MmuINT0156887 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000064289 | Tank
Description
TRAF family member-associated Nf-kappa B activator [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107676]
Coordinates
chr2:61465778-61481842:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
15875 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
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Exon sequences
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Seq C2 exon
GTGAGACGACAAGAAGTTTCTTCTGGAAAAGAATCCGCCAAGGGTCTCAACATCCCTCTGCATCACGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000064289-Tank:NM_011529:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.642 A=NA C2=0.875
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF067856=UPF0242=PD(15.4=35.0)
A:
NA
C2:
PF128452=TBD=PU(10.9=20.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: