MmuINT0178830 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000063108 | Zfp26
Description
zinc finger protein 26 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99173]
Coordinates
chr9:20428449-20439604:-
Coord C1 exon
chr9:20439522-20439604
Coord A exon
chr9:20438661-20439521
Coord C2 exon
chr9:20428449-20438660
Length
861 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TTTTTACCCTTTATCAATAGGGA
3' ss Score
8.83
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGGGAAATGCACCTTAAGACAAAAAGGACAGCACTTCAGCAGGATAGATTTTGGTCAGATATGTCAAATGGGATGCAACTG
Seq A exon
GTAAGTCTCATAAATGTACTTTTATGTTTATGGGTGCTTTGCCCACACATACATCTGTGCACCATGTGCAGTGTGCGTGCCCTTGGAGAACAGACAGTGGCATCTGATTCTTTGGGACAGGAGTTGCAGACAATTGTGAGCTGCAGTGTGGGTGCTTGGGAACGAACCTGGATCCTTTGGAAGAGCAGCAAATGCTTTTAACCCCGAAACCATCTCTCCAGCACCAGGATATTTCTTTTTAAAGAAATATTTTTATTTGAGGATATCTCTTATTTTGATAATAATCAACTCCCACTTCTCCTAACTCCTCCAAGATCTCGCCCTCCCCCCCCCCACCCCCCCAACGCTACATCCTTTTTTAGAATCAATTTGAATTTGTGCTAGCCAAATCATTTCTTGGTGTATGTAGGGCCATCCACTGGAATGACCTACTAGGAGCCACACTCCTGAACTCAGAAATCATCAGTTGTCTGTAGTTTCTCAGTCAGGGGTTGGGGCAACAAGATCCTAATGTCTAAGGTCAGGGAAAATTTAATAATAAAAATAATTTAATTTAATAATAAAAACAGATCCAAATGAAAGATGTGAGACAATTAGCTGTCAACAGGCATGGAACTCTTTAATCTTTCCTTTTTCCATTACTCCTTTTTTTTATTCAGAGAGAGCACACTACCACTCAAGGTAGCCTTCTCTTGTGACACTTGCTTCAGCTTCCAGAATGCTGGGACAGTAGTAAGTCAGGATACTCAGCATAAAGTGATGCCCCGAATGCATTGTGAGGTTTAGAGCATCCGAATTCCACAGTTTTATCTTTCTGTACAAGCCTGACCTTCTAATCATCTTTTTACCCTTTATCAATAG
Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000063108:ENSMUST00000159569:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.119 A=NA C2=0.094
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=2.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
AAAGGACAGCACTTCAGCAGG
R:
GTTTCCCCACAGTCACTGCAT
Band lengths:
343-1204
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types