MmuINT0079335 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000079615 | Hspa14
Description
heat shock protein 14 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1354164]
Coordinates
chr2:3420009-3428369:-
Coord C1 exon
chr2:3428287-3428369
Coord A exon
chr2:3420058-3428286
Coord C2 exon
chr2:3420009-3420057
Length
8229 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
TTATATTTCCCCATGAACAGCTC
3' ss Score
6.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTTGGACTGGCAGCAAAACAAAGTAGAATAAGACATGTTTCAAGCACAGTAGTGAAAGTGAAACAGATCCTTGGCAGAAG
Seq A exon
GTATGGCATAAAGTACTTTAAGGTATGGTAGCCAAACATTCAAACCATGCTTGCACATTCTGGGCAGAATGCTAAGGAAACGAGAGACACTCCAGACTGTTTAATGGCGGTTACTTTAGGGAGAGCCCCAGGGGGGTTGTTCAGAAGTTTGCTTCTTGCTGACAGGTCTCATAGTATTAGTGAATGCCAGCACTCACTTCTAGTCATTTATGCCAGTCACAAGTGGTTCTTTGGCCTTTTGCATTCTTGTATCTCCTTGAACTGAGTGAACTAGAATTATTTTGTTGGAATTGGATGATTTCTCTGCATGGTGGTTGAGTTTTGTAAAATCTCTTATCACTGGTCATAATTTCTTCAGCTACTATTGATTTTCCTCCTTGGCCCTTTGTGACACTTTCTGGGAACTAACTTTTCCAGTTGACTCACAAATGTAATCGCTGGAGAAACAGTTTAATTAATATCTTAAGAAGCAGGTCAGTTATCTGTTATGACTTTAATTAGAAGATTCCAGAGGCTTGCTTCCCCAGACTTCCGTCTGTTCGAATCATAGATTATCCTAATAAGTAGGGCCCTTTCATTTCCTCTGGAGTGTGGTGCTTGGCGATGTTTGAGTGTTTTCACATCTATGATGCTATTGAATCCTCTCCATCCCCATAAAAACTGGTTGGCCAGGTATCAGGAGGTCAAGGCACCCGGAATTTGTGACTTTCCCAAATTACAGTGGTGAATTAGATAAGCCTGCAGGTGGGGACTTCTAATCCTTAGCTCCCTCTGCCTTTTCTTCTTCATTTAAGTAGGATGTAAATATTAGGCATTTCTTTGTATTGAATTTAAAACTTGGGGATTGTTAATTAGATTGAATATTTCATTTACATAGGCATGTTTATTTCATGAGCTCTTGACTGCTTACACTAAACTTGATATCACTCTATTAAAGAATGAATTCAGATGTTTTTGTGTGATTATAATCCTATATTCATTAATGTTGGTAGGTGTTATTAAGCGTATTAAAATGTACTGGTAAGCATATTAAAAATAAATTGGCAGCCAGGCGTGGTGGTGCGCGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTAAAAAAAACAAAACAAAACAAAAAATTGGCATAAAATGTTTTTGAATTGTAAGTGGGGGTATATGAAAGATCTCAAAGCCAGAGTCATTGAGGAGCCAGGAATTGTTAAGTAACCTTCCCCCTTTGGAGATAATTTTCGTTTCCTGTGAGAGAATGAAGGTGACCAGTATATTATTAGATTCACCGTTTCTGTCAGTGATATTGTCCTACAAGACTATAGTTGAGCATCGCAACCAGAACACTAATGTTGATTCAGTCAAGACAGAGAGCCTTTCTGTAGGATCCTCTCGAAGCCAGTAGTGTTTGGATTTGTTTCCTTTATGCCTCCAGAACTGTCACTTTTCAGATTATGTACTTTGTATCAGCAGACCAGCTTAAGCTTGCTTTTCTGGCCTTGAAGGTTAAATCCTTTTAGTAAGAATGCAGCAGTGAGTCCAATGGGTAACACACAGGCACACCACACTAAATGGATGCAGCCAGTAAAAGGCCAGTGCCATTCAGACAGACCCAAGGCCATGGCTCTGCTAAGACTTCTCTTGAGTTAGCTGCCTCATGGTCGGGTTGTTTCCTTCTTGACCTAACCAGCCATGGTTATCTTGGGTCTCAGCCATGGATGCGCTTAGCCCTTGTAGAAGAGCGAGTCCTTTTGTTATCAAGCCATTAAACCCACAGTCCATCACTTCCTATGGGCGGATGAACTCCCAAAGTCTTGACCATATGCTGCGGAATCTGCACACAGGTAGCACGGCTTCTCTTGCTGCCAGGATGATCCTCACACCTGCCCTGTAACTCTCGTTCCCCTGTGGCCTTCCAGCCAGAAGTGTGGTCCTCAGACCTGCCTTCTCAGCAGAGTGCCCTGGGAGGAAAGAACCAGCAGGCTCCTGGAAACATGCTGAGAACACCCAGAGCTTCCCCACGCCTCGAAAACTGTGCCCTGCTGCCTGGGAGCTTGCTTCAGTAGCCTTCCTTCCCTGCCCACCATGGCAACCACTAATAGCAGTGCGGGCATCCGGTGGTCCAGACAGGAGACACGAACTCTTCTCTCCATCCTAGGTGAGGCAGAGTACATCCAGCGCCTCCAGACTAGGCATCACAATGCAGATATCTATCAGGCGGTGTCTAGGCGAATGCAGCAGGAGGGCTTCTGCCGCACCGAACGCCAGTGCCGCTCCAAGTTTAAAGTTCTGAAGGCATTGTATTTAAAGGCCTACGTTGCCCATGCCACAAGTATGGGGGACCCACCGCACTGCCCATTTTATGATACGTTGGATCATCTTCTTCGAAACCAGATAGTGACTGACCCAGACAACTTAACGGAGGCTGCTGCTTGGGCCAAGCACTGTTATCAGAATTTGGTAGCCTCTGACAAGCCAGGGCAAGAGGGCACCAGCATTCGGGAAATGAAAAGGACACAGACAGCTTGTCATCATCGTATTTTGCAAACAGTTAAGGAATCAAATGAGGATTGTCACCTAAGAATCAGTGACCAGACACAAGAAGCCAGTGACCTTGAGGGCTCCTGGGATGACTCCTTGGGTGCAGGTAACTCCCAAGCATGAGAGGGACTGGGTCTTAGAGTCACTTGGTCCTAGATAGTGTTAAAAGATTGGATAGCGCTCTCTTGAGCATAACTCTCATTTCTGTCTCATTGAGCCCCCTCTCTAAATACAGTACTCCAATTTCTTACCTATGACCCTGGTATATAGTCAAACTCTTCACACGTAAAGACATGGTCTTTCAAAGCATCCTAGTTTGGGCATTATTTGTGCATGCTAGGCAGATGCTACAACCCTGAGTGACTTGTCTGGCTTTGGGCATTATTTGGAATGGGTACTTAGGAATATATGGGGGGAGGGGTTGTGAGTAGGACAGCCACATGAAAAGCGTCTTGGGGAATATACTGCCATTTTTATAACTGGTTAAAGAAGCCAAAATGTCCACATTATAGAATCATTTCCCTTTTATCCCCTTGTGGAAAGAGGCCTTCCCAAGAATTACATATTTTTGTGTCTCAGCTCTGCTGCTGGCTGCAGGCATTCCCTTAGCGGAATGTCCTCTCTGCAACGCTGTGGCTTTGTTTTTCAGGGTGCTCTCAAGGGACCCCCAGCTACAGCAGCTCCCACCACCTTTTCAGAGGTGCAGTTGCCCCCTGTCAGAGCAACCCCATGACCAGACTGGGTGTGTCGAGGGAGTCAAGTCCCTGCACCAGCACCAGCCGCAACCCTCCTGGGGCAGCCTCCACACCACAGCCTCCAGGCTCTTCCTCAAGAGTTGCTTTTCTCTCTGGTGGGGATAGACCTCTGACCAGGGAGCCCTCTCCAAGGTGGGCCAGGCGAAGAAGGCGCTCAGTGGCCAGAACCATTTCATCTGAGTTGGCAGAAAACAGGAGGTTGGCGCGAGAACTCTCCAAGAGAGAGGAAGAGAAGCTGGACAGGTTGATTGCTATTGGTGAGGAGGCCAGTGCCCAGCAAGACACTGCCAATGAGCTGCGCAGGGATGCTGTCATCGCAGTCAGACGCTTGGCCACAGCAGTGGAAGAAGCAACTGGGGCTTTCCAGCAAGGGCTTGAGAAGTTGCTTCAGAGGTTGATTTCAAATACCAAAAGCTAGGAACTGATTGAATGGACACCTTTCCCAAACTGGTACAAGTCTGTTTCTAACAACCACCTTCTGGAACCCTGGCTCCTTTCTGTGTCTTCAGACAAAGGAACAGATGAACTGTTAATACGCAGAAGAGTAGTGAGTTCTTTTTCCTAAGATTCTCCACTAATGGAAAGGCCCTTGAGGAATGAAGAGTGGCCTGGTAGAAACCAGAAGGAATCAAATCCAAGAGCTAGTTTGTTCTAGCTTCCTCACAGTGTGGAGCAATTTTCTTTACCTCTACCACGATCTCATCTGTCAAGGCAGATCAGTAGTCATTCCTGCCCTGCCTACCTCACAGGGTTGTTGTGAGGATCAAGTAGTTTATAGATGTGAAAAGGTTTGAAAGTTTGAAAGCACTGTATAATGTAAGTTATTAATGCATTTGCCCTTGGCTAAGGGGAGCTGGGGTAAGCACATTCGTTTACAACATACACAGGTATAGCAGTGTCCTGTGACCTCATTGCTTGAGTCTTTATCTGTTTAATTTGTTGGCCTCTTAGATAGAGGTCTCAACTTCTTACATCTCTCTGTGGCTCCCTAGTCTAGGCACAATTGCATTTGTGTCTTTGTCTCTTACATTTTCACTGCTGTATCCCTGACCTACCTACTAGCAAACACCCCTTGGTCCAACCAGGTTTCTCTCTTTCATTTTACTAGTTCCTGGTCTCTATAGAGATGAGCTATTTGAGCACTGTGGGAGGTAAATATCTCATATTGATAGATTTTGATGAGGTAAAATAGTGACTTTTATGAAGTAGAAAATGTAAGTAAATTCTTTGCATTTAGTATTATCTGAGGCTCTTTAAATGCATAAATTGTGTGTTTACATTGTGGTTGGCATTTGAACATGGAAATAATTTGGATTAATGCATTTGCATCAATCCATTTCCAATCTACTTGTGGCTGATTGACTTTGTTTCTGTTAGTGGGTGTTTTGTTTGGGCCCTACCATGTAATTGAGGGCAAGCCTAGATCCAGAGGAACTTTTTTCCAAGTGATGTAAACAAGAGTTGGTAGGGTTAGTGCCTGTGATGATAGAGAGCAGCTCCCTTTGCTCTTGAGCCTGGAGAATGCTAGAAGTGGTAAAGACCTCTGCCCAGAGATGGTTCTCTTCAAGCTCACGCCCCGAGCAAGTACACTCCCCTGACCCAGGCACACGTCCTGGAGAGGAGTTGGTG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Seq C2 exon
CTCTGCAGATCCACAAGCTCAGAAATACATCTCAGAAAGTAAATGCTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000079615-Hspa14:NM_015765:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: