MmuINT0178720 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025602 | Zfp202
Description
zinc finger protein 202 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1933401]
Coordinates
chr9:39999901-40015279:+
Coord C1 exon
chr9:39999901-40000022
Coord A exon
chr9:40000023-40014783
Coord C2 exon
chr9:40014784-40015279
Length
14761 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GACGTGAGT
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TCTTTACTACTCTACCCTAGGTC
3' ss Score
9.26
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGAGGACCCACGTGTTCCGACCCGCTGGGCCCCGCGCGACTCGGATCCCGCTCGGCTCTTTCGGCCGGGAGTGGGTGGGGGAGCACCGGGCAGGGGAGGAGCCGCCGGAGCCGCGGGAGAC
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCCCTTAGGAGGAACCCCTTGAGCTACCCGGTCTAAAACACGTTATCGCCAGTGTGAGGGCTAAATGGTGTGATAACACCCAAGAGCCAGGAAATGGCAACAGCCTTGGAGCCAGAGGACCAAGATCTTTGGGAAGAAGAAGGAGTTCTGATGGTGAAACTGGAGGATGATTTCACGTGCGGGCCAGAATCCGCCTTGGAGGGCGATGATCCTGTACTGGAGACCTCTCACCAGAACTTCCGACGCTTTCGATACCAGGAAGCATCAAGCCCTCGAGAAGCTCTCATCAGACTTCGAGAGCTTTGTCATCAGTGGCTGAGGCCAGAGAGGAGAACTAAGGAGCAGATTCTTGAGCTGCTCGTGTTGGAGCAGTTCCTCACTGTCCTGCCTGGAGAACTGCAGAGCTGGGTGCGAGGCCAGCGGCCCGAGAGTGGCGAGGAGGCAGTGACGCTGGTGGAGGGTTTGCAGAAACAACCCAGGAGACCAAGGCGGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025602-Zfp202:NM_030713:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.289
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0202312=SCAN=PU(97.9=70.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: