MmuINT0108811 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032525 | Nktr
Description
natural killer tumor recognition sequence [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97346]
Coordinates
chr9:121731478-121741151:+
Coord C1 exon
chr9:121731478-121731565
Coord A exon
chr9:121731566-121741121
Coord C2 exon
chr9:121741122-121741151
Length
9556 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
TGTTGATGTTTATTGTACAGAAC
3' ss Score
6.49
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAAACTTTATTCTCAAACATGACAGAGCGTTCCTTTTGTCAATGGCAAATCGAGGGAAACATACCAATGGTTCCCAGTTTTTCAT
Seq A exon
GTGAGTAGGCGTAATGCAGAGATGAACTTTTCCTACAGAGAAGCGCTGTTCATGAGAAAGATGAGATAGCCAACCTCATTTTACTGCTCAAACTCTGACAGCTTTGGTTTGACTTTTGTGTTTCTGGTATTACATAGTAACTGTAGTCTCTACTGGCTGCTTCAATACTCACTCAGCACATATCTAAATTTGAAGAATTGAACTTAAAAATATAACCTGAAGGTACATAGTGTTTTCAGAATATGCTGTCATGAGGAAAGAATCAGGCTTTAGCTTCTTCCTCATTTGAAGGCTCAGTTTACCTAGACTGGAATATGAACTCATGATGAACATGTAAAGATTGTCCATGATGTCACTGGGTGTGGTGTGGTGCACGCCTTTAAATCTAACACGTGGGAAGCAGAGGCGGGCAGATCTTTTGAGTTTGAGGTCAGCTTGGGCTACAGAGTGATTTCAGGACAGCCAGAGAGAGAGATCCTGTCTTAAAAAAAGAAAGAAAAAAACTGGTCATGATGTAAGTCCAGATGGATCCTAGGCATAAGAAGGAGTTGGTTTGAGTAAACATCATGTGAATGTTTTTGTTTTCTCTCTTACTATTAGCCAGTTTTGTGAGAGGTAACATTTTCTGATGAGGTGTAGAAAAGTGATTTGCTATTTAGTCAGCATTTTTAACTACTGAAAATTTGTAAGGTCTCTGTGCATAATGAAGTAATACAACATTGGCTGTCTTTTTGCCAAACTTTGTAAATATTAGTAAATTTTAAAGTACTAAATTTTCAAAGAGCCAAATACCTTTTGGGCTGGCTATAAGGTTCAGTGGGTAGAGCACTTGACACAAAAGCCTGGCAGCCTGAGTGTGATCCTCACAACCTACATAAAGGTAGACGGAGAGAACCGACTCCCCAGGTATCTTCTAACCTTTACATGTGCTCCCCACACCACAAATGTCATACAAAATAATAAATATATTTTTTAAAGAATATATCTTGTTTGTATATGTATATGCACAACCAAAAACTAAATTCTCATGTGAGAATTCTAAAGAAAACCTTTGGCATACTTTTAATTACATTCTTTTATCTAAACTTATTTTTATATTGTCTCATCATGTACAATATGAAATATAATTGTCCAGCGTGCAGCTTGGTACTTTTAATAATAATCCCTGCTGTTCTATGTATATTGGAGAAATATCTTATTTGTGATTTATCACAAGTTTTCTTTTACATCTTTCTGAATGGATAAATATGAATGGCGCTTCCCTGTCTTTAAAGGAGTCAGTTACTCGTATAAAAAAACTCACATTTTAAGTTTGTCTGAAAGATTTTCAACATGATCTGAAGAAGTTCAGATAAGGGGCATTCTGTTCCTAAGGATGTCCTAAAAATGGAGAGTTAGGAGAAGGGGCTGGTGCTGGAGTTACACGGGAAGGGAACCTGAGACAGGAATGCCTGTGGAGAAGGGGCTGGTGCTGGAGTTACACGGGGAGGGAACCTGAGACAGGAGTGCCCGTGCCCTGTTTTGAGCCCACAGATGATTAGTTACACACGTTTTCACTGGAGTACTTTTCTTATGCTTCACCTTTGTTGGGGGTGGGGCAGTACAAAGAAGTAAATTTTCAAAAATTTTGTGGTAACTCCATGTCAAAGCCTCTTTGTTTCCATTTTTAAGCTTATCTGAACTGTGAACATGAAAAACTAACAATTCATTGGTCAGGATGGGGCCATCTGAGGGTTCTAAAGTTTCTTTTTATATTATTACATTTAAAATGTCCTTATTCAGGTAGTTGTAGTTTCTTGCCATTATTACATATAGTTAGCTTATTTATGTAGACCTCTGTTAGAATCTAGGATATGAAATCTTCTATCCTTTGGTATTATTTAATAGTTACTTAAATCTCTAGGAACATTTAGTAAAGTCTATTAGTGCTTTCTGTGTGGCCTCGTTTTGCATTGGACTGCTGTTGATAGAGGAACACCAAATGAAAAAATTTACATCAATAGATTAGGAATAAAAATGTTAAGCAGTTTCTATAATTAGCTATAGACAGCTCTAAAACCACTAAAGGCATGATAAGAGAAAAATTTCAATCTTTAGTTTGGTTAAAATTTATTTGAAAGGAGTTTGCAGTCTTAGAGGTAACATTTTACATCCACAAAAATTTGTCCTAATTTTTAAAAAAGTAACTTATATGTCTATGTGTTGTTTTATGGTGGCTAAAAGTTCAAGTTCCCATGTATTGCAAGATTAAATCAAACTAGTGTTCACATTTCTAAACAAAATGTATCATTACTATGGAAAGGATAGATACAACAGAAATGGCAGCCAATAAAGGGAGAGATCTTTGAAATTCTACATCTTGTAAGCCCATGTCCTTTTGTCACTGGAAGAGGTAAAAGAATATTGTACTGCCTTTGGCTTATGTATATAATCACAGCTGAGACCTACCCAGTGGCTTCCCAGTAAGCTTTGGGTTTGTCCTGTCACCACCACACACTGCATGTGGCACCTTGGGCAGCAGTTCTGAGCAGAAAGGATGATGTAAGAGCAGCTTCGGATGTGTGTTAGGGATTGTTTCATTGGCCTTGCAAGGACCTGTAAAACATCTGCACAAAATGGTAATTAGTTTGTGTCCTACAAACCTTCTACAGTTCCTGGCCAGTAATTTGGTGCTGTTAGTGTAATATGTGGCAGTCCCTCAGGAAATTTTGTGATGTGTGTTCTAACTGTTGTCTTTAGTCTCACACGTAGCAACTTCCCTTCCAAGTTGGACACTGTTTTCTTCAATATAATAGTGCACATATTGTTTTCTTTGGCTATAACTGTGTGTCTTTGTGTGTGAAAAAAGAATATATATATATATGTATATATATATTTTTTTATTATTATGTATATAGGGGAGATGAGGTTTTCTTTACAACTAATTGTAATTTTTACCATTAACTGCTTATATTGACTATGGCATCAACTGTGGTGCTTCTGTTTTGGGAGCTTATATAGAAAAAAAGACAGTCTTTGGAATATTACTGCTTGGGAATTGGAAAGGAGCTCCATCCTTACAAACTACTAAGGACATGAGGGTTTGCTCACACTAAAATACTTTTAAAGGAGCTCAGACTTCTGGCACCACGCTCACTAAGCAGTGCATGTGACCAAGCCAAAGTACATTAGTGTTTGATCATTATGACATTTTGTTTATTTTTTTAGGTCAAGTATGAAAAAAAGAAAAAAAACACAATAAAAGCTATAGGGCAGGAAGTGTAGTTTAGTGATGGAGAGCTTGCCTTGTGTGTAAGGCTATAGGCTTAGTCACTAGCTCTGCAAAAAACAAGTTAAAGAATGAATCAGGTAAAAGCTATAGAATTAGATTCATGTTCAATAGAGAATGAATGCTAAGTAAGGAAGAAAAAGCACACCCTGTCCAGGTTGCTCTAGAATCTTATCTCACATTCTGGAGGAAAAGCAAGCTGCTGGCTGCATGCTGCAGGGTTATAAGCACTGTGTTCTGAATCACCGTAGTTAAGTATCCAAGGCAGGGGCATTCTGCTGAGAAAATGGCAGTTAAGGAAATTTTTTTGTTGGTGGTGGTTTTTTGAAAGCTATCATAGTTAATGATAATTCTGGTACTAATTTTTATTGTCTGTAGTTATTGAGAAGATAGGAATGTATTTTATAAAACAATATTAGAAAGATTAGTTTGTAACTTTTGTTATTACTTTCCTGAGATGGAATGTGTAGCTAGCTATCATCAGGAAGCCTTGGTTTTAGCCAGGTGTGGTGGTTCATGCCTGCGATCCCAGCACTACGAACCATAACGATTTTGAGTACAGTCATTGTAGGGCACACACAAAAGCAGAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCACACATATATGTACACACACCAAAGAAATCTTGTTTTTAACTGTTTTTCTGTACCCTGAGTTTTTGTTTAAAAAAAAAAAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCATTCTCCAGAGCACATGAGAACAGAAGTTAGAATTTGGCATCAATTGTTTTCCTTTGTCAACCCCATTCCCTTTATGTTTTTAGACAGTCTGTCAATGAATGTGGACCTCTCTTGATTCTCCTAGGCTAGCTGGCTAGGAAGCCCTGGTGGCTGACCTTCCTTTCCCTGTCCTCCCCTAAGATAGCTCCTACACTTGACTGTTAAATGGATGCTGGCTATCAAACTAGGGTCCCTCATGCTTAACACAGGAAATACCCACTGAACTATACCTACCCTCAAAAATGTGGAAGAAAGAGCACGTCTTATAGAAAGATCCTAAATTTCTGAATAAATCAAATGATTTGTATACAAACATTCCTGTATAAAATTATTCTCTAGCAGCCTAATTTTCATGTCTGAAAAGCACCTCAAAAAGGCTTGGGACTCATTTTTGTCTACACCAGAGGCAGCAGCAATCCCTCCCTCAGTTGCTACTGAAATATTTGTCAGTACGGGCCTTTTTAAAAATAATATTCTGCTTATGAGTGTTTTGCCTGCATGTGTGTTTACCATGTGCATGCAGTGCCGTTAAAGGCCAGAAACAGGGCGGTGGGTGTCACTCAGGTACTGGGCATTGAACCTGAGTCTTCTGGAAGAGCAATCATCTCTCCAGCCTCACTGTAGACCATTTATGGCTTCAAAGCTTTGGTGAATAGACTGTCATTGGCCACAGGTCTAGTCATGATAATTTTTATGTTATCTTTTATAACAAAGATAATATAGAAAATCCCAACTTAATATTTAAACAAAATTTGTTCTGTTTTTCTCAGTGCTGGTAATCAGACTCATGACCTTGTAAATGCTAACCAACATTTCTCTCAGATCCACCTACCTGCCTCTTCCTCCCAGCTGCTGGCATTAAAGACATTAAAGACATGTGCTACCATACCGAGATTATTGATTATATACATATGAGGGTCTTCTTTTTTTCCTTCATTTATTTTTATTTTAT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Seq C2 exon
AACTACAAAGCCTGCTCCACACCTGGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032525:ENSMUST00000035112:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.025 A=NA C2=0.009
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(17.5=100)
A:
NA
C2:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(17.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types