RnoINT0060943 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010714 | Fgl1
Description
fibrinogen-like 1 [Source:RGD Symbol;Acc:620169]
Coordinates
chr16:54165027-54173973:+
Coord C1 exon
chr16:54165027-54165213
Coord A exon
chr16:54165214-54173813
Coord C2 exon
chr16:54173814-54173973
Length
8600 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGA
5' ss Score
7.41
3' ss Seq
TTATCTTGTCTTGTAAACAGATT
3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTCGGAGATGAGAACTGTTTGCAGGAGCAGGTCAGGCTCAGGGCTCAGGTGCGCCAGCTTGAGACCCGGGTCAAACAACAACAGGTGGTGATTGCACAGCTCTTGCACGAGAAGGAGGTCCAGTTCCTGGATAGAGGACAGGAGGACAGCTTCATTGACCTTGGAGGCAAGAGGCATTACGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGTTCAGAGATTTACAATGATGGATTTAAACATAGTGGGTTTTACAAAATCAAACCTCTTCAGAGTCTGGCAGAATTCTCTGTTTATTGTGATATGTCTGATGGAGGAGGATGGACTGTAATTCAGAGACGATCTGACGGCAGTGAGAACTTTAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010714:ENSRNOT00000014248:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(1.6=4.8)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(28.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]