTCAAGTCCAAGCGGGTCACGGATATCAGCATAAAACCAGAGACGAGAGAAAGGGGGATATACCCTTAAATGTATTGGTACAGGAGGTATAATTAGATTTTAATTAAAAGTTAAAACGATTTAAAGGAAGGAAAATGTTATTCTGGCTTGCAGTTTGCATCATCATGGAGGAGAAGCTTGTAGTGGCAGGCACTTGAGATACCTGATCCCACTGCATCTCCAGGCAAGAATACACGTTGAATGCTTATTCTGAGCTCACTCTGGCACCTCACGCCCAAAGGCTGTCTCCCCGGTGCTTCTCAGCATCATCAGGTCGACAGTTGAGATTACCATCTTGCTTGCTAATGAGACAAGAAGTCGGCATCAATCAGCACAGAAGCCTCTTCAGAGCAGATCTGATGTTCACCTGCTTGCTGCTATGAGGCCTTTCTTTACCAGACAGAGATCCTCTCTTTATGCATTTCTGTTTTTCTGATTGTCCATGGCGACTACAGCACTGTGGCTCCTGTTACGTGCTGTTTGCCCCCTCCTCAGGTATTTGGGGCTACAATCTTAGTCCCGTGGATGGAAGGCATTCTACTCTACCTTTGCCGAAAGTGCTCTTGTAGCATGTAGCTCTCCCTATTCTTTTGCCGGTGTTGTGGCTACTCATGGTCTGGCTCCTGGGCTGAGAGAACATGATCACAGAAGCACCATTATGCCTGGTTGCCCATCTAGTAGCATTACTCAGTCTGTGGCTATCTACTCATGGACAGAGTTCTGCTTTCCAGCACGTTATTCTTTTGTCCTATTTCCTGCTGTGCCTAGGGTTCTGGAGGGTAACTGATGGGTTTGCAGAGGAGATGACTCTCTTGCCTTGATGAGAGACCTTCAACCCACTTTTCCCCT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Seq C2 exon
GCGGGTGCCAATATTGACACTTGCTCAGAGGACCAGCGGACCCCACTGATGGAGGCTGCAGAGAACAACCACTTGGATGCAGTGAAGTACCTCATCAAGGCTGGAGCACAGGTGGATCCGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036893-Ehmt1:NM_001109687:14
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.389 A=NA C2=0.220
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002325=Ank=PU(67.7=58.3)
A:
NA
C2:
PF0002325=Ank=PD(25.8=19.5),PF127962=Ank_2=PU(26.6=61.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: