RnoINT0072126 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000015212 | Hspa14
Description
heat shock protein family A, member 14 [Source:RGD Symbol;Acc:1303296]
Coordinates
chr17:78737322-78744901:+
Coord C1 exon
chr17:78737322-78737404
Coord A exon
chr17:78737405-78744852
Coord C2 exon
chr17:78744853-78744901
Length
7448 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTATATTTCCCCATGAACAGCAC
3' ss Score
6.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTTGGACTGGCGGCAAAACAAAGTAGGATAAGGAATATCTCAAGCACGGTAGTGAAAGTAAAACAGATCCTTGGCAGAAG
Seq A exon
GTATGTATAAAGAACTTTACGTTGTGGTAGCCAAAAGAAAAAAACATGCTTGCACATTCTGGACGTAATGCCAAGGAAAGGGGAGACACTCCAGTCTATTTGCTGGCAGTTACTTTGGGAAGCTCCCCCAGTGGGTTTGTTCAGAAGTTCGATTCTTGCTGACAGGTCTGTAGTGTTAATGAATGCCAACACTCCTAGTCGTTTGTGCCAGTCACAAGTGGTTCTTTGGGCTTCTTGCATTCTTAAATCTGCTTGAACGGAGTGAACTTGGATCATTTTGTAGGAGTTTGAAGGTTTCTCTGCATTGCTGCTGGGGTTTTGCAAAATCTCTTATTGTTGGCCATAATTTAGGCAGCAACTTTTGATTTTGCAAGTCCTTGGGCTTTCTTGTGACACTTTCTGGGCACTGACTCACAAATGTAATCACTGGAGAAACGGCTCAATGAATATCTTAAGAAGCAGGTGAGTCATCTGTTATGGGAGATTTAACTGGGAGATTCCAGAGGCTTGCTTCCCCAGACTTCTGTCTCCTCAAATTATAGATTATGGTAATAATTAGGGCCCTTTCATTTTTCACTGGAGCAGTGGTGCTCGACGAGAATGTTTTGCGTGCTTTCATATCTATGATACTATTGGGTCCTTTCGACGTCCCATAAAAACCAGTCGGCCAGGTACCATCCTTTGATAATTACAGGCGAGGAGGTCAGGGCACCCGGAATCTGTGACTTTCCCAAAGTAGAGTTGGGAATTGGATAAGCCTGCAGGTCCGGACTTCTAACCTTATCTCCCCTCTGCCTTTTCTACCTCATCTAATTAAAATGGAAACGTTAGGCATTTCCTTGTGTGGAATTTAAAACTTGGAGGTTGTTCATTTCCAAGGGCGTGTTCGTGAACTCTTGCCTGCTCACACTGAACTCGAGATCACTGTGTTAGAGGACAAATTCAGATGTTTTTGTCGTGACTATAATCCCATATCCTTTAGCATTGGTGGATATCACTAAACGTATTAAAATGTACTGCTAAGCGTATTAAAAAGAAATCGGCATCCAATGTTTTCGAATCATAAATGAGTTGTGATAGGCCTTGAAGCCAGAGTCCTTAAGGAGACAGTATTTTTAAGTCACTTTCCCCGTTCAGAGATAATTCTAGTTTCCTCTGAATGAAAACGAGGGCAGCCAGTGTATTGTTCGATTCGCCGTTTCCGTCTGTGGGACTGTCCTGCTAGTTGAGCATCACAACCAGAGCACTAATGCTGATTCAGTCAAGATGGAACGTTTCTGTGTGGATCCCCTGGAGGCCGGTGGGTTCGCATCTGTTTCCTTTCTGCCCTCATTCACCCTGTGATGGACTGTGTATCAGCAGACCAGCTCAAGCTTGCTTTTCTGGCCTTGAAGGTTAAGTCCATTTAGCAAGAACGCACCAGTGAGTCAGACGGGTAACACGTAGATAGACACACCACAGTAAATGGACCACAGTCAGGAAAAAAATCCAGTACCCTTCGAACATACCATTAGGCCACCCGTGGTCCTGCCGATACTTGAGTTAGGCCGAAGTTGCCTTATGTTTTCCTTCGAGGCCTAACTACTGAACCAGACATGGTTAGCTTGGGTCTCAGCCCTGGATGTGCTTTTGTACAAGAACCAGTCCTTTTGTTACCAAGCTGTTAAGCCCATGGTCGGGCACTTCCCGTGGGTGGATGAACTCCCAAGGTCTCGGCCGTTTGCCATGTGACCTACACACAGGGTAGCACTGCTTCTCTTGCTGCCAGGATGCTCCTTACACCTGCCCAGTAACTCTCATTCCCCTGTGGCCTTCCAGCCAGAAGTGTGGTCCTCGGACCCGTCTTCTCAGCAGTGAGCCCTGGGAGGGAAGAACCCGCTGGCTCCTAGAAATTTGCTGAGAACACGCAGACCTCCCCCACGCCTTCAAAACTGTGCCCTGCTGCCCAGGAGCCTATTTCAGTAGCCTCCCTTCCCTGCCTGATATGGCCACCGCCAATAGCAGTGCAGGCATCCGTTGGTCCAGACAGGAGACTCGAACTCTTCTCTCCATACTGGGCGAGGCGGAGTATATCCAGCGCCTCCAGACTGTGCATCACAATGCGGACGTTTATCGGGCTGTGTCTAAGCGAATGCAGCAGGAGGGCTTCCGCCGCACCGAACGCCAGTGCCGCTCCAAGTTTAAAGTTCTGAAGGCAATGTATTTAAAGGCCTGTGTGGCCCAGGCCACAAGTCTGGGGGGTCCACCGCACTGCCCGTTTTATGATATATTGGATCAGCTTCTTCGAAATCAGACGGTAACTGACCCAGACAACTTAATGGAGGCCACCGCTTGGGCCAAGCACTGTGATCGGGATTTAGTGGCCTCTGACAAGCCAGGGGATGAGGGAGCCAGCGTTCAGGAAGCGAAAAGGACTCAGGCAGCTTGTCATCGGCGTGTTTTGCAAACAGTGAAGGAGTCGGATGAGGATTGCCAACTGAGGATCAGTGATGGGATGGACGAAGCCAGTGACATTGAGGACTCCTGGGATGAATCCTCAGGTGCAGGTAACTCCCGGGACATGAGAGGGACTGGGTCTTGGAGTCACTTGGTCCCAGATAGTGTTAAAAGTTTGGATAGTACCCTCTTGAGAGTACCTTTCGTTTCTGTCTCATTGAACTCTCTTTTTTAAATAAAGTACACCAATTTTTTAGCCTATGACCCTGGTATGTAGACAGACTCTTCACACATAAAGACATGGTCTTTCAAAGCATGGTAGCTTGGGCGTTATTTGTGCATGCTTGGCAAGCGCTCCAACCCTGAATGATTTGTCTGGCCTTGGGCATTAGAAGGTACTTAGGACTTTATGGCGGCAGGGTTGGGGGTTGGGGGAATGAGTCGGATAGCCACAAGAAAATCGTCTTCGGGAACACAGTCATTATTTTTATAGCCAGTTAAAGAAGCCAGGATATCCACATTACAGAATTATCTCCCTCTTACCCCCTTGTGCACGGAGGCTTTCCCGAGAACTGCATACTTTTCTGAGTGCCTCAGCTCTGTTGCTGGCTGCGAGCATCCCCTTAGCAGGAATGTCCTCTTTGCAACACTCTGGCTTTGTTTTTCAGGGTGCTCTCAAGGGACCCTCAACTACAGCAGCTCCCACCACCTTTTCAAAGGTGCAGTAGCTCCCTGTCAGAGCCGCCCCATGACCAGACTGGCTGTGTCGAGGGAATCCAGTCCCTGCACCAGCACCAGCCGAATCCCCCTTGGGGCAGCCTCCACACCACATCCTCCCGGTTCCTCCTCAAGGGTTGCTTTTCTCTCTGGTGAGGATAGACCTCTGATCAGCGAGCCCTCTCCAAGGTGCACAAGGCAGAGAAAGCGCTCGGTGGCCAGAACCATTGCCACTGAACTGGCAGAAAACAGGAGGTTGGCACGAGAACTCTCCAGCAGAGAGGAAGAGAAGCTGGACAGGTTGATTGCCATTGGCGAGGAGGCCAGTGCCCAGCAAGACACCGCCAATGAGCTGCGCAGGGATGCTGTCACGGCTGTCAGACGCCTGGCGACAGCGGTGGAAGAAGCAACGGGTGCTTTCCAGCTAGGGCTTGAGAAGTTGCTTCAGAGACTGATCTCAAATACCAAAAGCTAGGAGCTGGGAGTGGATACATTTCCCAAACTGGTACAAGGCTATTTCTAACAAGCTCCTTCTGGAACCCTGGCTCCTTGTCTGTGTCTTCAGGAGAGAAAGAACAGATGAGCTGTTAATACGCAGAAGAGTTCCTTGTCCTCAGGTTCTCCACTAATGGAAAGGTTTCGTTCCAAAGAGCAGACCAGTAGAAACCAGAAGGAACCGAATCCATGAGCTAGCTTGTCCTGGCTTCCTCACCGGGTGGGGCAATTTTCTTTACCTCTATCATGGTCTCCTCATCTCTCGAGGCAGACCTGCCCTGCCTACCTCACAGGGTTGTTGTGAGGATCAAGTGGCTTATAGATGTGAAAAGGTTTTAAAGTTTGAAAGCACTATACACATGTAAGTTATTAATGCATTGCCCTTGGCTACGGGGAGCTGGGGCAAGCACGTTCGTTTATAACACACACAAGTGTAGCGGTGCCCCCGACCTCATTGCCTGAACCTTTACATGTTTAATTTACTGTCTTTTTAGGTTGAGGTCTCAGCTTCTTACACCTCTCTGTGGCTCACTAGTCTGGTCACGACTGCGTTTGTGTCTTTGTGTCTTACAGTTCCACTGCTCTATCCCTGACCTGCCTACTAACAAGCCCTCGTAGTCCAACCAGCTAACCCCCTTCATTTTACTACTTCCTGGCCTCTGTAGAGATGAGCTTCTAGTTGAGTGCTGTGGGCGGTAGATCTTGATGAGGTAAAACAGTGACAGTTTTATGAAGTAGAAAGGACGAGTAAGTTCTTTGCAGTTCATATAACTGAGGCTCTTGAAATGCCTAAATTGTGTGTTTACACTGTGGTTGCCATTTGAACATGGAAATAACCTGGATTAACGCATTTGCATCAATCCATCTCCAATCTGCTTGTGGCTGATGGCCTTTGTTTGTACTAGCCGGTGTTTCGTTTGGGCACTGACATGTTACTAAGGGCAAGCCTAGGTCCAGAGTGGTAACTTTATTTAAGTGATGAAAACGGGAGTTGGTAGGGTCAGTGGCTATGATCAAAGAGAGCAGCTAGCCTTTGCCCTTAAGCCTGGAGAACTGTAGAGGCCTCTACCCAGAGATAGTTCTCTTTAAGCACAAGCCCCAAGCAAGCACACTCCCTTGACTGAGGCACACGTCCTTGCGGGGAGGTGGTGACACTAAACTGGTTCTGAGTGGGTCTTTTAGAACTCTAGAATCGCAGGTAAATTGTGATTTTAAATGGGTGAAAATGAGCAGGTGTGTGGGGAGGGGTTTGGGGCTTGGGAGTGGGGCAGGAGAGTGTTGCTTTGTAGTCAGGCTTAGTGGAAGCTGGAAATTTGAATTAGTGAAGAAAAGGACAAAAAACTAAGATGGTGGGGAACCAGCTGCTGTAGAGTAAGCAGCGGGAGTGCTGGAGTATGCTGGAATCTGGCTGGACAGCCCGCCCTGCCACGCCAGCCCTGCCACGGTTGTTGCTGCGTTGGGGAGGTGGGCTATTTACAGTATTTTCAGTCAGCGGCTGCCGCTGGACATTTGAAGTACTGTTCACGACTGTATTTTAAGGCCCTCCAGAGTGTGGACACTTATTGCTATGCTGCTGAAAGCTCTAATCATCATACCGGAAGGACGCCCACTGATGCCTTTCTTTCCTTGGAGTGGACGTATTAGTGTGTTTGAGGCCATGATGTGGAAAGGCACATTATCTGTTGTAACCAAATAAAGCGAATGTAATCATAGTTTCCTGGAAAAAAACACAAGTGCTTTAAGGAGACCCAGACCTGTGTCATGAGGATCTAATGGTGATGGGCATCTGCTTGACATGGGAGACAGGCTGGGGCAGAAGAGTTAAAGTTGAGGTATTTTGAAAACCCTCATGGGCAGAGTGACCAAAAGAAGGGAATAGACCTCAAGGTCCTGAAGAGTTAACAAGAACACACGTGAAACAGTACAGTGCGTGGCCACACGCCACGTGCAGAGAGGCAGGCTGGAGTCCTGCCTGAGCTTCAGGCCTAGCCCTACCTCCTCCAACAAGCCTTCACCGTTCTTTAACTCAGGCTCTTCCTCTCAAGTGGGAGCTAACGCTTGCCCGCCCTACCCACTTTGTGAGAGATACCTGAGGATGAGGTGGACATGCATTGCTCGTAAGAAGTTGTGGTGCAGTGGGAGGCGTGACTCCTCCTGCAGGGCACAGTGGGAATGAACCAGCCGCCCACCTTTGTCCGTCACTTAACCTAATCCTGCTGTAGACAAATAAAGTTTGACTTGTGTGTAGTTGTGGGTCTGTCCACTGCTTTCTGATGGTAACCGGTCCTTCGTCACCTCCACCCTGCGGTGTGTCTGCCTGTGACCCTTCAGTGTCATATGTTTGTCTCGCCCCCTGTGCTATGTGTGTTTGTGCATCCTATACCCACAAGGAAGAGCCCTCTTTGCATGACAGTTAGCCATGAATTTCTATATAAAATACCTTCCCTGAAAACGACCCTCTGTTATCTATCGGTTAGTAACTTACACTCTGTACAGTCAGTAGACGTTCCTGGCCAGTTAAATTCTCGTCTGAACACGTGAGAATTACATGGGACTGGGGCATCGGTACAAATTCCTACTCTGGAGAAGCTTCGTCTTCGCTTTCTCTACCCTCCCTTGAGATATCTAGGATGGGGTCCATAGATTTGGGAAACATGAAGGCCAAGCAATTTCATGAAAAAATAATTTCCTGAACCCTATGCTGTAGGTCTGGTGTTGACCTGTGACCTCATTAATTAGTTGTGACACTTGGGGCAAGTGTCCTACCTCTGGCCTCTACTAATTCGTTCTCAAATTAATTTTTCGGTGATATAAGAAAGGTAAGGTGAACCTGGGTGTGATTCCAGAGTTCTAAACCAAATGAGCCTGTTTTAAACCCTCAGATGGCACAGGTTGAGGTTCTCAAATGGCTCCTGGCCCACTGGAGTCCGCTATTAATTTTCAGCCCTTATTAAACTTTTAAGACTGTAGGGAGCAGCCATGGCTCCTTAGAAGTCTACAAGAAAGGTGCAGACTTCGTTTTCATTTCTACATGAAATTAAAGCCAAGGATCAGAGTTCTTTGAGGAACAGAAAGAGCGGTCATTTACCAGGTTAGCAGAAGGCTGCTGAGATGTGGCTGGGATCGAGTCCTGGCTTTGTCCCTCTCTGAGCATGTCTCCAAAATAAAGCACACCTAACAGGTGCCACTTGGCATCTATCAGAGAGCCTGAGTGGGTGGTAAGTTTGAAAAGTGACAGTTGTGTTCGTTGGTATTAGCGTCTTTAATATGCCCATTTTTTCACTTCAACTTTCAAATACTTGGTATTTTATGAGGCATTAATCTAAAGTGTCTTGGTGTATGCATACCAAGAGCACAGCTTTCCTTATAAATGTTTGTTCATACTTTTGCTTGATTTTGGTGTTGGGTGTTGATTTCCAAGTATAAAAACCAAGCAACAAATGTGGGTTAGGTGTTTACCCTGAGTTTAGTGTTACAGAAGCCCTTTGGATCTCAGGGGTTGGGTCTCCGGGATCGTGGGTATGAAAATAGAGGGTATAAGATCATAGGCAGGTATGAGATCAAACACATTCAGAAATGTCTGGCAAGGTCAGAACAAGGAAGTTTATACTTTGAAATGTGATGACTAACAATTACAGCTGTTTGAACCACTCCATTAAAGTCAAGCTTCTGTGTTATTACCGAACAGTTTAGTTTGTTGGTATACTCTTTATCGGCTCAGTGGTGCACAGACTTCAACTTTTGTGTCTACAATATTAATATTTTAATGCTGCGGTGTCTTTATATTTCCCCATGAACAG
Seq C2 exon
CACTGCTGATCCACAGGCTCAGAAATATATCTCGGAAAGTAAATGCTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000015212:ENSRNOT00000020854:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001215=HSP70=FE(33.3=100)
A:
NA
C2:
PF0001215=HSP70=FE(3.2=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]