MmuINT0055975 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036893 | Ehmt1
Description
euchromatic histone methyltransferase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1924933]
Coordinates
chr2:24661734-24669151:-
Coord C1 exon
chr2:24669047-24669151
Coord A exon
chr2:24661889-24669046
Coord C2 exon
chr2:24661734-24661888
Length
7158 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTGAGT
5' ss Score
9.54
3' ss Seq
CTCATTTTATCTCTGTGCAGGAG
3' ss Score
9.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGACGGTGGATGGACACCTATGATCTGGGCCACTGAGTACAAGCACGTGGAGCTGGTGAAGCTGCTGCTGTCTAAGGGCTCTGACATCAACATCCGGGACAAC
Seq A exon
GTGAGTTTTCACGGTGCTTTGGGGACCTTAAGCAAAAGCCTTTTAGAAGCCAGAGGAGCCAGGCCGCTGAGCAGCTCCTCCTTCTGGAGGCCTTAGATCTCTGAAGTCGAGTTCTAGCACATGATGGTTATTTTGGCCCTTGACCCAACGTAGATCTTGTACTGGATCCCTGCAAATCTGGCCTGGTAAGAGTTCATGGGTGTGTAGCTTGTGTGGATCAACTGCCCGATCCTTTTCTCTTGACTCATGTCCCTGACTGACATGACCTAGGGGAGGAGCCCAAGAAAAACCACTAGGAACCAGGTCTCATGTAGGGTCGTGATCAGAAAGAGAAAGAAATGTGCATGATCTGACCTAATACACTCTGTGGTGCCTAGTTTTAGAGTCAGAGAAGTAGTTTTGTTATCCCTGTAGACATTATGTGACTTTTTCTGGGGATAGCTGAACAAATGTCCATTCATCCCAGCTAGGGTACTGATCACAGATCCAGGAGACAATTGTACCCATCTTTTGCTAAAATTCCTTGTCACAGAGATGGAAGCAATGTCTATCTTCGTAAGGTCCTAAACAAGCTGAGCCATGATTATAACATTGTTGTTTGCTTTGGGGTGGGTTCTCCAACATCAGTATTATCAAGACAATTGGCCAGAGGCTTATCTGATTGGGATAATTCTTTAATTGAAATTCTCTCTTCCTAGGTGATTCTAGCTTGTATCAAGTTGATGATAAAAATTAAGCAGCACAAATGTATCACTAACTGGTTCTAGTGTGCAACCAACAGCAGTAGAAATAGCCTTGATGTTTGTGGACTGTGGCCTAGAGATTCTCATTTAGCAACCTTATGGCTTCCAAGAACACCTTTTCCCACCCATGCACTGTACCCTCATTCAAACTCTTTTAACTGCTATTTTTATTGTTCTTCCAGATGCTTTTCCAAATCTGCAACTTACTCAAGAGTTACATAATATGAAACCTTGTTAAAGAGAGGGGACAGAATCTCTTAAGGGCTATCCTAGTCTATTCCAGGCAAATTCAAGTTGTGTAAAAACTAAAGAAGCAATGTTAGTTAGCAAGGTCCAGTACAGCCTGAGTTACATGAGTTTTGTTTAAGAGCAGCGTTTGGTATGGGCATATGAGTGGAGTATGTTAGTTCTTCTAGCCTTCCGTAGTCTAGCATTCTTCACAAGCTGTTTGGCTTTATTTTAAGGTACTGCTGAGCGTTCGTTCGTTCGTTCGTTCGTTCGTTCGTTCATTCATTTGTTGAGATAGATTTCCTCTGTATAGCCTTGGCTGTCCTAGAACTAGCTTTGGAGTCCAGGCTGGCCTCAAGTTCACAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCAGAGTGTTGGGATTAAAGGTGTGTGCTACCACTGCCTGGCTGATACTGAGGTTTTTACGTTTCATCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTCCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTAGGGGTGGGGGTTGCACATGTAACAGGACTATATGGAGGTTAGAGGACAATTTTCAGGAGTCAGTCCCTTTTCTCTATCTTTACATGAGCTCTGGGGATCAAACTTAGGCTATCAGACTTCTTTAGCAAACACTTTGACTTGCTCAACCGTCTTGTATTTCACTGACCCCTAGAGTTTATAATTTTCAAAGTTTTATGTAAATGATGTCCAGTCCTTTGGCTTTCATAGCTTTGTTGAGAAATAAATACCACTTATCTTTGAAGTATTGTTTGCTGTTCCTACAATATCGAAGGATTAGTTAGCTGTCAAGTTTGGTTTTTGTGTTGGTTTTGTTAGTATGTTTATTAGTATCAGGGTCTTATTATGTAGCTCTGGCTGGCCTGAGCCACTATATCTACATATGACTGGCCTTAACTTCACAGCAATCTCTCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGTTGGGATCAAATGCATCTGCTACCACACTTAGTCCTTAAGTTTGTTACTTACCCAATATGACACTGTATTTAGCTGCTTTGACATGTAGTTGCAGACTAAATGAATTTAAAGTGCATAGTGAGCTCTTCACATTTGGCCATCTCTCTGGATCTTATCATTTGTCATGGTTTTATCAAAATGGAGGCTAATTCTCTGTAGGAGTGACTGTCCTGGATTCTTTTTACACTCTGGTCGTTTTTTCTTGTTACTTGAAATGTCTATTTATTGGCCATTTATTGGCCCTCTGTTGGTGAACACATGAGTTGTAAATATTTGTGTCCCAACTTTTCCCAAATGAATCCTGGAAATGGAGGAGCCACCACATTGTCTCTAGAGTGCTTACTGTTTCTGGCTTCTGGTTGTTGTAATCTTCATTTCATTTTTATTTATGTAATGGCTGTTACATCTTCTCATGGACTCTTTTGCTGTTTTTGCTGTTTTATAGCTTTTTGGTCAAGGATGTATTCAGATCTTTAGCTCATGCTTCGTTGGGTAGCAGCTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGATGTTTTTGCTGTTGCTGCTGCTGTTCCTTTTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGTTATTGCTGCTGCTTCTGTTTTTGCTCCTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTTTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTCCTACTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGTTTCCCCCTTCTCCTTAACACTCACTGAGTAGCTTTGGCTGCCCTGAAACTTGCTATGTACTGGCCTGGAAAAGTGCAAACATTAGAATATTCTTTGTTTTCATGTATGCGTGTGGAACCTGCTTCCTATATCCTATTTAAGAGCATTGCTTAGCTGAACATGATAGCTCATGCTGCTGCTTCTTCTTTTTTTGTTTGTTTTTTTGTTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGCAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCAGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCATTCCCGTCGGCTTAATGCTTCTTAATCCCAGCACTTGAGAGGCTGAAGCAGGTGAATTGTTGTGAGTTTAGCCAGGCCACTCTGGGGTAGAGTAAAACCCTTCTCAAAACAAAAACAAAAAAACAACAGCAAAAATCACTGTTTTAACTGAAAGTGGTGTTCTTTTGTGTTTTTACAGTGGCATATAATTTTTAACTTTGCATTTAGGCCTATGGTCTATTTTGATTCAATTTTTCTATATGGTGTGAGATGTGGATGAAGGTTTTTTGAGACAGGCAGAGTTCCTCTGTATAATAGACCTGTTTGTCCTGGAACTCGCTTTATAGACTAGGCTGGTCTCAAACTTACAGAGACCTGCCCTTTTCTGCCTCCTGAGGACTGGGATTAAAGTTATGCACCCCTTGGCTGCTGCTGCTGGTGTCCCTCCCCCTCCCCCTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCCTTACTTATCTTCCTTTTCATGTTAGCATTTGCCATTGCTGAAGTGGAGCAAGACACTTTTTTTTTTTTCCATAGAGCTCGAGATCTCATAGACAGGAGAGCAGCTCTGGCCTAGTTCACCCTTGTGGAGGCCTCAGTAGCACATGTAGCAGAAGAGTCTTGTTTCTTTCCATCTTCCACCTTAAACTTGAGGCCATTTATTTCTTCATGACCTGTGAGTACGTCCTGACCCTTGGTCACATGTTACTGCTTTGTTTGAGCAGACTGACTTCTGGGAAGACTGTCAGCCATGCCTTGCTCCTCTCCAACTAGACCTCTATTCCGTCTCTGCTTCCTCCTGCTACTCATGCTATTTTCATGGCAGCATGGCCTGTATCCTGCCTCATGTTTGGAAATGTTTGTGCTTAGTGTAGAGTTCTTTCTGGTCAGTGGGTTTATGCTGTGCGTGTTGCTTTCCAGAGTCTTACTAAGATCTGTGGGAACGGGTTTACCTTTTCTTGTGTGAGTTTGTGCAGTATGTGCTTTTTCTTCAAGCTGTTATGAAGACTGTGATGTGCCTTGGTGCTACTTATCTCTGTGTAGCTGTGGGTTGATCGGATGTCTTAAATCTGTGATTCAGGGTTTTTGTCAAATTTTGAATTTTGGTTGTGATTTCTTCCGATAATGTGAATTAGACTGTAAGAACTTGTCCTGGTGGCTTTGGATGGTCTTGTCAGATTGTACATACTGGCTTTCCACCCTAAGTTTTGGTTCAGCTGGTTTTAATTGTGTGCTCTAATATACTACCCTTCTTTGTTGTTGTTGTTGGGTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTTTTTTAACCTTTTTCAGCTCTCTGTAATTTTTTTCCTTTATTGTGTGTTGGTGGGAATGGAATCGAAAGGCTTTTGTTTGTAATTTCTACCATGTCTAATTACCTTCTGAGTGTGTGGGACCCAATTATACCAGGTGCCTAATGGTCAGATTTCCAGTTCAGTATCCATACCAGTTCTGGTTTGTCAGTGGTCAGTTTTACCTCCTATCTGTGTGTCAGGACTTAAAGCCAGATGCCAGTTTGTCTATATTCTTGAGGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTACAGCCATGGATGTGGGGTCTGTCTAATTCTCTTGTGGTTTGTTCTCTGGTCTGGTCTAGTGAGTCTATAGCAGTTCTCAGTGCAGGATGATAATGGTCCATACGCTGATGGTGCTTTCCACCTGGCTGAAGGGATGGCTGAAAGATTGGAGCCCTTTGGGTGTTTTCTCTCAGGTCCGCTCATGTTGCTCTGTGGGAGGCTTGGTCTTGACAGGCCAATGCAGCTCCATCTCCTGTATGGTTCCTGTGGTATCTGACTGAGTAGGCAGCTCCAGCTCCCTGGTCCGTCTCCT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Seq C2 exon
GAGGAGAACATTTGTCTGCACTGGGCAGCATTTTCAGGCTGTGTGGACATAGCTGAAATACTTCTGGCTGCCAAGTGTGACCTGCATGCTGTGAATATCCATGGAGACTCACCCCTGCACATCGCAGCCAGGGAGAATCGCTACGACTGTGTTGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036893-Ehmt1:NM_001109687:17
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PD(35.1=94.3)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PU(51.1=90.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: