MmuINT0140500 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026589 | Sec16b
Description
SEC16 homolog B (S. cerevisiae) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2148802]
Coordinates
chr1:159456301-159459635:+
Coord C1 exon
chr1:159456301-159456355
Coord A exon
chr1:159456356-159459294
Coord C2 exon
chr1:159459295-159459635
Length
2939 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
GGTTTTCCTTCTGTGTTCAGGAA
3' ss Score
9.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCCGGCAGGTCTCTGGAGCCACGCTGAAGGAAGGTGGAGAGCCATCAAAGCAG
Seq A exon
GTGTGTGGGGGCACCGACACCCATCTTTTCCTTGCCTTGGGCTGGCTGGGCTATCAGAGTGGGAGGGGCGCTATTGGCCTTGCTGAGTCCGGGGGTTCACTTCTGTGCATACAAAGCTGTGACTGTTATTATAGACACAGTTACTTCATTCTGAGACTCTTAAAGGTTTGAAAATGAGTACTCAGAGTTTAACCTACTGATGTTGGTGACTCTTGGTGACAGAATGATCAGGTATTGTGCCTTTGTAGTCGGGGCTAGGATACCTAATGAAAAGTCTGGGGACAAGTGAATCAATTACTTTTCAAGTTCTCTTACTTGTGTTCAAGTACTGTTGTGTTTCATGGGGCTTTAACAAAGGATCCTTGTATGGCACTAGGGGTATTGAGCCTTTCCTGGAATTGCTGGCAAAGTTTTCAATACGACTGAGTATTTCAAGGAAGTAAGCTGGCACAGAGAGGTAGGCCCAAGGTCCTGTGTTATGTCTGCCTTGAAAGCAGTCCCTCCTCTTGCCTGCTCTCTCCTGCTGTCTCTCACTTCCGGGCTCATTGCTCTGGACCCTGGCTCTGTGGTGTTCAAACAGGGTGATCTTGGTTTCACCACATGCCCTTTTGACCTGATAAGAGTTTCAGATGAACTTGGAAGCTTCCAGACTAAGAACAGGCAAACAAGTTCGATTAGAATCAACATCGCTTTCAACATTCCCAAGGGGAAGTGAGGGGTGGTGGCAGCTGTCCTTGCCTGCGTACACTGCTGATCCAGCAGGCTCTGAACAGGAGCCAGGCTTGGGTGGGCTTTCCCTCTGTTATGTGCTCTTCTGCCACGCAAGCAGGGGAACTGGAAAAAGACACTAGGGCCTGGAGGTAGTTCTTACCTTGAGGAATGTGTGGGGACTAGTCAGGTGTGAGAGAAACTTCTAGGTCTACACAACTTCAGTCAGAAAGAGCTGGGAGACCTAGCTCTCCATTTTTCCACAGCGGCAGCCACAAACTGTGCCTGTTGGTTCTCCCAGAGGGAGGGCTAGAGGAGGTTAAAGAAAGCATTTGGAAGAGAAGTCTGTCAAGGGGTCAATTGAAACAGTATGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGATGTGTGCATATATGATGTGTGTATGTGTCCATATGTGATTTGTGTGTATAAGCATGATGTGTGTATGTGTGCGATATGTGCATATGTGATGTATGTGTATGTGTGTGATGCATACATGTGCACGTGTGTGGTGTGTAAGTGAGATATGTATATATATGTGTGCATGGGTGCATTTGTGGGGTGTGTGTGTGTAGGTTAGACAGAGGCCAACATTGAGTGTCTTCCTCTGTTGCACTCCATCTTTCTCACTGACTCTGAAGGTCACTGATGGTTACAGAAGCACCAGGCTTGGCCTTTCATGTGAGTGTGAGGGATACAAACTCAGATTCTCAGGTTATGCAGGAAACAGTTGGTTAACCCAGTGACTTATCTCCCTAGACCCACAGAGCCTTCAGTCACTCACACTATCCTAACCTTGGTTTGCACAGGTACTTACTATGATGTATTGAATAATTACTATGTTCTAGGCAGTTCTAGGCACTTCCCATGTCATGTTTAACTTTGACACTAGTCCCAAAACCCTAGCCCATAGTATCTACCATCTCCATGGGAAAGGACATTGAGGAGTAAACAAATTATCTGTCCGGTAGGAGACATTTTAACAATCTGAACCCTGACTGGCTCCTCAGGAGGCTTCCTCTGTTTCTGATACCTCAGCACGTCCGTTTTAAGTGTTATATAAATATTTGCTGGTGGGATAAACGAGGAAACATTAATTGGGATTCCTTGATAGCATTTTGAAGCTGCACCAAGGACTGTTATCTGCCTCCCATGCCACCCACAGCTGTTGTTCCATATGTACTTTCTTAATTTTTTAGTCAGCATCAATCTAATTGTCTAGGATGATATTTATTTAATGTATCTGTTTGAGGTTTTTTTTTTTTTAAAAAAATTCCTCTATGTCTGTGCTCATATGGTTTGTTTTAGACAATTTTGAAAACCATAGTTGCTCTCTTCACAGACTCTCATCAACTACCATGTTTAGATAAAGGCTTAAATTGCTGAGTGTGTATGTGTAAATGTGTGTGTGATGTATGTGGTGTGTGTGTGCGTGTGCATGTATGGTATGGGTGTATGTATGTATGATATGCATGTGTGATGTATGTGTGTAATGTTTATATGTGTGATGTGTATGTGTGTGATGTGTATATGATGTATGTGTGATGTGTATGTGTGTGATGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGATGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTATGTGTGATGTGTATGTGTGTGGTGTGTGTGATGTGTATGTGTGATGTGTATATGATGGCATGTGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGGCGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGTGATGTGTATGTGTATGTGTGTGATGTGTGTGTGTGTGAGATGTGTGATGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGATGTGTATATGTGTATATACATGCAGGCTGGAGGTTGACTTTGAGTAGCACTCTTCAGGAGCCATACACCTTGTTTTTTGAGGTGAGATCTTTCACTGGGACCTAGGGTTCACTGGTTAGGCTTGGCTGGCTGTCCAGTGAGCCCCAGGAATCTTCCCATTCCTGCCTGCCCAGCCTTGGGGTTACATGTGCACTACCACATCTGTCTGGCTTTTTATGTAACTATGTGCTGGTACTTGAAAAACACACATTTCACTAACAGAGCTATGCCCCAGCTCTCCAGAATGATGACTGGTTTTCCTTCTGTGTTCAG
Seq C2 exon
GAAATTAAAGTAACTACATAACAGCCTCAAGACCCAACGGGGAAAATCAAAGGGCCAGAGATGGAACCTTGGGTTCCCCAGACACAAGGAAGGACCACGGGACCATCAAGGGATACAAATAGAGGACTTCAGAGTGGACATTATAGACCCCGTCTGCATTCTCAGTACAGTGGAGATAAGTACCACCAATGGCAAGATGCCCACAAGAACTCAAAGTCACAGCAGGACCTCAGGGATGACCACCAACAGTCTCACTCTGTATCCAGGAGTGGGGAGTGGTCCCAGCCTGTGTCTGGTGCTGACTACTTGAAAGGATCTTATCCCAGTCACCTGTACTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026589-Sec16b:NM_001159986:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.926
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: