HsaINT1043662 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000136560 | TANK
Description
TRAF family member associated NFKB activator [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11562]
Coordinates
chr2:161204675-161223991:+
Coord C1 exon
chr2:161204675-161204793
Coord A exon
chr2:161204794-161223914
Coord C2 exon
chr2:161223915-161223991
Length
19121 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGAC
5' ss Score
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3' ss Seq
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8.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAAGAAGACAAGAGGTTTCTTCTCCTAGAAAAGAAACTTCAGCAAGGAGTCTTGGCAGTCCTTTGCTCCATGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136560:ENST00000259075:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.525 A=NA C2=0.899
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF041569=IncA=PD(33.3=64.7),PF125063=DUF3713=PD(24.7=41.2)
A:
NA
C2:
PF041569=IncA=PD(10.9=57.7),PF128452=TBD=PU(9.8=19.2)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains