Special

MmuINT0178987 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger protein 322A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442566]
Coordinates
chr13:23444973-23454744:-
Coord C1 exon
chr13:23454672-23454744
Coord A exon
chr13:23449583-23454671
Coord C2 exon
chr13:23444973-23449582
Length
5089 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGC
5' ss Score
9.86
3' ss Seq
ATTTCTATTTTGTCTCATAGGTT
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGCTGTTTTTTTTAATTTTGATTTTCTCAAGACATAAAGTGAAGGCTGCTTTTCATCTGTCTGCACTATCG
Seq A exon
GTAAGCTACAGTTTTCTCCAGTCTTATAAAATGGACCTTCTCCTTTTCAGACTGCATCTCACCAGAGTATGCGGGAAAATTGATTTTTAAAAAAAAATTCTATTTTTTAATTATTATATTATGTTATTGGTGATTTTCTTGCATGAAGGTCTGTGCACTGTGTAGGCCTGTTGCCCATGGGAGCCAGAAGAGTGTTGATGCCCTGGAACTGGAGTTACAGAAGGTGAGCTGTCATATGGGTGCTGGGAATCAAACGTGGGTACTCGGGAGGAATTGCCAGTTTTAACTGCTGAGCCATCTTTAGCCCAAGGAAATAGAATTCCTTTGGAAATCCATTTATGACAGCAAGTGCTTCTTAAACACTGGCTATATACTTAGTACTACTCTATTAGGGAAAGAACACTAAAAGCATCTTTCCTATATTTAACAGTATACAACAAGCTAATAAATGAATTATAGAGTGTATTAGAGTGTGATAAGTGCTCTGGAGAAGGATAAGACAGGAAAGGTGAGGTAACTTTGTCATTGGAGATTCACAATATTTAAATAGTGTGGCTGGAAACAGTTTGATTAAGAAGTGATAAATGAAAAAATAATTATTGGGGTATTAAGATATTGGCCATACCTGGAGCAAGAACACCAAAGTCGGAAGAAAGAAAGGGCACAAATCCCAAGTCAAGTATGTGTGGAAGAGAAACGGCTTAGGAAGCCATTGTGGCTGGATGAGATCCTGTAAGAAGACTGAGAAAGAAGTCAGAGAGTGGCAGGGCAGCTCCAGTTGGGACTCGGGCTATTGTAAAGATTTGGGTAGAAGAAAAAAATACTGAAAGAACAGGAGTACGTAATCTAGCTTTCTGTCTTAACAGGATTATGCTGGCTGCAGAGTAGAGAGTGTAGAGAAGGTTCCAATACACAGATGGGGCTTGTTAGCTTATAGAACTGCTTTAAAAAACCTACTATCGCCTGAGTGCTTCAGACAACCAAATTTTGCTCTTTTTTTCCCACACTCTGAAGACTAGAAATCCAGTATCGGTTTGTCTGGAAGTTGCCTTGCCTTACAACAGCTGCTTCCTCACTGTCCTCAGAGCCTTCAGTCTGGCTGTGCTTCTTTGCCAACTCTGGGTATCTTCATACGACCTCAGTTAGTCATTCTTTAAAAGATCAGATGACCAAATATATCACATTTTGAGATGGTAGGGATTAGGAATGGCATGCAGTTAGGCCTGTAACAGAGAAGAATCGGCTAAGAAGTAATTACAATAATCCACAGAAATAAAAGTGGTTTGGACCAGATTGGTATCAGCAGAAATTGATGAAAAGTGGTTGGATATGGATTTATGAATTTTTAAATGAAGCCAACAAATTCTTGACACCTTGATTGTGAGGTATAAAACAAAAGAGAATGCAGGGTGATCTTTCAAACTTTTGGATGAATTGAGAGCTTTCTGTCAGTGTAAAGAAAGCCTTTGCTTGCTTACTTTGACTGTAAGGCAAGATTAGATTCTAGACAGGTGCTAGGCTCTCTTTTCTCTAAACTCAGCCTCATAAAAGAAAGTAGGAATAATATTCTCTGATGTTTTAGGATTAGAGGATTGAGTGTAACAGGGACAAAATATGCTCTTTGCTCAAGACATTGTTAGTGATTTTTCGGATAACTTTCCTAAAAGGCCTTTGGTGAGTAGACAAGCAAATGAGTGTTTGCTGTGGATTCCTCCCACCAGGCAGTCTGTTAGCACTCTGACACCACTGTGCATCAATAGACAAAGTGAACTTTGATTCACCATCTTGGTTAGAAAAGCATATAGAAGTATCTGCTTATGTGATGAGAGTGGGTATTTTATTGTCTAACAAGGATTCATTTGATAGGTGTATTTTCACTTCTAGGATACTAGCAGATGAAGAGAGAAAAAGGGCTTAGAGTGTGAGGAGTTTTTCTGTGATGCCAGGAGACCTCTGACTGAAAGCAGCTACCATGCAGAATGTTGAAGATCTGGACACAATCACTGTTTAGCACAACTATGTCTGTGATATTTAGTTCACATTTCTCAAAGATTATTTGCCTCTTGTTATACTTGCTAGCCTTACAGCACATTGGTGTCTCACTCTGTCCCTCTGTAGTGCAAAGCTACAAAAGCTACATTTTCTACATATCTGTTTGCCTTGTATTCAGCTCTCATATTCTTCAAAGCTAAATTTTAAGACTTTTCCAAGTGATTTTTGGGACACTGGCATCTATTTATAGGTATTTTTTCTATTGATTAAATTTATCATTCACTGCAATAAGCAAGAGCAATGTCTTTGCTTTTCATAAGGAAATAATAAAAAATGCTGAATGAAAATTAGAAAACTGGAGTTAGTAAATTGATGAAATAAGAAGTCATCTATTGTCTCATTAGCAGAGGTAAACATGACCCTATGTGCCCTTGAGATCCTTTTGGGGTGTTTTCTCCAAGTTCTCCATTTTATTTTTTAGTGTGCTGTATTTGGCGAGCTTTTCCATTTGCTAACATGTCATTGTGAGTTTTGATATTTTTTTTCATTTACAGTTTTATATGTAGGCTCTAGGCCAGTATCTGTTTCTTGAATATTTAGCCTTTATGATAAATTGTGAACACACTTCCTAGAAAAATAGATTTAAAGTGAGCAACAAATGATCTGTAGGTTATATAGGAGTCTATAGATGCCAAATAAGAAGATCTGTTGTAAATTTGAGAACTTTGCATGTACCAGGTATTATCCTAGGTGGTAAACAGCAGTGAACAGACTGAATAATAGTAATGGAAACGTGTGTGGGGATTCTTGTCTATTAGGCTCATATTCAGCATAGAAAAATCAAATAGATGGAAAGGGCGTTATGTGAGTTGGGATGGTGCATAAGGTGGTCAGAAAAGGCCCCAGTGAGAATGTGATACAGTTGAGCAAAGATTTAAATGAGGTAAGAGAGCAGCTTTGAAGACAGCCTTGAGGAGAGTCCTTAGGCAAGGAGGGAGGGATAAGAGATGAAGGACATGAAGACCCTGAAATGGAAATAGTTCTGCTTTCTTGAACCATGACCAAGACCAGGGTGACCAGAGTAGAGGAACAGTACAGAAATGACTCAAGCTGGGAGCTAGGGGTCAAGTGTCCTTAGTGTTTGTAGTTTTCTAAAGGAATCTAGGTACAAGTTAAGGGTGAATGTCTAATTGGAATATGTATGTTCCAGAAACTTTTTTTTTTCTTTTGGTGTGTTCTAATATAAAGGAGAACAAAACGGGGAGAGTAGTTTGAGGATGAGGTGGCTGAGAGAAGTTGCTGGTTGTGCTTTTTGTTTTTATTTTGTTTTGTTTTTTAAGAAGAGAGAGGATAGCCTCTTTACTAACTAGAATGATCCTGTAGAAAGGATAAATCGATGATGCAGAAGAGTGATGGCAGAATGGCTGTCAGGATGCAGTTGTGAGGAAAGCAGATGGAGGCCCAAACATAGATGAACGTTTGTGGATTGAGCAGGAGCAGCTTGGCATCTTTGGTGAGAGTTGGAAGCGAGCTGCTTCAGCACGCCTGTAGGCAGTTTGCTAGGTGCGGGCAGTGGCACAGGGAGGGGTGCTGTTGGGCTTTACACTGATGAGTGTGCTTCAGTCTCGTTCTGCTTGCTCACTTTGATTCTCTTAGTAAAATACGGTGAAAAGTTATATTTACATCACTAAATAAGTCATTGATGTTTTATGAAAAAGGTTACACAAGACAGACAGTAAGTGTGAAGGACTGGGAGGCACATCTTCAGTTTGTTCACTTCCTAAACCAGTGTACTGCTTATCAGACCTGTCCTGACTTCCCAGCTAAATGAATGGAAAAGAGCAGCTCAGGGTAACCTTTTGTTTATTTACTTATGTGTGTAAATGTGTGCACATGGAGGATTCTGTGGGAATCAGTTTTCTTCTTTCCCCATGTAAGCCCAGGGGATCAAGCTCAGGCCAATGGGCTTGCTGCTTCTCACTGAAGTATCATTCTGGCCCAGAGCCTTGGGTTTCAAATTGCCAGGTTCATAAAAGAATGAGTTCCTATTGGTAGTTTATCATATGCAATGTCTATCATGTTTGTAATAATAGAGAAGAAAACCATAGATTGAGCATCCCTCAATCCAAAATTTTAAAATATGAAGTACTCCTAAATTTGAGTTATTTTGAGTGTCAAACTGATGCCATGAAAATTTCAAATCACAAGCTTTATTTTAGTCACAAAGTTATTAAAAATATATGAGGGCTGGTCAGATGGTTCAGTGGGTAAAAATGTTTCTCATGGAATTTGACCCCTAGGGTGCACAGAAAAGTGGAAGAAAAGAACAAACTCCTCAGAGTTGTCCTCTGACTCCAGTCATGTGCTGTAGCTTGGGTACAACAAGACTTTGTTTTTAATTTAAAAATACTTTGTGAGAGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCACTGTCTGCTCTTCCAGAGGATCCAGGTTCAGTTCCCAGCACCCACATGGCAGTTTACAATTGTCTAGAACTCCAGTTCCAGGGCATCTGTCACTCTCACACAGACACATGCAGGCAAACGCACCAATTCACATAAAAAATTTAAAAACAAAACATTTATGAATTTATCTTCAGGTCCTGTGTATAAGATGAGTATGAAACCTGAATGAGTGTTGTGTTTAGACAGGCATCCCATCCCCAGAGCAACTCTTTATGTATATACAGGTATTTCAAAATCTCAGATCCAAAAAATTCTGTCTCCAGGTATTCTGGATCAGGTGTCCATGTAGAATTTACAGTTTATCCTCCCCTGTCTTTTCTAGTTTTCTCCCTCCCTTTCTTTGCATTTACTCTGTGTGTATGTAGGGGTAGGTGGGTGCTGCATGGTACCAGTGTGGATATTGGAGGACATGCAGTTCTCAACTTGTACCATGTAGATAGATTGTGGGAATAGAACTCTGGTCATCAGGTTTAGTAGCAAGCACCTTTATCCACCAAGCCATTTCACCAGCCCCAGTAAAGAGATTCTCTCAGTCTTTACTACAGTGATTTGGCTTTGAGGCTTCTTAGAGATAGAAATATAAATAATATTTCTATTTTGTCTCATAG
Seq C2 exon
GTTTGGAGGTACCAAGTAAGAAACTAATGTATATGATGCTGGAAACTTTTAAACACAAACTGCAAATGAATGAAAGGCTTAAAAAAGATATATTTTTGAAGTTACCAGAAAAATGACTATGAAAACAGGGATCAAGAAGACTGATGGAAAACCACTTAGGAGAGAACCATAGAAGATGTACACTTCAGAAGAGGAATGTAACCAGAGAACTCAAAAAAGGAAAACATACCATGTATGCCCTCAAAAGGGTGAAAAAGATTTATATTCGTGTACATGAGATTACTCAAATAGATAATCAAACATATCAGTGCCTTGAACGTGAACAAAACTTTTGTGAAAACTTAGCACGAATGTGTGAGAGAACATATACCGAGGAGAAACCTTATAGATGTGATATGTGTGAGAAAACCTTCATCCAAAGTTCAGATCTTATTTCCCACCAGAGGATCCATAATTACGAGAAACCTTATAAGTGTAGCAAATGTGAGAAGAGCTTTTGGCACCACTTAGCCCTTTCAGGACACCAGAGAACACATGCAGGTAAAAAGTTTTATACCTGTGACATCTGTGGCAAGAATTTTGGTCAGAGCTCTGATCTGCTTGTCCACCAGCGAAGCCATACAGGTGAAAAACCTTATCTGTGTAATGAGTGTGATAAATGCTTCAGTCGAAGTACAAATCTCATAAGGCACCGAAGAACTCACACAGGTGAGAAACCGTTTAAGTGTCTGGAATGTGAAAAAGCTTTTAGTGGGAAATCAGATCTTATTAGCCACCAAAGGACTCATACCGGTGAAAGGCCCTACAAATGCAATAAATGTGAGAAAAGTTACCGACACCGGTCTGCCTTCATTGTGCATAAAAGAGTTCATACTGGGGAGAAGCCGTACAAGTGTGGTGCCTGTGAGAAGTGCTTTGGCCAGAAATCAGACCTTATTGTACACCAGAGAGTCCATACAGGAGAGAAACCATATAAATGCTTGGAGTGTATGAGAAGTTTTACTCGAAGTGCCAACCTAATTAGGCACCAGGCAACTCACACTCATACTTTCAAATGCCTTGAATATGAGAAAAGTTTCAACTGTAGCTCAGACTTTATTGTACATCAGAGAATTCATATGGAAGAAAAACCACATCAATGGTCTATGTGTGAGAGTGACTTCCTCCTAGGTATGGACTTCGTTGCCCAGCAGAAAATGAGGGCTCAAACAGAGGAGCTCCATTATAAATACAGTGTATGTGATAAAACCTTTCATCATAGCTCAGCCCTTCTTCAACATCAGACAGTGCACATTGATGATGAATACATCTGTAACATGAGTGAAAAAGGGCTTGATCTAAGTTCTCACGCATCGGAAACCTCACGTGTGTCTTGACAAGATGTCATGTAACCTTAAAAATATATTTACATATCAGAATTCAATAAGTGAAAGACTCCTAGGTAAATTTCAGATTTCCCTTAGATCTCAGACTTCATTGGAGTTCAGAGAGTCTACAGTCTTAGGAACTGTAAGAAAAGTTTAAATGCAGAGAGTGGCCCTGTCAGGACACCTTTATTAGCCACAGTTGCCAAGAACTCCACAAATGCTCTGGGTTTTGGAAAACCATCACAAGATTCATACAGGTAGGAAGCCTTACAATGCAGTATGCGAGCTCTCCAGCAGGGTTAAGTCCTCATTTTTACAAGACAAGTCACACCAGAGAACAACCATGTAAATGTTTTGTATTGGCAGTACTTCAGACAGTGTGTATGTCTTATTGGATATCAGAAAAATCACCCTGGGGAGAAGCCCCAGACATTAGAGGAAAAAGCTTCTTACAGAACTCTGACTTCCTTACCTCTCAGACAAGCCATACTGGGGTAAATGGATATTTGGGTGTGGCGAAAACATGTGTTGGAGAGTCATACTTGGGTTTCCATCCTCCTAGATGAAAATCAGAGGAGCAATAAGTATCTGAATGAGGAAAGTTTATTAATGTTCAGCTCTTGGAGCATATCAGGGAACTCACATTAGTGAAAACCCGTAAATGCATTGTGTCTGAGAAGCTAGAAAGACGTCTTATTTAGTCAGGCCCCAGAGAATGAGTTCCTCAGAGGAGTTGTTCCAGTAAGAGATCTAATTGTGGGTGAGAATCTGTATATATGCTGTTCATAGTTGAACCACATTGTGGAAAAAAAAATGAAAAAACTAGACTTGTATGGAAATAATGTCCTAGCAACCCAAAAGCTTGTTCTGGAGGAGCCGGGGCAGGTCAGCGTGGATCTGGAGGGTAACTCAGGTAAAGATGCTTTTCTTTTGTCTCAGCCAATTAATGATTGCTTTAGTTTCACTTTAAAAATTTCATAAATCCAATAAAGGAAAGAACTGTAATCTTGTGTATAAGTAGGGTGTGGTTTATTGTTGGAAGAAAGCAGTGCTTTGAGTTTTGCTTCCTGTTTGGTTTTCCTGTGCGTTTCTTAAAATCTCATGGCTAGAATGGGAATGGTGTGTTACTAAGAAGCTAAAGAGTACTTAGTTTGGGTTAAAATTCTTAGCTTCCCTTTGGCATGATCAACCTCAGCAAAAACCAGAACACTCAGTTCTTTGCTTAGTGTTGACATCTGCCCTTAGAATTGTCCTAAGATGTCTAAAATTTCTTTTTGAGTTATCACTGGGGTCGTTGAAATTTCATATTTATAGATTAATTTATTTTCAAGTCAAAATTTTAGGACAAATTTTAGGATCCTGGTTATCATATTATAGTATTCAGGATTTTGTGACTTGCTTCATCTCTTTCAGTGATAGATACTTTAACAGCTGGCTTAGAGCAGAAGGAATAGGGGGCAAGTTGTAAGCCAGAGAAAGTAGAGGAGCGATGCAATGAAGCATTAAAAAAAAAAAAAAAGATTTATTTATTATTATACATAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACCAGAAGAGGGCGTCAGATCTCACTCCGGGTGGTTGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAAGGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGGTCTTACCACTGAGCCATCTCGCTAGCCCAATGAAGCATTTTAATAGAGAAACAGGACACTGATTTTGAGGATCCTGACTCCAAAGCTAATGTCCTTCTTCAGTCTATTATCCTGATACTCGCAGCAATTAAGCTTCATAATGACATTTTTTTTTCATTTATTTCAGTTCTATCAAGGAAAGAAAAATACAATTTAATTCCAGAGACAGGATTGCAGTCAACACAATATAAGGTATATTCTTGGTTTGGAATGCAGGATTCAAATTGTTAGAAAAGTAGTCCGCAGATTGACCTGAAGTTTAAGGATAAATGTGTGTTTCCAGTCCAGTGGGGTAACTGATTGTCTTTCACACTCTTTGGATAGCTCATGACCCAAGCATTTGTCAAATGGTCACTTCTCATTTGCTTTCTTTGACTTAAAAGACTTAATTCAAATATATCAAGTTCCTGTATATTTGAGACTGTATAGAATTATAATTATTTTATTGCTAATCAATAATTGTCATGGTTTTAGTGTAAGTTCTCTAGTGAACTCCTGAATTCCAGGGGGTATTAGTGTTTGGAGTCACAAAATTATTCTGGTGCTACCTTACCTGTGACTGTAAGCTCTCGACCTGATAATTGTTTGATAATCATAATCCTGAGGCCAGTGAATTTAGCTCAGTAAAGAATCTGGTTCAAGTATTTTTCCTTTTTAGAAAACTGATTGTGTCAGTTGTTTTGTTCGATTTTGTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTTCTGAGACTGGGTTTTTCTGTATAGCCCTGGCTGTTCTGGAACTAGCTATGTTGACCAGGCTGGCCTCAAACTTACAGAGCTCCTCCTGCCTCTGCCTCCCTAGTGCTAGGATTAAAGGCATGCACTACAACCACCTGTCTCTGTGTCAAATTTTTTGATCTAATATGTTCCAGTAATTTTATAAATAACTTTAGTACTATGAACAATTTATCCATTGTGATAAATACACATGAGATGCATATTTTTCTTTTTGGGGAAAATCATGCCTTATCACTAGTAAAAGTTTAAAATTGTGATATTTAATACTGGGTGTGTAACAATGGCAGTTTACAAAAGAAAAAAAAAAAGGTTATTATAATAGAAACACCATGGAGAAAGAGACAAACTTAAACCATCAGTAGGTTGGTGATTTACCCTTCCTTCAGCCTGTCTCACTGGGAATTGTCTATAGTCTGAAATTACCTTAATAGTGGACCATTCCTCAAACAGAACTTTGAGGATGTAAATCAGGCCTGAGGCCTTTTAACTGTAGTAAGAAGGGGTTGGTATTAAATAACATAACCTGAGGTTGGAGAAGACCACTTGGGAGCCTGTAACCAAAGCTAGAAGGTAACTTCTGGGATGGATGGAGTTCCCCTTGAAGCAGTGCCAACGCAAGTCTACCTCAGGTAAGTAGTCAGAGTAACTATTTCAAGATTTCAGAGCAAATGAGATAAATCATGTTCCATCCCATGTACTCCGCTATGCTTATTGGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGACCTTTAATTCTTAAATAAAGATTTGTTGTGAAATACTCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000046351-Zfp322a:NM_172586:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

No protein impact description available

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0009621=zf-C2H2=WD(100=5.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.3),PF139121=zf-C2H2_6=WD(100=5.1)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]