HsaINT0113811 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000114857 | NKTR
Description
natural killer-tumor recognition sequence [Source:HGNC Symbol;Acc:7833]
Coordinates
chr3:42662921-42672067:+
Coord C1 exon
chr3:42662921-42663008
Coord A exon
chr3:42663009-42672037
Coord C2 exon
chr3:42672038-42672067
Length
9029 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
TGTTGATGTTTATTACATAGTAC
3' ss Score
4.19
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAAACTTTATTCTCAAACATGACAGAGCGTTCCTTTTATCAATGGCAAATCGAGGGAAACATACCAATGGTTCCCAGTTTTTCAT
Seq A exon
GTGAGTAGGCATAATTCAGAGATGAGCTTTTCTTAAACAGAGAAGCGCTGTTCATAAGAAAGATGGTATAGTTAAACCAAGTTTAATGCTAAAATTCTGTCAGCTTTATTTTTATTATTAATTTCTAATATCATAGTAACTTATAAGGTCTAACAACTGCCTCAGCATTCAGCATATATCCTGAATTGGAAGAATGGGACTTAAAAAATTTAAAACTTATACATTGTTTTCAAAATATGCCGTCATCTTCAGAAAAGATGACGGCATATTTAAGCCCCTGTCAAATTCGAGTGCTGACTTTACCAAAACTAGATTGGAACATAAACTATTGATGAACATGTAAAAATTGTTCATAGACGAGTATTCAGTTACTGTACCCCCTCAACAGGGAAAGCAGTTTGAGTAAACCATTGCATGGTTGTTTTTTCCTCTTACTGTTGCTCTTTGAGGCAATTTTGAGAGAGGTACTATTATTTTCTGATGTTGTATAGAGATAGGTGACCTGCTGTTGAGCGAGCATTTTAAAAAACTCATTTTATGAGGTCTCCATGCATAATTGAAATAACCCAATGTTGCTGTCATTTCCACCAAAATTTATGAGATTGTCACTCAGGAAACTTAAGAATACTAAATTTGCTTTTGAAAAAGCAAATATATTTACATGGATGTGCATTGCACAACCAAAAACTTACCTTTTTATTATCTGAAAATTCTAAATAAATCCTTTGGCATACTTTTAGTTATATTCTTATCTAAGGCTGCTTCAAAACCTATTTTTATCATAATTCTATCATATAAAATGTGAAAGATAACTGTCCAGCATGAGGGTTATTGCTTTTGATTGGAAGTGAATCTCAGTTGTCCTATGTATGTTGGAGAAATATTTCATTAATAATTTATTGAAAACATTTTCTTTGTCATCTTTCTGAATGAATGAGTATGAATGGCGCTTCCCTGTCTTTAAAGGAGTATATTACTGACATACAAAACTCAAATGTTAAATTTGTCTGAAAAATATATTTCTACATGATCTGATAAAGTTCAGATAAGGGGCATTCTGTTCCTAAGAATGTCCTAAAAATGGAAAGCTGATAAAAGATTATGCTTAGAATTATACAGGTAAAAGACCTACAACAGTTGTTCTCTTGTTTTGATCCCATAGGTTATTTGTTATTACTCTTCTTTAACAGAGTGATTTTCTATTCTTAACCTTCTTAAGAGCCAATACAGAGTAGAAAGAAATATTTTCAGAAAGCCTTTTTAATAGTAACTTAATGTAAAAATTGTTTATCCTTTGGTTGAGGTTTCCCATTTCCATTTTTAAGCTTATCTGAACTGTGAACATGAAAAACGTAATGATTCATTGGTCAAGAAGCTACCATTTGAGGGCTCTAAAGTTTCTTTTAGATTTCCTTTTTTATATCAGTACAATTAAAATTTGATTTATCAAGTAGCAGCAGCTTCTTGATATTGTTACATACATTAGCTTGTTCATAAAATGTTAGAGTTAAAACTCATTAAAAATGCTATCGTTAAACATAAACTAATTAAAATTCAGTATACGAGATTCTCCCTTCAAAAACATCTTATTTTTATTTTATTTAGTACTTGCTTCAGTGTTTTCTAGGAATATCTAGTAAAGGCCTTTACTGTTTTCCACATGGCCTAATTTTATATTGGACTACAATTTTTGAGAAGGAATGCCAAATACAAAATTTTGAATCAATAAATTACAATTATAATTTTTATACTTATTTTCAAAGTTAATTTACTTTAGATGGCAGTAAAATCACTGAACTTCTGATTGAAAGAAAATTTTTTAGTTTGAAATTTCCTTCTGGAAAGGGGTTTGCAGTCCCTTTGGAAAGGAGTAAGCAATCCTGGAAGTAATTGAGTATTTAATCCTCCTATATTTTTTCTGAAGATTTTTGTGTCAGTATACTTTCTTTATGCTGGCTAGAAAGATCAGTTCTCAAGAGTTGCAGGATAAAATCAAATTAACTTTCATGTTTCAGAACTAAAACATATCCTTGCATTTATGGGAAGGATAGGTAAAAATGGAGATGGTGGCTGATAAAATAAAAATCTTTGAAACTATGTTTTTACAAGCCCAAAGCCTTTTGGAGTTGAAAGTATTAAAAAAAAGTATGATATGCTATCTTCAGGTTATGTATATGATCACAGATAATAGCTCTGATGGTCACAGAGCTTGCTGATGGCTTCCAAAGGATGGCTCCTGCCTTTTACCTTGTTACCACAGCTCCTCATAGGGCACTTTGAGTGGCAGTTCTGGAATCTGAAAAAGAAAGGATAGTGTAAGAATGGTGGTAAAATAAAAAGAACTGTCTTTATAGTTCCTGCTTTATAGGCTCAATAAGGATTTTTAATACATCCTTGCAAAATTGTTTTTGTAGTTTTTGTTACAAATCTGTTACTTTGCAATTCCTAAGGAGTAGATTTGGTGCTGTTAGTATGGGTATTTGCAAGACATCCCTCAAGGATTCTTATGTTTTGTGCATTAACTACTGTCTTCATTACTTACACATCTAAAAACTCCCCCTTCCTTAGGCATATGTCATTTTTATTCAACATAATTTTGCATATATTGCTTTCTTTGGCTGGAACAATTATATACATGATGAAAATCAGATTTTCTTCTATAAATCTATTTGTAATTTTTACAGTAACTTTATTTCTAGTACTGTATTTGTCATAATGATTTTGCTCTCGGGGGTCTATATAGAAGAAAACTTGATTCTTTTTGGAATAGTACTGCTCAAGAAATGTGGAAGAAGTGATATATGGCACTATACCCATGAATCACTAAAGAAACAGTGGTTTTATTTTGAACATTTTTGAAGAAATTCAAAGATTTGGGACTAAAGTTACCAAGTTAATTTGGTATTTATTTTGTCCTTTGTATTCTTATTTTTTAGGTTAAAGAATAGGAAGAAACCACAATAAAAGCTGGAATTATAAAGTCATAGAGTGGAAAGGGATTTAGAGATTATCTAGTCCAACCTTTTCATTCTGTAGATTATGCTAAATTCTTGAAAAGTCATGTAAAGTCCAGGTTATAGAAATTTTATTTACAATCTGGAAGAAACTGATAGCTAGAAAAAGAATGCTGCATACTTATTCATATTATTAATGCCTTTACTATAAATTTAAGCTTATTTAAGCTCAAAATTTTATTAACCACTCTGCTCTGAATTTATTTTAGTTAAGGATTAGAAGCATCAAACATTTTGCTGGAAAACAAAATGACATTTGGGGAAACATTCTTTCCCCTTTTGCTGTTACTGATAGCTTATTAATTCTGGCTGTAATTTTTTTGTCTTTATATACATTAATCAAAAAGACAAAGATGTTGTATAAAATAGTCATGAAAAAGATTGAGTAAATAGTTTATAGCTTTGTAGTAACTTCTGGGATAGGACACTAATATAGCTGTCAGGAAACCTTGATTTTAGTTTCCTATGTACCTTCAGTTCGTTTTTCTTAAACATTGGTATAAAAATATGGATGTAAAAGGAAGAAGGTATTTTGTAGGGTAGTTGTAAGTTCCTGAATGTGTGGAATGATTTATGTGCAAACATTGTCTTGCCTAATGGAAATAGTCATAATTGCCTAGTTTTCATTAGTCTGAAAAATGTCTTAAAGAAGTATTGGGCTCATCTTAAATCAAGAGCAACAGAAGTCTCTTCATCAGCTGCTGTTAGAACATGAGTCTGCGCAGCCATAGAGTAGGGATCTGCAGACCCTGCAAGAACAGTTCCTGTCACTGGCCACTGTCAGTGGTCATTAATAATTATAACAATGTAAGAAAACAAGATAATATAGAAGAGTCAAACTTTGAACTTTAAACAAAACATGTTTGCTACATTTTAACAGTCATAAATAGGGCAATGGGGGGGCGGGGCATAAGTTTTAGAATATGTTTTATGTCATTTAAGAATCTGACTTGCAAGTACCTGAATGGGAGAGAAGTGCTGATTATTACAAAGTAGTGGAGCAAGGAGAGTTGAGGAGTAGTTGGTTTTAAGGGGTTTGTAAAGCTGTGTTGATGTTTTGGGTAATAAAACTAGATTCGGGGTAGAAATGCTTTTTCTACCCACGTATTCATAAATTTATGTAAGAAGAAATGCTAGTAAGTGTTAATAACCTGAGAAGCTCTAGCTTTTTCCTTCCTTTTTTTGGGGTAATACCTTCATATGTTAATTTCAGATTTTTTCATGAGCAAAGATGTTCGTGAAACTTAGCCATAAACCATATTCTCTGAATATCAAGTGTCATCCCTAACATTCAGGCTTAATAACTTAATGTTTATGTGACTTACGTGCTAGCAATGTGGAAGAAATTTTTTATCTAGTAATGTTTGGTGTGTATTATCTTAACATTAGTGCTGAATTTTAGAAAGCACTTCTATTTTGGTGACTTTTGGAACACATGGGTAGAGCATTGTCAAGTGGCTTGGTTAGTTTCCATTACCCTTATACAAGTGTTGTCATTCTGTACAATTTGGTGCCTCTTCCCTGACAGTGTGATAGTTTCAGGAGTTGAAGGGAAAGCATTGCATGTTAAAAGCTAAAGTGGACAGAAGTTATCTTTATTTCCCTCTTCTGTACTACTTTACACCTACAGTCACTTATTTTTTTTTTTTGCAACATTCATTGAAAACTCCACATTATTTCAAACATTATGTTCTTTTTTGACTTATTCATGTTGTCAATGCCTTTATGATAATTTTAAGCTTATTTTTAAATATTTCAAGATTTATTACATTCAAAACTCTTATAAAGCATTTTGTTCATGGTATAATAGTATTTTGATCTGAGTAGTAATAGATTTATTTGTTTAAATATAGATAAAAATTGGTCAGTGTGTGTTCTCCAAAAAAAAATCTTGATAATGGGGAAAATCAGAGATTAGACAGGAAAAGAAGATATTGTGGCTAAGATTTGACTGCACTTACGCTTTCATCTCTCTTGCCTTTTTAT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Seq C2 exon
TACCACAAAGCCTGCTCCACACCTGGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000114857-NKTR:NM_005385:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(17.5=100)
A:
NA
C2:
PF0016016=Pro_isomerase=PD(4.5=60.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)