MmuINT0085592 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000042529 | Kcnj12
Description
potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 12 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:108495]
Coordinates
chr11:61022564-61071131:+
Coord C1 exon
chr11:61022564-61022850
Coord A exon
chr11:61022851-61069127
Coord C2 exon
chr11:61069128-61071131
Length
46277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
TATTCTCCTTTCTTTTGCAGAAG
3' ss Score
11.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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Secondary ID
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Protein Impact
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No structure available
Features
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A:
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Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
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Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types