MmuINT0178656 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000067942 | Zfp160
Description
zinc finger protein 160 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:108187]
Coordinates
chr17:21148640-21157162:+
Coord C1 exon
chr17:21148640-21148736
Coord A exon
chr17:21148737-21157035
Coord C2 exon
chr17:21157036-21157162
Length
8299 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATGTGTTTGTTCCCTTTTAGGGA
3' ss Score
11.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTGACTTCTAAACATTAATGTTGCACAAGGAAGAACCTGGGAGAAGGAGAAGAAAGAGGAAATAAAAAAAAAAGCCAGGGATGGCTGTCACTCAG
Seq A exon
GTACAGTAAGTACGCCCCTTCCCCATTGATTCTCTGCTCTCTGAAGTGTTAGGCATGGAAACTGCTGACCTTCACTGGGTATAGGCTAGACTTGTTCACTTGCTCTTGCTCATATTTCCTTTACCCACTAAATTTTATAATGCAATGATCCTGTCATATAGAACATGGGAGAAGCTTCCCTTGAGTGTCCAAGGAGCAGCCATTATGCCGTTGGGCAGGAAGGTTTGTCTAGGTTCATATCCAAGTGAACTGTTAGCACTCTAGATGTAGGTTAAAGAAACTACACATGGAAGTCATATGTTAATGAGCACAGATCTCTTTTGAGTTATGAAGGGAAATGAGACCTTCATGGGAAATCATATTCTGCCTAATTCAGTACGTTACGGATAGTAAAGTTGATGGTCAGTATTTCCAAGAGAACATCTCAACAACAAGAAAATGGAATGAGGGATAGAGGGTGCTGTATTTTATCATCAAGATACTATAGTTTTGGGGTCTTTTGTATATTTGTTTCTCCTATTTATTTATTTATTTATTTACACTTATTTATTCAGTTTATATCCTAATCCCAGGTTCCCCTGCCCTGTCCCACCCTTACAAATCCCCTTTCCTCATTATCACCTCCCCTTCTCAGAGAAATGGATTCTTCTTGCACTTGGGTACCACTCAGGCCTGGGACATCAAGTCCCAGCAGGGCTAAGCACCTCCTGTCCCACTGAAGCACAGCCAGGCAGTCCAGCTCCGGGAAAGGAATCTGATGGCAGGCAATAGAGTCAGAGACAGCCCCTGCTCCAATTATTAGGGGACCCAAACAAAAACTAAGCTGTACATCTGCTACAAATGTGTAGGGGGCCTAGGGCCAGCCCCTGCATGGTCTTTGGTTGGTGATTCAGTCTCTTTGAGTCCCCATGGGCCTAGGTTAGATGTCTTTGTAGGTCTCCTTGTGATGACCTTGTCCCCTTGGGCTCACTCAGTTCTATCTTCCACTCTTTCCCAAGACTCTGCCAGCTGCATCTGATGTTTGGCTGTGGGTCTCTGCCTCTGTTTCCATTCCACTGCTGAATGAAGCTTCTCAGGAGACAGTTATGCTATGTTCCTGTCTGCAAGCATATCAGAGTATTTTGCTTGTTTGGTTAGTTAGATTCAGTTTTGTTTTGTCCTTGTTTTTAGAGAGACTGTTTTCCTGTTGCACTCAGGCTATCTTCCTGAGTGCTGATATAGTGATGCACATGAGGCTTTCATCTCTGTGTATATGTAAAGTATGTACATGTTCATGCGAGTCTCTACTGTAGGTATATTTGGAGGTCAGAGATTAAAACAAGCGTTTTCCTTAGTGACTTACCACTTTTATTTTGATACAGTATCTCTCATGGAATCTGGAGTTCCTTAATTGGCTAAGCTCCATGGATCTGTGTGTATCCATCCATGTAGCACTGAGTTTACATAATGAGATGCACTCAAGTTTTACCTAATGCTGGGGATGAAAATTTCAGTCCTCATGCTTTCCAGGCAAGTACTTTACTTCCTATGCTGTCAATAGGAAATGAGTTGTCAATAGGAATTATAGCTGAGTGCTCAACAGTAGGGGCTTCTGTAAACAACTCATCCTGCAGACCCTGCTGTTCCCATGGGACGCTTGTGAAGCTGGCATTTGGGGTAAAAGCAGTTATATTTTTCAGCTATCTATGAACATGTCCTTGTAATTAAAAAAAATACAGTAACATTTCCCTTCATTTGATTAATATTGAATATTCAGGAATAAAATTTTGAGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAAAAGCACTGATTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAGCCATCTGCAGTGGGGTCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAGAAATGATGAATACATAAAATAAATAAATCTTTTAAAAAAACACAGGAAATATTATTTAAAAAGAAGAAGAAGGAATAAAAATTTGAGTGTGTGTTCTAACATGACTCTTCCATCGTAAATCTGGAAGCGGTCCTGAGTTCTAGGCAGTGAAACTCATCATTTTCTTTGTTGCTTAGACTTCCAGTTTCTCACATAGCAATAAACCATAGCTGCAGTTCTGGCAAGCGGTCATGCAATTTTTAAAAATTTTATTAAAATTTTAATTTTAAAAATTTTATTAAAATTTAAAAAAAATATTAAAATATTAAAGATTTTATTAAAAATTTATTTTTTAAAAATTTATTTTGCCTGTTTTTCTTTTAGAGAAAAAAAGGACTAGCTTCCTTATTTCCTTTACGACAGCCTTTAACTCTGTTCCATGGACCCCTGTATAGTTCAGGCTGTCCTTGACTTCATAGTAAAAGCTTTTGCCTCAATTTCAAGAGGTCTGTGAGTTACTATCCCCATCTCTTCACTGTTTGTAGAAATATTCTATAAATTAATATACATCGCTCTTCCACAGTCTTCAGTGAGTGAGGCTTTCATCACTATGAACTCATCTTGTGGTAGAATATGGGTTCTGATGAGTAGTTACTCACATAGCACCACTAGATTGCTACAGATTATAACATGAAAGATTGTTTCATCTTCTGATAGCTTCTTCTATTTTATCCTCCAAAGAATTGAAGTTTTTATCATACAGGTCTTTTATTTGCTTAGTTAGAGTTACTCCAAGATATTTTATTTTGAATGTTTTTTTTTCACATGATATTTTTCTCAGTTTTTTATTTGTATATAGGAGGGCTACTTCTTCTTTCTTCTTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCGTTGAGACAGGGTTTCTCTGTAGCCCAGACTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCACAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTGAGATCCATCTGTAAGTCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAGGGCCCCTTGTGGGTGGGGCCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGAGGAAGCAAGCCAGTAAAGAACATCTCTCCATGGCCTCTGCATCAGCCCCTGCTTTCTGACCTGCTTAAGTTCCAGTCTTGACTTCCTTCAGTGATGAACAGCAGTGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAATCCTGACTAAGACAATTGGTATTAGGTCTTCTTTGAATATCTGATTTAAATTTTGTCCTGAACCTCTCTGGCCCTGTGCTTTTCTTGGTTGGGAGACTTTTAAGGACTGCTTCTATTTGCTTAGTGTTTATACCTCTATTTAAATTGTTTGTTTGAGTTGAAGTTTTATATGTAGATTCTGTTGAGAAAATAGTCCCTTGCTTTTAGATTTTTCCAATTTTGTGGAGTACATGTTTTTCACTATGATCTAATTATTCTTTGCATTTCCTTAGTATTGTTATGCCCTGCTTTTTATTTCTGGTTTTGTGAATTTGGATATTATCTCTGTCCTTTAGTGAGTTTGGATCATGGTCTGTCAATTTTGCTGATTTTATCAAAGAACCAACTGTTTGTTCATTTATCCTTTCCATTTTTCTTTTTAGTTCTATTTTATTGATTTCAGTCCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCATGTACTCCTTTTTATTCTAGAGCTTTTAGGTGTCCTGATAAGTCACTAGTGTGCTCTTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTTTCTTTCTTTCATTTTTTTAATTGGATATTTTATTTATTTACAGTTCACATGTTATCCCCTTTCCCGATTTGCCCTCCAGAACCCCCCCTATCCCATCCCCCCTCCTCCTGCTTCTATGAGGGTGTGCCTCCACGCACCCACCCACTCCCGCCTCCCCGCCCTCGAATTCCCCTACACCCGGGCATCGAGCCTTCATGCCTTCTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATATTTCTACTTTCTTAATGAAGGCATATAGTGCTGTGAATGTAACTCTTATCACCACTTCCTTCTATAACAAAGGCTTCAGTGTGTTGTTCATTCATTTTCATTGGATTCTAGGAAGTCTTTACTGTCTTTATTTCTCCTGACACTGAATTCGTTCAGTAGGGAGTTGTTCAGTGTCCATGAGTTTGTAGGCTTGCTGTTGTGTTTAAATGCAGCTTTACTCCACGGTGGTCAAGGAAGCTAGAAGGGGTTATTTTCGTTTTACTCAGTTGGGCCAGGTTGCTTTGTGACCCAGTATGTGGCCAGTTTTTGAGAATATTCCATGAGTTGCTGAGAAGCTATATTCTTTTGTATTTTGGTGAAATTTTCTGTATATATATATAAGGTTCATTAAATTCATAATGTCTGCTTTCTGTTTAATTTTTGTCTGGATTACCTATCCATTGGTGAGTCGGATACTGAAGTCTCCCACTATTAATAGCTGAGGTTCAGTGTGTGATTTATGTTTTAGTAAGGTTTCTTTTTTTTAAGTTAGATATTTTCTTTATTTCCATTTCAAATGTTACTCTTTCCTAGCTTCCCCTCCCCAAATCCCCTGCTTTCTAACCCACTGACTCCTGCTTCCTGGCCCAGGCACTCCCCTACTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTGTTTTTTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTATATAGCCCTGGTTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGATTAAAGGCTTGCACCACCACCACCCGGCTGGTTTGGTTTTTTTCATAGTGTTCCAAATTTCCTGCATGTTTTGTATCACAAATTTAGTAGATTTAACATTTTCTTTGATCAATGAATCTATTACT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Seq C2 exon
GGACAGTTGTCATTCAGTGATGTAGCCATAGAGTTCTCTCAAGAGGAATGGGAATGCCTAGACCATGCACAGAGAGCTTTGCACAGGGATGTCATGTTGGAGAATTACAGCAACCTGCTCTCCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000067942-Zfp160:NM_145483:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.400 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: