MmuINT0120067 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039934 | Pion
Description
pigeon homolog (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442259]
Coordinates
chr5:20734979-20748700:+
Coord C1 exon
chr5:20734979-20735064
Coord A exon
chr5:20735065-20748622
Coord C2 exon
chr5:20748623-20748700
Length
13558 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAG
5' ss Score
7.1
3' ss Seq
CAAATACCTTCTTTTCCCAGGGA
3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTTGTCAACTTTGGATATGACTATCGTCAAGACCGTGAGAAGCTGTGCAATCAGCCTTCTCTCTGCATTTTTACCAACCATACAG
Seq A exon
GTAGAGTTAGGATCCTGCTTTCCCTGTTTATTAGACTTTGTATACAAGTTCTGTGCAATTTGTATAGAACTTGGGTTCTATAGAAAATGCAATTATGGTTTAACTGTGTGAACAATATTGTTAAATAAACTGTTATTTATAAAAGTATTATTAAATAAAGAAAGAGTGAATTATTAAAGCCACATTATTATAATAATCAAGTGGATATTTCACATACATTCATAGGCCAAACCAGTATTATTCTACCCTTTTCTGTCACTTCTATTATAATTATACATGTATATATTATATGTGCATATATATAATATATATTGTATTTATGAAAAAACATTACCAACAGGGTTATTGTTCTAATAGGTTTTATTGGTATTGCTTTAATAGAGTGGGTAGATTCATATTTGTTCAAAGCAAAATTTCCTATGGAGATGGAAATGATTTCTGTGTCAGCCTTACTGATGTGTTGGATTCTATTTATTTATTTATTTTTTACTTTTTTTTTTTTGCCTGTATTGTATGTCTGGAGGGAAGTCTTTCACCTTGTGGGCTCCAGCATTGAGTTCACATCAGCAGGCTTGGGGCAAGTCTTTTACCCATGCAGCATTCCCACTGGCCCAGGTTTGAAATCTAAACCCATGTCCCTGGGTTTAAACGCTATGTCATGGCTGCTGTTGTAGAAGGCAGAGCTTAACACATTAAGAACACGGAGAGGGAGAGGGTGGCTGGGAAGGTGCATGTGAGCAAACTATGCTATAAGCCTGCTCAGTGTTGGGGTCTGGGAATCACTGCACAAGCTACTCAGACAACTGATCTCAGGCAAACAGGGATGGCTTATTGAATGCCACACCCAAGGACTAATTGATCAGGGACATAGGTCAGACTTGGGAGCCAATTGTGACCTTGAGTGAAGATCCTATAGGGCTTTTTGAGCCTGAGATCTATAAACATCTGTACTAAGTTATTCCATCAATCAGGATTTAGGGATAGGGGACTTCCTTCGGAACATGTCTTTGTTGTATACTTATCCTGCTCCCTTTGGTTGGGGTATTCAGCTGTGGCAGGGGACTTGCCTTGTCTAACATTTGTGTCTTAACTTGCCAACCAGGATGTCGGTTACCCACGCACACGTCTCTTTCCAGGATGTCTGTTCCCAGGGAGGTTTCAGGTGCTTATACCAAATAGCTTCTTGTATCGGTGCAGTGTCTCTCTTATGTTGGGGTCCATCCCAGGAGCAGCTTATAAGGGCAAATATCTTAAGAGCTTATACACAGGTGCAGGAAGTGCTGCTGGCTGGTCAGTTCGGGTCCAAGCAATTTTAATGACTTCTATTGTGATTGGTTCCCAAGGGCACAGAATATAACAGAATATGTAATCAACTTGGGCATGAGAAAGTTCCTAGAAAGAGTGGAAACAATGTATGAGAAAGTTTCCTTATAGTATTAGTAATAGTAAAAAATGTCAGGCTAGCCAGGCAGCAGTTACCTAGGCTTTAACACTCCATCTAGGCCTTTTACCTGAGTCTTAACACGTAGAAACAATGTCACAGTGAGGCCTGCCCTGTGTGCCATTAATACACAGTGATAATTATAACACAAGGCAGTCACTGTGACTGCTGGATGGAGAAAGGTGAGAAGAGGTAAAAGAAGGAGGTCAAGTTCAGGTGAGATCAGAGTCACATTTGAGACAACGGGACTTGAAGCACAATGGGCAAAGAATATAGAGGGATAGATGGGTGTGTTGTGTCTCAGAATGCCTTCCTGTAACGAGGTGGAGAGGAAAGGCCCTCGGGTTTCTGGCATCCACAGGTGATCAGTGATAGCATTTACTCAAGTATAGGAGCTTTGGTGGGACTCTCGACAGGAGATCATGAGCTTCTTCTGAACATGTTAACTAAGAAGCCTTGAACAGAGAAGAAGGGTCAGGGGTGATGATGGATAAGTGTGGGAGTGGTCAGAATGTGGAGAGCATTTGAGAGAGACCTCAGGAGGAGGAGGATTCAGTGAGAAGGTGAGGTGTTGCGGAATAATATCTGGGAGCTTAAGTTAGGAGGAGTGTGCAATTGGAAATGGAAAAAGATAATGTCTCATGAGGAGAGAGCCAAGCAAGCATTTGTCAGGGCCCAAAGGCAGAGCACAGCTTTTCCCAGGAGAAGGGCCAACAATATCTTGAGAGGTGGAGTTCCCAGGAGCTGGCCTGTGAGCCACCTCCTTGGGCAACTGGAGGGAGATCTGGGTTCTACTTAAGTTGAGCATCACAAAGAGATAGAAAAGGTCATAGAAGCTTGTGAGAGAGGCAGTAGCAGAGGGTAGAATTGGGATTTAGGGAATTGTTTTTAACTCTGGTTGTTTAAATGCTCACAGGATATATTTAGTGCGGAAGGAAAATGGGATAAGTCCTGGCAGAAAAGACTGATAGATTTTTGATGATGGGAGGAAATGAGGGATAAACTGGGTAGGCACTTTCCTGCCTCCTTTGCTGTTGGATATAAACAACCACTTCATGCTGTAAATCTCTGTGGATTTCCCCTTTTTAATTTAGTCAGAGGAACTCATGAACAGTAGCAACCATAATATACAAAAGGGCTACTGCAACTTATTTAATAACACTGGGTTCATCTGGTAGGAGATGTGGAAGCGTCTCTTCCTTTCCTTTCCTAGCAATGCGTAGGAAATGTGCCTTGTTCTTCAGTCAGCTTCGCAGTAAAGACTATAGGTTTGTTTCAAACAAACTCCCAGAGTTAAGATGAAAAAGCTGGTGAAGCATTTTGTTGTTGTTGTTTTGGAGGAGTATGTTGCCAGTTCTCATATCTTTTTCCAATTAGGTTTAAAAATGAGTTCTCACCTCTTTGGTTAAAATAAAATTGTGATGTAGCTTTGCAGGTTGGTGAAAGAATCTTCCCTATAGGCCAGAATAAGTAGAAAACAGGTTTAATTAGTATACTGCAAAAAGAGTAGTTGGTATGGCAGCGACAAAACCGTATGTGGGTGGTGGTGGACTGCAGTGTCTCCATTTTGGGGGGAGCCTCTTTGTGTGTCATATTTCCTTCTTTTTTTTTTTTTTCTGGTTTTATCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAATTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACGCCCAGCCCTGTGTCATTTCTTGTGTGAAATTTGCCCCTTGTAGATGGGAGAAGTTCTGTGGTCTGGGGTTGCAGATAATTTTGCTTGGCTGGGCTGTTCACTGTTTGGGGAGAATGGCGCCATGATTTTTCTGTTTGGGGAGCTTTCTGGACCAATCTTCCCTTTCTAGTTTCTCCATTATGGCCTTTCTTCTGCTGAGATCTACTTCTGGGACTGGGGAGATGGCTCAGTGGTTAAAATCACTGACTGCTTTTCCAGAGGTCCTTAGTTTAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCATAGCAATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTGCTTACATATAATAAATAAATAAATAATCAATCAATCAATCTTTAGATGGAAGAGAGTGGGGCCAGATCGAGAAGGAGAAAAGTAAAAGATGAGAGAGAAGTCCAGAGTTGCCTCACTCAGACCTGGTTCTGCGATAGTGTAGGTCTGGGCTGTGAAACCAGGATGCACGGCTTTGAGAAAGAAACGCAAATAGATTGAGGGCTCATATACCTGTAACTTCTCCCTTCCTGTTAAGGGCATCGTTGTGATAGTGATTGACAGCTGTTCATCATTACCCAGCCCCCACTCCCAAGCTGTACAGCTACTGACTTCCTCTAGGCTTCTTTGTCCTGAACATCACTCTAGGAAGTGAAGCTGGGTGCGGTTCAAGGAATGAAAAGGCTAAAATCTGAAGATGGGTGGACAAAGCGCTAGGGTTCTTGTCAGGGCCACCTGTGAATCACCTAAGATTATGAATTTATACAGACATTTCTAGTAAATCTATGGCCATAGGAAGGCCAGTCAGACTTCATCACTTAAAAGAAACTGTTCTCATTGCTTCCATCTCTGATGGTCAGCCCTGAGTATGGAAGGGAGTTGAGGTTAAATTATCTCAGGAGACCTAAGTTAGCTGCCTTTCTTTCTGTGCATCACCTGTTGAGGGGCAGAGGCAGAGAGTAAGGGGAATGAACCCCCTTCTTCCTGCTCACACGATGGCGAGTTCTCAGAATCAGGCCAGTGCTGGAGCATTTGATGGTGCCTTTTAATAACTGTTTCAATGAGATAATTCCCCTTAGAAAACTTGTCTGTAATAGTTTTCATTGTCTAACTGGCTCTCAAAGACTAGCCAGTGTGGAGATGTTATCTTCATCAGTGATGAATATTTACTAAAAGTCTCTGGATATTACATTAAGAATGTATCTTGTTTCTTCAACTGTGACTTCCTCCCACTTATAAATAGCAGCCAAATGATTCTGGTGCAGTAATAATAGCTGCTAACATTTAGAGCCAGATATAAGTATTTTTGCCAGGGATTTATATAAATTTTGGGTTCTCATAGAAGAGCCTTATAAGTGGTTTCTATATTTTCTTATTTTTATTTTCATTAATTGTCTAATAATTCCATACACTTCAATCAGCCATCATCCTCTAACCCCTCTCTAGCCCACTACCCAACTCTTCTCCTTCTGCCTCTTACACGCAGCAGGTCCAATTTCTGTTGTCAAACTACCCTTGGATATGGAACCTGGCCTAGAGTGTGGTTGGTAAACCAGGTATCACACTGTAAAGGAAAAGTAGCTTGACCTCTCTTAGAAATTATTAAATGCCAACAGCTTCTCAGCTGGGTGGAACTCCGAGGTACTCCTTCCCTTCATGCTGGGATTTTGTCGGGTTTGAGCTACAGGTCTTGTGCGTCTTGTGCAGTCATGAGAGTTAATATGTATAGCTGCCTTGTTGGGTTCAGG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Seq C2 exon
GGAGTTTGTGTATGTGTTACAGCCCTAAGTCTGACTCACGGGAAGAAATCACATATTCAGTGTTCTACCTCCATAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039934-Pion:NM_175437:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: