MmuINT1035499 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000006720 | Zfp184
Description
zinc finger protein 184 (Kruppel-like) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1922244]
Coordinates
chr13:21950203-21960603:+
Coord C1 exon
chr13:21950203-21950329
Coord A exon
chr13:21950330-21958423
Coord C2 exon
chr13:21958424-21960603
Length
8094 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
GACATTTTATTTTCTTTCAGACT
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGATTCCTTTTTTTCCTCCCTCTGAGCAGGGCTCCAGGTTTCCAAACCTGATATGATTTCCCAACTAGAGCAAGGGACAGAGCCATGGACTGAGGATTCGTGCATTCCTGTCGGTCCCTTGGAAG
Seq A exon
GTATGTAGTGTGTGACAACAGAGGACTGCTCTTCCCAGCTGCTGGGCTCTGAGAAGAGGCTGTGTGTAGGTGTGCACTCTGCTCTCCGGAGCATCATCTGGGGAGAAATGAGCACCAGCTCAACACAGAGTCTATTTTACACTCCCTGTAGAGGTTGCAGCCTTCCTGGGTCTTCTAAAAGCAGGTGTCCGTGCCTTCATTTAGCATTCTCTCTCTTCCCACTCTATTTTGACCCAGGATTGTCCCCTTATTTTCTGTTTTGGGTTCCATCTCTGTTAGCATCAAACAGAAACACATGCTAGTTCCAAGTGAGCTCGACACCTGCAGACTTGGTTCTGTTTTTCTGTTTGTTTTTTGTTGGGTTTTTGATGTTGTTTGTTTTAAAGCACTCACTCCTTTCTTACTTTCATTCGTAGTTCCATATTCTCTAACTGTATCATTGTGTCATTGGGGTTCTGTGGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTAATTCATCAGTTTCCAGCTACACAAGGAGTTTCTTCAAGGACCTGACTGGGGTAATCTAGGCACTCTGTTGCTGTGCTAGTCACAATAGCCTAGCTGCCCATGAGCACCGGAATAGATGAAGAAAATGAGGTTCATCTACACAATGGAATTTTATCCAGCCATAAAGAAAATTAAGTCATGACATTTGCAGGACTTTTTTTTATTCCTTCTATTCCTAGTGTCTTCAGGACTGTCATGGTAAAGGGATATTGAACTTTGTCAAATGCCTTTTCTGCATTATATTGAGATGACCGTGGGGTTTTTGTTCTTAGTCTATTTATATGTCTTTTTCATTCATGGATTTGTATATCTTAAATCAGCCTTTCATCCCTGGGGTTTAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAACCATTGTGGTTGTTCTGTATGATCTTAATCTGTTTTTGAATTTGGCCTACAGATATTTTGTTGCAAGTTTTATACCTTCATCATGGAAATTTGCCCATACTTTTTTGTTGTTGTCCTTATATTGTTTTGATATTTGAGCAATACTAGCTTTGTAAAATGAGCTTGGTGGTATTTCCCTCCTTTTCTGCTTTTGGACCAGTTTGAGAAGTAAAGATGTTAGCTCTTCCTTAAACCTTTGGTAGGATTCAGCAATAAACTCAGTTGGTTCTGAGCATCTCTTGTTGGGAGACTTTTAATCGCTGTTTAACATTATTACTGTTATTGCTCTGTAAATGTAGCTTATATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCCAACTCATAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCATCGCTGGGCCTTTCTCTTTCTATTTTAAAGTATGTGTAGGTATGAGTATCTCTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCCCTCTGGTTCTTTTTAGGGGACAGTGGTTAACATATGTACTTACAGCTATATACTTAGAATTGCATTCGCTCTAGGCAAGAGGTTCTGGTAAATTGTGCTATCATTTTCTATTGATTCTAGGAAGTTTTCTACTTTCTCCTTGATTTATTCAATGACTCCAGTGTTTATTCAGAAGTATATTATTGAGTTTCCAAGAATTTGTGTTGTTTTGGTAGCTTCTCTTGCTTGATATATTTTAGTTTAATTCTATTATGACCCGATAAGACACAATTAATTTACTTTGATCCCTTTGTATTTATTAAGGTTTACTTGTGGTCTCTAAATGATTTCAAGGCCACTGAGAAGAATGTATGTTCTGTATTTGATGGGTAGAATATTGCGCAGATATTTAAGTCCAACTGATATATGGCATAATTTAGCTCTGAAATTTCTTTGGTGATTTTTAGTTTAGAAAACAAATCTGAAGGTATGTGTGGATTATTGAAGTGTTTCACTATTCCTATATGAAGACCTATCTGACCTTTCATGCCTTTCCGTGTCTGTTACATGAAGTTGGTAACCCAAGCATTGGTTATATCTTCTTAAAAATAGTCCCCTTTGTTAATATGCAGTGGCCTTCTTTATCTAGTCTGACAAGTTTCAGTTTGGGGTCTACTTTATCCAATATCAGAGTAGCTATCCTAGCTTAATATTAGTCTGTATTTGCTTAGCTGGGAGTGTTTGCTCACACCTCCAGTCCCACCAGTGGAAGGCAGAGGCACTTGATGGGGTCTACACATAAGTTAAAAGTTTGCATTTGTTTGGTAGGTTAATTTCCATCTTTTGGAACCTCAGTTTATGAGTGCCTTTGAAGGGAAACTGTGTTTCTAATACACAACAAAAAGTTGGATCTTGTTTCTTAGTTCAGTCAGTTTATGTTTTTATATTGCTGAGTTGAGGCCATTTGCATTTGAAGTTATTACTGAAGAGCTTGCCATGTCTTCTGTTTTTGTTGGTTGTTCTGGCTGAGTGGACTATTGCTGTAGTTCTTTTCTTTGCTCCCTACTAGTATTAGGAGCTTTCTGGTTTACCGTGTTAGGTGAATTTGTTCCTGGCTCCCATTTGCACATCTACTCCTCTCATGAAATAAATGTACTCTCTCATGTACTCTTGTGCAGTTTTTCCTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTAAATACTTTGCAGTCCTGGTGCTGGTATTCTATTTCTTTGTGTACATTAGGCCATGAATTCCTATGGAATGGGCTCCAACAGCTCAGGCTCTTTTCCGTTAGTCCTCACAAAGTGTGCTTCTCTGGGTGGCTCAGGCTGGCGCTTCTGCTGCACCCAGGTGCCCTTCTCTTTGGCTTCCTTTTTCTTCTGGTCGTTCTCCTTCATCCGCTTCAGGAAGCTGTCTCTGCTCTTTGAGTGCTTGATGTGCTCAATCCGCACATTGATCTTCTTGGCCAGAATTTTGCCCTTAATCTGCTTGTTTACAATGATACCCACGGCATGCTGGGTGACATTGTAGACTCTAATGGTTTTGCCGTGGTAGCACTTATGGGGCATTCCTTTTTGAACAGTGCCCATTCCCTTGATGTCTACAATATCACCCTTCTTGTAGATTCGCATGTATGTGACCAAAGGAACAACGCCATGTTTCCTAGAAGGCCTAGAGAATATATACCAGCCTAGAGAATATCTCCTCTTTCTCTTTGTGTTCATCATTTTTGGCGAGTTACTGGAAGATGGCTGCGGCGGCTGAAAGCAGTTTTTCCTTTTCTAGTGTATAATATCCCTTTAAATGTGTTCTGTACTATCTTAATTGCCTTAGATTGTGCTTGTCTTGAAATGCTTGAAAAGATGACTTGGCTGAGAATAACCATCTTGGAGTGGGGCGCATACATTTTGAGACGGTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTCACAGAACTTATGAATAGTCTCTAGATAGTAAAGGTATTTATTGATGACTTACAGTCGGCAGCCCAATTCCCAACAATGATTCAGTCGCAGCTGTGAATGGAAGTCCAAGGATCTAGCAGTTACTCAGTCTCACGCAGCAAGCAGGCGAAGGAGCAAGAGCAAGAGCTCGACTCCCTTCTTCCAATGTCCTTATATTGTCTCCAGCAGAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCGCCACACCTTTAATCCCAGATGAAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTAAACTCGGAGATTCAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTATGGCTCAAGATCTTCAAACCAAGATCCAGATAAGGATCTCCAAGCCTCCAGATAAGGGTCACTGGTGAGCCTTCCAATTCTGGATTGTAGTTCATTCCAAATATTGTCAAGTTGACAACCAGGAATAGCCACTACAGACGGGGTTTCTCTATGTAATCCTGGATGTCATGGAACTCTCTCTGTAGACAAGGCTGGCTTAAAACTCAGAGATCCATCTGCCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGACTAAAGGCATGTGCCACCATTACCCAGCTAGTTTTTAAATGTTTAATTTTATCATTTTGTGTGTGTATAAATGTTTTGCCTACATTTATGTACTGACCCTGGAGTCCAGAAAAAGTGTTAGATCCTCTGGGACTGGACTTGAAGATAGCTGTGAGCTTCCAGGTAGGTTTCTGGAGTTCTAACCTAGCTCTGTGGAAGACCACCCAGTGCTTATAACCACTGTGCTATCTCTACCTTCAGCTGGAGTTACAGATGGTTGTGAACTACTACGTGGGTGTTAGGAATTGAACCTAGGTTTTCTGTAAGAGCAACAGTACCTTAAACAACTAACTACCTAACAGCCCCAAGTGATTAATTTATTTCCAGGGTTTGAAATATAAGCCTTGCTTTTCTGGCTTTTAGAGTTATTGACACTCTAGCAGTGTTATTCTGATATTTCTCTTTATGTCGGTTGGTATTTTTCCCTCATAAATACAGTTTTTTGCTTATTATTTATTTTTTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGGAGAGGGTGTCGGTGTCAGATGTCATTACAGATAGTTGTGAGCCACGATGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCTCTGAGCCATCTCTCCAGCCCATAAATACAGTTTTTTAGTGCTGCTTTTTTTGTAATTTTGACATCGTGACTATCTCATGTTATTCATGTCTGTTTGCAGTACTATATGCTTGTTGTATGTGGATGGATGTCCTCCCCCATCCCCTTTGTAGGCTTGGGTAATTTTCTCCTATAATTTCATTACATGGTGCCTTTAGACTATCTCACTTTCTTCTCTTGAACTTATCCCGGAGTTCATAGAGTTCATGGATGATTTGATTATTCTCATTCATTTTCTTTTTCTTGATCTATGTCTGGATGTATCATTGTCTCAACCTTGGCCTTCCTCTCTGAAATGTATTACTTTTCTTGGTCTTATTTAGTATTACTTCCCACTGTACTTTTTAAAAATTTACCATTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTAAGAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAAATAGAGACTATTTTGCCTATATGTGTGTTTCTTTACCATACATAGGTGCTGACACAGGTCAGAAGAGTTCCCTCACATCCCCTGGAACTAGAGTTTCAGGTGATTTTTGAGCCACTGTGTGGATTCTAGAACCAAACCCAGGTCCTTTGCAAGAGCAGAGCAGTAAGTGTTCTTAATTGAGCCATCTTTCCAGCCTCCAGTTGCCTCTTTTATGAAGATGTCTTAGAAAGCTCTATCCTTTCAGAGACATGATCTATAATCATGATGAGTGTTTTGTATCACTGGTCTGCCTGCCTTTTGTGCACCTTGGTTTTTAATACCTTCAATTATTTTTCCACATATTGGGTATAGGAATTTGTATGTAGGAAAGTAGAGATTGCTTTTGAGAGACAGGTGATAGTAGTCAACATATTCTGGAACTTTCTCTAATCCTTCAAATTCTTTATTCTTTGCCCAGGTAATTACCTTGATCATTGAATTGAGAGTACGACAGTATGTGGACATTGGTTGTAGTTAATATCACTTTGCCCTCATTTGATTCATATTTGTGACTGGTTACTTCCAAACACTTTTTTTCTCCATTTTTTTCCTTTTTAAGATTTATTTATTATTATATCTAAGTACACTGTAGTTGTCTTCAGACATACCAGAAGAGGTCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAACAACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCGGAAGAACAGTCGGTGCTTTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCACTTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAACACAAGACTTTACATGCCCCTACAGTACATCCAGGAGATATTTATTATTGCCCTTATTTTATTTCTGTATTGGCTGGGGGTGCATGCGTTTATATCTTAGACATAAACATCCTATATAATGCTTTTGGCATCTTCCACTCCTACACACCTATAATCTAGTCCTCCGTTTCTTTTCCAAATTCCAAAATGATCGACTTGGATTTGTTATCATTTCTTCTCATATTTAAACTCCTAACATTTAGCAAAGATGGAATTCTTTCTTCAGGGTTCTAGGCTAAGCCTCTCCTATTTGTCCTGAATTTAAATCACCATTCTTAAAATTTTTTTCTTTGCTGTTTATTAACAGGGAATCTCAATTCAGAATGTATCCTTCAGAGTGAGTCCTTTTCTTTGTACCCTTGGTGGTCTCAGGTTACCCCCCCCCTTTTTTTTTTTTTAATTCATGGTTTATTTGCCTGCCTCATTTGGCAGGACACATCTTATGAGCAGACGTGTCCATTGTTGTACACTGCTTGGCTGCAAATGTGTCCACAGGAGGATATTAGGACCTGGGAGCCATAAGATCAAAAGCCTGAGCAGAAGTTCAGTCCCTCTCCATTTGAGGTTCTTGTTCTCTTTGGTGTGGCAGGGGTTTCGATGATGAGCACTGTGCTAGTGGCTGTGTAGTCATCCTGCAAGGTGAAGTGCTGGCCTTTCTCTAAGAACATGGGCTACCACAAGCTTAGACTAAGCTTCAGGTCCTCCAGGCATGGCAGGTTCCTTAACTAGAGGCAAGATAACGTGATAGGCTATGTCCCAAGTCAGGAAGAATATAACAGGTATAAATTGAGACACCCTCCTCCTTGCTTAGGATGTAAAACTGGACATCCACCCTTTGGTGGGGTTGGATAGATTCTGGCTTCACCATGACCAAACCATGCCTTGGAGCATTCCACTTCTACCTTGTACCAGAGCACGAAGGTTATCCTCAGCCTCAGTCCTCGACAGGGACTCAGGCCTGTGGAAGGTCTCAGTGCCTCTCAGCACAATGCTAATATTCTTGCTATATCCCAGCAACTCACACTCATCGACCTTCTTCAAAATGCTATGCTCTAGTGTACCTGTCACCACTCTGTCACAGCAGGGAATGGAGTAAACTGACTACAGGGAGCAGAAGAGCCTTCTTCAGGTCCCAGCTGAGCACTGGGATATAAGAGTCCACAGCATCCAGCAGCTAATGCACTGACTTCACACCTAGATCAAGATGATGTTGCTCAAGGGCACAGAGAGGAGAGCCTATAATGGCTAGTCTCCTCTCCTTCATAGCCAAACTAATTGAGTAGTTCTTGGATCTCCAACTCTGCTAGTTGCCATCATATCTGAATCCTGGGTAGTGTCTGCTCCAATCTGTTTAGCCACTTTGCTCTTGTGTCTGGAGCATGGGACCATCATCAGCTGCCACCACCAGAGTGCAGCCATCCAGAGAGGCAGTGCCATGATTATGTTCTTAATCAGTATGACTGGGGCAGTCCGTGTAGGCATAGTGGCAGGCAGCAGTGCTGTACTCCACATGAGCTGCTTTGATGGTGATTCCCTAAACTCTCCTCTGGGACACTGTCTATGACCTCATACTTCTTGAGCTTAACCCTACCTTCCTTGGCTAGAATTTCTGTAGATGGTGATCACTGTAGTCTTTCCCCTGATTTTGTGTGCCCAATCATACTCAGATTCACATGGGGTTTGTCATACACAGAGATCTTTGGGCCTTCAGTGGCTACAGCCAACCTTACAGCAATGGGGTTAGGCTGGTACAGAGACCTCTGAAGAAGGGTGTCACTTGTAATAGGGTTGGGGCCGCCATTGTGGTAGTACTACATTAGTCTTCAGGTGCTGAGAATAAGGATGTATAGTAAATATCCATCTTACCTCTTAAATTTAACTTCCACTTTAAATGTCATTCTTATTTGTCCTTAGAGATCATCTGTGAAACTGAAATAAGCATTCTTTTCCCTGTTTCAGTCTATTCTCCTTAGCTTCTTTCTCTTTCTTCCCAAATGTTCAAGTTATATATTTGAGAACCTTCAAACAAATAGATAATCTCCAACAAGGGCAGTTTTCTTTTTCTCTGTTCAGAAAAGACTGACATTTTATTTTCTTTCAG
Seq C2 exon
