MmuINT0085589 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000041248 | Kcnj1
Description
potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1927248]
Coordinates
chr9:32180003-32206779:+
Coord C1 exon
chr9:32180003-32180198
Coord A exon
chr9:32180199-32203905
Coord C2 exon
chr9:32203906-32206779
Length
23707 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
CCTCTCTAATGTGTTTTCAGATC
3' ss Score
10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCAGGGCACTGACAGAAAGGATGTTCAAACATCTTCGAAGATGGTTTGTCACTCACATATTTGGGCGTTCTCGGCAACGAGCAAGGTTGGTCTCCAAAGATGGAAGGTGTAACATCGAGTTTGGCAATGTAGATGCACAGTCGAGGTTTATATTCTTTGTGGATATCTGGACAACTGTACTTGACCTGAAATGGAGGTACAAAATGACCGTGTTCATCACAGCCTTCTTGGGGAGTTGGTTTCTCTTTGGTCTCCTGTGGTATGTCGTAGCCTATGTTCATAAGGATCTCCCAGAGTTCTACCCACCTGACAACCGTACTCCTTGTGTGGAGAACATTAATGGCATGACATCAGCCTTTCTGTTTTCTCTAGAGACCCAAGTGACCATAGGTTACGGATTCAGGTTTGTGACAGAACAGTGTGCCACTGCCATTTTTCTGCTTATCTTCCAGTCTATTCTTGGAGTGATCATCAATTCTTTCATGTGTGGTGCCATATTAGCCAAGATCTCTAGACCCAAAAAACGTGCAAAGACCATTACATTCAGCAAGAATGCGGTGATCAGCAAACGTGGGGGGAAGCTCTGTCTCCTCATCCGAGTAGCAAATCTTAGGAAAAGCCTTCTGATTGGCAGTCACATATATGGTAAGCTTCTGAAGACTACCATCACACCTGAAGGAGAGACCATTATTTTGGATCAGACCAATATAAACTTTGTAGTTGATGCTGGCAATGAAAATTTGTTCTTCATTTCCCCACTGACAATCTACCACATTATTGACCACAACAGCCCTTTCTTCCACATGGCGGCAGAAACTCTTTCCCAACAGGACTTCGAGTTGGTTGTCTTTTTAGATGGCACAGTAGAATCCACCAGTGCAACCTGCCAAGTCCGCACATCATACATCCCAGAAGAGGTGCTTTGGGGTTACCGTTTTGTTCCCATCGTATCCAAGACCAAGGAAGGGAAATACCGAGTGGATTTCCATAACTTTGGTAAGACGGTGGAAGTGGAGACCCCTCATTGTGCCATGTGCCTCTATAATGAGAAAGATGCCAGGGCCAGGATGAAGAGAGGCTATGACAACCCTAACTTTGTCTTGTCAGAAGTTGATGAAACAGACGACACCCAAATGTAGCAGTGGCTTTTCTACCTACAAAGAGTCTCTCAAGGACCTAAGTGCTGGCTGTGTTCAGAAGCATCCTGCAGTTGGGGGACTGAAAGCAGGATGAGAACCCAAGAAGTCTACCAGCAGAGTCACCCCCTCAGCCCCATGGCTATGATTCTAGAAGACTCGTAGCTCTAAAGTCTGCAGCAGTAAGCATACGGTGGAAGCATGTGAATGAACCTGGCGTGTGGAAGCCAAAAGGAGCTCACTTGGATCTTCACTCTGACTGTGTAAGCTCGTACAGTGTTGATGGAAACAAAGTCATCCATTGACATGTACTGGAGAAAAGTTAGGAGCTTTAGAAAACTTCAGGAGCTAGCCATATTTCCTGTTTGATTCTATGGATGAGAAAGATATCACATTTTATCTTAAAGTAGACTTTTATCAACGGAAAATCTGTCTTCTGAGTTGGGAAGTGAGCCAACCAGTCACTGACAATAAGAGCCTGTCATACACAGAATCACTAAAGGCTCTAACTTCTTAAGCTCTGCTGTTTGAAGCCTTTGTCTGAGTCTGGGTCCATGTTTCAGAAGGGGTAAGGTGGGCATCCAGTGACTGCACCTTTCTCAACCCAAGGTACAGAAGAACAGAAAGCCTCAACCAATTTCATAACTAACTCAGACGCTGCAGCCCATATAGGAATGGACCTGAATGATTTCCGGTGGTGCAATCAATGGAGGCCAAGCCCATTCCTTAGACTAAATGAACATTCTCTTGCAAAGGAGAGTGTTTGAGCTAAAAGTGTTGGTGAAGAGGCTGAAGAGATGACATTCTTTGTAAGTTCATGCTGCGCACGCATGAAGACCTGGGTCTGAACCTCCAACAATCACATACAAAGCTTGACTTAGTAGGATGCTCCCCCTCCCCAATCCTAGTACTGGGGAGGTAGGGATAGGAGGATGTCTCAAGTTTTCTGGACAGCTGAATGGGTGAGGTACCAGTTCAGGGAGAGACTACAAAAATAAGGTGAAGGGGCTGGCGGGAAGACTCTGGTTAAAAGCACCGTGGCTGATCTTCCAGAGAACCTAGGTTTGGTTCCTGGCACAGTACTTCATAACTATCTATAACTCCAGTTTCAGGGCATCTGATGCTCTTTTCTGGCCCCTATGAGCACCAGGTGCACATGCGAGCAAAACACTATACACATACGATTAAAAAGATAAGGTAGAGAATGACTGAAGAAGAAATCTTACGTCAACTTCTGATCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGCATAGTGATGTTTGTTTCAGTATTCAGTGGGTAGGTTATAGGGCCACAGGTCTGGTAAAAGAGGTTTTATTCCTTCCTCTCTCAAGATGGTGCTGAGGACTGGGAAAGCAGTCAGCCTGGAGTGTGTATGATGCTAACACCGAATGGTTCTTGTGTTTCTCTGCCTAGTGGTTGAACTGCAATTCTAGGTATGAAGGAGAAAGGAACGAGATACAGCACCACAGTCAGGATGCTGCTGCTTTCTTGTCTCTAAAGGCCATCCCTACATCTTCCAAAGGGAACAAGTTAGCAGGAGAATTTACTTCGGAGGAAGGTTCTAATGTCTTGTTTGTTCATTTCCACATCTGCATCATTCTGATTTCACCTTGGGGGAAAAAAAGTAGAATTCAAAGCTGTTCAAAAATCAAAATATCATTTTAGTATGTGATTAATAAATTTCTGAAACTGTATGAGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000041248-Kcnj1:NM_019659:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0100715=IRK=WD(100=90.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: