MmuINT0178656 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000067942 | Zfp160
Description
zinc finger protein 160 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:108187]
Coordinates
chr17:21011676-21020198:+
Coord C1 exon
chr17:21011676-21011772
Coord A exon
chr17:21011773-21020071
Coord C2 exon
chr17:21020072-21020198
Length
8299 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATGTGTTTGTTCCCTTTTAGGGA
3' ss Score
11.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTGACTTCTAAACATTAATGTTGCACAAGGAAGAACCTGGGAGAAGGAGAAGAAAGAGGAAATAAAAAAAAAAGCCAGGGATGGCTGTCACTCAG
Seq A exon
GTACAGTAAGTACGCCCCTTCCCCATTGATTCTCTGCTCTCTGAAGTGTTAGGCATGGAAACTGCTGACCTTCACTGGGTATAGGCTAGACTTGTTCACTTGCTCTTGCTCATATTTCCTTTACCCACTAAATTTTATAATGCAATGATCCTGTCATATAGAACATGGGAGAAGCTTCCCTTGAGTGTCCAAGGAGCAGCCATTATGCCGTTGGGCAGGAAGGTTTGTCTAGGTTCATATCCAAGTGAACTGTTAGCACTCTAGATGTAGGTTAAAGAAACTACACATGGAAGTCATATGTTAATGAGCACAGATCTCTTTTGAGTTATGAAGGGAAATGAGACCTTCATGGGAAATCATATTCTGCCTAATTCAGTACGTTACGGATAGTAAAGTTGATGGTCAGTATTTCCAAGAGAACATCTCAACAACAAGAAAATGGAATGAGGGATAGAGGGTGCTGTATTTTATCATCAAGATACTATAGTTTTGGGGTCTTTTGTATATTTGTTTCTCCTATTTATTTATTTATTTATTTACACTTATTTATTCAGTTTATATCCTAATCCCAGGTTCCCCTGCCCTGTCCCACCCTTACAAATCCCCTTTCCTCATTATCACCTCCCCTTCTCAGAGAAATGGATTCTTCTTGCACTTGGGTACCACTCAGGCCTGGGACATCAAGTCCCAGCAGGGCTAAGCACCTCCTGTCCCACTGAAGCACAGCCAGGCAGTCCAGCTCCGGGAAAGGAATCTGATGGCAGGCAATAGAGTCAGAGACAGCCCCTGCTCCAATTATTAGGGGACCCAAACAAAAACTAAGCTGTACATCTGCTACAAATGTGTAGGGGGCCTAGGGCCAGCCCCTGCATGGTCTTTGGTTGGTGATTCAGTCTCTTTGAGTCCCCATGGGCCTAGGTTAGATGTCTTTGTAGGTCTCCTTGTGATGACCTTGTCCCCTTGGGCTCACTCAGTTCTATCTTCCACTCTTTCCCAAGACTCTGCCAGCTGCATCTGATGTTTGGCTGTGGGTCTCTGCCTCTGTTTCCATTCCACTGCTGAATGAAGCTTCTCAGGAGACAGTTATGCTATGTTCCTGTCTGCAAGCATATCAGAGTATTTTGCTTGTTTGGTTAGTTAGATTCAGTTTTGTTTTGTCCTTGTTTTTAGAGAGACTGTTTTCCTGTTGCACTCAGGCTATCTTCCTGAGTGCTGATATAGTGATGCACATGAGGCTTTCATCTCTGTGTATATGTAAAGTATGTACATGTTCATGCGAGTCTCTACTGTAGGTATATTTGGAGGTCAGAGATTAAAACAAGCGTTTTCCTTAGTGACTTACCACTTTTATTTTGATACAGTATCTCTCATGGAATCTGGAGTTCCTTAATTGGCTAAGCTCCATGGATCTGTGTGTATCCATCCATGTAGCACTGAGTTTACATAATGAGATGCACTCAAGTTTTACCTAATGCTGGGGATGAAAATTTCAGTCCTCATGCTTTCCAGGCAAGTACTTTACTTCCTATGCTGTCAATAGGAAATGAGTTGTCAATAGGAATTATAGCTGAGTGCTCAACAGTAGGGGCTTCTGTAAACAACTCATCCTGCAGACCCTGCTGTTCCCATGGGACGCTTGTGAAGCTGGCATTTGGGGTAAAAGCAGTTATATTTTTCAGCTATCTATGAACATGTCCTTGTAATTAAAAAAAATACAGTAACATTTCCCTTCATTTGATTAATATTGAATATTCAGGAATAAAATTTTGAGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAAAAGCACTGATTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAGCCATCTGCAGTGGGGTCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAGAAATGATGAATACATAAAATAAATAAATCTTTTAAAAAAACACAGGAAATATTATTTAAAAAGAAGAAGAAGGAATAAAAATTTGAGTGTGTGTTCTAACATGACTCTTCCATCGTAAATCTGGAAGCGGTCCTGAGTTCTAGGCAGTGAAACTCATCATTTTCTTTGTTGCTTAGACTTCCAGTTTCTCACATAGCAATAAACCATAGCTGCAGTTCTGGCAAGCGGTCATGCAATTTTTAAAAATTTTATTAAAATTTTAATTTTAAAAATTTTATTAAAATTTAAAAAAAATATTAAAATATTAAAGATTTTATTAAAAATTTATTTTTTAAAAATTTATTTTGCCTGTTTTTCTTTTAGAGAAAAAAAGGACTAGCTTCCTTATTTCCTTTACGACAGCCTTTAACTCTGTTCCATGGACCCCTGTATAGTTCAGGCTGTCCTTGACTTCATAGTAAAAGCTTTTGCCTCAATTTCAAGAGGTCTGTGAGTTACTATCCCCATCTCTTCACTGTTTGTAGAAATATTCTATAAATTAATATACATCGCTCTTCCACAGTCTTCAGTGAGTGAGGCTTTCATCACTATGAACTCATCTTGTGGTAGAATATGGGTTCTGATGAGTAGTTACTCACATAGCACCACTAGATTGCTACAGATTATAACATGAAAGATTGTTTCATCTTCTGATAGCTTCTTCTATTTTATCCTCCAAAGAATTGAAGTTTTTATCATACAGGTCTTTTATTTGCTTAGTTAGAGTTACTCCAAGATATTTTATTTTGAATGTTTTTTTTTCACATGATATTTTTCTCAGTTTTTTATTTGTATATAGGAGGGCTACTTCTTCTTTCTTCTTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCGTTGAGACAGGGTTTCTCTGTAGCCCAGACTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCACAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTGAGATCCATCTGTAAGTCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAGGGCCCCTTGTGGGTGGGGCCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGAGGAAGCAAGCCAGTAAAGAACATCTCTCCATGGCCTCTGCATCAGCCCCTGCTTTCTGACCTGCTTAAGTTCCAGTCTTGACTTCCTTCAGTGATGAACAGCAGTGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAATCCTGACTAAGACAATTGGTATTAGGTCTTCTTTGAATATCTGATTTAAATTTTGTCCTGAACCTCTCTGGCCCTGTGCTTTTCTTGGTTGGGAGACTTTTAAGGACTGCTTCTATTTGCTTAGTGTTTATACCTCTATTTAAATTGTTTGTTTGAGTTGAAGTTTTATATGTAGATTCTGTTGAGAAAATAGTCCCTTGCTTTTAGATTTTTCCAATTTTGTGGAGTACATGTTTTTCACTATGATCTAATTATTCTTTGCATTTCCTTAGTATTGTTATGCCCTGCTTTTTATTTCTGGTTTTGTGAATTTGGATATTATCTCTGTCCTTTAGTGAGTTTGGATCATGGTCTGTCAATTTTGCTGATTTTATCAAAGAACCAACTGTTTGTTCATTTATCCTTTCCATTTTTCTTTTTAGTTCTATTTTATTGATTTCAGTCCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCATGTACTCCTTTTTATTCTAGAGCTTTTAGGTGTCCTGATAAGTCACTAGTGTGCTCTTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTTTCTTTCTTTCATTTTTTTAATTGGATATTTTATTTATTTACAGTTCACATGTTATCCCCTTTCCCGATTTGCCCTCCAGAACCCCCCCTATCCCATCCCCCCTCCTCCTGCTTCTATGAGGGTGTGCCTCCACGCACCCACCCACTCCCGCCTCCCCGCCCTCGAATTCCCCTACACCCGGGCATCGAGCCTTCATGCCTTCTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATATTTCTACTTTCTTAATGAAGGCATATAGTGCTGTGAATGTAACTCTTATCACCACTTCCTTCTATAACAAAGGCTTCAGTGTGTTGTTCATTCATTTTCATTGGATTCTAGGAAGTCTTTACTGTCTTTATTTCTCCTGACACTGAATTCGTTCAGTAGGGAGTTGTTCAGTGTCCATGAGTTTGTAGGCTTGCTGTTGTGTTTAAATGCAGCTTTACTCCACGGTGGTCAAGGAAGCTAGAAGGGGTTATTTTCGTTTTACTCAGTTGGGCCAGGTTGCTTTGTGACCCAGTATGTGGCCAGTTTTTGAGAATATTCCATGAGTTGCTGAGAAGCTATATTCTTTTGTATTTTGGTGAAATTTTCTGTATATATATATAAGGTTCATTAAATTCATAATGTCTGCTTTCTGTTTAATTTTTGTCTGGATTACCTATCCATTGGTGAGTCGGATACTGAAGTCTCCCACTATTAATAGCTGAGGTTCAGTGTGTGATTTATGTTTTAGTAAGGTTTCTTTTTTTTAAGTTAGATATTTTCTTTATTTCCATTTCAAATGTTACTCTTTCCTAGCTTCCCCTCCCCAAATCCCCTGCTTTCTAACCCACTGACTCCTGCTTCCTGGCCCAGGCACTCCCCTACTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTGTTTTTTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTATATAGCCCTGGTTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGATTAAAGGCTTGCACCACCACCACCCGGCTGGTTTGGTTTTTTTCATAGTGTTCCAAATTTCCTGCATGTTTTGTATCACAAATTTAGTAGATTTAACATTTTCTTTGATCAATGAATCTATTACTTCTCAGTAGCTTCAACCCCTGAGAGTCTTTCTTCCATCTCCAGTAGTCTATTGCTGATGTTTGTATCTGCAGTTCCTGTTCACTTACCTAGATTTTCGAGCATTTCTCTTGAGGTTTGACCTTTGCTATGCTAACTTCTAGTCACTTCTAGAAACTACAAAAAGACCAAGTGATGCTATGTGACCTTGTTCCCCAAGTTATCCTTTATTGGTGAATAAATAGGCTGATAGCCAGTAGACATAGGTGGGATTTAGGATGCTTAGGCTTAGGGTTGGAGGAGAACCACAAGGTGAAAAAAGGAGAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAAAGAAAAGAAAGAAAGACAATGAAGAGAGGAGAAGCCCTTGTTGGGGTAAGAATCTTAAAATAATGGCCATGTGCATTGGCATGGCAAATTATATAATGGGATTATTGGGTGGAAAATAGACAAAATAGCATAGAATATAGATATCTGCTCAGCTCTTGTGCTGACTAAGGCTGATTACAAATATAAAGGTTGTGTATATCTTTTATCTGGGAAGGTCAAAGGCAGGGTAGAAACGCTGAATTGAGAGTAAATGTTTCTACACCATATTTCTAGAATTCCCTCCATTTTTGTTGTCTTTATTGCTTCTATTTCAATTTTTAGGTCATGACCAGTTTTCTTCATCTGCTTGTTTGTTTCCTTGGCAGTCTTTAAGGAATTTATTGATTTCCTCCAATGTTTTGTTTGTCTCTTCCTCAGTTTCTTTAAGAGATTTCTTGTTTAAGGACATCTACTATCTCTATAATGTTAGTTTTAAGGTTGGTTTCTTGAGGTTCAGCTGCATTGAAATATATTCAGTCTTGCTTTCATAGGGTAGCTGGGCTCCAGAGATACTGTATCTCCCTGGCTGTTATTGCTTATATTTTTACACTGGAATTTATGCATCTGGATTTGATTATAGGTCTAGATGCTTATTTTTGAGGTTGTATTTGTTGGATGTGGTATTCTTTGGTTTCTGTTTTCTGTTTGGTCTTATGTTCCTTATGGCCTGAATTTCTGTCTGCCCAACTTGGCCTTTGATCAACTAAAGAGCCTTTGACTAGGTTAGTGGCTAGACTTTGAATGACTAGCTTGGCCTTTGGTTCAGGAGGGAAGGTGATGAAGTGGGAAGGGGGAGGTGTAATAGTACCTTCTATTCACCTGATGTAATTGTCAACTGAGGCTTACTTTCTAGATTGTTTTTAGCATCTCACAATTACTGCTGAATCAGCTCAGCCCTTCCTACTTCTTTCTGAACTCTGGCTGTTCTGACTCAAACTCCTCTTCAAGCTTAGTGATTTGATTTACCTTCTATCTACTTCTCCTTATTTATTCTGCTTGTCCTCATACAAACTTTGGCAATATGTTCTAATCTTCTGTCTCCTAATTCTCTGTCTTGTCTTCTTTTAACTTGTGTCTGGCTTGTTCTATTTTGGTAAAACTGCCCTCCCCCCTCTGCATTGCTCTCTCATAAGTCAATTTTCTTTTGATTCTTTTTTTCATGGGAGATGATTTGTCACTTTTTCTGCCACTCAATTAGATACCAGTTTCAAAACATAGGTGATTCCTTCTAAAAGCTAACTTTACTTTTTTGAATTAAAAATGTGTAGTAAGGGTGTGTCTGTATTCCAGCCAGAGGGATTAAAGGTGTGTGCTAAGGCAGAACCACCTCACAACTAGAAAAAAGAATTTTTTTGCCAGTAAAAAAGATAATCTTGGACTTCACAGTGTAATGAAATAACCTGTAACAGGCAGGCATTGAAATGTGTATTCTAAGCCAAATCTAGAGAGTAGGACAGTTTATCTGGCAGCCAAGACACTCCCCTGTTCTTCTGACTGATGTGTCCTGAACCTGCATGGTGGGATTGTGTGGAATTGTGGAAATGTGCTGGAAATGGCAGTAGGGGCCTGTAAGGGGAGCAGTGAGGTAGGAGGGCAGAAATAATAGAATATGCCTTTAGAAACCAAGTCGAGGGAGTAAGAGTTAACTGGTGGGCAGGCTACTCACCTGCTCTTGTTTTTGTTTTTCTTAAAGCCTCATGACTTTATCTCTGAAGACACTGCCCATGGAATAGCTCAGCTAGAAACTGAACAGGGTGTGTCAGTCATCTTATCTACCAGTACAATTGAGATAAGCCTATGGGATTTTCTTTTTTTCTTTAATGGGATAAGAAATAAGTGATAATTATTAGTTACAGTTACTGGGCAAAAGGGCATAGAAAAATGCCTGGGTGAACAGAGTGAATGTATGGGAACAGGAGGTAAATGAAAGGGGCACACCCTGTTGGCTTTCATTTGTTTGCTATTTCTATTATTCACAAACATGAGAAATGCACTGTGACATACCATAATATCTCACAGAAAAGGAAAATAATTTTAGAGAGAAGCTATATTCCTCTGTTACATCTTAATTTGGGAACATAGGAGAAACAAGGTCTGTTACTCCCTGTATGCTCTCATTCATCAGAAAGCCTAGGCTAGTCCACATATGAAGTTTTCCCCACATCCCAGGCAAGTAATTCTCCAGTGAACCCCAGCACAGTGTCAACTAATTCTGTTGCATTCTGACACTAGACAGCTAGAAGCATCAGTTCCGTAGACTGCTCTCCCTCTCTTCAGTTTTATGTTTCATTTTCTAAGGCAGCTCACAGTACTCAGCAAAACCCCAACCTTTCGCCATTTATTGTGAAGGACATTCCAAAGACTATAGATGAATGGTTAGACAAGACACAAAATGTGAGGTACAGGAGATAGGCTGTGGCTTTTACCCCCTTCTTGGGTAAGCCACTCTGTAGGACTTTTGACCATGGCAGAATGTAAGGAAAGAACTTTAAACTCTGTCCTTTGAGGATTTACAGAGGTTCCATCAATCACATGATTACTTAATACCATTCATCATTGCTGTTCACTTAAGACTTCAGCCCCTCTACTCTCCCTAGAGGATGGGGAGTAAGGCCTAAAGTTCAGACCTATTCCTGCCTTGGCCATCTTGGTTCCCAGCAACCTTCCTAAAACACAGGACCCTCAAAACCTTATTTCAACTGTCAACATCATCATAGGAGATGAATCCATTCTTATCAGTCCAGAGATGACAAGTGAATTACACATCTGAGAACTAAACAAAGACATGTATTTTGTAATGTTACAGCATGGAGGTGGTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTTAAATTAGTTTATCTTTTTGGTTTTGGTTTTTCCCTTGCCTCACCTCTTTGTAAAGATCCTAAATGTCCACATGGTAAAATGTGTTTGTTCCCTTTTAG
Seq C2 exon
GGACAGTTGTCATTCAGTGATGTAGCCATAGAGTTCTCTCAAGAGGAATGGGAATGCCTAGACCATGCACAGAGAGCTTTGCACAGGGATGTCATGTTGGAGAATTACAGCAACCTGCTCTCCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000067942:ENSMUST00000088811:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.400 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types