ACTGGAAGAAAAGAGCTGGAAATAGTGTGTCATCCCTAGAACTTGACATTTCTGAAGAGCATCTATTCTCAGAGACAGTAGTAACCAACAGCAAAAGGGATGATGGGAGTTTAGAGAAGCTTCAAGCAAACCAACAGATGCTGCCAAGGGAAGTCCAAATAACGGAGAAAACAGCACCCACTTGTGAGAGCAACCTCAGTGTGAGCTCAAGCTTCATAACACAAACGGAAGTAGCTCTCGATCAGCCTTCCACTAAAACAAGAGCCAAGCAGAATTCCCACCCAGTTAAAAAGGAGAAGCTGTGTAAGTGCAACGAATGTGGTAAAGCTTTTACTTACTGTTCTGCTCTCATTCGCCACCAAAGAACGCATACTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAATGAATGTAACAAAGCTTTCAGCAGAAGTGAAAACCTTATAAACCATCAGAGAATCCATACGGGAGATAAACCGTACAAATGTGACCAGTGTGGAAAGGGTTTCATTGAGGGTCCATCTCTCACTCAACATCAAAGAATTCACACTGGAGAAAAGCCCTATAAATGTGATGAATGTGGGAAGGCCTTTAGTCAGAGGACCCATCTTGTTCAGCATCAGAGAATTCACACTGGTGAGAAGCCATATACTTGTACCGAGTGTGGGAAATCCTTCAGCCAGAGAGGTCACTTTATGGAGCACCAGAAAATTCATACAGGAGAAAAACCTTTCAAGTGTGAGGAGTGTGAGAAAACCTTCACCAGGAGCACACACCTCACTCAACATCAGAAAATTCACACTGGGGAGAAAACTTACAAGTGTAATGAATGTGGGAAGGCCTTCAACGGCCCATCAACGTTTATCCGTCACCATATGATTCATACTGGAGAAAAGCCTTATGAGTGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTCAGCCAGCACTCCAACCTGACTCAGCATCAGAAAACACACACTGGGGAGAAACCCTATGACTGTGCAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTTACTGGTCATCCCTAGCTCAGCACCTGAAAATTCATACAGGAGAGAAGCCCTACAAGTGTAGCGACTGCGGGAAGGCCTTCAGTTACTGCTCCTCCCTTACTCAGCATCGGAGGATTCACACCCGAGAGAAGCCCTTTGAGTGCAGTGAGTGTGGAAAGGCTTTCAGCTATCTGTCAAACCTTAATCAGCATCAGAAAACTCACACCCAGGAGAAAGCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTTATTCGGAGTTCATCTCTTGCTAAGCATGAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTATCAATGTCATGAATGTGGAAAAACCTTCAGCTATGGCTCATCTCTTATTCAGCATAAGAAAATCCATACTGGTGAAAGACCTTACAAGTGTAATGAATGTGGGCGAGCCTTCAACCAGAAAATACACCTTACACAACACAAGAGAATTCATACAGGAGCAAAGCCGTATGCCTGCCCCAAGTGCGGGAAGACCTTTCGACACTGTTCATCTCTTGCTCAACATCAAAAAACTCACACAGAAGAAAAACCCTACCAGTGTAACAAATGTGAAAAAACCTTCAGCCAGAACTCCCGTCTGACTCAGCATCAGCGAATTCATACGGGAGAGAAGCCTTATAAGTGCAGTGAATGTGACAAATGCTTTACCGGGAGCGTGCACCTGACTGAACATCGGAGTACTCACACTGGAGAGAAACCTTACAACTCTGAGTGCCCACAGACTTTCAGCCAGAGCACATACCTCACTCAGCATCAGAAGATTCATTCAGGAGAGAAGCTTTTGGGGTGTGAGGACTGTGAAAAAGCCTTCCAGTGTCACTCTGCTCTCACCAAACACCAGAGATTGCACCCTGCTGTGGCTGCTGTAGGAACATCATTAACATAGTTGCTCTGCTAACTTTGGTTTTATAGAAATGAATCAGAGTGGGAGGAGGAACTCCTTAAAGTAAATTTTTCTCTGTCACATGGTGGGATGGAGAGCCCATTGGGCTGTTCTGATCCAAGTATGTTATTAAAACAACATTGTGGCAAGCTGCTTTAAGTTTCTTCTGTAAATGAGGTGAAATGAAAGATTCAGAGATGATCTGAAAGGTAGCTTGGAGTTTTATACTCAGTTTTGTATATTTATATTCATAAATAGTTGCACTAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000006720:ENSMUST00000176580:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.358 A=NA C2=0.139
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types