GgaINT0091027 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005282 | NKTR
Description
NA
Coordinates
chr2:1846027-1855522:+
Coord C1 exon
chr2:1846027-1846114
Coord A exon
chr2:1846115-1855492
Coord C2 exon
chr2:1855493-1855522
Length
9378 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
TCTTGCTGTTTGTCAAACAGAAC
3' ss Score
8.73
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAAACTTTATTCTCAAACATGACAGAGCGTTCCTTTTGTCAATGGCAAACCGAGGGAAACATACCAATGGTTCCCAATTTTTCAT
Seq A exon
GTGAGTAGATGTGATCTGACAGTTGAGCTTTTGTTAAACAGAGGAGCGCTGTTCATGAGAAAGATGGTATTGCTAAATTATCTCTAACGATGTTATCCACCTTACTTTGAATAGCGTTGAGTGGATACCTGCAGAGCTCTAATAGGAAACAGCAGTTACCACGAGTTGCATGGGGTATTCATTTGGGTTAGAAGTGGGTGCTATGGGATTGCTCGTTGTTCCTTGTTTTTTACCCTAAAATTATGGCTATGCTGTTGTGCTTAGTGTCCAAAATCAGATTCTTTGGTTTTGTGTTGTACCAACCAAATCTTCACAGAGTACTTATGAATTACAGTGCTGAGCATTGTACACAGGAGGCAGCAAGGTCTATGATAGGGATGGCCTGTATGTTTTTACATATGCTATTTAAAATATGGCTTATGATTTCCTTTGGGAGACAAGGTTTTTTGTAATTATGTCATTCTGGGGAGGGGGACCTCATTTAGTTTTGTTGTTTTTCTCCTGGACTTTCTGTTCCTGACAAAACTTTTTTCTATACTATTGAATAGTACTGTTGACATGTGTACACTAATTGTCATGGTCCCAGTGCTGTAGAAAATAATGTGCTGAAAATCAGGTTTCCCCACATTATCTTAATGAAACAAAAATGAATCCATTCCAGTATATAGCCACATCCTGTTCAACTGTAGAACACACTTTTCTGTCATGGATAAATGCTCAGGTGTGATGGCAGTCAGGCTCTTTTGATTGAAGTAGGTGCACTCTGGGTCCAGTATTTAACAGTTTGTATTTGGGAAGATGTGATTCATAATTTGGGCTGGTGCTAAGAACTTTCATTAAGAAATAATGCTGGTGTTTTTAAAATTAAATTCTGCTGTAGTTGCTTAGCTGTAAAAAGCTTTTTTTCTTTGCCATCTTTCTTGGGGGATGAGTGAATGGCGCTTCACTGTCTTCAGTAAAGGAGGAAATTCTCCTGAAGAGTATTCCTTTTCTTTTTGTTGCCTGAAAAAGAGCTTCAGTATGACACAATGAAGTTCAGATAAGAGGCATTTTTAGGTCTCTTCCTAAAGAATGCCCTAAAAATGGAAAATTAATAAGAAACCTAAGAAAGAGTCTTTCAGTTCCTACTGTTCTGACTCTCCAAAGAGAGAAAATCATGTCAAGAGCTTATTTTCCGTTAGCCTCAAAGCAACTTCTAGGTGATATGCTTCCCTACAGTAAATCTGAATGGAGATTATAAATATATATATACACTAGTATGAGAAACAACCTCTGTACAAAAAGGAACGTGTGGTTTAAAAAAGCACTCTGCAGAACACTGGTTTGCTGTTTATCACTTGATGATACAGCTTTCAATTCTTGTGTCGCAATTTTCCATTTTTAAGCTTATCTGAACAAAATACATGGAAACTTAATGGTGCTACATCTATCAAGAAGCTATCATTTGAGGGCTCTAAAGTTTCTTTTTGCTCCTGTATTTAATTCAGATGTCTTCCTCTTTCACTTTTAGCAGTAGGCTCAGCTTACTTGCTCAATTAAATTTAATGTATTTAATGGACACCCTGTCTCACCATGCAAAGGAACATCCTAAGCTTGTGTTAGATGCTAAATTATAGCTCACATAGGACAGTAAAACGTGAATAATGCTTGAGAGTGCCTTCATTAAAGCGAAATTATTTTGAAAGGTACTTATATCCTTCAAAAATTCTTTTCCTTGGCTGTCCTGTAGCATATTCATATGGCACCAGTTTACCTTAGGGTTACATAAATGTATCGTATGCAGGAGTAAATTCCCAGAGTACCAGTGAGGTTTAGGTGGGCTGCTGTCTTTGTGCAAGTCTTTAATGCACACTGTAATGCTGTAGACTTGTGTAACCCTTTTGACCAGAGCTTTTTACTGCATGCAGTAAATGTTGTTTGAGATATCTTTGTGTACTCCAAGACAGGGCATGTAGATGCAGTGCACCATCCGTGGGGCACCCAGCACTCCTGGAGCAGCAGCTGGAAGCCAGCAGGGGATAGTACAGGGCTCAGGATGGCAGTTGAGCATTGTCCCTATCTAGGGTGGCTTCACACTGATGGGCAGCAAAAGTCCACCATGCCACACTGTTATCACCCTTCCTCAACTAAACAGGGAGAGAAAACACAGTGAAGAAAAGCTCATGGGTTGAGATAAAGACAAGGAGATCACCTGTCAATTAACCATCAGAGGCAAAAACAGATTATGCATGAGGAGGTGAACATAGTTTATTGACTACTGCCAATAGACTAGGGCAGTGACAACTAAAAGCCACTTCCTTCTACTCACCCTCTTCCTCCTTGTGGCACAGAGGAGCAGGGGCTGTGGTCAGTCCATAATACTTGGCCTCTCCCACTCCTTCATGGCTGCTCTCTGCCCATGCTGCACCTGGAGATGTGCTCTGCATGGTGCCCTTGGGTTGCACAGGGATAGTTTGCTCTGCTATGGGCCTTTCCTGGGCTGCAGAAAGCTTCTGCTCCATGCTTAGAGCACCTCCTGCCCTCCTGTGCTGACCCTGGTGGCCCCAGAGCTGCTTCTCTATTTCTCACTCCTCTCTTCTATCTGCAGTTGCACAGCCTTTTTTATTCCTTAAACCTGCTCTCCCAGAGCACAACCAGTACTGCTTATGGCTTAGCTCTGCCCTGCAGCAGGTCGCTTTTGGAGCAGCTGGAGCTGGCTCTGATCTGGCATGGAGCAGCTGCTGCAGCTCCCCACCACCAAAACCCTGCCTAACACATTTGCAGGGTTTGCCTTTTTTAATAGAATCAAGTTTGTGCATTTAAGCTGAATCCCAGCGTTGGCCTGCAATGCTGCAGCTTATCACGGGAGTGAGTACGATTACGGCATCCATAGGAGAGTGCCCTTAATGGTAGATGTGCATGTATACAGTCAGTGGGGACGTCAGGTTCATTTTCAGTAACTTGATTTGTGAATAGGTAAAGATGGATGGTGAAACATGTAGGCCAGCAGTCTGTATTTTTACATAGATTTTTTTTTTTAGTGTGGAGCTTCGTTTCTGCTTCAGTGTTTGAATTTCAAGATTCAAAGTAGGAGACAGCTACTAAAGATGATATCTAGACAGCTTCTGATTTAAGACTTGAAAAAGTAATATATTAAAGCAGTTAGTCTTGCTTGCTGACATTTGTGTGGTTACATTAGGGAATGTACTGTGTGTTCCTACAGATTTTCTTTAATAACATAACTTACTTCCTTTAGTGGTGTACTTTAAACTGAAATTAAAATGTTATGCTCAAAGGAATGCTCAATTATTCAGCGGTTTATCATGAGGAAAAATTCTTCAAATGTGTGTGTGCCAAATGTAGCAAATAGGGAGTGCAAGTAAGTCAATTTATAAGTCTTTGTTCAGCTGAGACTGAAATAGTGGAGGGAGTCTTGAATATATGTTTTTACTTGCTCATCAAATGCACTTTCCCTGCTTTCTGCACTAAGTGTCATCAGGAATAACTGTCTTTGTAGGAACTAATAAGGCAGTGAATCTCCTTGACAGGCTGCGTTAGCAAGCTGGTCACCATGGGACTCAAAGTCATTAAAATGTGATCTACGGTGGTCAGTTCTGCAAGTGATGCAAGTGAAGTTAGGAAGTGTGAGTGTAGAGTTGGGAGAATGAATGGAAGGCATCACTAGGAACTGGCAAGGTGCAGAACTAGAGCAAAGGGAGCATGTATATCACAGAATGGCCTGGGTTGAAAAGGACCACAGTGCTCATCCAGTTCCAACCCCCCTGCTATGTGCAGGGTCACCAACCAGCAGACCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTGGCCTTGAATGCCTCCAGGGATGGGGCATCCACAGCCTCCTTGGGCAACCTGTTCAGTGCGTCACCACGCTCTGGGTGAAAAACTTCCTCCTAATATCCAACCTAAACCTCCCCTGTCTCAGTTTAAAACCATTCGCCCTTATCCTACACTATCCACCCTGAGGAACAGCTGTTTGCACTCCTGTTTATACGCTCCCTTCAAGTACTGGAAGGCTACAATGAGGTCTCCCTGGAGCCTTCTCTTCTCCGAGCTAAACAAGCCCATATCAGACATGCTATGTTTGATGCTCATTGACTGTTCCTACTTAGAGCAGTTGGGTTGAAGGTTGAAAGGAGAGGGCTTAGTTACAGCAGGATTGGTTTTCATGGATACCTGCTTCAGATATGCCAGGTCTGCTCATATGTGTCTTTAGAAACACTCCCTGCTCTGACAGAATGCACTGTACTGAAATCCAGCAGGAGGGATGCACAGACTGTGTCTGTTTGTGTTGTTGGAGTTGGAATTTCAATTTTCTGTAACCAAAGGGATCTTTTATAGCGTTTTGTTGCATTATTGTGTTGAAGACAGTTTTAAGACAACTGCTTATAACAAGCTTTTGATATTTTCAGGTAGCAGCGCTGCTTATTTTTCTATGATTTAAGTTTTTTTCAGAACCATCAGTTACTTAAGAAGTGCTCTGAAAACCATAGTATGCTTATCCTTTTTTTTAACTATCCCATTTCCATGTTGATATACAGTTAAGGAATTTCTTGGATGGGAGTAGTTTGATAAGAGCCATGCTAGAATCACTTCCTTTTTCTCTGTAGTCCAGGACCCATTTTGGATTGTTGCTGAAAGTTTTCATTATTATTATTATTAATTTTTCTACTGTTATTAATGGGAGTGAGGTAGTACCTCTAGAGCATTATACAAATGCAGTTTATGTCTTCAGGTCACTTAGTTAGTTAGAGCTGGGGGGCTGGTAAGCCTGTTCTTGGATGGTCAGCACAGCAGCTGGGTTCTTGTTGGCTGATGTTCTTTGCAAGCTCCTTGCTCAGCTGATCTGATGAGGGTACCTTGGCTGTTTTGAGCACCTGTTGTGCCTGTGGCCCTGCCCAACCTGTAATACAAAAGACTGTAATACAAAATAAGTGCACCTCTCATGAAAGTGATTATAGAAAGTACTATAAAATTTTTGAGT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Seq C2 exon
AACAACAAAACCCGCTCCTCATCTTGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005282:ENSGALT00000015998:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.022 A=NA C2=0.167
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(17.5=100)
A:
NA
C2:
PF0016016=Pro_isomerase=PD(3.1=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]