MmuINT0178683 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000006720 | Zfp184
Description
zinc finger protein 184 (Kruppel-like) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1922244]
Coordinates
chr13:22042103-22052354:+
Coord C1 exon
chr13:22042103-22042198
Coord A exon
chr13:22042199-22050292
Coord C2 exon
chr13:22050293-22052354
Length
8094 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
GACATTTTATTTTCTTTCAGACT
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTCCAGGTTTCCAAACCTGATATGATTTCCCAACTAGAGCAAGGGACAGAGCCATGGACTGAGGATTCGTGCATTCCTGTCGGTCCCTTGGAAG
Seq A exon
GTATGTAGTGTGTGACAACAGAGGACTGCTCTTCCCAGCTGCTGGGCTCTGAGAAGAGGCTGTGTGTAGGTGTGCACTCTGCTCTCCGGAGCATCATCTGGGGAGAAATGAGCACCAGCTCAACACAGAGTCTATTTTACACTCCCTGTAGAGGTTGCAGCCTTCCTGGGTCTTCTAAAAGCAGGTGTCCGTGCCTTCATTTAGCATTCTCTCTCTTCCCACTCTATTTTGACCCAGGATTGTCCCCTTATTTTCTGTTTTGGGTTCCATCTCTGTTAGCATCAAACAGAAACACATGCTAGTTCCAAGTGAGCTCGACACCTGCAGACTTGGTTCTGTTTTTCTGTTTGTTTTTTGTTGGGTTTTTGATGTTGTTTGTTTTAAAGCACTCACTCCTTTCTTACTTTCATTCGTAGTTCCATATTCTCTAACTGTATCATTGTGTCATTGGGGTTCTGTGGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTAATTCATCAGTTTCCAGCTACACAAGGAGTTTCTTCAAGGACCTGACTGGGGTAATCTAGGCACTCTGTTGCTGTGCTAGTCACAATAGCCTAGCTGCCCATGAGCACCGGAATAGATGAAGAAAATGAGGTTCATCTACACAATGGAATTTTATCCAGCCATAAAGAAAATTAAGTCATGACATTTGCAGGACTTTTTTTTATTCCTTCTATTCCTAGTGTCTTCAGGACTGTCATGGTAAAGGGATATTGAACTTTGTCAAATGCCTTTTCTGCATTATATTGAGATGACCGTGGGGTTTTTGTTCTTAGTCTATTTATATGTCTTTTTCATTCATGGATTTGTATATCTTAAATCAGCCTTTCATCCCTGGGGTTTAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAACCATTGTGGTTGTTCTGTATGATCTTAATCTGTTTTTGAATTTGGCCTACAGATATTTTGTTGCAAGTTTTATACCTTCATCATGGAAATTTGCCCATACTTTTTTGTTGTTGTCCTTATATTGTTTTGATATTTGAGCAATACTAGCTTTGTAAAATGAGCTTGGTGGTATTTCCCTCCTTTTCTGCTTTTGGACCAGTTTGAGAAGTAAAGATGTTAGCTCTTCCTTAAACCTTTGGTAGGATTCAGCAATAAACTCAGTTGGTTCTGAGCATCTCTTGTTGGGAGACTTTTAATCGCTGTTTAACATTATTACTGTTATTGCTCTGTAAATGTAGCTTATATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCCAACTCATAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCATCGCTGGGCCTTTCTCTTTCTATTTTAAAGTATGTGTAGGTATGAGTATCTCTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCCCTCTGGTTCTTTTTAGGGGACAGTGGTTAACATATGTACTTACAGCTATATACTTAGAATTGCATTCGCTCTAGGCAAGAGGTTCTGGTAAATTGTGCTATCATTTTCTATTGATTCTAGGAAGTTTTCTACTTTCTCCTTGATTTATTCAATGACTCCAGTGTTTATTCAGAAGTATATTATTGAGTTTCCAAGAATTTGTGTTGTTTTGGTAGCTTCTCTTGCTTGATATATTTTAGTTTAATTCTATTATGACCCGATAAGACACAATTAATTTACTTTGATCCCTTTGTATTTATTAAGGTTTACTTGTGGTCTCTAAATGATTTCAAGGCCACTGAGAAGAATGTATGTTCTGTATTTGATGGGTAGAATATTGCGCAGATATTTAAGTCCAACTGATATATGGCATAATTTAGCTCTGAAATTTCTTTGGTGATTTTTAGTTTAGAAAACAAATCTGAAGGTATGTGTGGATTATTGAAGTGTTTCACTATTCCTATATGAAGACCTATCTGACCTTTCATGCCTTTCCGTGTCTGTTACATGAAGTTGGTAACCCAAGCATTGGTTATATCTTCTTAAAAATAGTCCCCTTTGTTAATATGCAGTGGCCTTCTTTATCTAGTCTGACAAGTTTCAGTTTGGGGTCTACTTTATCCAATATCAGAGTAGCTATCCTAGCTTAATATTAGTCTGTATTTGCTTAGCTGGGAGTGTTTGCTCACACCTCCAGTCCCACCAGTGGAAGGCAGAGGCACTTGATGGGGTCTACACATAAGTTAAAAGTTTGCATTTGTTTGGTAGGTTAATTTCCATCTTTTGGAACCTCAGTTTATGAGTGCCTTTGAAGGGAAACTGTGTTTCTAATACACAACAAAAAGTTGGATCTTGTTTCTTAGTTCAGTCAGTTTATGTTTTTATATTGCTGAGTTGAGGCCATTTGCATTTGAAGTTATTACTGAAGAGCTTGCCATGTCTTCTGTTTTTGTTGGTTGTTCTGGCTGAGTGGACTATTGCTGTAGTTCTTTTCTTTGCTCCCTACTAGTATTAGGAGCTTTCTGGTTTACCGTGTTAGGTGAATTTGTTCCTGGCTCCCATTTGCACATCTACTCCTCTCATGAAATAAATGTACTCTCTCATGTACTCTTGTGCAGTTTTTCCTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTAAATACTTTGCAGTCCTGGTGCTGGTATTCTATTTCTTTGTGTACATTAGGCCATGAATTCCTATGGAATGGGCTCCAACAGCTCAGGCTCTTTTCCGTTAGTCCTCACAAAGTGTGCTTCTCTGGGTGGCTCAGGCTGGCGCTTCTGCTGCACCCAGGTGCCCTTCTCTTTGGCTTCCTTTTTCTTCTGGTCGTTCTCCTTCATCCGCTTCAGGAAGCTGTCTCTGCTCTTTGAGTGCTTGATGTGCTCAATCCGCACATTGATCTTCTTGGCCAGAATTTTGCCCTTAATCTGCTTGTTTACAATGATACCCACGGCATGCTGGGTGACATTGTAGACTCTAATGGTTTTGCCGTGGTAGCACTTATGGGGCATTCCTTTTTGAACAGTGCCCATTCCCTTGATGTCTACAATATCACCCTTCTTGTAGATTCGCATGTATGTGACCAAAGGAACAACGCCATGTTTCCTAGAAGGCCTAGAGAATATATACCAGCCTAGAGAATATCTCCTCTTTCTCTTTGTGTTCATCATTTTTGGCGAGTTACTGGAAGATGGCTGCGGCGGCTGAAAGCAGTTTTTCCTTTTCTAGTGTATAATATCCCTTTAAATGTGTTCTGTACTATCTTAATTGCCTTAGATTGTGCTTGTCTTGAAATGCTTGAAAAGATGACTTGGCTGAGAATAACCATCTTGGAGTGGGGCGCATACATTTTGAGACGGTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTCACAGAACTTATGAATAGTCTCTAGATAGTAAAGGTATTTATTGATGACTTACAGTCGGCAGCCCAATTCCCAACAATGATTCAGTCGCAGCTGTGAATGGAAGTCCAAGGATCTAGCAGTTACTCAGTCTCACGCAGCAAGCAGGCGAAGGAGCAAGAGCAAGAGCTCGACTCCCTTCTTCCAATGTCCTTATATTGTCTCCAGCAGAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCGCCACACCTTTAATCCCAGATGAAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTAAACTCGGAGATTCAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTATGGCTCAAGATCTTCAAACCAAGATCCAGATAAGGATCTCCAAGCCTCCAGATAAGGGTCACTGGTGAGCCTTCCAATTCTGGATTGTAGTTCATTCCAAATATTGTCAAGTTGACAACCAGGAATAGCCACTACAGACGGGGTTTCTCTATGTAATCCTGGATGTCATGGAACTCTCTCTGTAGACAAGGCTGGCTTAAAACTCAGAGATCCATCTGCCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGACTAAAGGCATGTGCCACCATTACCCAGCTAGTTTTTAAATGTTTAATTTTATCATTTTGTGTGTGTATAAATGTTTTGCCTACATTTATGTACTGACCCTGGAGTCCAGAAAAAGTGTTAGATCCTCTGGGACTGGACTTGAAGATAGCTGTGAGCTTCCAGGTAGGTTTCTGGAGTTCTAACCTAGCTCTGTGGAAGACCACCCAGTGCTTATAACCACTGTGCTATCTCTACCTTCAGCTGGAGTTACAGATGGTTGTGAACTACTACGTGGGTGTTAGGAATTGAACCTAGGTTTTCTGTAAGAGCAACAGTACCTTAAACAACTAACTACCTAACAGCCCCAAGTGATTAATTTATTTCCAGGGTTTGAAATATAAGCCTTGCTTTTCTGGCTTTTAGAGTTATTGACACTCTAGCAGTGTTATTCTGATATTTCTCTTTATGTCGGTTGGTATTTTTCCCTCATAAATACAGTTTTTTGCTTATTATTTATTTTTTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGGAGAGGGTGTCGGTGTCAGATGTCATTACAGATAGTTGTGAGCCACGATGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCTCTGAGCCATCTCTCCAGCCCATAAATACAGTTTTTTAGTGCTGCTTTTTTTGTAATTTTGACATCGTGACTATCTCATGTTATTCATGTCTGTTTGCAGTACTATATGCTTGTTGTATGTGGATGGATGTCCTCCCCCATCCCCTTTGTAGGCTTGGGTAATTTTCTCCTATAATTTCATTACATGGTGCCTTTAGACTATCTCACTTTCTTCTCTTGAACTTATCCCGGAGTTCATAGAGTTCATGGATGATTTGATTATTCTCATTCATTTTCTTTTTCTTGATCTATGTCTGGATGTATCATTGTCTCAACCTTGGCC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Seq C2 exon
ACTGGAAGAAAAGAGCTGGAAATAGTGTGTCATCCCTAGAACTTGACATTTCTGAAGAGCATCTATTCTCAGAGACAGTAGTAACCAACAGCAAAAGGGATGATGGGAGTTTAGAGAAGCTTCAAGCAAACCAACAGATGCTGCCAAGGGAAGTCCAAATAACGGAGAAAACAGCACCCACTTGTGAGAGCAACCTCAGTGTGAGCTCAAGCTTCATAACACAAACGGAAGTAGCTCTCGATCAGCCTTCCACTAAAACAAGAGCCAAGCAGAATTCCCACCCAGTTAAAAAGGAGAAGCTGTGTAAGTGCAACGAATGTGGTAAAGCTTTTACTTACTGTTCTGCTCTCATTCGCCACCAAAGAACGCATACTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAATGAATGTAACAAAGCTTTCAGCAGAAGTGAAAACCTTATAAACCATCAGAGAATCCATACGGGAGATAAACCGTACAAATGTGACCAGTGTGGAAAGGGTTTCATTGAGGGTCCATCTCTCACTCAACATCAAAGAATTCACACTGGAGAAAAGCCCTATAAATGTGATGAATGTGGGAAGGCCTTTAGTCAGAGGACCCATCTTGTTCAGCATCAGAGAATTCACACTGGTGAGAAGCCATATACTTGTACCGAGTGTGGGAAATCCTTCAGCCAGAGAGGTCACTTTATGGAGCACCAGAAAATTCATACAGGAGAAAAACCTTTCAAGTGTGAGGAGTGTGAGAAAACCTTCACCAGGAGCACACACCTCACTCAACATCAGAAAATTCACACTGGGGAGAAAACTTACAAGTGTAATGAATGTGGGAAGGCCTTCAACGGCCCATCAACGTTTATCCGTCACCATATGATTCATACTGGAGAAAAGCCTTATGAGTGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTCAGCCAGCACTCCAACCTGACTCAGCATCAGAAAACACACACTGGGGAGAAACCCTATGACTGTGCAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTTACTGGTCATCCCTAGCTCAGCACCTGAAAATTCATACAGGAGAGAAGCCCTACAAGTGTAGCGACTGCGGGAAGGCCTTCAGTTACTGCTCCTCCCTTACTCAGCATCGGAGGATTCACACCCGAGAGAAGCCCTTTGAGTGCAGTGAGTGTGGAAAGGCTTTCAGCTATCTGTCAAACCTTAATCAGCATCAGAAAACTCACACCCAGGAGAAAGCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTTATTCGGAGTTCATCTCTTGCTAAGCATGAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTATCAATGTCATGAATGTGGAAAAACCTTCAGCTATGGCTCATCTCTTATTCAGCATAAGAAAATCCATACTGGTGAAAGACCTTACAAGTGTAATGAATGTGGGCGAGCCTTCAACCAGAAAATACACCTTACACAACACAAGAGAATTCATACAGGAGCAAAGCCGTATGCCTGCCCCAAGTGCGGGAAGACCTTTCGACACTGTTCATCTCTTGCTCAACATCAAAAAACTCACACAGAAGAAAAACCCTACCAGTGTAACAAATGTGAAAAAACCTTCAGCCAGAACTCCCGTCTGACTCAGCATCAGCGAATTCATACGGGAGAGAAGCCTTATAAGTGCAGTGAATGTGACAAATGCTTTACCGGGAGCGTGCACCTGACTGAACATCGGAGTACTCACACTGGAGAGAAACCTTACAACTCTGAGTGCCCACAGACTTTCAGCCAGAGCACATACCTCACTCAGCATCAGAAGATTCATTCAGGAGAGAAGCTTTTGGGGTGTGAGGACTGTGAAAAAGCCTTCCAGTGTCACTCTGCTCTCACCAAACACCAGAGATTGCACCCTGCTGTGGCTGCTGTAGGAACATCATTAACATAGTTGCTCTGCTAACTTTGGTTTTATAGAAATGAATCAGAGTGGGAGGAGGAACTCCTTAAAGTAAATTTTTCTCTGTCACATGGTGGGATGGAGAGCCCATTGGGCTGTTCTGATCCAAGTATGTTATTAAAACAACATTGTGGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000006720-Zfp184:NM_183014:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.455 A=NA C2=0.139
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: