RnoINT0157585 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005868 | Ttc21b
Description
tetratricopeptide repeat domain 21B [Source:RGD Symbol;Acc:1565122]
Coordinates
chr3:52318453-52323959:-
Coord C1 exon
chr3:52323821-52323959
Coord A exon
chr3:52318560-52323820
Coord C2 exon
chr3:52318453-52318559
Length
5261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTATGC
5' ss Score
6.73
3' ss Seq
CCTTTGCATTCCATTCTCAGTAA
3' ss Score
6.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAATCACCTATTATGAGGCTGCGCTGAAAAGTGGACAGCAGAATTGCCTGTGCTATGACCTGGCTGAGCTCCTCCTGAGACTAAAGTTGTATGAGAAAGCAGAGAAAGTTCTTCAGCATTCTCTAGCTCATGATCCTG
Seq A exon
GTATGCAAGCTTTCTGATTTGGGAAAAAACAACATTTACTTTATAAATCTGGCCTATTTACTTTTAGAATACATAATTGTATATTGATTTTCTCAATATTTTTACGTGGGGTTGACTGTATGAATTCATGTGAATTTTTCTTCTTTCAGAATTCAGTTCTACCAAATGGGTGGGCTTTAAATCTAATAACAGATTTAATAAGTAGTCCATTGTGTTATAAAAGAACAAATTATAAAATTCCCAAAATAACATACATAAGTTATATATAAATCACAATTTCTGGTATTTAAGCACACCAACACTTTTATAATCTTTTTTTTTTTTTTCAGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTATAATCTTTATCTTCTAAAAATATTACAATTTTAAAAAAGAATTCAGGGAGCTTGACAGGCTGCAGAGGTTGCTCCACGGTAAAGGGCTTCCTTGAAGACCTAGGTTTCGAATCCTAGCACTGACACTAAATAGGTTTTTAGAAGTCTGGCACACTATGTACCTGTCATCTTAAAGATAAAGTAACAGAGACAGGATTCCTGCTTGATCCTGGCCAGATACTCTGACCATGTTATTCAGTTCCAGGGTCAGTGAGACCCTTTCTCAAAGGTTAGGATGACCTGACATTGACTATGTCCTCTACATCATACACACATTCACATGCAAAAAATCTCAGGCATTATAAATGTATAACAATGCACTAATCAGCTATTGTTCTATAAATTCTGCTTACTCTCTTCTTACTACATTCCATAGAGGTAGAATGTGATTAAATATATATTCTTTATGTATCTGTGTTTTATAAAAATGTGGTCATTGTGATCTCCCTATTTAATAAAATGTATTACCTATTTGGCAATTTTGTCCATAAAGAATGTAAGGAAATACATGCAGATACCAGTACATTAATACTATCTGATCAAACAGCATTAATGTTTTATAACTTGGTAATATTTTTAATTTTACTGTTATTATTGAGCATCTGTTTACTCTGCCACATTGGTACCATAAACCACATGACAGCTAATATGCTTATATCTTAATCCTTGGGGTGCACGTGGTTCTTACATTTTTCACACTGATCTACTTTTGGGTTTGTAGTGTGTGTTGCAGGCACGCACGCATGCCGTTGGGTAGGTGCTGAGGTCAGAGGACGACTTGGGAAATATGACCTAGGATTGGACTCAGCTTGGCAGGCAGCATGGCAGCCTTCCCCACTGAGCCATCTCTCCCAATTCTTGCTTTTATTTCTTAAGAATAAAGTGCTGGGAAATTGTTTATGCATTTATAGTTTTCAATACTTTCACATTGTATTTTGACAAGTGTCCAGGGTTTATTTTTTAAGATTTTTAGTAAAATGTAGAATACTCATGTGAGAATTTGGAGATTGTCTCTCTTCTGGTGCACACAGTTACCAGTAATGTTCTAGAATCCACAGACTCAACCTGGATCATACATATTTTTAAAAAAAAGCTGTTCTTTTCTGACCATGTAGAGACTTTTTCTTGTCACTAGCTAGTGCAGTGGAAGGGCTATTAGTGTAACATACATTGTGTTGCGTGTTATTAGTCATCCAGCAATGATTTAATGTCAGGGGACATGTGCACATTATGTGCAAATACTGCATCACCCATGCATATCCACAGATTGGGTATTGGCTGTATGTGCTTAAAACCAGTCCCCAGGAAATTATATATGATAGGTTATACATATGTATATGTATATAGCTTATGTATATGCATATATAGTAGGTTACAGTATATGTGTAATTCTGTAGTGATGAATTTTCATCTTATAATTTCTTATTTGCCTATACAGCCCTCTATTTTAAACATATGCATGCTAGAATTTATTAATATCACAGAATATTAGTATTGGTTATAATTTGAAGAAAAATAAGAGAAAACAGATAAGATTTTGGTTTGTATACCTCTGTGTACTTACAAAAATTGAATATTGCTTCATTCTCTTGTCTTGTTTTGCTTTGTGGGGAGGATGATCTCATTCTAGGCTCAGGCTGGCCTAGATTTCATGCCAATCCTCCTCTCTCAGCTGCCCAAATTCATGAGCCACCTTACCTAAAAGTTTATACTTTCTTAAAGACAAAAATGCCCAACCACTGTGTAGCAATCATTGTGAGAATCAAACATACCCCTGCTTTTATCTGCCTCTCTTTGATGACTGAGGTGAGTTTTACTATTTATGGATCACAATCTGCCCTTTTTTTAATTTTGTAATTATATTTATGTGCAGCAAACTTGGTGTACATTTAACCCAGTTCAGTGGCGAGTTCTTCAGCCTTTGCCTTTCCCAGCTTGGCAATGGGAGCCACAGACTTAAGACCCAGAACGTTGCCTCTCCGGTGGGAGTGTCTCTTGTCATATCTGTCATTGGTCCTAAGAGCTTTCACCAGCTTAGCCAGCGCACCCTTGTCTTCCGAATTAACCTGTGTGAACAACAGTGATGTACATCTTCCTGTGGACCAGGCGCCCCAGCCTGGCCTTTCCCTTGATGATGCAGTAGGGCACCCCCATCTTTTGACAAAGGGCAGGCAGGAAAACCACCAGCTCAATTGGGTCTACATCATGGGCAATCACCACCAGCTGAGCCTTCTTGTTCTCCACCAAGGTAGTGACTGTATTGACCCCTGCTCGGAGGGCAGTCAGTCTCTTAGTTGGGACGTCGCCTTTGCCAGCAGCTTTCTTCTCAACTCGGGCCAGCAGCCTTTGCTTCTCCTCCTGCTTTGTCTCTGGCCTGTACTTGTGGGCGAGCTTAAGCGGCTGAGTCGCTGTTTGCCTGTCCAGGGCCTGGGTGAACTGGTTGATGGCAGGAGGTACTGTGAGCCGCTTATAGAGAATGGCTCTTTGCCACTGCAACCTGATGTAGCAGGGGCATTTGACGAAATATGTTAGATCTCTTTTGGGTTGGGTGTCCTGCCCAATGCCAAAGTTCTTGGGCCTTTTCTCAAACAAAGGGTTGACCACCTTTTTGGCCTCCTGTGTCTTGATGACGGTGGTGCTAGGGCCATCTTCTTCCCCTGGTCTTCTTTCCTTTGGGCATCTTGCTTAGCTGGAGGAGAGAGAAACCACAATCTGCTTTCAATATATCCCTTTTGCCTTAATCTTTTGCCTGTTTTTCTGGTAGAGAGTCTTGCTGGAGCTGGTATTTCTTTACCAAGTTTATTTATTGTGCCTTATATTGTATCTGACCATCTTCCTTCTTTGATTTCTAAGTTACTTTATTTGAAAAAGCTTTTCTAATCAGTGTTATAAAACTCTTTTAAGATGTTACCTAGCCTTTTTTATTTTATTTTTTAATTAAGAACATTATTTTTAATTAAGAACACATAGGTGTTTAATTATTTTTAATTAAGAACACATAGGTGTTCTTTCGTATCATCTTCAAAATGGATAGTCATTTTAAATTTAGTTGTTTTGTTCAAATGCCACCTTTATTTCTTAATAAATACCAAATATATGACTCTATAAGAAACTTAATTTCATTCCATTGATTTCCTTTTGCTACCATCATGTATATTTCTGCCTGTAAGAGCCGACTAACCTAATCTTTCTGATACTCCCAAATGTCTTAGTTTAGCTTTGATAAAGTTGACCCATAAATCAACTATGGATACATTTGCTGTGTGATTTCTTACTCATGTCAAACAACTCACTTGTGTCTGTGAGATCTAGCCAATCAACACAAAAAAAGCCTAAGATTGTAGGGGAAGATACAGGTATGCATTTTATATAAATTTCATGTGTTGGTTTGTATAGGAAATGCTTACTCAGTGTTTGCTGAATACAGCCTGCAGCATGCTCATGCCCTCACACACATTTTATGTGTTATTACACTAATTAGCTTTAAACTGTCCCTCTTTTAAGTCAGCATCCTACAGATCACTTTCCTTCACGTCTACAGGTTTCCACAGCTAATAAATACTAGTACCTGGCTTCTCACATAGGTCTTTAACTTACTCTGAGGAAGCCTAAGTTTCTCATGCGCCTCCTCGGTGTGGTGTGCACGGAACACTCCTCATTCCTTACAGTTTTCCTCTCTTTTGTAGTCGGTGAGAATCAAAATCTTGGCTTCCGCCTTGTTGTTATGTTAAAGCAGCTGCTGGCTCAGTTCGAATCTGTGTTCCCACTGCTCTGTTTCTACTTCTGTCTCTCTGTCTCTCCTGGATTAGGATGGAAGCTTGCTGGCCTCCCTGACTCCGTCTTCCATTGCACGGGCCAGCTACATACAGCTTCTCTGAATCCAGAAGTGATCTGGAGCTTTCCAGAAGAAATCCAGCTACATTGCTTTACGGCCCCGCCCACTCTGCCCCTCTAATGGGGCCAGAGCAAAGACAACTGCTGCCTGGGTTTCCACACTGTGGCTGAGACTTGTCAGTTAGCCTACTTCACGGCCTTTCTTCCCGTAACTGTGACGAAACTGCCTTCTTTGGAAATCTAACTTCATGCTAGACTGAGTTTTTGTTACCCAGATTTGTTAATTCAATTAATTATAAGACAAAACACTACTTTTCAGGTTGAAATGTTAAGCAGTCATAGAGCCAGCAAGATGATGGGTTAGCTGGTAAAAGTGCTTGATGCACTGGGCCTGGGATTGACCTCCAAGCCCCATATGAAAAAGGAGAGAATCAACTCCGACAAGGAGTGCTCTGACCTCCACGGGTGCAGATCACTGCAGGCTTTGGATTGGATTACTTAGCACCAGTTGGTTTATTCCAAGTTTTCCCTTAAGCATGCTGGGTAGATAGTTCGTTGTTCTACAAGGGAGGGAGGTATTACATAGATAGTTCGAGATGAGGCCAGACTAGAAACCAGACAATTAGTGACATTAATAATGCTAACTTAATAAATTTAAGCACTTTTCTTTGTAATTGTATGAAGGTACTGTTTCGTTTTAATGGCTTCAACAAACACATCTTTACA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Seq C2 exon
TAAATGAATTGTCGGCTCTCATGGTGGATGGGCGTTCCCAAGTCCTTCTAGCAAAAGTTTACTCTAAAATGGAGAGACCTGGCGACGCGATTGCAGCATTGCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005868:ENSRNOT00000007832:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=PD(15.4=21.3),PF134241=TPR_12=PU(44.2=72.3)
A:
NA
C2:
PF134241=TPR_12=FE(45.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]