MmuINT0063658 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000047730 | Fcgbp
Description
Fc fragment of IgG binding protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444336]
Coordinates
chr7:28860077-28870511:+
Coord C1 exon
chr7:28860077-28860426
Coord A exon
chr7:28860427-28869940
Coord C2 exon
chr7:28869941-28870511
Length
9514 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGT
5' ss Score
10.75
3' ss Seq
CCACTGTCACCTCTCTGCAGATC
3' ss Score
10.69
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGCTCACCCCAGCAGAGGCATCCTGCCAAGGCATTCAGTGTGCATCTGGGCAGCGCTGCCAGATGGTGAGTGGGAAGGCCAGGTGTGTGGCAGAGTCCACAGCTGTCTGCCGTGCCCAGGGTGATCCCCACTATACCACCTTCGATGGCCGTCGGTATGACATGATGGGCACTTGTTCCTACACCATGGCTGAACTGTGTGGATCAGATGAGACCCTGCCAGCCTTCAGTGTGGAAGCCAAAAATGAACATCGGGGCAGCCGCCAAGTCTCCTATGTGGGCTTGGTCACAGTCTATGCCTACAGCCATTCTGTGTCGCTGGTTCGTGGGGAAATTGGCTTCGTTCGG
Seq A exon
GTAAGTGTTCAAAGTTTAACACCCATGAGCAGTCAAAAAATAAGAGCCAAATCCCTGGTGTTAGACCCCTCAAACTCAAGGCCTTTTTTATAGGTGAGGTGGTAGGGAACTGGTGAGATTTGAAAGCCAGTAGCAGATCTTTAAAACCTTTCCCTCACAAATGCCACTTCTAGAAATGTTAAGGATGTGGTTAGAGAGAAAAAAAAATATCTGATGCTATTTGGAAAAGCAAAAAGGAATTTTTAAAAAGAAAGTGACAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGTACTAACTGTCCGAAAATAGGGGAGCTGTGATGTGACATAATCAGTTAGTGATCATGTGCTGTGCCAGATCCGTCCTCACTACATGCCATGTTCAGCACTTACAAGATCTCTTTGAGATGACACTGACACTGCTCTGTAGTCAGGGCAAGCGTCAGCTCTCTCCCTTCCATGCCACATCACTGCGGAATTATGGCAAAGCCTCCAAACAAGCTGAAGTCGCCATTTAGTTTGAGAGTCCCTTCTCTGAGATGCTGAGACCAGAAGTGCTTCAGGTTTTGAACTTTTAAAACTTTTGGAAAACTTGCAATATACATACTGTGAAGGGACTCAAGTCTGAACGCAAGATTTATTCAGTTTTCATACAGTCCTAACCACAGAGCCTAGAGATAATTTTATACACTGTGTCCAGCGCACAAATTTTTGAAGCTTATTCATCTTCCTGGTATCAGGGAATGAACCCATGTGTAGCATCTTCTTAATGCTCACAAAGTGTCTGATTCGTTCATTTATTTCAGATTTCAGATGTTGGAGTCAAGGGTATGTAATCCAGACAATGGCCACTAGGATGCCAACCCCTGCACAGATTCTAAACACTGTAATTAACTCTTCCTTTACCAGAGATACCCATCTGTACATTCCTGTCAGACTAGCAGTTTCTCTTTTTTTTAATGTACTTGAAAGTCGATTCCAGTCACCAGAACATGTCACCAAAAAGACTTCAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGTTAACTAGAGTGCAATGTTTAAGTAATTTTATTTGCTTAATTTCTGGATAAATTTATATGTATTAAAACTTGGAGCTGGGCCATATGGGATAGGCCTAAATCCAAGCTACAGGGGAGGCTGTGTGGTGAGCACAGCCAGGCTGGGAAAGGCAAAGCAAAGAGAAGATGGGAAAGTAGCTGAGTGCTGTGGTATCTGCTTAGACGGCAAGTGAGGGACCAGGTATGCAGTCACTGGCAGAGTGCTCGCCTGGAACCTACAAAGTCCTAGTTTCTGGTTTAATTTTTATCTCAGTCAGAGTCTTACTATGTATCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTGTGCAGGCTCAGTGGCCTGCCCCTTGCATAGATCCACCTCTCGGCTTCCCGACTGCTGGGTTTGAAAGTGTGTGCACCACACCTGGGAAGCACTAGTTTCAACCCACAGAAGCACACACATCCCCTCTAAAAATCAAATTCCCACACCATTGGTGTGTGCTTCCACTACAACCGCATTAAGATGGAGATTTTCTTTTTTTTTTATTTACTTTTTTATTATTGGGTATTTATTTCATTTACATTTCCAACGCTATCCCAAAAGTCCCCCACACCCTCCCACACCCACTCCCCCACCCACCCACTCCCACCTCTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGAGACATATAAAGTCTGCACGACCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACCAGGCCATCTTCTGATACATATGCAGCTAGAGACACGAGTTCTGGGGAGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCCCCAGCTCCCTGGGTATTTCCTTCAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCTTCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGAGAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCCTTTGGAGGCTGATTATGGGATGGATTCCCGGGTATGGCAGCCTCTAGATGGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCCAAACTCTGTCTCTGTAGCTCCTTCGATGGGTGCCTTGCTACCAATTCCAAGAAGGGGCAAAGTATCCACACCTTGGTCTTCATTCTTCCCGAGCTTCATGTGTTTCACAAATTGTATCTTATATCTTGGGCATTCTAAGTTTCTGGGTTAATATCCACTTATCAGTGAGTACATATCATGTGAGTTCTTTTGTGATTGAGTTACCTCACTCAGGATGATGCTCTCCAGGTCCATCCATTTGCCTAGGAATTTCATAAATTCATTCTTTTAAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAAATGTACCAAATTTTCTGTATCCATTCCTCTGCTGAGGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTGGGACATCTTCTGGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCGGGATACTCCGGTAGTACTATGTCCAATTTTTTGAGGAACCACCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTTCACATCCTCGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTTATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTAATTTGCATTTCTCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCCATTCAGTATTCCTCAGGTGAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGAGCCCCATTTTTAATGGTGTTGTTTGATTTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTTTATATATTGGATATTAGTTCTCTATTTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTTTTGTGTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAATTTTATGAGGTCCCATTTGTCAATTCTTATTCTTACAGCATAAGCCATTGCTGTTCTATTTAGGAATTTTCCCCCTGTGCCCATATCTTCGAGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGATTTTATGTGGAGTTCCTTAATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGGAATGGATCAATTCATATTCTTCTACATGATAACCACCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCACTGGATGGTTTTTGCTCCCTTATCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATAGGTCTACTTGTCTGTCGCTATACCAGTACCATGCAGTTTTTATCACAATTGCTCTGTAGTAAAGCTTTAGGTCAGGCATGGTGATTCCACCAGAGGTTCCTTTATCCTTGAGAAGAGTTTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAATTTGGAGATTGCCCTTTCCAATTCATTGAAGAATTGAGTTGGAATTTTGATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAGATAGCCATTTTTACTATATTGATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTTAATTTCTTCCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTATCATACAGATCTTTCACTTCCTTAGTTAGAGTCACGCCAAGGTATTTTATATTATTTGTGACTATTGAGAATGGTGTTATTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATTCTTTGTGTAGAGAAAGGCCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGATACTTCATTGAACCTGTTTATCAGGTTTAGGAGTTCTCTGGTGGTATTTTTAGGGTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATATTTTGACTTTTTCCTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTAGAATTGCTCTGGCTAGGACTTCAAGTACAATGTTGAATAGGTAGGGAGAAAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGCTTCTCACCATTTACTTTGATGTTGGCTACTAGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCATGTTTAGGTATAGGCCTTGAATTCGTGATCTTTCCAAGACTTTTATCATGAATGGGTGTTGGATTTTGTCAAATGCTTTCTCAGCATCTAAGGAGATGATCATGTGGTTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATGTAGTGGATTATGTTGATGGATTTCCATATATTAAACCATCCCTGCATCCCTGGAATGAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGATTGTTTTGATGTGTTCTTGGATTCGGTTTTTCGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGCATCGATATTCATAAGGGAAATTGGTATGAATTTCTCTATCTTTGTTGGGTCTTTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATTGTGGTTTCATAGAATGAATTGGGTAGAGTACATTCTGCTTCTATTTTGTGGAATAGTTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGCCCTAAACCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTTTGGTTGGGAGACTATTAATGACTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATAGGACTGTTTAGATCATTAACCTGATCCTGATTTAACTTTGGTACCTGGTATCTGTCTAGAAATTTGTCCATTTCATCCAGGTTCTCCAGTTTTGTTGAGTATAGCCTTTTGTAGAAGAATCTGATGGTGTTTTGGATTTCTTCACGATCTGTTGTTATGTCTCCGTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTAGGATGCTGTCCCTGTGCCCTTTAGTGAGTCTGGCTAACGGTTTAT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Seq C2 exon
ATCGACAATCAGCGCTCCCGCCTCCCTGCCTCTCTGAGTGAGGGTCGCCTACGTGTGCACAAAAGTGGAACACGAGGTGTGATAGAGATGGACTTTGGGCTGGTGGTCACCTATGACTGGGATGGCCAACTGACCCTGAGCCTGCCCAAGCGCTTCCAAGACCAAGTGTGCGGGCTGTGCGGCAACTATAATGGAGACCCTGCCGATGACTTCCTCACGCCTGACTTGGACCAGGCTCCCGATGCCTTGGAATTTGCAAATAGCTGGAAGCTGGATGATGGGGACTACCTGTGTGATGATGGCTGCCACAACTCTTGTCCCTCCTGCACCCCAGGGCAGACCCAACACTACAAGGGAGACCGTCTCTGTGGCATGCTAACTCTGTCCACAGGCCCCTTCTCTGCCTGCCATGAATTCCTGGACCCCAAGCCTTTCCTAGATGATTGTGTGTTTGACCTGTGTGTCACTGGAGGGGAGCGACTCAGCCTGTGCCGGAGCCTTAGCGCCTATGCCCAGGCCTGTGTAGAACTGGGTGTCACCCTTGAGAACTGGAGATTACCAGCCAGCTGCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000047730-Fcgbp:NM_001122603:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.009 A=NA C2=0.016
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009420=VWD=PU(50.6=67.5)
A:
NA
C2:
PF0009420=VWD=PD(48.1=39.3),PF087426=C8=WD(100=39.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: