MmuINT0130172 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000006673 | Qrich1
Description
glutamine-rich 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1916482]
Coordinates
chr9:108419418-108431249:+
Coord C1 exon
chr9:108419418-108419571
Coord A exon
chr9:108419572-108430919
Coord C2 exon
chr9:108430920-108431249
Length
11348 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGG
5' ss Score
8.48
3' ss Seq
ACTATCCGTTTTAATTTTAGGAA
3' ss Score
10.56
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGGCCGTGAGGGCTGAATGTAAGATGGCGCCCAGGGAGCTGTGAGGAGAAAATCCTGTCGGTCTCGGAGCGGCGACGGCAGAACCGAGGCCCCGGGCGGTGAAGCGGGGCCGGCGGGTAGAACGGAGGCAGCGGCGGCGGTGACGTCGCCGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAACCCTAAGGACTCTGCAATATGAATAATTCTCTAGAGAACACCATCTCATTTGAAGAGTACATCCGAGTAAAGGCGAGGTCTGTCCCGCAACACAGGATGAAGGAATTTCTGGACTCACTGGCTTCTAAGGGACCAGAAGCTCTTCAGGAGTTCCAGCAGACTGCCACCACCACCATGGTGTACCAGCAGGGTGGGAACTGCATTTATACAGACAGCACTGAAGTGGCTGGGTCTTTGCTTGAACTTGCTTGTCCAGTCACAACCAGTGTTCAACCACAAACTCAGCAAGAGCAGCAGATCCAGGTTCAGCAGCCACAGCAGGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000006673-Qrich1:NM_175143:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.204
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0061916=CARD=WD(100=47.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: