HsaINT0077899 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000187522 | HSPA14
Description
heat shock protein family A (Hsp70) member 14 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29526]
Coordinates
chr10:14840075-14848657:+
Coord C1 exon
chr10:14840075-14840157
Coord A exon
chr10:14840158-14848608
Coord C2 exon
chr10:14848609-14848657
Length
8451 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
TTATCTTTCTTTATGGACAGCTC
3' ss Score
8.28
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGTTGGATTGGCAGCAAAACAAAGTAGAATAAGAAATATTTCAAATACAGTAATGAAAGTAAAGCAGATCCTGGGCAGAAG
Seq A exon
GTATGGAATCAAATGATACTTTTAAATATGGTAATAGGAACATGTTCATAAATTCTAAGCATAATGTGAAAAGAAATTAGAAACAGCATAGTTTGTTTCTTCATTGCTTTTTATGACTGAGTCATTACAGAGAGTACCCCCAGTAGGCAGTGTCTTTTGATTCTTAGTGTTGGATCTTCTCTGATATGGGATTCACTCAGATGTTAGTTTCTTGCTGACAGGTCAATTTGGTAATTTGCGTCAGAGGTGGTAATTTGGATTGTTCACATTTTTAGATTTTTTTTAACTGAGAGGATTTCAAAGATTTTGTGGGAATTTGAAGACTTATTGACAATGTGGTTGAATTTTGCTGAATCTATTACAATTTTTCGTAATTTATGTAGACACTATTGATTTTCTTCCTCAGGATCTTTTGTGACACTTTCTGGGAACGAACTTTTCCACTTGACTTACAAATTTAATCATTAGAGTAACAGCTAAATTAACGTCTTATGTAAGAATCAGATTAATCATCTGTTGTAAGTTTAATTAGAAGATTAAAACAGGCTTGCTTCCCCAGACTTCTGTCTCCTCAAATTATAGATTGCTATAATAATTAGGGGTTTTCATTTTCACTACTGTAGTAATACTTGATAGAGTGTTTTTAAATTTTCAAAGTGCTTTCACATCTATTATTTTATTTAATTCTCTCAACATCCTTGTAAAATTGGCAACGCAAATACTATCATTCCCCATTTATAGATGAGAAAATCAAGGTACAAAGAAATTGTGGCATTATCCTAGGGGGTAAACTGGGTAAGACTGCAGATCAGGTCTCCTCACCCTCGGCCCCAGGTTCTTTTCTTTCAACTTTGTTTAGTGAGAATTTAAGTAAAAATGTCCTGGTGTTGATTTAGAATTGGATATTATAGATTAAATTTATGCAGGTATCTCTTACCTGTTTATCTTATTTTCTGTCTCTTACCTGTGTTCAATTAAATTGAACTTGATATTAATCTTTTTCCTCAGGATACTTATGCACTAAGCCAAAAACTATAGTTGTTTGGAGAGAATTCAATATTCAGTGACAATAAATACATCCCCATATCCTTTTACCTATTGATAAAACTTAGTACCGAGCATATTAAATATAAGTTGGTGTCAAATATTTTCAGATCATAAAGTCTAGAAAAAAGAATCGTAGATGGGTCTTCAAGCCCAAATCACTGAGCAGCCAACAATATGATTTTTTTAATTAAACTTTTTATTTAGAGAGAATTGCAGTTTCCCATGCTGCTGTGTAAGAAATAATACAGAGACATCAAACACATTGCTGGATTCACCACCTCTCCCCGTGGTTATATCTTGCAAAATTATAGTACAGTGTCACAACCAAGATGCTCACATCGATATAGTCCAGATACAGAACATTTCCATAGATCTCTCCCCTGGTAGCCAACAATATGTTACTGTTTGTTTTATGCTGCTGTTTGAGGGCACATGGTTAGAGTAATTATGTGGCTTTCTTCTGCCATATTGTGCAAAAAAAAAATTTGTATTAGCAGAGCAACTTAAACTCACTTTTCTGGCCCACACTGACAGTCAGATGGGTAACACAGAGCCACAGCGTGCTGTGATTAGTAAAGACTGAGCATCTTTCAGATTGCTATACCGTGGTCATGCTTGGACTCCTTTAGCGTTAGCTGCCTCATGGTCCAGGTGATTTTCCCTCCCAGCCCATCTACTCACCAGACAAGGGTGATTTTTACAGATCCATTGTTGTACCAACTCTCAGCCATGAAAGCATTTGGCCTTTTTGTTACCAAGCCATTAGGTTCTTGGTGCCGTGTCTACCCTGGGTGAACTCCCAAAGTTGGGCTATCTCAGTCTTGGCCTCATGCCTGTTTATGACCTACTCACAGGTAGCACCACTTAACTTGCTGCCAAAATTATCCTTACACCCTTCCTGTAACTCTCATTCCCCTGTGGCCTTCCAGCCAGAAATGCGGTCCTTGGACCTGGCTTCTCAGCAATTATCCCTGAGAGGGAAGATCCTGGAGATATCCTGAGAGCACACAGAGCTTCCCCACACCTTCAGACTTGCACCTTGCTGTCCAGAAGCTGCCTAGCCCTCCTTTCCAACCCACAATGGCCAGTGCCAATAGCAGTGCGGGCATCCGGTGGTCCAGACAGGAGACACGAACTCTTCTCTCCATACTAGGCGAGGCAGAGTATATTCAGCGCCTCCAGACTGTGCATCACAATGCAGATGTCTATCAGGCTGTGTCTAAGCGAATGCAGCAGGAGGGCTTCCGCCGCACCGAACGTCAGTGCCGCTCCAAGTTTAAAGTTCTGAAGGCATTATATTTAAAGGCCTATGTTGCCCATGCCACAAGTATGGGTGAGCCACCACACTGTCCATTTTATGATACGTTGGATCAGCTTCTCCGAAATCAGATAGTGACTGACCCAGACAACTTAATGGAGGATGCTGCTTGGGCCAAGCACTGTGATCAGAACTTAGTGGCCTCTGACGCCCCAGGGGAAGAGGGAACCGGCATTCTAAAATCAAAAAGGACTCAGGCAGCTGATCATCAGCCTATCTTGAAAACAGTTAAGGCATCAGATGAGGATTGTCAGCTAAGAATCAGTGACCGGATACGAGAAACCAGTGACCTTGAGGACTCCTGGGATGAATCCTCGGGTGCAGGTAACTCCCAAGCATGTGAAGGAGTTGGGTCCCAGAGTCTTGTGGCTCTAAACATTTAGCTGTGTCTGTTTGGATAGTGTCCTCTTCAGCATAGTTCCTGTTTCTGCCTCATTCTGCCCCACGCACCTTTTCAAAAACCTAATAGTAAGCTAAAGGGTTCCAGGTTTTCAAAAGCTATGCCCCTGGCAACATAAGGTATTAGAACCCTTTAAACCTAGAAGTGCTCTCTAGAACCAAACTAGTTCTGGCATTATTAATAACTGGTAGTCAGGAAATTGTAGGTCTAGAGTGGGTTGGATAGCTATGTACAAAGGGGTTCAGGAAGGCAAGGGAGAAGTTTTAGAGGTGAAATCAAACAGGTCACAATTGTCCAGATTAAGGAAATGGATTCTTCCCAGTCCCTGGTGGAAAGAGGCTTTCCAGGAACAACCATAGTTTTATAATTTGTCTCAGCTCTGCTGCTGGCTCCAAGCATTCCCTTAGCAGGAATGTTCTCTTTGCAACATTGTTGCTTTGTTTTTCAGGGTGCTCTCAAGGGACCCCCAGCTACAGCAGCTCCCACAGCCTTTTCAGAGGTGCAGTTGCTCCCTGTCAGAGCAGCCCCATGGCCAGACTGGGTGTGTCCGGGGAGCCCAGCCCCTGCACCAGCACCAACCGCAGCACTCCTGGGGTAGCCTCCACACCGCAGACTCCAGTCTCCTCTTCGAGAGCTGGTTTTGTTTCTGGTGGGGATAGGCCCTTGACCAGTGAGCCCCCTCCAAGGTGGGCAAGGCGAAGAAGGCGGTCAGTGGCCAGGACTATCGCAGCCGAGTTGGCAGAAAACAGGCGATTGGCACGAGAACTCTCAAAGCGGGAGGAAGAAAAACTGGACAGGCTGATTGCTATTGGTGAGGAGGCCAGTGCTCAGCAAGATACTGCCAATGAGCTCCGCAGGGATGCTGTCATCGCAGTCAGACGTTTGGCAACAGCAGTGGAAGAGGCAACTGGTGCTTTTCAGCTAGGCCTTGAAAAATTGCTTCAGAGGTTGATTTCGAATACCAAAAGCTAGGAACCAATTACAAAAGGCTCTGCTTCCTAAACTGGTAGAAGTCTAGTTCCCAAACCTGCCTTCTGAATCCCTGGCTCCTTTTCTGTGTCCTCAGAAAAAAACATGGATGAACCATTTATATCCAGATAGTATGAAAATAATTGCTAGTTCATTTTCCCAAGATTCTCCACCAAATGGAAGACCTTTCAGAAATGCCAGGGGTGACCTAATAGAAAACGATGGAGCCACGTTCTAGACAGCTGGTTCATCCTAGCTTTGTCACAGATGTGAAGCAGTTTACCTCCCTCCAGTGGTTTCCTCATCCGTAAAATGGGGATCAATAATAACTCCTGCCCTGCCTACCTCACAGGGTTGTTGTGAGGATCACGTAGTTCATAGATGTGAAAGGGTTTAAAAGTTTAAAAGCACTGTACACATTTAAGTTATTAATTCATATGGCCTTGGCTGAGGTAAGGCAGATTGGTTTACAAGATACAGAAGTATGGATATATACTGTGACTTCATTGCTTGAATCTTTCCTTTGCTGGTCTAACTTGACTGCTTCATGGAGTTTGAAATCTTAATTTTTAAAATCCCTGTGTGGCTCATTAGACGACTATAAGCACAACCTGTATTTGTACCTTAATCTCTTACATTTCCACTGCTGTGTATCTGACATATCTACTAGTAAGCACTGTTTTGTCAAACCGTCTTTCTCTCCTTCATTTTACTGGTTCTTAGTCTCCTATCAATATAAGGAAATAAGAAGTGCCAGGGAGCCGCCATTGTGTGTTACGGTTTATATCGATAATCTTCAATATAAAATACTGGCCATTTTATAAAATATTAAATATATGTAAATTCTTTGCATTTCATATTATTTGGGTCCCTTTATATGCCTAAATTACATCTTTAAGTTTCGGTTGCCATTGGAACATTGTGGAAACAATTCAGATTATATCAGTTTCCCATCCGCTTTTTAGCTGATTTCATTCTTTTCTGTTATTTTTTTGTCTAGTATGTTATACAGGGCAAGCCCTAGAAACGTTTCCTTTTGAGGAGCTTTCCAAGATTCCTTTTCCTCAGATGTTGTAGACAGAAGTTTATGTAGTTAATGGCATCTGGTGGAAGAGAACAGCTTTGTTTCCTCTTTAACTTTGGGAACACTAGAGGATGGTGTGGATAAAGATTGCCTGCAATAGATGACTCCTTTTAAGCACTAGCCGTGAACAGATGAGCCTCCTCCACACCCCAGACACACACTGGGGAGAGATGAAGGTGATA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Seq C2 exon
CTCCAGTGATCCACAAGCTCAGAAATACATCGCGGAAAGTAAATGTTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000187522:ENST00000378372:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.009 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001215=HSP70=FE(35.5=100)
A:
NA
C2:
PF0001215=HSP70=FE(13.1=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development