RnoINT0053547 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007242 | Ehmt1
Description
euchromatic histone lysine methyltransferase 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1307588]
Coordinates
chr3:1998470-2008447:-
Coord C1 exon
chr3:2008341-2008447
Coord A exon
chr3:1998593-2008340
Coord C2 exon
chr3:1998470-1998592
Length
9748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGG
5' ss Score
5.63
3' ss Seq
AGCAATCTCTGTTTTACTAGGCG
3' ss Score
5.87
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGATGGAATTGATCCCAACTTCAAAATGGAGCACCAAAGTAAGCGTTCCCCATTACACGCTGCTGCAGAGGCTGGCCACGTGGACATCTGCCACATGCTGGTTCAG
Seq A exon
GTTTGGAAGGATAGCTTTGAATAGATCTTCATCCTCTCAGTGTGCATCTTAAGTGTCACTAGGTTTTATTGGAAGGCTAAAATTGCAGTGGTACCTCCAGGCCACCGTAGGAAGATGCCTCTCAGCCCTGTGACTGTTGACTGCTTCTATTGTTTATCCTGACATTTGCCTCTGTTAGAGTATCTGTGTTTCCACTTACTTTCTAGTTTTAATATTTAAGATCTGCTGCAGAAGATGTAGGCTTAGTGGGCCCAAATCTTTCCTTCTTCTAATCCTAGTGACTAATTATATACCCCTCATTGTTTAAGTCACACCTCTAATTTGCTCTAACTTTATGAGACGACTGAGTAGTTGAAGACAAGCTGAGTTTGACTCTTGGGACTCACATGGTGGAAAAAGAGGACATAAATTGTTCTGATATTCAGGTGTCTTGTGTTATATGCACACATCTCCCCTAATTTTAAAGAAATGTAAAAAATTAAATAAAAGCTATGATCATGTGAATGCTTAAAATTTTAAACTTTTTTAGACACATCTTAATTGGATATATTTATGTGTTACAGCGTATTTCAGCATATAATATATAGTCATTATTTCCTTGTGGCTGGAACATTAAAGCCTTTCTTAGTTATTTTGAAATATTCAATTAATTGTGTCAACCCAGTTACACTGCAGTATTTAAAACATTATTTCCCATCCAGCCACACTCTGGTGACCACTGGCCCTCCTCTCTGGTCCTCCCCACACCTTTAGTGTCTGGTTCCCACACACAAATGAGAGTGCTCACTGCTTTATTTTGTCGCTGTAAACGCAGGGCTGCGGACTTGTTTATGGCAACCATCACATGTGTCTGTCTACCACTTTGCTTTTGAGCATTTGTTAGTAGACACCAGGTTTGGTTTAGTGTCATAGCTTCTGTGATTAGGGCTGTGGTAGACTTATCTGTGCAGAGATCTCTCAGACGGACGTCCCTTTCTTTTGGATGTGCACACACCCAGAAGTCCACTTTCTGTACTGCAGGATCATTTGGTTGCTCAGCTCCAGAAGCTGTCTTCTATGGTGCCAGTCTGGCTACCCATCAGGTCTCCTTTTTCTACATCTGATTAGCATTGAAGATTAACCTAGCCTGGTTAGCCAACCTGCAATTTGGATCCCTCAGTTCTGCCTCCTAGGTGCTGGTGTAGCCAGACTGCCCTGCTGCTCTACATTTACATGGCATACAAACCCTTTTTTTCATGTTGGCACTGCAAGATGGTTGCCTCCCAAGCTACTGCTCAGCTGCCGTTCCAGGAAGTAGTTTGTGTTTCTCCTTTGCGCCTCCGTTGGCCTGTGTGCTGACCAAGAGCACACTGTTGAGTTTCTTTGTACATAATGCCGTTTCTAAAGTTCCTTCTTGTTGATTTCCAGTTTACTTCATTGTTGCCACAGGACATATATGCTGTGATTTCAGGGTTTTTGGGGGTGCTTCAGGGGGAGCTAAAATTATTTTGGAAGTTGGAGGAATGGTTCAGCAGTTAAGAGCACATACTACTCTCTTAGAAAACCCAAGTTCAAGTCCCAGAAACCATGTTGCATGAGGGAAAGAAGGTGTCACAGCCTCCTGTAACTCCGGTTCTTGTGTACATAGACACAATACACATAATTAAAAACAAAATAAATCTTTAAAAATAGATTCAGACTTACTTACGGTCTGGTCTACAGGTTGTTCCATATGCGGATGTGCAGAGTTTATATTCTGCACCTCTAATATGACCTCTAACATGACCTCTAACATGAAAGGTTTTGTAAATGTCTGGCTTGTTCATTTGCTCAGTTAAACTCCACTGTTCTGTGTTGATTTTGGTCTTACTGAGATCATCAAATGAATGCTACGAAGTCCCCAAGTACACTGTGTTACAGTGTTCTCTGTTCTTTAAAGTGTGATTTTCATATTATATAATCGGTTCTATAGTATTGGGTACATATATATTTATAATTGTTATTTTCTCTTGTTGAATTGACTACTGTGTCACATAATGACCTTTACATTTTTCTTGGTAATTTTATTTCATGTGTCTGAGTATTTTGCTTACATGTATGTATGTCTGTGTACCACATGCATGCCTAGTGACTGAATGCCAGAAGAAGAGCATTTCTATCCCTTGTAACTGGAGTTAGAAACAGTTGGGGGCCACTATGTAGGTTCTGAGGTCGAACTTAGCCTCTAGAAAAACAGCAAGTGCTTGTAACCACTGAGCCGTCTTTCCAGTCTCTGGTCGGTTTTTATTTGTTTTACTTAAAATCTATTTTATGAAAGTATATCAACTCACTCTTTTTATTCTACATCTTTTCCTGCCTGTTTATGTGAACTCTGCATGTTACTGAAATACATTTCTTATTGGCAGCAGTCATCAGATCTTTTTTAAGTCCATTTAGTCTATTGTTTAACTTGGTGAATTTATTCTTTCTTTTAAGGCTGTTACTGTTGAGGACATAACCATGTCTGTCAGCCCTTTCCTTATTCGTCCCATTACTATATCTCCCGTTTTCATCTCTGTGTCTTTTTGGTTTTCTGGATCTCTATGGACAGGCTTTGTTTCTCTCTCACCTTGGAGAGTCCTTTGTATGCCTTCAGGATAGTTATCTTGTTTGTTTGTTTGTTTCATTTCTAATATTTTCCCTCTGTGGCTAGACTGTGGCCAAGGTGTCAGTGTTGGTTGTCTTGAAAGCCTGTGTTCCAACTTCCTTTCTTGATGGTAGCTATTGGGGTAGCTCTTCTCACCTACCAGATGGCTTAGTTCTGGCTCTCTTTCAGAACTCTGCAGATCCCACTTTACTCTCCCCTAGATTTCTAGTTTGGGATCTGCTGTGGTACAGTCGGGATTTCTTTGTATGGGACTCAGTGCTTTTCCTGGCTGTGTTCTGAGATTCTCAATTTGTACTGAGCTTTTGATAATAAGCTTTGGCTGATTTTACTTTGGGGCTGTTTGTGGCTTCCTGGTTCTAGTTCAAGATTTCTAAGTAGTTCTTTCTTTGAGTGAGTTTTCTGTATTTTTTCCTTATCCTTCTAAAATAACTGTACATGTAATTGTTTCTTCATGACACCAAGTTTCATAGGTAGTTTTGTTGCTGTTTTTATAAATGTGCATGCATGCTTATGTACACCTTGTTCTGTCAGGCTCAGAAATTCTTCTGCACATGCTTCTTATGCTTAGCTAAGTTCACAGTGGTATTTTTGATCTATCTGTCATCACTTATTGTCTTGTTTTTGCCGTGGTTGAGCTGTTGCCTATGCATATAAGGCAGAACTTTTCTCACTAATACTAGTAGGTGCTACTCTGACAGCTGTCTGTCAATTACTCATTGGGGTGTCTCCTGTAGTATCAAACTCTGGCATTGGGTCTGTTTTCTAGATACTGTGCTGACCTTGATGACTTCTCACGCTTCATACGAGATGTTTTCCTTATTCCTGATGCTTCAAGAATTGTTCTTTGGTCTGAATTCCCTGTCATTACATTTAGGGTCATTTTCAATCCTTCAGGACCTTTGGTCCTTTCCCATGTGATCTCCAGAAGCATCCCCTATCTGTCTTAGCTTTCCCCAGCTAGGATCCTTTTCCGTCAGGGTAGACTTTCTTGGATTGGTTCCTGCCATGGTCCCTCTGGGGATATGACTTGGTACTGTAGTATGTTTATTGCTATTGTTGTCAACTTGAGGAAATTTGGGATCACGGAGGAGACAAGCCTCCATGCATGCCTATGTGGGGTTACTTAGATTACATTAGCCTTTGGGAATACCTGTGGTTATCTTGATTGGGTTAATTGACACGGAAACATGGTCCCTAAAGGAGAATTACTTTAATCTTCGGGCTTGGGACTGAAACTACCTAAAAAAGAAGCTTCTTGAACACAAGTATTCATCATTATTTTCCTGATAGGATATTTTAAGTTCCTGCCACCCTAATACCCCAATTCCTCTTGAAGGAAAATAAACCCTTCCTTCCTTAAATTGCTTTTCTTAGGGTACTTTATAATAGCAAGTGGAAAAATCCTTTGTGCTTTGATATTTTATACAAAATATAAAATATCCAGCCTTACCACTACCCTGAGGCACTCAGGTGTTGGGTCACTTTCATCCAATATTAGCCTTTAAACTAATTTAGATATACTAGTACATATTTTTTTTATCTAGCTTTATTTATTGCAAAACAACAAAAACCAAACCAAACAACAAAATAATAGAAAAGCATAAAACAAGAACCAAATGGGTATATCCCCCTTACTACCTCCTCCCCACAAAGAGGGAATTCAAGTGAGTTCTGACTGAAGTTCAATGTCAAGACCAGGATTGTTTATTTTATGGTTTCAGGCTCCCCACACATCATCTTCTGGTTTTGTTCCTTGAGGCCAAGTAGTGCTTTCTGTGTCGGTAAGGTTAGCTTGCATATGGGGGAGTCCTAGGAACTCTGCTAAGTTTTAACCACTCACCATGTCTTGTAAGCCTGGGCATATTACAAAATGAACTGTGTATCTGGGTAACCTTTTATATATAGGAACTCGAAAAGAGTCTGTTAGTCAGGCTAAGCCTAGCACAGCTTGCGCACACCTCACAGCGCTTGGGCAAATTCCTGCAGTGTTCATAGTGTTGTTTTTAGGATGCCCTCAATTTTTGTGTATGTTTCACCCCCAGAACCTAATTAGTATCACGAACATTTTCCAGAAAGAACAATAGAATATATTTATTTTTAGTTTTTCCTAAGTCCAGGGGTGTTGTTTCTCCAGGCTACAGCATTTGTGTAGTGCCTTCATATTTAGTATCACCCACAAGCTTTGATTAGCATTCCCACTGGAGATTGGCTTTTCAGATTCCTTCTCTGGGGTGCTCTCAGGTGAACCAGGCTGACTCCGGGACTCTTTTCTTTTGTAAGAAGTTCATTTATTATTTAAATGAACTGTTAGCTCTGGAAGTATTTGCCTGTATGCATGTCTGTGCATTACATGCATGCCTAGTGCCCAGAGGCC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Seq C2 exon
GCGGGTGCCAATATTGACACTTGCTCAGAGGACCAGAGGACCCCCCTGATGGAGGCCGCAGAGAACAACCACTTGGACGCAGTGAAGTACCTCATCAAGGCCGGAGCACAGGTGGATCCGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007242:ENSRNOT00000066777:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.375 A=NA C2=0.244
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002325=Ank=PU(67.7=58.3)
A:
NA
C2:
PF0002325=Ank=PD(25.8=19.5),PF127962=Ank_2=PU(26.6=61.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
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Fruitfly
(dm6)
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R:
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INCLUSION PATTERN[edit]