GgaINT0091027 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005282 | NKTR
Description
natural killer cell triggering receptor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7833]
Coordinates
chr2:1942932-1952427:+
Coord C1 exon
chr2:1942932-1943019
Coord A exon
chr2:1943020-1952397
Coord C2 exon
chr2:1952398-1952427
Length
9378 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
TCTTGCTGTTTGTCAAACAGAAC
3' ss Score
8.73
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAAACTTTATTCTCAAACATGACAGAGCGTTCCTTTTGTCAATGGCAAACCGAGGGAAACATACCAATGGTTCCCAATTTTTCAT
Seq A exon
GTGAGTAGATGTGATCTGACAGTTGAGCTTTTGTTAAACAGAGGAGCGCTGTTCATGAGAAAGATGGTATTGCTAAATTATCTCTAACGATGTTATCCACCTTACTTTGAATAGCGTTGAGTGGATACCTGCAGAGCTCTAATAGGAAACAGCAGTTACCACGAGTTGCATGGGGTATTCATTTGGGTTAGAAGTGGGTGCTATGGGATTGCTCGTTGTTCCTTGTTTTTTACCCTAAAATTATGGCTATGCTGTTGTGCTTAGTGTCCAAAATCAGATTCTTTGGTTTTGTGTTGTACCAACCAAATCTTCACAGAGTACTTATGAATTACAGTGCTGAGCATTGTACACAGGAGGCAGCAAGGTCTATGATAGGGATGGCCTGTATGTTTTTACATATGCTATTTAAAATATGGCTTATGATTTCCTTTGGGAGACAAGGTTTTTTGTAATTATGTCATTCTGGGGAGGGGGACCTCATTTAGTTTTGTTGTTTTTCTCCTGGACTTTCTGTTCCTGACAAAACTTTTTTCTATACTATTGAATAGTACTGTTGACATGTGTACACTAATTGTCATGGTCCCAGTGCTGTAGAAAATAATGTGCTGAAAATCAGGTTTCCCCACATTATCTTAATGAAACAAAAATGAATCCATTCCAGTATATAGCCACATCCTGTTCAACTGTAGAACACACTTTTCTGTCATGGATAAATGCTCAGGTGTGATGGCAGTCAGGCTCTTTTGATTGAAGTAGGTGCACTCTGGGTCCAGTATTTAACAGTTTGTATTTGGGAAGATGTGATTCATAATTTGGGCTGGTGCTAAGAACTTTCATTAAGAAATAATGCTGGTGTTTTTAAAATTAAATTCTGCTGTAGTTGCTTAGCTGTAAAAAGCTTTTTTTCTTTGCCATCTTTCTTGGGGGATGAGTGAATGGCGCTTCACTGTCTTCAGTAAAGGAGGAAATTCTCCTGAAGAGTATTCCTTTTCTTTTTGTTGCCTGAAAAAGAGCTTCAGTATGACACAATGAAGTTCAGATAAGAGGCATTTTTAGGTCTCTTCCTAAAGAATGCCCTAAAAATGGAAAATTAATAAGAAACCTAAGAAAGAGTCTTTCAGTTCCTACTGTTCTGACTCTCCAAAGAGAGAAAATCATGTCAAGAGCTTATTTTCCGTTAGCCTCAAAGCAACTTCTAGGTGATATGCTTCCCTACAGTAAATCTGAATGGAGATTATAAATATATATATACACTAGTATGAGAAACAACCTCTGTACAAAAAGGAACGTGTGGTTTAAAAAAGCACTCTGCAGAACACTGGTTTGCTGTTTATCACTTGATGATACAGCTTTCAATTCTTGTGTCGCAATTTTCCATTTTTAAGCTTATCTGAACAAAATACATGGAAACTTAATGGTGCTACATCTATCAAGAAGCTATCATTTGAGGGCTCTAAAGTTTCTTTTTGCTCCTGTATTTAATTCAGATGTCTTCCTCTTTCACTTTTAGCAGTAGGCTCAGCTTACTTGCTCAATTAAATTTAATGTATTTAATGGACACCCTGTCTCACCATGCAAAGGAACATCCTAAGCTTGTGTTAGATGCTAAATTATAGCTCACATAGGACAGTAAAACGTGAATAATGCTTGAGAGTGCCTTCATTAAAGCGAAATTATTTTGAAAGGTACTTATATCCTTCAAAAATTCTTTTCCTTGGCTGTCCTGTAGCATATTCATATGGCACCAGTTTACCTTAGGGTTACATAAATGTATCGTATGCAGGAGTAAATTCCCAGAGTACCAGTGAGGTTTAGGTGGGCTGCTGTCTTTGTGCAAGTCTTTAATGCACACTGTAATGCTGTAGACTTGTGTAACCCTTTTGACCAGAGCTTTTTACTGCATGCAGTAAATGTTGTTTGAGATATCTTTGTGTACTCCAAGACAGGGCATGTAGATGCAGTGCACCATCCGTGGGGCACCCAGCACTCCTGGAGCAGCAGCTGGAAGCCAGCAGGGGATAGTACAGGGCTCAGGATGGCAGTTGAGCATTGTCCCTATCTAGGGTGGCTTCACACTGATGGGCAGCAAAAGTCCACCATGCCACACTGTTATCACCCTTCCTCAACTAAACAGGGAGAGAAAACACAGTGAAGAAAAGCTCATGGGTTGAGATAAAGACAAGGAGATCACCTGTCAATTAACCATCAGAGGCAAAAACAGATTATGCATGAGGAGGTGAACATAGTTTATTGACTACTGCCAATAGACTAGGGCAGTGACAACTAAAAGCCACTTCCTTCTACTCACCCTCTTCCTCCTTGTGGCACAGAGGAGCAGGGGCTGTGGTCAGTCCATAATACTTGGCCTCTCCCACTCCTTCATGGCTGCTCTCTGCCCATGCTGCACCTGGAGATGTGCTCTGCATGGTGCCCTTGGGTTGCACAGGGATAGTTTGCTCTGCTATGGGCCTTTCCTGGGCTGCAGAAAGCTTCTGCTCCATGCTTAGAGCACCTCCTGCCCTCCTGTGCTGACCCTGGTGGCCCCAGAGCTGCTTCTCTATTTCTCACTCCTCTCTTCTATCTGCAGTTGCACAGCCTTTTTTATTCCTTAAACCTGCTCTCCCAGAGCACAACCAGTACTGCTTATGGCTTAGCTCTGCCCTGCAGCAGGTCGCTTTTGGAGCAGCTGGAGCTGGCTCTGATCTGGCATGGAGCAGCTGCTGCAGCTCCCCACCACCAAAACCCTGCCTAACACATTTGCAGGGTTTGCCTTTTTTAATAGAATCAAGTTTGTGCATTTAAGCTGAATCCCAGCGTTGGCCTGCAATGCTGCAGCTTATCACGGGAGTGAGTACGATTACGGCATCCATAGGAGAGTGCCCTTAATGGTAGATGTGCATGTATACAGTCAGTGGGGACGTCAGGTTCATTTTCAGTAACTTGATTTGTGAATAGGTAAAGATGGATGGTGAAACATGTAGGCCAGCAGTCTGTATTTTTACATAGATTTTTTTTTTTAGTGTGGAGCTTCGTTTCTGCTTCAGTGTTTGAATTTCAAGATTCAAAGTAGGAGACAGCTACTAAAGATGATATCTAGACAGCTTCTGATTTAAGACTTGAAAAAGTAATATATTAAAGCAGTTAGTCTTGCTTGCTGACATTTGTGTGGTTACATTAGGGAATGTACTGTGTGTTCCTACAGATTTTCTTTAATAACATAACTTACTTCCTTTAGTGGTGTACTTTAAACTGAAATTAAAATGTTATGCTCAAAGGAATGCTCAATTATTCAGCGGTTTATCATGAGGAAAAATTCTTCAAATGTGTGTGTGCCAAATGTAGCAAATAGGGAGTGCAAGTAAGTCAATTTATAAGTCTTTGTTCAGCTGAGACTGAAATAGTGGAGGGAGTCTTGAATATATGTTTTTACTTGCTCATCAAATGCACTTTCCCTGCTTTCTGCACTAAGTGTCATCAGGAATAACTGTCTTTGTAGGAACTAATAAGGCAGTGAATCTCCTTGACAGGCTGCGTTAGCAAGCTGGTCACCATGGGACTCAAAGTCATTAAAATGTGATCTACGGTGGTCAGTTCTGCAAGTGATGCAAGTGAAGTTAGGAAGTGTGAGTGTAGAGTTGGGAGAATGAATGGAAGGCATCACTAGGAACTGGCAAGGTGCAGAACTAGAGCAAAGGGAGCATGTATATCACAGAATGGCCTGGGTTGAAAAGGACCACAGTGCTCATCCAGTTCCAACCCCCCTGCTATGTGCAGGGTCACCAACCAGCAGACCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTGGCCTTGAATGCCTCCAGGGATGGGGCATCCACAGCCTCCTTGGGCAACCTGTTCAGTGCGTCACCACGCTCTGGGTGAAAAACTTCCTCCTAATATCCAACCTAAACCTCCCCTGTCTCAGTTTAAAACCATTCGCCCTTATCCTACACTATCCACCCTGAGGAACAGCTGTTTGCACTCCTGTTTATACGCTCCCTTCAAGTACTGGAAGGCTACAATGAGGTCTCCCTGGAGCCTTCTCTTCTCCGAGCTAAACAAGCCCATATCAGACATGCTATGTTTGATGCTCATTGACTGTTCCTACTTAGAGCAGTTGGGTTGAAGGTTGAAAGGAGAGGGCTTAGTTACAGCAGGATTGGTTTTCATGGATACCTGCTTCAGATATGCCAGGTCTGCTCATATGTGTCTTTAGAAACACTCCCTGCTCTGACAGAATGCACTGTACTGAAATCCAGCAGGAGGGATGCACAGACTGTGTCTGTTTGTGTTGTTGGAGTTGGAATTTCAATTTTCTGTAACCAAAGGGATCTTTTATAGCGTTTTGTTGCATTATTGTGTTGAAGACAGTTTTAAGACAACTGCTTATAACAAGCTTTTGATATTTTCAGGTAGCAGCGCTGCTTATTTTTCTATGATTTAAGTTTTTTTCAGAACCATCAGTTACTTAAGAAGTGCTCTGAAAACCATAGTATGCTTATCCTTTTTTTTAACTATCCCATTTCCATGTTGATATACAGTTAAGGAATTTCTTGGATGGGAGTAGTTTGATAAGAGCCATGCTAGAATCACTTCCTTTTTCTCTGTAGTCCAGGACCCATTTTGGATTGTTGCTGAAAGTTTTCATTATTATTATTATTAATTTTTCTACTGTTATTAATGGGAGTGAGGTAGTACCTCTAGAGCATTATACAAATGCAGTTTATGTCTTCAGGTCACTTAGTTAGTTAGAGCTGGGGGGCTGGTAAGCCTGTTCTTGGATGGTCAGCACAGCAGCTGGGTTCTTGTTGGCTGATGTTCTTTGCAAGCTCCTTGCTCAGCTGATCTGATGAGGGTACCTTGGCTGTTTTGAGCACCTGTTGTGCCTGTGGCCCTGCCCAACCTGTAATACAAAAGACTGTAATACAAAATAAGTGCACCTCTCATGAAAGTGATTATAGAAAGTACTATAAAATTTTTGAGTCTGCTGACTATACAAGTGCTTTTGCTCGACTTCGCTTCTCTGAAGTCATGCAAAACTGCCTGAGCTGCATTTACTACAGAAGCAGAAATGTGAAGGTGCAGAATGTAGCATGAAGAAAACAGCAGGAGGCAAATATAGCATCCAGCTTCTTGGTTGTCATTTGGAAGCTTTCGATAGTAATTAACTTACTACCTTGCTATTTAGTTGTGTGTTAGCTTAAGTAATTGAGGAATACTTACTGCAACGTAAACAGGAGTCCCAGGTTTTGTTCCTTACCAGCTCAAACAGTGTTGAGTTCTTGCCATTGTGTTCAAAAGCCATCTATTTAAAACTTGAGGCTGTTTTGATATGTTAGATTCCCACCTCGATACTGAGATTATTGTCAGTGTAATGTGTCTCCCAAGCTCCTTTTCCTTGCTCAAAACTAAATAACCTTTTGGTTCAAACATACTGTAAATGTGTGGTGTGCCTAGTTACTAAATGTAAATAGACTAACCTCTCTGAAACGCTAATTGATAGATGAAATCAATGATGAGGATTTAACAACTGATGAGGATTTAACAACTGATTTCTGAATGTCACTAACTTCTTAAAAGTGCCTCATATCTAAGGGTTTCCAGTGTGCCACACCAGGCATTTTTCTGAGCAGTCGTCCCTTTTTTCTTTCTTGCATATGACAGCTTTTAGCTGATTGTTAAACAATTTACAGAGACACGAAAGTGAACAAAAACAATGAATGGAAGGTGCTGATTTTGCAGTATTTTTGAGCAATAGTGGTGTTTGTGCACTTGGCACATAGGTTGGTCCCAGTGGTTGGGTTAAGATTGATGTGGAAGTACAGCCCATGCAGAAGTGTTCCCAGGATGCTTGTATGTGTAATGCATTACAAAGGGATCACTTCACTAAGCACATCCCTGCTTAGATGTGTGGATAATTGCTGATGCATTTTTAAATCATTGCTGCCCTTCAGAATTGCACCAGCATCAGTTGGTGTGTGTTTTTTCCTGTTAGTGTCTGCAGAGTTTCTCTATGCTTCTAAGCAAAAACATTGTAGTAACTATTCACATATTTTAGAGAAAGCAGCTTTGTCTTATACAGAATTTTCATAGTACAAGGAAGATGTAAGCTAACTATGGACTATATAAAGCTGTGGGCTTACCAACACCCTTCATTTGTAAATCAAAGCAGTTAAAGGCCTCCATCCTATGAAGCACACACATAGAATCATAGAATGGCCTGAATTGAAAAGGACCACAGTGCTCATCCAGTTCCAACCCCCCTGCTGTGTACACGTTGGCCAACCAGCAGACCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTGGCCTTGAATGCCTCCAGGGATGGGGTATCCACAGCCTCCTTGGGCAACCTGTTCCAGTGCATCAGCACCCTCTGGGTGAAAAACTTCCTCCTAATACCCAACCTAAGCCTTCCCTGTCTCAGTTTAAAACCTTTAGGGCTTGGTTCCATTGGACATTTGAACACAGATGTAACCACCAGCACATCAACAGACCCACTGAAATCAGTTATTCTTCTGTTTAAAGCTGTGCATGTGTTCTAACACTTGTGCTGGATTGAGCATTTCAGAGGGGATTGGGAGGATTCTAACAGTTTATCTTTCTCATAGTTTATGCAAGGAAGTTATTTCTGCAGTTTTGTGTTGTTCAAGAGAACTGACTGTAGTTTTCAAAGTGCCTTGTATTCTAAAGAAAATTTAGAGCCCTCTTTTTAGGCATCCTTGTTCTGCATACAACTTGATTAATATTAATTTTAAACTTGTATTTAATAAAAACATAGACTCAGTTTTGTCTGAAAATGTATTACAATTTATTTCTGCCATTTTTGTGTAAAATTTACAGAAACAGTGTTACATCGTGCGCTCCAAAGGTAATGTCTCATTCCTCTAAGGCTGTGTCCTTTTCTTTTCTCTTTCTGTTTTTAATCTTTCTTGTTTCTCTGATCATATTGTTATGTGCATTGAGTCCTTTGTTAGGCCTCAGGTTCTTGGGGAGGGTGGGCAATAACATGCTTTTATGGAAAAGATGCTCTTCTCTTCAGCAGTACCTTAAACCAACTTGCATTAATTTGGGTGAATAGAGATATTTGTCCTCCTGCAAATAACTTGGAAAATAGTAGCTATTATGAGGCAGATTTGTCAATGTTATAAATTATCAAACTTCTGTAGAGAAATGTTTTAATGAAATACTATTTCTTGGGAGGAAATGATCATAACTCTAAGCTTCTGTAGTGCCAAAGTAGTAAGTGGGTTTTGTCCTCATGAAGTTTTATGGTCAAGGTATAAATGTTCAAGAACTGAAAGGGTGCAACGTAGGCAAAAAACTTTGACACGCTCTTCCAAAGTGCAAATGTTTGCAGGCTAATTGCAGTACTACAGCCCTGACCTTGAGATGAGAGAAAGTTCAATAGAACAATGAGGAGTTTGGTTTCAGCTTCCCTTTGGAAGTGGTTTAAGTTGCCTAACTCCTTCTCTTGCATCTAGATAGTTTTCTTCTTGGGTAATGCTTTTCTGTGTGCTTTCCCATCATGAGCAGGCAAATGAGATGAATTCTGTCCGCTTTTTGTATCAGCTCAATGAAAAGCTAAGTGGCTTTACCAGTGACCAACTCTCAGTTTCCTTGTTTATCAAGGACTGGTCTAAAGTGAGCTGATGCTTAAATAGTTTGCTCAATTGGTCTCCAAGTGCTGCTGCAGCACGGCAGGAGCACACTGCTCCAGGATTCATATCAGGGGAGTCTGAACTCGTTGCTTTCTGTAGCTGATTCTAAATGCTGAGTCTCATTTACTGTTGCTTTCACTGAAGTAACCTGCTTCTGTCACTACTTTAAGCTCCGCTTTATAATTATGCCTGCTTACAATGTTCACTTAACAGCAGGTCGTTAATGTAGCTAACTTTGCTGATGGAACTTCCAAAGCTGTGAGAATGTTTTATTTTGCAGCAAGATGCTGAATTAGTGAGGGAAAAACAAGGAACACCCCTACTACTGAGAAATGAAATGTCCTGATAGCATCTCTTTCCCTGCTTATAAGCTGAAGAAGGTCTCTGTAATATTAGGGTTACAGAAGCAGAAAGTCTGGTTGGTGTTTGGAGCCTAAAGAAATCAGAGTGTAAGCACTTCTGATGGGCACTTCCACCTTTTGCATGCATTCCAGCACTGCAGCATCTTGTCAGCTAATAGTTGAAAGTAGAGTGCAGCCATGTGCTTGAACACTATTTTATTATAGCAGTGAAAGCCTGACTTTGTTGTACCAGGTCTGTGTTACTGTAAGTGTAGAAGAAGCATATACGCCCTGTGATATTTTTATGCTGGGGGAGAGTATTACAGTGGAAGGAAGCTAGAAAAACAAGGCAGCTGCCTGGGGAAGAGAGGAAGAGAATACTTTCAAATAAGAATTTCAGATACAAATTATTCTGATGAAGTAATTTGCTTTCCTTTTTAGAGAAGTGTATAGAGAGGTACCAAGTCGTAGAGTTACTATCAAAAATTTGAATCATCTTAAGATATCTTTTCAGATGCACAGCCTTGAATATTCCAATTTAAATCCAGCCTGGAAGTTTAGCGTAGCTGCCTCCAATGCCTATTAGCAGAATGCACAAAATGTAATGCAGTGCCATTTCCCCTTCAGTCTAGAAACAGCTAAATGTGGAAACCTGAAAAACAGGGAGCAAGTCTGAATTTACCACAGAAGTAAACTGCAGGGTACCAGATAATGTCTACTTGCACTGTGCTGCTGTTTCTTTTGGGAAGCCTGTGAGCTCATCAGCAGAAGTACTAAGTCCTGACACTTAAAGATAGTGCTGCTTTGTATTCTGAGTCATGAGGCCAATCAAGAAGGTGGAAAGTAATAGGGAAAAAAAAAAAGCAAAAGCAAAGAATCTATCACATATGACAACTCTGTTTTCCCATTTCTTTTTTAAATAGAACTGTCTCTAAAGTGGCCGTACAGCATAATGACAATTTGAGAAACATGTAAATTTCATTAGTTGCCCAATATTTACTTCCAAGTTGTATCTTCTCTGTGATTAAAGATGGTAGTTACATTTGAATGTGTATTTAAAGAGACTTGAATATTTTTTGTTGCATGCATAAAATGGTATTTGGTACAACTTTCAAGTATGCACAGTTAGCTAAACTTTAAACAAATTTTGGCGTAAAAGATTAAAAAAGTGCCTGTGTCTGTAAGCTGTAAGGTTTTTTAATTTCTTGTATGTAACTGAATTTTTTCACTATTTTGTCTTACCTTCACCTTTTTTTTTTTTTTCCTGTGCCATTCTCCTCTTACTTCATCTGAATCCTTGATTTTTATTTTACCATCTCACCATCTTGCTGTTTGTCAAACAG
Seq C2 exon
AACAACAAAACCCGCTCCTCATCTTGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005282:ENSGALT00000015998:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.033 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(17.5=100)
A:
NA
C2:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(6.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]