MmuINT0064360 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031594 | Fgl1
Description
fibrinogen-like protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:102795]
Coordinates
chr8:41200445-41209883:-
Coord C1 exon
chr8:41209697-41209883
Coord A exon
chr8:41200605-41209696
Coord C2 exon
chr8:41200445-41200604
Length
9092 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGA
5' ss Score
7.41
3' ss Seq
TATCTTGTTTTTGTAAACAGATT
3' ss Score
8.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCTCGAGAGTGAGAACTGCTTGCGGGAGCAGGTGAGGCTCAGGGCTCAGGTGCACCAGCTTGAGACCCGGGTCAAACAACAACAGACCATGATTGCACAGCTCTTGCATGAGAAGGAAGTCCAGTTTCTGGATAAAGGATCGGAGAACAGTTTCATTGACCTTGGAGGCAAGAAGCAGTATGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGTTCAGAGATTTACAATGACGGATTTAAGCAGAGTGGATTTTACAAAATCAAACCTCTTCAGAGCCTGGCAGAATTCTCTGTTTATTGTGACATGTCTGATGGAGGGGGATGGACTGTAATTCAGAGACGATCTGATGGCAGTGAGAACTTTAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031594:ENSMUST00000034003:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(1.3=4.8)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(23.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types