RnoINT0147587 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008859 | Tank
Description
TRAF family member-associated NFKB activator [Source:RGD Symbol;Acc:628859]
Coordinates
chr3:47490257-47505294:+
Coord C1 exon
chr3:47490257-47490375
Coord A exon
chr3:47490376-47505223
Coord C2 exon
chr3:47505224-47505294
Length
14848 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTGAGAAGACAAGAAGTTTCTTCTGGAAAAGAGACCTCAAAGGATCTGAGCATCCCTTTGCATCATGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008859:ENSRNOT00000011794:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.630 A=NA C2=0.875
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF067856=UPF0242=FE(16.4=100),PF128452=TBD=PU(8.8=20.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]