RnoINT0167819 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000061612 | Zfp184
Description
zinc finger protein 184 [Source:RGD Symbol;Acc:1304798]
Coordinates
chr17:44629541-44640092:-
Coord C1 exon
chr17:44639823-44640092
Coord A exon
chr17:44631656-44639822
Coord C2 exon
chr17:44629541-44631655
Length
8167 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
GGCATTTTATTTTCTTTCAGACT
3' ss Score
8.21
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTCAGATGAGCTTCTCAGTTGCCCCATTGTTACGACTTTTGACATGCTGTTCATCACACCAGATTTTTACCCATGTAGAACATCTTAGAGACAGAATCACGGTGAGATTGCGTTCTGATATGGTACTTCTTCCTTAATGCAGACAGATTCCTTCCCCCCCTCCCTCTGAGCAGGGCTCCAGGTTTCCAAACCTGATATGATCTCCCATCTAGAGCAAGGGACAGAGCCATGGATTGAGGAGTCGTGCATTCCTGTTGGTTCCTTGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTGGAAGATAAGACCTGAAAATAGTGTGTCACCCCTAGAACTTGACATTTCTGAAGAACATCTGTCCTCAGAGACAGTAGTAACCAACAGCAAAAGGGATGATGGGAGTTTAGAGAAGCTTCAAGCAAACCAACAGACGCTGCCAAGGGAAGTCAAAATAACTGAGAAAACAATGAGACCCTCTTATGAAAAAGATCTTGGTGTGAGCGCAGGCCTCCTAACACAAACAGATATAGCTGTAGATCAGACTTCCACTAACACAAGAGCCAAGCAGAGTTCACGCCCAGGTCAGAAAGAGAAGCTGTGTAAGTGCAATGAATGTGGGAAAGCTTTCACTTACTGCTCTGCTCTCATTCGACATCAGAGAACGCACACTGGGGAGAAACCCTATAAATGTAATGATTGCAACAAAGCTTTCAGCAGAAATGAAAACCTTATAAACCATCAGAGAATCCATACGGGAGACAAACCATACAAATGTGACCAGTGTGGAAAGGGTTTCATTGAGGGTCCATCTCTCACTCAGCATCAAAGAATTCACACTGGAGAAAAGCCCTATAAATGTGATGAATGTGGAAAAGCCTTTAGTCAGAGGACCCATCTTGTTCAGCATCAGAGAATTCACACTGGTGAAAAACCATATACTTGCAATGAGTGTGGGAAATCCTTCAGCCAGAGAGGTCACTTTATGGAGCACCAGAAGATTCATACAGGAGAGAAACCTTTCAAATGTGAGGAATGTGAAAAAACCTTCACCAGGAGTACACACCTCACTCAGCATCAAAAAATTCACACTGGAGAGAAAACCTACAAGTGTAATGAATGTGGGAAGGCCTTCAACGGCCCATCAACGTTTATCCGTCACCATATGATTCATACTGGAGAAAAGCCTTATGAGTGCAATGAATGTGGCAAAGCCTTCAGCCAGCACTCCAACCTGACTCAGCATCAAAAAACACACACTGGGGAAAAACCCTATGACTGTGCAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTTACTGGTCATCCCTTGCTCAGCATCTGAAAATTCATACAGGAGAGAAGCCCTACAAGTGCAGCGATTGCGGAAAGGCCTTCAGTTACTGCTCATCCCTTACTCAGCATCGGAGAATTCACACCCGAGAGAAGCCCTTTGAGTGCAGTGAGTGTGGAAAGGCTTTCAGTTATCTGTCAAACCTTAATCAGCATCAGAAAACTCACACCCAGGAGAAAGCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTTATTCGGAGTTCCTCTCTTGCTAAGCATGAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTATCAGTGTCTTGAATGTGGGAAAACCTTCAGCTATGGCTCTTCCCTTATTCAGCATAAGAAAATCCACACTGGTGAAAGACCTTACAAGTGTAATGAATGTGAGAGAGCCTTCAACCAGAAAATACACCTTACACAACACAAGAGAATTCATACAGGAGTAAAGCCGTATGCCTGTCCCAAGTGTGGCAAGACCTTTCGACACTGTTCATCTCTTGCTCAACATCAAAAAACTCACACAGAAGGAAAACACTACCAGTGTAACAAATGTGAAAAAACCTTTAGCCAGAAGTCCCATCTGACTCAGCATCAACAAGTTCATATGGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCAATGACTGTGACAGATGCTTTACCCAGAGCACGCACCTGACTGAACATCAGAGTATTCACACTGGAGAGAAACCTTACAGCTCTAATGTGTGCCCACAGACTTTCAACCAGAACACATATCTCACTCAGCATCAGAAGATTCATTCAGGAGAGAAGAGTTTTGTGTGTGAGGACTGCGGAAAAGCCTTCCAGTATCGCTCTGCTCTCACCAAACACCAGAGATTGCACCCTGCCATGGCTGCTATAGGAACATCATTAACATAGTTGCCCTGTTCACTTTGGTTGTGCAGTAATGAATAAGAGTGGGATGAGGAACCCCTTAAAATATCTAAAACTTTATCATATGATGGGACAGAGAGCCCATTGGGCTGAGCTAATCCAAGTATGTTATTAAAACAGCATTGTGACCAGCTGCTTTAAGTTTCTTTTGTGAATGAGGTGAAACAAACGATTCAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000061612:ENSRNOT00000077628:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.270 A=NA C2=0.186
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]