GgaINT1026491 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005927 | ST5
Description
suppression of tumorigenicity 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11350]
Coordinates
chr5:9090440-9114754:+
Coord C1 exon
chr5:9090440-9090544
Coord A exon
chr5:9090545-9113542
Coord C2 exon
chr5:9113543-9114754
Length
22998 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
TTATTTCTTTCTGCTTCTAGGTG
3' ss Score
11.93
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.714
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]