MmuINT0153195 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031024 | St5
Description
suppression of tumorigenicity 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:108517]
Coordinates
chr7:116699725-116713625:-
Coord C1 exon
chr7:116713521-116713625
Coord A exon
chr7:116700976-116713520
Coord C2 exon
chr7:116699725-116700975
Length
12545 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTGCTCTTAGGTC
3' ss Score
11.7
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031024-St5:NM_001001326:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.763
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: