MmuINT0167058 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034848 | Ttc21b
Description
tetratricopeptide repeat domain 21B [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1920918]
Coordinates
chr2:66055242-66060849:-
Coord C1 exon
chr2:66060711-66060849
Coord A exon
chr2:66055349-66060710
Coord C2 exon
chr2:66055242-66055348
Length
5362 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTATGC
5' ss Score
6.73
3' ss Seq
CCTTTGCATTCCATTCTTAGTAA
3' ss Score
6.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAATCACCTATTATGAAGCGGCTCTGAAAAGTGGACAGCAGAATTGCCTTTGCTATGACCTGGCCGAGCTGCTACTGAGACTGAAGCTGTACGAGAAAGCAGAGAAAGTGCTCCAGCACTCTCTAGCTCATGAGCCTG
Seq A exon
GTATGCAAGTCTTTATGATTGGATGACAAAAAAACATTTACTTGATAAATCTGGGCTATTTATTTTTATAATATATAATTGCATATTGATTTTCTCGATATTTTTACATGTGGTTGGCTGTATGAATTCATGTATATTTTTCCAGATTCAGTTCTACCAAGTGGGTGGGCTTTAAGTCTAATAAAAGGTAAATCTGTTAACAGATAAATAGTCCATTGTGTTATAAAAGAACAAATTATAAAATTTCTAGAATGATAAAACAAAGTTATATGTAAATCACAATTACTGGTCTTTAAGCACATCAACACTTTTATAATCTTTTATCTTCTAAAAATATTACATTTTTAAGAAAGAATTGAAGCATCTTGAGAGGCTGCAGAGTTAGCTCTGGTACAGTGCTTCCTTGAAGACCTAGGTTTGGACCCCCAGCTCTGACATTAAACAGCTTTTAAGAAGCCTCCACACTATATACCCTGCATCTCAAAGATAAAGTAACAGAGACAGGATTTCTGTTTGATCCTGGCCAGATAGGCTGACCAAGTTATTCAGCTCCAGGGCCAGTGAAACCCTATCTCAAAGGTTAGGGTGACCTGACATTGATTATGCCCTCTACATCATACGCACATTCACACAAAAAGTATGTCAGCCATTATAAAAGTATAATAATGCACAAATCAGCTATTGTTCCATAAATTCTGCTTACTCTCTTCTTATTACATTCCATATAGGTAGAATGTGATTAAATGTATATTTTCTGTGTTTTTATTTATGTTTTATACAAATGTGACCATTTTGATTTTCCTATTTAATAAAACGTATTACCTATTCAGCAATTTTCTCCATATAGAATGTGAGGAAATATATGCTGATACCAGTACATTCATACTATCTGCATTAATGTTTTATAACTTGGTAATATTTTTAATTTTACTGGCATTATTTTGCTTTGCCACATTATACCATAAACCACATGACAACTAATATGCTTATATCTTAATCCTTAGTGTATACTTGGTCCTTAATTTTTTTACATTGATCTGCTTTTCGATTTGTAGTGTGTATTTCAGGTGCACACACTTGCCTTTGGGTCAGAGGACAGCTTGGGAAATAGGATTCAGGATTAAACTAGGGTTGGCGTGCAGCTTAGCAGCATTGTTACCACTGAGTCGTCTCTCTCAATACTTGCTTATATTCAGAATACAGTGCTAGGCAAACATTTATGCGTTCATATTTTCCCCAATATTTCCACATTGTATTTTTATAAGTGTCCAGGGTTTATTTTGTAAGATTTTTAAAAGACCTAAGAATTCAGAGATTGCTGAAGTAAGTCAAAGTTTTGCTCTCTCACTCACCAGAGAAAACTCCAATTAACACCTGCATATTTCCTAAGCTAGCCTACTCCTGTCTCTCTTCGGATGCACACACAGTTACAGTTAATGTTCTGGAATCCACAGATCCAACCAACCATGGCTCGTAAATATTTCAAGGGAAAGCTGTTCTTGTCCCAACCACGTAGAGACGTTTTTCTTGACTCTTTCCTAGCTAGCTAGCGCGGTAGAAGAGCTATTTGTGTAACATTGCGTTGTGTTGGGTGTTATTAGTCATCTAGCAATGATTTCAGTGGTGTCAGGGGACATGTGCATGTTGTGTGCCAATACTGCATCACCTACATAACATACTTACACATCCATGGATTTACATATTGGCTGGATGTGCTTGAAACCAGTCCCTTGGGAAACTGAGGAATGGAGGTGCACACTAGACTATGTATGATAGGTTATACATATGTACATGTATGCAATATATATGTGTATACATATATATACACACACATATCTATGAGATATATATATATATGCACATGTACAATAGGTTATCGTGTATGTGTAATTATGTAGTGATGAATTTTTGTCTTATAATTTCTTTCCTTATTTGCAAATACAGCCCTCTATTTCAAACATATGCTAGAATGTATTACTCACAGAGTATTAGTATTGATTAGTATTTGAAGAAAAATAAGAAAAAAAAACTGAGATAAGATTTTGGTTTGTATACCTCTGTGTTCTTACAGGAATTGACTGTTGCTTCATTCTCTTGTCTTGTTTGCCTGTGGGAAGGATGGTCTCACTTTAGGCTCGGGCTGGCCTAGATTTCACACCAGTCCTCGTATCTCTCAGCTGCCTAAATTCATGAGCCACCTTGCCTCAAAGTTTATACTTTCTTAAAGATAAAAATGCCCAAGCTGGGCGTGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTCTACAAAGGACAGCCAAGGCTATACAGAGAAACCCTGTTTCGAAAAACCAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAATACTGTGTAGCAGTCATTGTGAGGATAAGACACAGCCCTGCTTTTCATGTCACCTCTTTGGTGACTGAGGCCAGGGTTAGTATTTATGGATCACAAGCTGCTTTTAATAGGCCCCCTTTGCCTTAATCCTTTGCCTTGATCTGGCAGATAGTCTTGCTGGGGCTGGTGTTTCTTTACCGGGTCTATTTACTGTGCCTTATCATATTGTGTCTGACCATCCTCCTCCTTTGATTTCTAAGTTACTATATTTGAAAAAGCTTTCCTAGTCAGTGTTATGAAACTCTTTTAAGATGTTACTTAGCCTTTTTTTATTTTGTTTTTTAATTAAGAACTTTCAACCACATAGGTGTTCTTTCATAGTATCTTCAAAATGGATAGCCAATTTAAATTTAGTTATTTTGTTCAAATACGAGGCTTTATTTCTTAATAGATACCATATATATGACTCTGTAAGAAACTCAATTTCATTCCATTGTTGCGGGAAAATATGAAAAAAGACCAGCAGGCTTCCCTCACTACTGCCAGCAACTCTCTACCCCAGCAATGTCTATTCTCTGCCTGCCAACTCTATGGCTGGGGTGGAGCTCCCGAGTTCCCTTGGCTGCCATGCCAGCCCTATGCAACGACTATCCATCCTGCAGTCAGCCGCTACAACTCTGCTGACTCTCTCTCTAGCTAGCTCACTCAGCAACTGGTTGCTGTGTTCCCAGCTATGGTTCGCTTGCCCCTGGCTCCACTGGTTCCTTCTCAGCCATAAACCCCTGTAATCGGCGGTCCCACATTCTGATAACCAATTAAATCAAAACTCTTGAAGGTTATAATTAACTAATCAGATTTTTATTATCAATAAAGTCACAAGATGTGAATACAGTAATTTCAGAACCAGTTGATAATGATAAAGCTGCCCACCTAGACTATTCTAACCTGTATGCTACCATGATTACCTGTGCCTATTTAAAGCCATGCTGGTTCAGGTTCTTCGTCCTGTTCCTCTGCCTCCATCTTGGCTTCTCCTCTCTCTGTCTCTGCAACTCTTAGCTCCTCCTCCCTTTTCCCTGTCCAATCACAGGCCTCCTGCTGCACTAATATTTTAATGTAATTGGACAGGGAAAATCCTGTCACGTCCCATTGATTTCCTTTTGCTACCACTTTGTATGTTTCCTTCTGTAAGAAGAGTCTACCCTAAGCTTTCTAATACTCCCAAATGGTCTTAGTTTAGCTTTTATAAAGTTGACCTATAAATCCTCGCAATTATGGATACATTGAGTGTGTGATTTCTTACTCATGCCAAACAGGGTGCATGGATCTGTCAGATCTAGCTAGTAAACACAGAGAGGCCTAAGGTTGTAGGGAAAGATGCAAGGATGTATTTTATATAAGTTACCTGTGTTGTGTTTGTATAGGAATGCTCACTGAATGTTTGCTGAATACAGCTTGAAGCATACTCATACCTTCACACACATTTCATGTGTTATTTCATTCATTAGCATTAAACTGTCCCTATTTTTAAAGTCAGCAGCCTACAACTCTCTTCCCTTCGCATCTACAGGTCTCCACAGCTAATAAATACTAGTATCTGGTTTCTAACAGAAGTCTTTAAATTACTCTGCTGAAACCTGAGTTCCTGATGCACCTCCCCAGCCTGGTGCGTTCCTTACAATTTTCCTCTTTTGTAGTTGGTGAGAATCAAACTCCTGGCTTGTGCCTGTCGTTCTGTTTACACAGCTGCTGGCTCAGTTCGGAATCTGTGTTCCCACTACTCCCCTTCTACTTTCTACCTCCAGTCTCTCCCGGGTCAGGATAGGAGCTGGCTGGCCTGGCTGATTCCGTCCCCAACTGCACACTCCTGCTACAGCCTCCGAATCCAGAAGTGATCCGAAGCTTTTCAGAATCAATCCAGCTACATCATTTTATAGCCCCGCCCATCCTGCCCCTCTAATTGGGCCAGAGATAAGACAGTGGTACATGGGCTTTCACACTCGCTGAAAACTTGTTACTTATGCCCACTTCACAGCTTTTCTTACTGTAAAGTTACTATGACAAAACCGCCATTTTTGGAAATTGATTCATGCTAGACTACGTTTTGTTACCTAGATTTAAATTAAATTAAATTCATTATAAAAAAAAAAAAAAACACTACTTTTTAGGTTGAAATGTTAAACAAGTGTTTGAGCCAGCAAAATGGGTCAGATAGTAAAAGTGCTTGACGCCAGCCTGAGGTTGAATTTCAGGACCAATATGAAAGAAGGAGAGAACCAACTCCCACAAGGGCTGCTCTGACCTCCACAGGAGCAAGGTGGAGATAGAAGTTTGTAGCACAATGTGGCCTGGATCATACACGGCATAAGTGGTGCCGCACACTTACTTTGTCCACATTTAGGGGTCTGACATACCCCTAAGTCACAAGGTATTCCATCGATCACTGCATGCTTTGGATTGGGTTATTTAGCACAATTGGCTTATTTGAAGTCTTACCTTAAGCATGCTAGGTAGTTAGTATTACATAACTAGCTAGATGAGCCTAGACTAGAAACCAGACGCATTGGCATTTCAATTTCTGACATTAACGATGCTAGTTTATTAAATTTAAGCAATT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Seq C2 exon
TAAGTGAGTTGTCAGCTCTCATGGTGGATGGGCGGTCCCAAGTCCTTCTTGCAAAAGTTTACTCTAAAATGGAGAGACCCAGCGACGCGATTGCCGCATTACAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034848-Ttc21b:NM_001047604:18
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=PD(15.4=21.3),PF134241=TPR_12=PU(45.5=74.5)
A:
NA
C2:
PF134241=TPR_12=FE(45.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: