MmuINT0178588 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037007 | Zfp113
Description
zinc finger protein 113 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1929116]
Coordinates
chr5:138580930-138591961:-
Coord C1 exon
chr5:138591835-138591961
Coord A exon
chr5:138586941-138591834
Coord C2 exon
chr5:138580930-138586940
Length
4894 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGG
5' ss Score
9.08
3' ss Seq
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3' ss Score
7.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037007-Zfp113:NM_019747:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: