Special

MmuINT0178830 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger protein 26 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99173]
Coordinates
chr9:20428449-20439604:-
Coord C1 exon
chr9:20439522-20439604
Coord A exon
chr9:20438661-20439521
Coord C2 exon
chr9:20428449-20438660
Length
861 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TTTTTACCCTTTATCAATAGGGA
3' ss Score
8.83
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGGGAAATGCACCTTAAGACAAAAAGGACAGCACTTCAGCAGGATAGATTTTGGTCAGATATGTCAAATGGGATGCAACTG
Seq A exon
GTAAGTCTCATAAATGTACTTTTATGTTTATGGGTGCTTTGCCCACACATACATCTGTGCACCATGTGCAGTGTGCGTGCCCTTGGAGAACAGACAGTGGCATCTGATTCTTTGGGACAGGAGTTGCAGACAATTGTGAGCTGCAGTGTGGGTGCTTGGGAACGAACCTGGATCCTTTGGAAGAGCAGCAAATGCTTTTAACCCCGAAACCATCTCTCCAGCACCAGGATATTTCTTTTTAAAGAAATATTTTTATTTGAGGATATCTCTTATTTTGATAATAATCAACTCCCACTTCTCCTAACTCCTCCAAGATCTCGCCCTCCCCCCCCCCACCCCCCCAACGCTACATCCTTTTTTAGAATCAATTTGAATTTGTGCTAGCCAAATCATTTCTTGGTGTATGTAGGGCCATCCACTGGAATGACCTACTAGGAGCCACACTCCTGAACTCAGAAATCATCAGTTGTCTGTAGTTTCTCAGTCAGGGGTTGGGGCAACAAGATCCTAATGTCTAAGGTCAGGGAAAATTTAATAATAAAAATAATTTAATTTAATAATAAAAACAGATCCAAATGAAAGATGTGAGACAATTAGCTGTCAACAGGCATGGAACTCTTTAATCTTTCCTTTTTCCATTACTCCTTTTTTTTATTCAGAGAGAGCACACTACCACTCAAGGTAGCCTTCTCTTGTGACACTTGCTTCAGCTTCCAGAATGCTGGGACAGTAGTAAGTCAGGATACTCAGCATAAAGTGATGCCCCGAATGCATTGTGAGGTTTAGAGCATCCGAATTCCACAGTTTTATCTTTCTGTACAAGCCTGACCTTCTAATCATCTTTTTACCCTTTATCAATAG
Seq C2 exon
GGAAGAGAGCACAGTGGAGGGGAACCTGGTGACCCTGTTCAAGTTGGAGCAGTTTTTAGTGAAGATTCATGCCCTCAAACTCACAGTAGTACTTCAAATACAGGGAACACTTTTGCGTGTAACTTAGATGGAAAAGACTTTCAGCCACTCCTTAAAGAAACTTCTACTGAAGAGAACATTGTCCAGTTGAACCAGTGTGTAAAACCTTTGATTTTCACTCCAGATGTTTCCCAGAAAAAGTGCACTCCGGAAAAATCTGTTGAATGCAGTGACTGTGGGGAAACTTTCGTTAATCAGCTAGAACTTCAGACACATAGTTCTTCTCATCGTGAAAAGAATATCCACAAATCAGAGGAGTGTGGACAAGCTTCTACTCATCCTATAAGCCATGGTGGGCATGTGATTCCCACTGAAAAAAAATACTATGAATGTAAGAAATGTGAAAAATTTTTTACACATCCTGTGTACCTTAATATCCATATGCAAAGCCACACTGTGGAGAAACCCTATGACTGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCACTGAGCGCTCAAGCTTAATTGTGCATCTACGACAACACACTCGAGAGAAGTCTTACGAGTGTAAGGAATGTGGGAAAACCTTTATTCAACCCTCACGTCTTACAGAGCATATGAGAAGTCATACGGGAGAGAAGCCGTATCAGTGTGACCAGTGTGGGAATGCCTTTGCGTCTTCCTCTTACCTTACTACACACTTGAGAACTCATACTGGAGAGAAGCCCTTTGAGTGTAACATATGTGGGAAGGCATTCACACGTTCCTCTTACCTGCTAGGTCACATACGAACTCATACAGGTGAAAAGCCCTATGAATGTAAAGTATGTGGGAAAGCGTTCAGTGGCCGTTCTTGGCTAACCATACACTTACGGAAACATACTGGAGAGAGGCCCTATCCATGTACAGAATGTGAGAAAGCCTTCACCAGCTTCGCTCAGCTAACTGAACATATAAAAACTCACACTGGTGAGAAGCCCTTCCGGTGTAAAGTATGTGCAAGGACTTTTAGAAATTCCTCATGCCTTAAGACTCACTTTCGAATTCACACTGGAATAAAACCATACAAATGTAATTACTGTGGGAAAGCCTTCACTGCACGCTCAGGCCTTACTAAGCATGTACTAATTCACAATGGTGAGAAGCCCTATGAGTGTAAGGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGTACATCTTCCGGCCTTGTTGAACATATAAGAATTCATACAGGAGAGAAGCCCTTTGAATGTTACCAGTGTGGGAAAGCCTTGGCTCATTCCTCATCCCTTGTTGGACATTTAAGAACTCACACTGGAGAGAAACCCTTTGAGTGTAATCAGTGTGACAAAACATTTACACGATCTTCTTATCTTCGTATTCATATGCGAACTCACACCGGAGAGAAACCATATGAATGTAAAGAGTGTGGGAAAACTTTCCCTGAGCGCTCATGCCTTACTAAACACATAAGGACACACACTGGTGAAAGGCCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGCAAAGGCTTTATTAGCTTTGCTCAGCTTACTGTACACATAAAAACTCATAGTTCTGAGAGACCCTTTCAGTGTAAGGTATGCACAAAATCTTTTAGAAACTCTTCATCCCTTGAGACCCACTTCCGAATTCACACTGGAGTAAAACCCTATAAATGCAGTTACTGTGGGAAAGCCTTCACTGCTCGCTCAGGCCTTACCATCCATTTACGCAATCACACTGGGGAGAAATCCTATGCATGCCAAGAGTGTGGAAAAGCCTTTAGCACTTCCTCAGGCCTTATTGCACATATAAGAAGTCACAAAGGAGAGAAACCCTTTGAATGTGACCACTGTGGGAAAGCCTTTGCTTCTTCATCTTATCTTAATGTGCATTTGAAAATTCACACTGGAGAAAAACCCTTTCAGTGTACAGTATGTGGGAAAACATTTACGTGTTCTTCTTACCTTCCAGTTCACATGCGAACTCACACTGGAGAGAAGCCTTTTCAGTGTATAATATGTGGAAAGTCATTTTTGTGGTCCTCGTACCTTAGAGTTCACATGCGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGTATGTCAGTACTGTGGAAAAGCTTTTACAGAGCACTCAGGCCTTAATAAACATTTACGGAAACACACAGGAGAGAAACCATATGAATATAAGGAATGTGGGGAAAACTTCACTACTTCTGCTGATGCTAATGAACATGAAACTCCCCACTGGGGGGAGAACCTTTGAATGTAAGGGATTCAGAAAATTGATAGCCCTTGATCCATCATTTGCAATCAAAATTTATAGTCTATACAAGTCTTATTGATAAGCAACGTATAAAAAACATTCGGTTGCTATGTGCTGTAAAAACAACTCATTCTGAGGATGCTCTGAGTTTAAGGATTGTGGGAGAAATCAAAATTTCATGATATATGTATGAACTGAAGGTTTGTAATATAGGGAACGAAAACCTTTAGTGTTTCTATGAGTGTTGATGCAAGACATGTAGAAATGTTTCTATGTTCACGTGTGGTCTCACAGTTGAGAAATGTCTTTCTGAAGTTTGGGAAGTAACTTTACATTTGAACACAAGCTACATGCGTGTAAGAGGGGATTTGCTTCAGTGTCTTGGATGGCAACACTTGGCTTTCTTGGGTGCTTCTCTATGAACTTTGAATATTTCTCCATTTGTGTATTTTTATGACCTCAATTCCATTGTTAGTTTTCCTTTTTAAAATATTCCTGTTTGATGTGATTGAAACTTGTTTTTATCTAGTATCTGTTATATGTCCCATGTTGGCATTGTGAACTAATGACACAAACTCCCATCTCCTCACTACTTGTTAGTTTATTTGTTGTTGTTTTTTTCCCCTCTTTTCTTTGGAGACAGTCTCACTTTCTGGCCTAGTATAACATGAAAGTTATGTAGCCTAGACTGGTCCCTAGCTCATGGCAGTCTAGACCCAGCCTTCTGAGTGCATAGATTACAGGTGCAAGCCACCATACCTGGCTCTTTCTACTGTTTTAAGTATAAACTTCACTAGCACTGAAAAAACCATCATGTTTTACAATTGTGTTCAGGTTCTTAACACAAGTAGGTTTGGATCTGACCAATACAATCCCTTACTCTGAGTTCTAAGTCTTTGGTAGCCATTCCATTCTCTGCTTGGAGTTCAGCTTTTCTTTAGGCTTTGCTTCTTAGATCATGTAGTATCTGTATTAACTCTACTTAGCTTTTTTATTTTTGTGACAGGGTCTTGCTGTAGCTCAAACTGACCTCAAACTCGCAAACCTTTTTGCCTCAGACTTACTGCTAGAGTTATAGGCATGTGCCTTCATGCCTAGCTGGCGTATATCAATCTACATAATGTTCTCAAGGTGGAACTGTGTTATGGTCAGTTATTTTAAGACATCTAATTATCCTTTGGCCTCTATGGATAGTTAGTTTCTATACCTTGTTTGTTAGTATTGCTACATAGCGAGTGTAGCTATCTCTTTAAAGTCATGACCTTATGTTCTCAGATACAATCCCAAAAGTGACTTTGTTACTGTAATGACAGATATTGTCAGTGTGTATGTAACAACTGCCAATTTATATTCCCAGTGATGTACCTAGTCTCTTTATTGCTTATCTTCTTACTTTTTCCTTCCTGTATTCCATTTAAAAATGTGAGATGGTATCTTCAGTTTTGATTTGCATTTTTCTAGTACGCCGTTTGTATATCTCTGCTAAAATACTGATTTCAGTAATTTATCAATTTTTAAATCAAGATCTGTGTATTTTGCTGTGAAGTTACCTGAGTTACTATGTTTTAGACATAGACCCATTGTAATATATATGGTTTACAGATTGTTTTTTTGGCTGTGTACATGCTTTTTCAGTTTTTTTTTATTGCTATGCAGAATCTTTAGTTTGATATGGCCTTAATTCTTTATTTTTGCTTTTAATGCCCATAATTTTCATGTCAGCTCTAAAATTCTTTGCTGGTGTGTCTGGAAGCATTCTTGGAGTTTTATTATGTTACAGTTTTAAATTTTACTTTCAGGGTTTTGTTTGTTTGTGGTAACCTAACTATGTAATCCATGATAGCATAGAGCAGGCTGGCCTTAAACTTGGAGCAGTATTTCTTCCCCAGGCCTTTTGAGTGCTGAGATTTTGGGTTTGAGCCAGCCTATCCAACTTAACTATATTTCTTTTACTATTATTTGATTTCCTTTTCTTTTTTAACCCCCCTAAGCTTATATACGTGCATACTGTTTTTGTTTTAGTTACTGTTACTGTTTCTGTTTTGGTGCTAGGAATTGAATTTGTGGCCTCAAGGATGCTAGGCAGGTGCTTTACCATCAAGCTATAGTTCTAACTTCATTGTTGAAATTATGTGGACCACATAAAGGGCTTTTATTGTTTCATTTGTTTGTTTTTTGGATAATATCTTTATAATCTGGCTGGCCTAGAACGTGCTATGTAGAACCCGGAACTCACAGAGATCTACCTGTCTGCCTCCCAGAGTGCTGGAATTAAAGTTATGTGTTCCTATGCCTGCCATTGACTATATGCTTATTTGTAAACAATTTATTTATGTTTTTGTATCAGTGTTATACTGTTTGATTTCTGCCTATATACTGGTTTTGTTTTTGCTGTTCTTTCTTAAGACAAGGTTTACTGGAGCTTAGACTGCCTTTGAGATTAACTAAATGATCAAGAATGACCTAATGACCTTGGACTTTTGATCTTCTTGCCTTTATCTCCTAGTATGATTCTAGGCATGTACCACCATACTTTGCACGCTCAGTGCTTATCAAACTTCATACTAAGTGGACATCTCTAGCCCTGTAATACATTGTTAAGCCTAGAATTTTTGTTTTTATTTAGGTCCTTTTGGGCTTAACTGAAAGGTTTTGGTTTCTTATGACTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGCCTGTGGGGGAAAATGCCTTTAGAATTGTTAATGC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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000063108:ENSMUST00000159569:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.119 A=NA C2=0.094
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=2.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
AAAGGACAGCACTTCAGCAGG
R:
GTTTCCCCACAGTCACTGCAT
Band lengths:
343-1204
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types